Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   

This is table  328  of  373  ( 44737 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
110234625--110234675
26
2.0
26
84
0
66
19
29
19
31
1.97
110239738--110239835
49
2.0
51
83
4
128
27
39
17
15
1.89
110248993--110249034
18
2.3
18
95
0
75
50
0
2
47
1.14
110261897--110262047
40
3.8
40
82
8
177
28
19
23
28
1.98
110262476--110262540
22
2.9
22
86
2
85
24
3
47
24
1.66
110262610--110262658
14
3.4
14
76
15
55
22
0
38
38
1.54
110262606--110262726
29
4.2
28
71
15
88
22
0
38
38
1.54
110262618--110262727
42
2.6
43
80
9
102
22
0
39
38
1.55
110263141--110263184
18
2.4
18
85
7
54
22
40
0
36
1.54
110266972--110267029
19
2.9
21
69
10
57
37
24
20
17
1.93
110266970--110267032
21
3.1
21
70
9
67
38
22
20
19
1.94
110267402--110267459
15
3.8
15
88
2
89
51
12
0
36
1.39
110268736--110268780
5
9.0
5
100
0
90
60
0
0
40
0.97
110269881--110269914
15
2.3
15
94
0
59
14
11
20
52
1.73
110273908--110274155
90
2.8
89
79
6
250
28
14
21
35
1.93
110275900--110275958
10
5.9
10
76
7
66
20
10
3
66
1.36
110277648--110277866
40
5.5
39
91
2
278
24
27
23
24
2.00
110283427--110283480
3
18.3
3
78
17
60
62
0
3
33
1.12
110283691--110283740
3
17.3
3
79
8
59
60
0
6
34
1.21
110283682--110283719
15
2.6
16
91
8
55
60
0
5
34
1.19
110284083--110284145
17
3.5
17
72
10
54
57
6
6
30
1.49
110284273--110284315
22
2.0
22
86
9
61
51
11
0
37
1.39
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
110284459--110284494
15
2.4
14
86
13
54
55
2
2
38
1.29
110285190--110285242
21
2.7
21
85
11
76
75
0
7
16
1.02
110285197--110285243
23
2.0
23
91
4
76
74
0
6
19
1.03
110285518--110285544
6
4.5
6
100
0
54
0
14
0
85
0.61
110286983--110287124
41
3.5
41
69
8
110
28
19
23
28
1.98
110286956--110287137
82
2.2
82
80
3
197
31
19
24
25
1.98
110287673--110287725
21
2.5
21
81
0
70
15
0
30
54
1.41
110287713--110287791
14
5.6
14
68
5
52
22
1
30
45
1.60
110287639--110287791
28
5.4
28
66
13
80
21
0
26
50
1.53
110287745--110287810
28
2.3
29
80
12
75
22
0
24
53
1.47
110288287--110288375
40
2.2
40
89
0
133
35
20
21
22
1.96
110291945--110292014
24
2.6
27
71
17
74
11
15
18
54
1.71
110293659--110293752
9
10.3
9
77
10
93
45
20
1
32
1.58
110293659--110293752
26
3.4
27
84
8
111
45
20
1
32
1.58
110298816--110298844
14
2.1
14
93
6
51
34
0
10
55
1.34
110299619--110299840
43
5.2
42
73
12
159
27
15
24
31
1.96
110301165--110301206
7
5.7
7
91
8
66
71
0
2
26
0.98
110304650--110305005
140
2.5
140
90
0
543
27
21
21
30
1.98
110304915--110305118
109
1.9
109
83
0
264
26
19
20
33
1.96
110304775--110305242
249
1.9
249
84
0
632
26
19
21
31
1.97
110308134--110308360
40
5.7
40
89
0
337
17
21
29
32
1.96
110312257--110312317
30
2.0
30
96
0
113
26
4
24
44
1.74
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
110319604--110319643
21
1.9
21
90
10
64
15
0
32
52
1.43
110320432--110320489
9
6.4
9
81
0
62
55
6
34
3
1.44
110320432--110320489
6
9.7
6
88
0
62
55
6
34
3
1.44
110320441--110320489
18
2.7
18
90
0
71
55
8
34
2
1.41
110320432--110320489
24
2.4
24
94
0
98
55
6
34
3
1.44
110322918--110323102
35
5.2
35
72
10
99
24
14
16
44
1.84
110322964--110323106
36
4.0
36
77
7
139
25
13
16
43
1.86
110322968--110323127
36
4.4
37
76
9
125
25
15
15
43
1.85
110322968--110323166
72
2.8
72
78
3
195
25
15
16
42
1.87
110326639--110326677
19
2.0
20
85
5
53
23
0
10
66
1.22
110327029--110327102
11
7.2
11
72
14
52
29
1
2
66
1.14
110327028--110327139
49
2.3
48
83
7
136
32
0
1
65
1.09
110327029--110327174
9
15.4
9
71
18
77
31
1
1
65
1.09
110327029--110327176
20
7.2
20
72
16
90
31
1
1
66
1.09
110327028--110327176
28
5.6
27
69
20
100
31
1
1
65
1.09
110329334--110329362
11
2.6
11
100
0
58
31
20
10
37
1.86
110329290--110329451
52
3.2
52
70
16
176
38
19
9
32
1.84
110329787--110329831
23
2.0
23
86
8
65
48
4
4
42
1.43
110333634--110333664
14
2.2
14
100
0
62
41
0
22
35
1.54
110336591--110336647
27
2.1
27
93
0
96
54
7
24
14
1.64
110339226--110339294
31
2.3
31
82
9
90
43
20
10
26
1.83
110344358--110344739
189
2.0
189
92
2
633
23
27
18
30
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
110346868--110346913
22
2.0
22
83
12
56
50
4
6
39
1.48
110357658--110357727
3
23.7
3
73
13
56
35
0
5
58
1.22
110358222--110358263
12
3.6
12
81
12
52
73
0
26
0
0.83
110358975--110359042
21
3.3
21
70
15
70
32
7
20
39
1.80
110358936--110359042
40
2.7
40
86
1
144
32
7
20
39
1.81
110362654--110362760
45
2.4
44
82
6
126
24
16
15
42
1.87
110368773--110368844
3
24.7
3
72
16
53
36
0
5
58
1.22
110368765--110368844
16
5.3
15
74
15
51
37
0
5
57
1.21
110369331--110369373
12
3.6
12
81
9
52
74
0
25
0
0.82
110369335--110369368
17
1.9
18
94
5
61
70
0
29
0
0.87
110370361--110370473
45
2.5
45
88
2
156
23
18
17
40
1.91
110370346--110370465
45
2.4
49
73
18
115
21
19
18
40
1.91
110384874--110384954
36
2.2
36
86
2
108
40
25
9
23
1.85
110388456--110388534
29
2.7
29
82
4
86
24
15
8
51
1.71
110391547--110391645
25
4.0
24
74
7
65
15
24
21
39
1.91
110404317--110404417
52
1.9
52
95
0
184
25
24
20
28
1.99
110410795--110410876
42
2.0
42
100
0
164
24
29
10
35
1.90
110411135--110411203
9
7.7
9
88
0
93
50
20
4
24
1.66
110411135--110411203
36
1.9
36
93
0
120
50
20
4
24
1.66
110411224--110411262
6
6.2
6
85
11
51
17
0
5
76
0.96
110413751--110413837
42
2.1
42
100
0
174
36
17
9
36
1.82
110421845--110421877
3
11.0
3
100
0
66
33
0
0
66
0.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
110425834--110425875
22
2.0
21
90
4
66
40
2
0
57
1.12
110426742--110426792
18
2.7
20
76
11
54
29
0
3
66
1.09
110427179--110427234
27
2.1
27
86
0
76
33
1
3
60
1.24
110428797--110428855
31
1.9
31
85
0
82
45
15
10
28
1.78
110431353--110431411
29
2.0
29
100
0
118
45
23
6
23
1.76
110431616--110431666
22
2.4
22
87
9
70
45
0
0
54
0.99
110434375--110434416
22
1.9
22
90
9
68
14
14
30
40
1.85
110439577--110439667
36
2.5
36
76
5
85
18
14
30
36
1.91
110445179--110445250
24
3.0
24
95
0
135
44
8
18
29
1.78
110448562--110448633
20
3.5
20
78
10
81
27
0
22
50
1.50
110450425--110450456
12
2.6
13
90
9
50
50
21
6
21
1.71
110460870--110460905
16
2.2
17
95
5
65
66
0
0
33
0.92
110460945--110460997
8
6.4
8
81
14
54
58
0
1
39
1.09
110460944--110461019
33
2.3
33
82
8
93
60
0
2
36
1.11
110461040--110461103
31
2.0
32
84
3
85
31
14
15
39
1.87
110463075--110463114
21
1.9
21
89
0
62
40
7
2
50
1.44
110466056--110466108
27
2.0
26
85
3
70
66
5
7
20
1.38
110468896--110468937
17
2.5
16
82
17
50
71
7
2
19
1.20
110474098--110474256
49
3.3
49
89
0
221
25
25
6
42
1.80
110479614--110479690
22
3.4
23
82
13
90
61
5
1
32
1.26
110479617--110479709
3
31.3
3
78
10
102
62
5
1
31
1.25
110481557--110481729
56
3.1
55
93
2
294
36
17
15
30
1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
110481557--110481743
55
3.4
55
88
5
288
37
16
16
29
1.90
110481667--110481989
168
1.9
170
87
3
479
37
16
16
29
1.91
110481690--110482159
89
5.4
86
75
10
402
35
17
17
29
1.93
110481946--110482184
89
2.7
87
78
5
219
35
18
17
28
1.94
110484506--110484544
9
4.1
9
84
12
51
0
2
7
89
0.56
110484512--110484539
11
2.5
11
100
0
56
0
0
7
92
0.37
110484506--110484544
20
2.0
20
94
0
69
0
2
7
89
0.56
110486567--110486753
93
2.0
93
98
0
365
16
25
12
45
1.82
110489024--110489067
21
2.0
22
82
4
54
63
4
0
31
1.14
110489382--110489455
3
25.3
3
73
10
64
63
5
1
29
1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373