genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.139.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45976521--45976798	139	2.0	140	89	3	427	33	19	13	33	1.90
45979075--45979121	23	2.0	23	100	0	94	31	8	21	38	1.83
45981785--45981952	46	3.6	45	79	12	187	27	20	29	22	1.98
45981785--45982001	46	4.7	44	76	12	141	27	19	29	23	1.98
45985406--45985454	19	2.7	17	81	9	53	38	2	0	59	1.09
45988003--45988102	49	2.0	49	96	0	182	39	17	13	31	1.87
45989998--45990033	6	6.0	6	100	0	72	16	33	16	33	1.92
45993285--45993346	33	1.9	32	87	9	90	54	1	4	38	1.31
45993947--45994002	29	1.9	29	100	0	112	53	10	7	28	1.62
45996826--45996882	16	3.8	15	77	9	55	54	0	5	40	1.23
45999726--45999775	25	2.0	25	88	7	75	38	4	10	48	1.56
46002919--46002946	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
46011036--46011077	17	2.4	19	80	15	54	35	2	7	54	1.41
46013287--46013382	30	3.2	30	70	21	92	37	17	8	36	1.80
46013048--46013675	331	1.9	331	91	0	1040	30	13	18	36	1.90
46017586--46017749	40	4.1	40	85	3	231	21	22	28	26	1.99
46017991--46018032	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
46025535--46025711	40	4.4	40	84	2	232	24	22	26	26	2.00
46025939--46025980	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
46048813--46048872	30	2.0	30	90	0	93	31	25	6	36	1.82
46050024--46051355	682	2.0	680	93	1	2310	33	10	18	38	1.84
46084774--46084818	20	2.2	20	88	0	63	51	0	13	35	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46090428--46090641	40	5.4	39	85	3	239	25	27	22	25	2.00
46090392--46090641	80	3.2	80	84	4	267	25	27	22	24	2.00
46090417--46090641	120	1.9	119	84	6	303	25	27	22	24	2.00
46093421--46093458	21	2.0	20	85	15	53	36	7	28	26	1.84
46098162--46098251	34	2.6	34	82	6	110	27	24	22	25	2.00
46102739--46102807	36	1.9	36	87	0	102	24	23	20	31	1.98
46103157--46103196	21	2.0	20	90	5	62	15	27	42	15	1.86
46104328--46104451	47	2.6	47	83	6	162	25	29	19	25	1.99
46109584--46109623	21	2.0	20	90	5	62	17	27	40	15	1.89
46110862--46110981	46	2.6	44	81	7	134	22	32	19	25	1.97
46112166--46112224	23	2.5	23	83	5	64	49	8	25	16	1.74
46127520--46127641	46	2.6	47	84	5	147	26	22	14	36	1.93
46139500--46139670	93	1.8	93	93	0	297	31	29	18	21	1.96
46139495--46139667	46	3.7	46	76	13	183	32	28	17	21	1.96
46146556--46146608	22	2.4	21	81	9	61	41	20	22	15	1.89
46147002--46147115	41	2.8	41	87	0	165	27	29	21	21	1.98
46147353--46147740	27	14.4	26	76	10	187	29	7	21	41	1.81
46147380--46147748	55	6.8	55	77	7	253	28	7	21	42	1.81
46147380--46147687	109	2.8	107	80	7	311	27	7	21	42	1.80
46147381--46147697	27	11.7	27	78	9	234	27	7	21	43	1.79
46147692--46147748	26	2.1	27	93	3	98	35	8	17	38	1.81
46152268--46152337	32	2.2	32	94	2	124	41	5	1	51	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46154067--46154141	28	2.7	28	89	4	116	34	12	22	30	1.91
46156560--46156731	27	6.4	27	84	0	191	36	16	19	27	1.93
46156560--46156732	54	3.2	54	84	0	229	35	16	19	28	1.93
46156560--46156731	81	2.1	81	84	6	215	36	16	19	27	1.93
46157370--46157421	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
46157462--46157521	27	2.3	26	82	2	66	21	21	20	36	1.95
46158282--46158404	41	3.0	41	91	0	201	26	29	21	21	1.99
46158643--46159029	27	14.4	27	78	5	196	30	8	20	40	1.81
46158645--46159029	54	7.2	53	75	6	238	30	8	20	41	1.81
46158644--46159037	81	4.9	80	75	7	298	30	8	20	40	1.81
46166172--46166344	39	4.4	39	91	1	247	23	19	28	28	1.98
46166172--46166339	79	2.1	79	88	2	248	24	20	27	27	1.99
46170703--46170740	21	2.0	20	85	15	53	36	7	28	26	1.84
46180098--46180187	34	2.6	34	82	6	110	27	24	22	25	2.00
46180458--46180530	26	2.8	26	91	0	119	23	17	19	39	1.92
46185119--46185158	21	2.0	20	90	5	62	15	27	42	15	1.86
46186290--46186412	47	2.6	47	84	5	169	25	29	19	26	1.99
46190530--46190740	46	4.5	45	76	13	153	24	31	18	25	1.98
46190581--46190740	46	3.4	47	79	10	161	23	31	18	26	1.97
46200534--46200655	46	2.6	47	84	5	147	25	22	14	36	1.93
46219362--46219531	93	1.8	92	91	1	277	30	29	18	21	1.97
46219359--46219547	46	4.1	44	69	16	107	30	29	18	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46226418--46226471	22	2.5	22	79	11	65	40	20	22	16	1.91
46226865--46226978	41	2.8	41	89	0	174	27	29	21	21	1.98
46227215--46227603	27	14.4	27	77	10	278	29	8	20	41	1.81
46227243--46227611	55	6.8	54	78	7	313	29	8	20	41	1.81
46227243--46227550	109	2.8	108	80	6	320	28	8	21	42	1.81
46246632--46246855	104	2.2	104	93	1	378	17	19	31	31	1.95
46246885--46246936	26	2.0	26	92	0	86	15	21	34	28	1.94
46246774--46246924	72	2.1	72	91	2	243	23	16	29	30	1.96
46254749--46254978	116	2.0	115	94	2	408	31	20	10	38	1.85
46256167--46256197	6	5.2	6	96	0	53	19	0	12	67	1.22
46256695--46256731	19	2.1	19	90	10	60	67	0	5	27	1.12
46261424--46261471	24	2.0	24	83	0	60	22	12	18	45	1.83
46264450--46264518	25	2.8	26	75	14	74	36	23	23	17	1.95
46264450--46264526	25	3.1	24	70	15	68	36	22	24	16	1.94
46268289--46268314	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
46269700--46269853	42	3.6	42	87	1	227	30	16	24	28	1.97
46271530--46271701	40	4.3	40	83	5	206	24	21	26	27	1.99
46271530--46271701	80	2.2	79	86	5	231	24	21	26	27	1.99
46279505--46279680	40	4.4	40	83	6	225	23	22	27	26	1.99
46279505--46279680	79	2.2	78	86	7	239	23	22	27	26	1.99
46279907--46279948	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
46283503--46283621	60	2.0	60	98	0	229	41	3	13	42	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46284083--46284179	29	3.4	28	79	12	108	62	1	2	34	1.13
46284087--46284200	27	4.0	27	77	18	99	64	1	2	31	1.18
46284087--46284178	9	9.9	9	71	14	71	64	1	2	32	1.13
46284084--46284206	30	4.3	28	77	11	99	64	1	3	30	1.19
46284572--46284630	27	2.3	25	82	8	73	38	1	0	59	1.08
46284572--46284630	26	2.3	26	80	13	68	38	1	0	59	1.08
46284615--46284654	21	1.9	21	85	10	55	30	7	2	60	1.38
46293115--46293139	9	2.8	9	100	0	50	44	0	20	36	1.52
46299763--46300050	30	9.7	30	74	8	151	22	26	12	38	1.90
46299942--46300013	29	2.4	29	81	2	90	20	27	9	41	1.84
46299773--46300050	149	1.9	149	86	0	403	23	25	13	38	1.91
46301383--46301422	21	2.0	20	85	14	55	20	25	40	15	1.90
46308370--46308498	45	2.9	44	88	8	185	25	24	27	21	1.99
46308387--46308538	41	3.6	41	86	7	146	27	23	28	21	1.99
46309015--46309047	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
46313483--46313614	49	2.7	49	85	1	165	21	28	22	26	1.99
46313674--46313798	46	2.7	46	82	3	144	23	28	19	28	1.98
46320579--46320803	46	4.8	44	76	12	150	25	18	30	24	1.98
46320666--46320800	47	2.8	47	87	6	182	26	18	30	24	1.98
46340082--46340195	43	2.7	41	79	12	124	27	26	21	25	1.99
46343027--46343082	28	2.0	28	82	10	69	19	42	19	17	1.89
46345734--46345902	46	3.7	45	79	12	182	29	28	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46345735--46345905	93	1.8	93	92	0	288	29	28	20	21	1.98
46352707--46352758	20	2.6	20	100	0	104	11	32	36	19	1.87
46353896--46354098	42	4.8	42	82	3	221	25	23	17	33	1.97
46353896--46354098	83	2.4	85	80	3	232	25	23	17	33	1.97
46361005--46361171	43	3.9	43	77	12	155	27	14	25	32	1.94
46363213--46363251	18	2.2	18	100	0	78	56	10	17	15	1.66
46376779--46376870	27	3.4	27	87	0	139	40	17	8	33	1.80
46376865--46377062	27	7.3	27	80	3	184	35	18	18	26	1.94
46376865--46377032	81	2.1	81	83	4	205	35	19	19	25	1.95
46376882--46377062	81	2.2	82	83	1	213	34	19	19	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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