genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.130.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          369   370   371   372   373   

This is table  130  of  373  ( 44737 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43023121--43023334	114	1.9	114	84	5	290	38	1	13	47	1.51
43023121--43023440	114	2.8	113	79	8	283	38	1	12	47	1.51
43023145--43023568	203	2.1	203	98	0	825	38	1	12	47	1.51
43023385--43023568	87	2.1	86	83	7	221	39	1	11	47	1.50
43023642--43023671	15	2.0	15	100	0	60	53	0	0	46	1.00
43023799--43024103	71	4.3	71	97	0	558	60	4	6	28	1.40
43024784--43025335	183	3.0	183	96	0	1005	42	15	14	27	1.86
43028265--43028313	15	3.5	15	73	21	61	28	0	53	18	1.45
43028264--43028317	26	2.1	26	100	0	108	29	0	48	22	1.51
43028593--43028650	28	2.1	28	83	6	73	36	29	1	32	1.68
43028627--43028671	21	2.1	21	91	0	72	35	31	2	31	1.70
43028627--43028680	21	2.7	21	85	5	58	40	29	1	27	1.67
43028891--43028917	7	3.9	7	100	0	54	29	55	0	14	1.40
43028906--43028949	21	2.0	22	91	4	72	43	38	0	18	1.50
43029023--43029363	41	8.4	41	87	3	485	21	23	20	34	1.97
43029417--43029442	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
43029511--43029627	44	2.7	42	82	8	121	30	26	19	23	1.98
43037891--43038058	43	4.0	42	77	13	139	27	14	25	32	1.94
43045124--43045185	27	2.3	26	78	8	70	37	0	11	51	1.38
43047288--43047343	27	2.1	27	93	6	96	19	25	17	37	1.94
43058010--43058147	27	5.1	28	77	7	86	36	21	7	33	1.83
43058043--43058525	27	17.9	26	80	6	160	33	22	8	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43058169--43058460	54	5.4	54	88	1	370	30	21	7	40	1.82
43058169--43058488	134	2.4	136	85	2	421	31	22	7	38	1.82
43058169--43058489	81	4.0	81	87	1	392	31	22	7	38	1.82
43058251--43058497	80	3.1	80	86	1	233	31	23	7	36	1.83
43058507--43058699	27	7.2	27	82	2	210	37	18	20	23	1.94
43058509--43058685	80	2.2	80	83	3	221	37	20	18	23	1.94
43058482--43058700	54	4.1	54	86	3	255	36	19	18	25	1.94
43058479--43058700	27	8.3	27	78	5	184	37	18	18	25	1.94
43058479--43058700	107	2.1	107	81	4	259	37	18	18	25	1.94
43060650--43060853	40	5.1	40	94	1	313	23	19	27	29	1.98
43062309--43062416	31	3.5	31	93	0	180	19	16	13	50	1.79
43062309--43062445	6	22.3	6	71	15	93	18	16	14	50	1.78
43073503--43073796	47	6.2	47	91	2	462	31	8	30	29	1.86
43073503--43073796	95	3.1	94	91	2	462	31	8	30	29	1.86
43073914--43073992	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
43075855--43076216	43	8.4	43	96	0	652	22	16	35	26	1.95
43076198--43076271	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
43075841--43076299	216	2.1	209	82	10	568	22	15	33	27	1.94
43076565--43076832	40	6.7	39	81	6	211	27	20	27	23	1.99
43076565--43076737	80	2.2	80	87	4	242	29	20	26	23	1.99
43076766--43076842	40	1.9	40	86	0	109	22	22	29	25	1.99
43079951--43080244	47	6.2	47	90	2	453	31	8	30	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43079951--43080244	95	3.1	94	90	2	453	31	8	30	28	1.87
43080362--43080440	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
43084225--43084279	24	2.3	25	93	6	96	32	20	27	20	1.97
43088272--43088335	30	2.2	29	80	20	73	75	7	7	9	1.21
43099670--43099758	43	2.1	43	81	8	101	31	29	15	23	1.95
43100659--43100687	12	2.3	13	94	5	51	34	0	10	55	1.34
43101724--43101763	19	2.1	19	95	0	71	52	10	20	17	1.72
43115807--43115937	40	3.3	40	86	2	183	23	19	27	29	1.98
43115807--43115974	40	4.2	38	80	9	149	24	19	27	28	1.99
43117423--43117449	9	3.0	9	100	0	54	33	0	22	44	1.53
43126841--43126987	64	2.2	68	83	8	176	31	17	28	22	1.96
43130960--43131089	42	3.1	42	80	2	161	29	13	26	30	1.94
43130960--43131081	43	2.9	42	81	2	136	29	14	25	30	1.95
43131164--43131210	20	2.3	20	92	0	85	31	0	29	38	1.58
43136622--43136677	15	3.7	15	80	7	69	14	16	10	58	1.62
43139072--43139243	46	3.7	45	77	10	177	22	20	29	28	1.98
43139065--43139236	93	1.8	93	91	0	281	22	21	28	27	1.99
43153462--43153666	27	7.6	27	86	3	250	30	27	14	26	1.95
43161772--43161899	39	3.3	39	87	0	166	31	21	25	21	1.98
43168790--43169091	27	11.2	27	87	0	406	29	22	7	40	1.81
43169326--43169377	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
43169594--43169705	49	2.3	49	84	3	136	19	16	12	50	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43169594--43169705	6	18.3	6	73	14	77	19	16	12	50	1.77
43171566--43171645	27	3.0	27	81	0	97	33	20	20	26	1.96
43171601--43171727	54	2.4	54	82	2	139	40	20	11	28	1.86
43171631--43171727	27	3.6	27	92	0	149	42	21	7	28	1.79
43171723--43171862	27	5.2	27	92	0	226	28	25	7	38	1.83
43171629--43171746	54	2.2	55	81	7	143	41	21	8	28	1.82
43171683--43171854	81	2.1	81	78	4	186	33	23	8	34	1.84
43172098--43172149	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
43172366--43172475	31	3.5	31	81	7	127	19	20	13	47	1.82
43172366--43172496	6	21.3	6	72	16	99	19	19	13	48	1.81
43172366--43172487	37	3.5	37	80	13	157	18	19	13	48	1.81
43176269--43176335	20	3.3	20	72	2	62	34	17	26	20	1.96
43177969--43178447	27	17.7	27	81	1	431	39	20	8	31	1.83
43177969--43178309	54	6.3	54	91	0	529	41	19	8	30	1.81
43178432--43178652	27	8.2	27	80	5	205	36	18	19	25	1.95
43178429--43178596	54	3.1	54	86	6	250	37	19	18	25	1.94
43178427--43178647	81	2.7	80	85	3	273	37	17	19	25	1.94
43178429--43178651	54	4.1	54	83	5	245	36	18	19	26	1.94
43179073--43179133	25	2.4	25	83	5	79	21	21	13	44	1.86
43185180--43185258	31	2.5	31	91	0	122	27	25	16	30	1.97
43185282--43185373	42	2.2	42	88	0	130	34	21	14	29	1.93
43186393--43186494	27	3.8	25	76	13	87	21	21	21	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43186625--43186753	27	4.8	27	82	2	152	31	8	19	41	1.81
43186628--43186767	54	2.6	54	81	7	176	31	8	20	39	1.83
43186719--43186922	81	2.5	81	84	0	219	41	8	19	29	1.82
43186745--43186929	81	2.3	81	86	0	253	41	8	22	28	1.82
43186747--43186929	27	6.8	27	88	0	195	40	8	22	28	1.82
43186747--43186929	54	3.4	54	83	0	231	40	8	22	28	1.82
43186935--43187033	27	3.6	27	81	6	103	35	10	15	39	1.81
43190208--43190239	16	2.0	16	93	0	55	46	12	25	15	1.81
43191977--43192245	46	5.8	45	75	12	231	23	20	26	29	1.99
43192025--43192187	47	3.5	47	79	11	208	24	19	26	29	1.98
43191973--43192237	93	2.8	93	91	0	422	23	20	26	29	1.99
43195226--43195281	15	3.7	15	78	7	69	12	16	12	58	1.62
43198017--43198332	46	6.8	46	83	3	393	22	21	26	29	1.99
43208218--43208351	44	3.1	43	86	7	191	35	24	15	23	1.94
43208182--43208351	43	4.0	42	81	6	180	34	25	16	23	1.95
43209737--43209761	13	1.9	13	100	0	50	28	48	24	0	1.52
43211435--43211532	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
43211463--43211545	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
43211435--43211546	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
43213189--43213214	12	2.2	12	100	0	52	15	23	30	30	1.95
43229349--43229555	114	1.8	114	88	0	315	24	19	25	30	1.98
43229347--43229573	23	9.9	23	79	6	219	24	20	24	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43235080--43235177	49	2.0	49	86	4	135	33	11	36	18	1.86
43244379--43244462	27	3.1	27	98	0	159	29	11	26	32	1.92
43244488--43244621	28	4.8	28	70	0	79	36	17	12	32	1.88
43252784--43252834	27	2.0	24	85	11	66	37	9	5	47	1.61
43255257--43255516	129	2.0	129	98	0	502	33	20	14	31	1.93
43266612--43266672	30	2.0	30	87	0	86	31	24	6	37	1.81
43273121--43273168	24	2.0	26	84	12	66	8	31	10	50	1.66
43276073--43276338	50	5.3	50	85	3	320	38	18	12	30	1.88
43279774--43279970	27	7.3	27	82	0	232	24	19	19	36	1.95
43293268--43293315	24	2.0	24	87	0	69	31	10	18	39	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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