genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   

This is table  49  of  373  ( 44737 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14335937--14336114	38	4.6	38	87	8	209	23	23	25	28	2.00
14335937--14336114	76	2.3	77	87	5	252	23	23	25	28	2.00
14347794--14347849	21	2.7	21	85	0	76	35	10	21	32	1.88
14347799--14347863	11	6.1	11	75	5	62	36	13	16	32	1.89
14347801--14347861	32	1.9	31	83	3	77	36	11	18	34	1.86
14350121--14350190	29	2.4	29	82	0	77	25	10	25	38	1.87
14350147--14350204	29	1.9	29	86	6	80	25	8	27	37	1.85
14350223--14350346	55	2.3	55	88	1	178	23	13	26	36	1.92
14355477--14355782	133	2.3	133	94	2	542	39	12	4	44	1.62
14359745--14359898	83	1.9	83	94	0	272	36	11	24	28	1.89
14360021--14360321	134	2.2	132	93	4	521	38	12	4	44	1.63
14364646--14364766	58	2.1	59	90	1	190	23	20	23	31	1.98
14364805--14364851	24	2.0	24	86	0	67	19	34	31	14	1.92
14365427--14365462	5	7.2	5	93	0	63	22	22	38	16	1.93
14365427--14365472	15	3.1	15	90	0	65	21	23	39	15	1.92
14378634--14378755	58	2.1	59	85	1	174	32	22	19	24	1.97
14379433--14380761	43	31.4	43	84	4	1585	16	32	32	18	1.93
14379433--14380761	85	15.7	86	83	4	1585	16	32	32	18	1.93
14380643--14380806	85	1.9	85	81	2	195	16	25	36	21	1.94
14379474--14380815	128	10.6	128	82	6	385	16	32	32	18	1.93
14391831--14392003	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
14391828--14391998	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14394426--14394575	27	5.5	27	80	6	144	28	28	16	26	1.97
14402439--14402588	27	5.5	27	80	6	144	28	28	16	26	1.97
14415325--14415372	11	4.3	11	82	12	53	2	87	6	4	0.73
14415322--14415372	19	2.7	20	81	9	61	1	84	7	5	0.85
14418217--14418248	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
14423336--14423367	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
14425053--14426372	85	15.5	85	84	4	998	17	33	32	15	1.92
14425174--14426414	467	2.7	466	88	3	1725	17	33	33	15	1.92
14425204--14426376	509	2.3	509	90	2	1845	17	32	33	16	1.92
14425112--14426372	43	29.7	43	85	4	1517	17	33	33	16	1.92
14427127--14427237	58	1.9	58	90	0	177	26	18	22	33	1.96
14427282--14427335	24	2.2	24	80	0	63	18	27	38	14	1.90
14428289--14428354	21	3.0	22	86	4	80	30	4	30	34	1.78
14432260--14432307	17	2.8	17	80	0	60	8	10	4	77	1.12
14441393--14441942	42	13.4	43	86	7	681	16	34	33	15	1.91
14442696--14442816	58	2.1	59	90	1	190	23	17	24	33	1.96
14454435--14454552	46	2.6	46	80	1	139	23	22	22	30	1.99
14454650--14455564	132	6.9	132	89	0	1323	29	24	17	28	1.97
14469399--14469449	13	3.9	13	84	0	57	27	33	29	9	1.89
14469517--14471826	43	54.4	43	81	3	2260	18	31	32	17	1.94
14470500--14470568	24	3.1	24	66	23	69	17	30	34	17	1.93
14469638--14471723	594	3.5	595	82	4	2340	17	31	32	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14471728--14471843	42	2.8	42	93	5	207	24	37	24	14	1.93
14471873--14472048	43	4.1	43	85	5	137	19	34	27	18	1.96
14471933--14472063	43	3.1	43	88	1	192	19	35	25	19	1.95
14471894--14472063	86	2.0	86	83	3	218	20	34	27	18	1.95
14472313--14472378	23	2.9	23	90	0	105	15	40	33	10	1.81
14472809--14472929	58	2.1	59	84	1	154	25	19	22	33	1.97
14475867--14476186	46	7.0	46	92	0	489	38	14	24	23	1.92
14477132--14477157	5	5.2	5	100	0	52	23	19	38	19	1.93
14476941--14477278	187	1.8	187	91	0	559	25	28	27	18	1.98
14479930--14479996	35	1.9	35	90	0	107	38	10	25	25	1.87
14485297--14485325	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
14493944--14493992	22	2.3	21	82	3	62	61	2	0	36	1.08
14494585--14494634	21	2.4	22	86	6	68	36	14	2	48	1.55
14495217--14495329	60	1.9	60	88	0	172	47	7	1	43	1.41
14506167--14506191	13	1.9	13	100	0	50	16	28	32	24	1.96
14507492--14507585	36	2.5	35	73	20	84	32	4	3	59	1.33
14510209--14510313	54	1.9	54	100	0	210	31	13	24	30	1.93
14511508--14511537	14	2.1	14	93	0	51	36	6	10	46	1.64
14519637--14519961	44	7.4	44	72	11	227	28	16	25	28	1.97
14519637--14519951	132	2.4	132	91	1	497	29	16	26	27	1.97
14519892--14519984	44	2.1	44	92	4	152	31	13	27	26	1.94
14532095--14532270	40	4.4	39	87	5	183	25	19	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14532048--14532272	80	2.8	79	81	3	227	24	20	28	26	1.99
14532123--14532305	79	2.3	80	81	1	217	25	20	27	26	1.99
14536625--14536660	15	2.3	15	90	4	54	22	8	8	61	1.51
14537391--14537419	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
14538842--14538999	43	3.7	44	81	5	189	27	15	25	31	1.95
14543454--14543485	14	2.3	14	100	0	64	53	15	6	25	1.65
14551644--14551689	19	2.5	19	80	20	53	19	32	0	47	1.50
14565509--14565794	64	4.4	64	78	7	238	24	28	14	31	1.95
14566287--14566347	30	2.0	30	83	0	77	31	22	4	40	1.75
14572058--14572107	3	16.7	3	100	0	100	0	34	0	66	0.92
14574121--14574145	13	1.9	13	100	0	50	12	32	40	16	1.84
14580313--14580364	27	2.0	26	85	11	70	23	5	3	67	1.29
14585614--14585653	21	1.9	21	94	0	71	52	10	22	15	1.71
14590955--14591022	25	2.7	25	97	0	127	42	16	2	38	1.63
14591331--14591397	34	1.9	34	82	8	82	47	7	2	41	1.47
14616434--14616708	48	5.7	48	78	2	266	26	20	29	22	1.98
14616436--14616711	96	2.9	96	84	2	358	27	19	29	23	1.98
14616436--14616708	144	1.9	144	81	4	327	27	19	30	23	1.98
14616952--14616988	18	2.0	20	84	10	51	35	8	18	37	1.81
14617347--14617407	30	2.0	32	84	12	83	11	3	32	52	1.54
14618071--14618114	22	2.0	22	100	0	88	40	22	0	36	1.54
14618634--14618701	34	2.0	34	100	0	136	32	11	11	44	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14619132--14619300	43	4.0	43	77	6	173	34	24	12	27	1.92
14619139--14619296	86	1.8	86	82	2	201	34	24	12	28	1.92
14622172--14622316	40	3.6	40	87	0	200	20	29	15	34	1.93
14624361--14624524	43	3.9	41	77	9	150	31	31	12	24	1.93
14624363--14624523	86	1.9	86	82	0	205	31	31	12	24	1.92
14625923--14625976	21	2.5	22	84	3	65	18	37	31	12	1.89
14627400--14627644	49	4.9	49	79	3	265	28	25	20	25	1.99
14627417--14627644	100	2.3	98	81	3	276	29	26	19	24	1.99
14634061--14634261	47	4.3	47	94	0	357	28	29	7	33	1.86
14637501--14637584	43	2.0	43	90	0	132	33	28	22	15	1.95
14637577--14637812	40	5.9	40	88	1	339	27	28	21	22	1.99
14637572--14637770	80	2.5	80	98	0	380	27	28	21	22	1.99
14639666--14639867	47	4.3	47	91	1	341	29	29	7	33	1.86
14639666--14639867	95	2.1	94	93	0	341	29	29	7	33	1.86
14644807--14644969	9	18.6	9	71	14	83	33	1	17	47	1.55
14644733--14645011	97	3.0	88	71	19	249	32	2	15	49	1.59
14644806--14644899	34	2.7	35	86	6	127	35	1	15	47	1.53
14644851--14644969	63	1.9	61	89	3	184	33	0	16	48	1.52
14644992--14645058	35	1.9	35	93	0	116	35	7	11	44	1.70
14645046--14645097	26	2.0	26	100	0	104	34	7	3	53	1.48
14645085--14645111	13	2.1	13	100	0	54	37	11	0	51	1.37
14646021--14646218	71	2.7	74	77	7	210	45	13	5	35	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14646002--14646245	72	3.4	72	72	10	201	45	12	6	35	1.67
14646874--14646919	22	2.1	22	100	0	92	50	8	23	17	1.74
14649501--14649652	76	2.0	76	100	0	304	47	17	13	22	1.81
14650167--14650210	22	2.0	22	82	8	54	59	11	2	27	1.44
14660141--14660190	20	2.4	21	86	6	75	30	28	26	16	1.96
14668189--14668560	200	1.9	200	81	3	453	36	16	20	26	1.93
14668175--14668563	100	3.9	100	71	5	311	36	16	20	26	1.94
14668530--14668591	27	2.3	27	88	0	88	35	22	25	16	1.94
14672755--14672828	28	2.6	28	86	0	103	16	22	16	44	1.86
14674114--14674155	21	2.0	21	95	0	75	38	4	11	45	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373