genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.260.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88226167--88226255	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
88226167--88226249	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
88226178--88226255	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
88229172--88229344	93	1.9	93	90	0	274	28	30	20	20	1.98
88229166--88229340	46	3.8	45	77	10	174	30	29	20	20	1.97
88229216--88229359	46	3.1	45	75	11	139	29	29	20	20	1.98
88239677--88239729	22	2.4	22	100	0	106	39	7	0	52	1.30
88241411--88241550	41	3.3	41	80	11	149	32	25	17	25	1.97
88241411--88241567	44	3.7	43	78	9	160	33	25	15	25	1.96
88241411--88241566	85	1.8	84	82	9	201	33	25	16	25	1.96
88246539--88246636	42	2.3	42	77	5	108	33	19	17	29	1.95
88246533--88246640	43	2.5	44	73	11	116	34	19	17	28	1.95
88247840--88247978	42	3.2	41	76	10	118	28	19	24	27	1.98
88248213--88248325	56	2.0	56	96	0	208	22	14	23	40	1.90
88256598--88256626	10	2.9	10	100	0	58	27	31	20	20	1.98
88256708--88256746	10	3.9	10	93	0	60	23	33	20	23	1.97
88256708--88256746	20	2.0	20	94	0	69	23	33	20	23	1.97
88257137--88257294	86	1.8	86	82	8	205	34	25	16	24	1.95
88261681--88261856	49	3.6	49	79	2	158	25	27	20	26	1.99
88261681--88261856	98	1.8	97	85	6	248	25	27	20	26	1.99
88261866--88261992	48	2.7	47	79	9	134	27	27	18	26	1.98
88265255--88265293	14	2.8	14	88	0	60	53	12	12	20	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88269628--88269664	13	2.8	13	91	0	56	21	37	24	16	1.93
88288865--88289036	6	27.8	6	71	18	113	48	13	19	18	1.80
88288865--88289036	31	5.5	31	75	15	140	48	13	19	18	1.80
88288865--88289036	37	4.5	37	74	17	120	48	13	19	18	1.80
88288877--88289036	62	2.6	62	91	3	259	48	14	19	18	1.82
88288877--88289036	25	6.4	25	79	11	113	48	14	19	18	1.82
88288877--88289008	19	6.7	19	72	19	110	48	14	19	17	1.81
88289156--88289206	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
88289479--88289612	27	5.0	27	80	5	137	25	20	17	37	1.93
88289469--88289642	54	3.3	52	79	10	194	24	19	19	36	1.95
88289465--88289617	81	1.9	81	90	0	243	25	18	18	36	1.94
88289594--88289639	23	2.0	23	100	0	92	26	21	21	30	1.99
88289633--88289696	27	2.4	27	75	0	74	32	10	21	34	1.89
88289680--88289748	27	2.6	27	85	0	75	28	10	23	37	1.87
88292475--88292642	27	6.3	27	85	1	221	32	9	18	39	1.83
88292494--88292642	53	2.8	54	91	2	246	31	8	18	41	1.80
88295213--88295240	9	3.1	9	100	0	56	21	0	32	46	1.52
88298237--88298350	26	4.3	27	86	3	142	29	20	7	42	1.78
88298267--88298370	53	2.0	53	80	0	118	33	21	7	37	1.82
88298349--88298481	27	5.0	27	73	13	107	41	20	9	28	1.84
88300589--88300851	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
88308534--88308796	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88310761--88310828	34	2.0	34	100	0	136	23	8	35	32	1.86
88314761--88314785	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
88318215--88318383	45	3.9	44	67	13	100	30	27	17	24	1.97
88319558--88319614	18	2.8	20	69	15	55	42	8	12	36	1.74
88319549--88319661	39	2.9	39	84	2	158	40	9	14	35	1.78
88327929--88328037	39	2.8	39	97	0	200	30	22	15	32	1.95
88331573--88331796	40	5.6	40	86	3	281	24	22	26	26	2.00
88331572--88331796	81	2.8	81	87	2	294	24	22	26	26	2.00
88337906--88338089	40	4.6	39	82	9	203	25	22	27	25	2.00
88345413--88345465	27	2.0	26	81	3	61	73	0	11	15	1.09
88350057--88350094	15	2.4	17	82	8	53	57	7	2	31	1.41
88355017--88355043	7	3.9	7	100	0	54	44	11	29	14	1.80
88356028--88356099	34	2.1	34	100	0	144	47	11	19	22	1.80
88366753--88366909	68	2.3	68	78	11	167	21	29	15	33	1.94
88372277--88372323	25	1.9	24	86	4	67	40	0	2	57	1.11
88372281--88372330	25	2.0	25	84	0	64	42	2	2	54	1.23
88372958--88372995	17	2.1	19	85	9	53	39	2	0	57	1.12
88374242--88374281	20	2.0	20	86	13	57	47	7	0	45	1.31
88374384--88374438	24	2.3	24	96	0	101	50	14	7	27	1.69
88375971--88376084	55	2.1	55	98	0	219	48	5	9	36	1.59
88381101--88381158	25	2.3	25	85	11	75	63	1	13	20	1.38
88401062--88401100	20	2.0	20	84	0	51	51	12	0	35	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88401995--88402035	5	8.6	5	81	10	50	63	2	0	34	1.08
88406322--88406365	23	2.0	21	82	8	52	54	0	11	34	1.36
88407312--88407362	18	2.8	18	82	8	68	3	33	0	62	1.13
88408559--88408667	28	3.9	28	84	1	130	18	23	20	37	1.94
88415207--88415257	18	2.8	18	77	8	59	3	31	0	64	1.11
88416457--88416545	28	3.3	26	74	21	83	17	23	20	38	1.93
88425054--88425094	19	2.2	19	86	0	55	43	4	9	41	1.59
88433013--88433051	6	6.5	6	90	0	60	82	2	2	12	0.89
88435078--88435628	273	2.0	273	97	0	1030	36	19	11	32	1.87
88443955--88444087	52	2.6	51	79	7	135	26	13	25	34	1.93
88443996--88444231	50	4.7	50	76	2	206	27	17	25	30	1.97
88444000--88444190	101	1.9	101	86	0	274	28	18	24	28	1.98
88447984--88448245	39	6.7	40	87	7	319	25	21	27	25	1.99
88463295--88463339	20	2.2	20	96	0	81	48	8	0	42	1.34
88465158--88465198	22	1.9	22	85	5	57	56	0	14	29	1.39
88472254--88472298	6	7.0	6	82	12	54	28	4	0	66	1.11
88472246--88472308	26	2.4	26	94	0	108	23	4	1	69	1.16
88483335--88483376	21	2.0	21	86	4	59	54	2	2	40	1.26
88483729--88483770	20	2.1	20	82	8	50	30	9	0	59	1.29
88484743--88484810	29	2.3	30	87	5	93	29	7	16	47	1.73
88484756--88484824	29	2.4	28	82	4	84	36	5	14	43	1.70
88484980--88485133	56	2.8	56	85	0	209	44	16	8	30	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88487896--88487981	40	2.2	39	82	2	100	31	26	15	26	1.95
88503196--88503351	68	2.2	68	78	11	156	20	28	16	34	1.94
88512773--88512812	19	2.1	19	90	0	62	30	15	22	32	1.94
88525312--88525496	46	4.0	46	82	8	205	27	16	30	25	1.97
88528566--88528963	27	14.7	27	82	1	429	38	19	9	32	1.84
88528566--88528881	54	5.9	54	91	0	506	39	19	8	31	1.83
88528999--88529491	27	18.3	27	83	1	522	36	18	17	27	1.93
88528999--88529490	54	9.1	54	86	1	610	36	17	17	27	1.93
88530055--88530131	27	2.8	28	82	7	86	20	22	20	36	1.95
88530263--88530329	31	2.2	31	83	0	80	20	17	11	49	1.79
88534177--88534330	56	2.8	56	86	4	211	44	16	9	30	1.78
88537363--88537508	40	3.7	40	94	0	256	29	30	17	22	1.97
88545761--88545861	50	2.0	50	100	0	202	37	23	4	33	1.77
88554919--88555014	48	2.0	48	97	0	183	40	5	16	37	1.71
88561550--88562022	47	10.1	47	93	0	759	28	30	9	32	1.88
88565442--88565580	40	3.5	38	76	9	127	25	25	23	25	2.00
88565886--88565964	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
88568018--88568396	47	8.1	47	91	0	589	28	30	9	31	1.88
88574800--88574891	28	3.3	28	86	6	125	33	21	22	21	1.97
88574994--88575056	26	2.4	26	89	0	90	26	11	26	34	1.90
88578289--88578339	25	2.0	26	81	11	61	43	11	7	37	1.71
88580165--88580336	46	3.7	46	79	13	208	29	29	20	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88580172--88580343	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
88581748--88581787	19	2.1	19	86	9	55	32	2	7	57	1.40
88586789--88587059	135	2.0	135	99	0	533	39	10	16	33	1.83
88587500--88587552	23	2.3	23	86	0	79	33	13	26	26	1.93
88593539--88593684	67	2.2	67	82	8	172	32	17	28	21	1.96
88593561--88593744	67	2.8	64	77	10	187	29	17	29	22	1.97
88606629--88606671	17	2.6	16	88	3	59	60	2	32	4	1.30
88614029--88614073	22	2.0	22	91	0	72	11	26	20	42	1.85
88614453--88614481	12	2.4	12	100	0	58	44	17	20	17	1.86
88615471--88615525	26	2.2	24	80	6	65	32	18	21	27	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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