genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24570773--24570851	29	2.7	29	84	5	97	26	32	15	25	1.95
24570833--24570935	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
24572790--24572868	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
24572987--24573413	47	9.1	47	94	0	710	27	29	9	32	1.89
24576316--24576496	40	4.5	40	80	6	190	24	27	22	25	2.00
24576802--24576880	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
24576862--24576964	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
24578817--24578895	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
24579014--24579389	47	8.0	47	95	0	653	28	30	9	31	1.88
24582293--24582475	40	4.6	40	80	6	194	24	26	22	26	2.00
24582781--24582859	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
24582841--24582980	43	3.4	43	88	11	238	26	35	15	22	1.94
24582848--24582967	38	3.0	39	90	9	190	27	35	13	24	1.93
24584834--24584912	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
24585031--24585363	47	7.1	47	93	0	540	27	30	9	31	1.89
24585247--24585322	22	3.3	22	64	10	62	27	30	11	30	1.92
24598798--24598840	22	1.9	23	85	4	61	55	13	0	30	1.39
24608337--24608397	22	2.9	22	85	4	81	36	18	26	19	1.94
24608342--24608407	20	3.2	20	82	4	78	36	18	24	21	1.95
24623087--24623211	44	2.9	42	83	5	151	28	25	14	31	1.95
24645201--24645338	48	2.9	48	82	2	161	26	28	18	27	1.98
24647486--24647745	46	5.6	48	75	11	170	24	28	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24647621--24647741	47	2.6	46	82	7	145	27	25	18	28	1.98
24651037--24651185	70	2.2	70	97	2	284	38	16	13	30	1.87
24657282--24657339	27	2.2	27	81	9	66	24	24	22	29	1.99
24657294--24657371	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
24657389--24657670	27	10.4	27	76	3	156	30	9	20	40	1.84
24657502--24657694	54	3.6	53	77	4	181	29	8	21	40	1.83
24657631--24657694	27	2.4	27	79	10	85	29	6	23	40	1.79
24657674--24657748	27	2.8	27	91	0	123	41	9	20	29	1.83
24661235--24661294	29	2.1	29	90	0	93	36	30	10	23	1.87
24669854--24670067	86	2.5	86	81	7	256	35	24	13	27	1.92
24669854--24670066	43	5.0	43	77	11	204	35	24	13	27	1.92
24674507--24674546	16	2.5	16	87	0	62	32	12	5	50	1.62
24680904--24681032	40	3.2	40	86	2	179	24	18	27	29	1.98
24688609--24688639	15	2.1	15	93	0	53	41	12	19	25	1.87
24694228--24694450	40	5.6	40	92	0	356	27	21	29	22	1.99
24694228--24694477	120	2.1	120	88	2	369	26	20	28	24	1.99
24700953--24701175	40	5.6	40	92	0	365	27	21	29	21	1.99
24700953--24701202	120	2.1	120	89	2	378	26	20	28	23	1.99
24707653--24707776	59	2.1	58	89	2	187	48	13	11	26	1.76
24712702--24712806	43	2.4	43	88	0	156	32	14	20	33	1.92
24720147--24720181	17	2.1	17	100	0	70	42	11	17	28	1.83
24730779--24730828	21	2.5	20	70	23	50	52	2	4	42	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24730923--24730973	14	3.5	14	77	15	50	49	0	1	49	1.12
24731554--24731698	74	2.0	74	95	0	263	30	12	7	49	1.68
24732806--24732843	15	2.6	15	87	4	51	34	2	5	57	1.35
24733389--24733426	18	2.1	19	85	5	51	44	10	18	26	1.82
24741619--24741808	94	2.0	93	81	5	222	48	1	8	41	1.44
24741722--24741762	15	2.6	17	77	18	52	53	2	0	43	1.13
24741638--24741808	93	1.9	91	83	3	218	46	1	9	42	1.45
24749546--24749787	49	4.9	49	77	6	229	28	26	18	26	1.98
24752203--24752350	56	2.6	57	75	11	142	30	20	18	29	1.97
24752889--24752934	21	2.2	20	84	3	56	36	13	2	47	1.54
24754255--24754317	28	2.2	28	94	0	117	33	20	9	36	1.85
24754267--24754314	16	3.2	16	66	22	50	35	20	6	37	1.78
24756334--24756513	48	3.9	47	78	8	197	28	20	22	28	1.99
24786851--24787006	66	2.4	65	78	1	159	26	27	22	23	2.00
24788484--24788813	48	6.9	48	80	3	290	23	28	20	27	1.99
24788481--24788813	144	2.3	143	83	5	404	23	28	20	27	1.99
24788485--24788811	96	3.4	96	81	6	367	23	28	19	27	1.99
24794062--24794208	56	2.6	56	76	8	145	31	20	17	30	1.96
24794751--24794795	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
24798103--24798224	46	2.6	47	86	5	156	27	22	13	36	1.92
24798438--24798473	15	2.4	15	100	0	72	25	22	5	47	1.73
24805832--24806081	40	6.3	41	85	5	284	24	22	27	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24808647--24808824	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
24808648--24808803	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
24808644--24808824	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
24816720--24816897	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
24816721--24816876	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
24816717--24816897	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
24821603--24821640	13	2.9	13	88	0	58	39	0	7	52	1.31
24823891--24823947	5	10.6	5	77	19	53	15	5	1	77	1.03
24823892--24823923	14	2.2	15	94	5	57	18	3	0	78	0.89
24823886--24823947	12	5.6	12	79	14	55	16	6	1	75	1.08
24826857--24826889	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
24832157--24832367	40	5.3	40	88	4	230	23	20	27	28	1.99
24833917--24834011	34	2.8	33	82	1	109	25	21	26	27	1.99
24835913--24836473	27	20.8	27	86	0	719	29	21	8	40	1.83
24836476--24836769	27	10.9	27	82	4	326	34	18	21	25	1.96
24836969--24837051	27	3.1	26	84	5	94	18	22	21	37	1.94
24837520--24837646	6	20.8	6	71	18	93	20	18	12	48	1.80
24837520--24837611	25	3.7	25	94	4	152	20	19	13	46	1.83
24840399--24840459	31	2.0	31	96	0	113	37	16	26	19	1.93
24849541--24849597	26	2.2	26	80	3	60	28	19	19	33	1.96
24862519--24862706	49	3.8	49	85	2	259	26	18	25	29	1.98
24862514--24862706	100	1.9	100	95	0	350	26	19	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24870034--24870259	40	5.7	40	92	1	346	29	26	20	23	1.99
24869998--24870255	80	3.2	79	87	3	333	28	26	21	22	1.99
24877590--24877794	27	7.6	27	89	5	288	27	14	27	30	1.95
24877590--24877794	55	3.8	55	92	1	324	27	14	27	30	1.95
24881628--24881933	40	7.7	40	94	1	490	30	27	19	22	1.98
24883897--24884027	44	3.0	42	76	10	115	26	20	25	26	1.99
24920554--24920678	47	2.7	48	83	6	150	24	30	17	28	1.97
24920679--24920837	46	3.4	47	79	6	146	22	27	20	28	1.99
24920708--24920835	47	2.7	46	80	13	145	22	28	21	28	1.99
24924522--24924587	19	3.5	19	77	8	71	33	19	24	22	1.97
24925081--24925383	136	2.2	138	86	3	407	30	18	8	42	1.80
24927588--24927809	40	5.6	40	90	1	349	27	25	22	24	2.00
24929077--24929101	11	2.3	11	100	0	50	88	0	12	0	0.53
24930408--24930625	40	5.5	40	91	0	330	24	23	27	25	2.00
24932586--24933084	248	2.0	248	79	6	539	32	12	21	33	1.90
24934433--24934654	40	5.6	40	84	6	258	26	21	27	25	1.99
24934506--24934689	80	2.3	80	82	5	205	27	21	26	25	1.99
24942414--24942675	40	6.6	40	87	5	338	25	20	27	25	1.99
24942466--24942710	120	2.1	118	84	4	314	26	20	27	25	1.99
24948624--24948826	40	5.1	40	84	3	259	23	23	28	25	2.00
24956751--24956931	40	4.6	40	87	5	262	28	25	22	23	1.99
24959189--24959228	21	1.9	21	84	0	53	30	2	2	65	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24961552--24961711	45	3.6	45	83	1	169	41	16	20	22	1.90
24961542--24961756	45	4.8	45	81	5	164	40	15	21	21	1.91
24969447--24969517	24	3.0	24	87	0	106	35	1	35	28	1.66
24970197--24970242	23	2.0	23	100	0	92	26	0	26	47	1.52
24970959--24971069	27	4.1	26	82	9	123	17	22	21	38	1.93
24970959--24971069	55	2.0	54	84	5	143	17	22	21	38	1.93
25006493--25006816	27	12.0	28	76	12	205	31	8	19	40	1.81
25006557--25006792	54	4.4	54	81	4	253	29	7	20	42	1.79
25006493--25006808	81	3.9	81	76	6	273	31	8	19	40	1.81
25006808--25006846	20	2.0	20	100	0	78	33	30	5	30	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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