genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.355.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117811836--117811899	23	2.8	22	88	9	92	70	21	3	4	1.20
117812127--117812173	15	3.4	13	78	21	51	14	8	0	76	1.01
117812127--117812173	13	3.4	14	85	8	60	14	8	0	76	1.01
117812213--117812267	15	3.9	14	84	15	69	70	3	0	25	1.03
117813779--117813832	25	2.3	23	84	12	65	40	3	7	48	1.49
117818039--117818090	19	2.7	19	93	3	86	55	5	9	28	1.55
117819017--117819075	31	1.9	31	89	6	93	44	6	5	44	1.52
117822327--117822392	30	2.2	30	83	5	80	39	7	1	51	1.40
117830520--117830570	24	2.1	24	88	0	75	37	1	37	23	1.66
117837666--117837716	24	2.1	24	88	0	75	35	3	37	23	1.74
117842492--117842599	26	4.2	26	91	0	171	32	7	24	36	1.83
117842492--117842599	52	2.1	52	96	0	198	32	7	24	36	1.83
117850506--117850613	26	4.2	26	92	0	180	33	7	23	36	1.83
117851537--117851579	22	2.0	22	100	0	86	16	9	32	41	1.80
117868193--117868319	27	4.7	27	84	5	150	41	22	8	27	1.83
117868193--117868319	54	2.4	54	85	5	168	41	22	8	27	1.83
117868283--117868495	27	7.9	27	82	4	243	36	17	19	26	1.94
117868197--117868494	81	3.7	81	83	6	284	37	18	16	27	1.92
117868275--117868494	80	2.7	80	86	4	298	37	17	18	26	1.93
117868278--117868478	107	1.9	107	86	2	287	36	19	17	25	1.94
117869010--117869091	6	13.3	6	72	19	62	19	18	14	47	1.82
117869010--117869082	31	2.4	31	90	0	110	19	19	13	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117870182--117870841	88	7.5	88	89	0	950	33	21	23	22	1.97
117870507--117870826	44	7.3	44	62	14	113	34	21	21	22	1.97
117870194--117870929	264	2.8	264	87	2	1027	33	20	23	22	1.97
117870182--117870930	88	8.6	88	87	1	923	33	20	23	22	1.97
117878572--117879047	131	3.6	130	79	6	485	27	19	17	35	1.94
117880632--117880667	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
117880619--117880659	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
117880806--117880917	38	2.8	39	72	5	100	31	26	19	22	1.98
117882510--117882562	5	10.0	5	80	11	52	54	3	0	41	1.18
117882509--117882564	12	4.5	12	81	16	69	53	3	0	42	1.18
117885877--117886060	46	4.0	46	94	0	305	39	14	23	22	1.91
117885882--117886113	46	5.0	46	89	2	257	40	14	23	21	1.90
117898440--117898492	26	2.0	26	82	7	63	24	15	20	39	1.91
117907548--117907617	31	2.3	30	85	2	95	60	0	1	38	1.06
117915924--117915955	15	2.1	15	94	0	55	78	6	0	15	0.95
117933352--117933443	45	2.3	38	75	24	114	26	19	27	27	1.99
117932862--117934179	132	10.0	133	91	2	1278	27	17	26	28	1.98
117933023--117933724	309	2.3	309	92	1	1167	26	18	26	28	1.98
117933340--117934183	263	3.2	264	89	1	1291	27	17	25	28	1.97
117933368--117934183	395	2.1	396	91	0	1312	27	17	25	29	1.98
117934229--117934473	134	1.8	134	90	0	400	27	21	22	28	1.99
117934599--117934750	40	3.8	40	81	6	198	30	22	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117934597--117934766	82	2.1	83	89	1	270	33	22	18	25	1.97
117934598--117934766	40	4.1	42	76	10	152	33	22	18	25	1.97
117936148--117936196	23	2.2	22	86	10	73	18	0	0	81	0.69
117936150--117936193	20	2.3	19	96	4	79	20	0	0	79	0.73
117936376--117936409	3	11.0	3	93	6	59	32	0	2	64	1.08
117937878--117938097	37	6.0	37	94	1	372	24	21	16	37	1.93
117938061--117938426	52	7.2	52	84	7	459	28	22	13	34	1.93
117938061--117938419	98	3.6	98	90	2	511	28	22	13	34	1.93
117938068--117938426	150	2.4	152	88	9	572	28	22	14	34	1.93
117941595--117941858	130	2.0	131	87	3	381	27	17	18	37	1.93
117950361--117950410	26	1.9	26	100	0	100	60	0	8	32	1.26
117957852--117957896	22	2.0	24	83	16	60	42	4	2	51	1.34
117960904--117960931	13	2.2	13	100	0	56	39	0	14	46	1.44
117967692--117967773	19	4.1	19	78	13	69	37	6	0	56	1.24
117967849--117967915	30	2.3	29	84	2	80	37	2	2	56	1.30
117967849--117967932	29	2.9	28	82	7	80	38	2	2	57	1.25
117967916--117967964	19	2.5	19	78	15	55	32	6	2	59	1.34
117968979--117969024	17	2.6	17	79	3	56	45	0	2	52	1.13
117969247--117969318	35	2.1	35	97	0	135	33	11	12	43	1.78
117971384--117971551	86	1.9	87	92	3	286	35	13	14	36	1.85
117973596--117973645	21	2.4	21	83	9	66	56	2	4	38	1.30
117974444--117974503	24	2.5	23	83	5	75	36	1	0	61	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117979498--117979544	19	2.4	21	82	13	64	51	4	0	44	1.21
117980014--117980068	17	3.2	17	68	31	53	36	14	14	34	1.87
117979998--117980068	35	2.0	36	91	8	119	39	14	15	30	1.87
117980530--117980576	24	1.9	25	91	4	78	40	23	21	14	1.90
117982591--117982644	15	3.3	15	74	18	54	44	0	0	55	0.99
117982676--117982712	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
117988950--117988976	13	2.1	13	100	0	54	48	29	0	22	1.51
117989836--117989881	15	2.9	16	81	12	60	45	0	0	54	0.99
117989776--117989986	107	2.0	108	95	0	379	43	1	4	50	1.32
117989934--117989975	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
117990110--117990219	45	2.6	43	79	13	122	32	28	5	33	1.80
117990200--117990248	16	3.1	16	90	0	80	34	38	0	26	1.57
118000973--118001046	29	2.6	29	86	6	105	52	0	0	47	1.00
118001011--118001052	22	2.0	22	86	9	61	54	0	0	45	0.99
118001516--118001549	8	4.1	8	85	7	50	67	5	0	26	1.13
118004552--118004591	20	2.0	20	85	9	55	20	7	5	67	1.34
118004731--118004791	26	2.3	27	78	13	65	22	1	1	73	1.01
118006504--118006637	66	2.0	67	86	4	191	31	28	16	23	1.96
118006706--118006849	58	2.5	58	83	0	171	23	22	20	33	1.97
118009295--118009357	20	3.2	19	82	10	65	58	3	1	36	1.23
118009307--118009365	19	3.1	18	81	13	64	61	3	1	33	1.23
118009303--118009394	28	3.3	28	76	13	73	58	3	3	34	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118009307--118009386	20	4.1	20	77	7	65	62	2	3	31	1.26
118018224--118018292	34	2.0	34	100	0	138	42	2	28	26	1.70
118022288--118022379	39	2.4	39	80	14	102	66	6	1	26	1.23
118025939--118025973	18	1.9	18	100	0	70	2	0	34	62	1.10
118026620--118026785	90	1.8	90	84	6	228	34	19	19	25	1.96
118026713--118027913	74	15.2	75	68	15	256	33	18	15	31	1.93
118026707--118028386	75	21.2	76	70	15	555	33	19	16	31	1.93
118026621--118028319	164	10.6	160	77	13	1171	34	19	16	30	1.93
118026707--118028386	239	7.1	236	83	10	1668	33	19	16	31	1.93
118027112--118027354	74	3.3	74	85	2	335	34	17	16	32	1.92
118027349--118027501	73	2.1	73	89	6	238	32	19	17	30	1.95
118027186--118028386	158	7.6	159	76	16	828	33	19	16	30	1.93
118027507--118027893	77	5.0	73	81	10	371	32	20	15	31	1.94
118026947--118028375	558	2.6	557	92	2	2357	33	19	16	31	1.93
118027907--118028054	73	2.0	73	89	5	228	30	20	17	31	1.96
118027741--118028379	160	4.0	161	86	6	812	33	19	16	31	1.93
118027991--118028151	87	1.9	86	87	5	236	33	20	16	29	1.95
118042231--118042268	18	2.2	18	86	9	53	68	0	7	23	1.16
118045176--118045229	18	3.3	18	66	28	57	24	48	3	24	1.67
118045160--118045354	60	3.2	60	89	2	277	26	46	3	23	1.68
118045160--118045354	30	6.5	30	87	1	250	26	46	3	23	1.68
118045838--118045961	11	10.8	11	67	21	51	37	4	3	54	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118045871--118045959	23	3.8	24	80	7	92	37	5	4	52	1.45
118045838--118046033	25	8.0	25	71	11	109	35	5	4	54	1.44
118046188--118046222	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
118055179--118055216	17	2.3	16	86	8	58	84	0	15	0	0.63
118056161--118056318	73	2.1	74	83	2	210	29	17	20	32	1.96
118056307--118056353	13	3.5	13	85	5	58	17	10	4	68	1.35
118056251--118056517	100	2.7	100	87	2	360	26	17	18	37	1.93
118056538--118056837	147	2.0	149	84	7	394	29	17	21	32	1.96
118056538--118056796	76	3.5	73	84	9	321	31	15	21	31	1.94
118056951--118057085	71	1.9	71	92	0	225	34	16	17	31	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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