genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22705092--22705193	42	2.4	43	81	3	107	28	16	22	32	1.96
22705068--22705212	43	3.4	43	70	13	111	24	17	24	33	1.96
22707466--22707575	31	3.5	31	92	0	184	29	26	17	27	1.97
22707780--22707861	24	3.4	24	88	5	103	25	23	21	29	1.99
22708668--22708732	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
22708668--22708772	27	3.9	26	73	12	77	22	20	19	38	1.94
22708763--22708948	27	6.8	27	78	7	153	31	9	19	39	1.84
22708790--22708964	54	3.2	55	80	6	169	30	8	20	40	1.82
22708783--22709005	27	8.2	27	77	5	144	31	9	18	39	1.84
22708850--22709005	81	1.9	81	84	2	206	28	8	19	42	1.82
22709004--22709133	54	2.4	54	92	5	210	40	5	23	30	1.77
22709004--22709147	27	5.3	27	83	6	184	39	6	24	29	1.81
22709004--22709166	81	2.0	81	86	0	227	38	7	23	30	1.82
22738838--22738877	20	2.0	20	90	0	62	30	15	20	35	1.93
22740930--22741017	27	3.3	27	83	3	106	38	19	23	18	1.93
22741120--22741183	26	2.4	27	89	2	94	28	10	23	37	1.89
22742889--22742917	15	1.9	15	100	0	58	72	0	0	27	0.85
22744890--22744957	28	2.5	28	87	2	93	38	20	23	17	1.93
22746155--22746209	25	2.3	22	76	14	56	63	0	34	1	1.05
22749085--22749129	19	2.3	20	81	7	58	40	11	17	31	1.85
22757720--22757858	60	2.3	59	84	8	165	26	26	20	26	1.99
22757851--22757906	19	2.9	19	81	2	58	32	23	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22760605--22760782	27	6.6	27	82	3	178	30	28	14	26	1.95
22760626--22760781	82	1.9	81	86	3	224	30	28	14	26	1.95
22768545--22768722	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
22768566--22768721	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
22771432--22771467	3	12.0	3	87	0	54	63	5	0	30	1.17
22776866--22776936	27	2.6	26	82	8	88	30	18	22	28	1.97
22776931--22777107	27	6.6	27	79	5	137	41	22	7	28	1.80
22776928--22777151	27	8.3	27	77	6	107	39	21	8	30	1.82
22777076--22777259	81	2.3	81	85	0	242	30	21	8	39	1.84
22777103--22777262	27	5.9	27	91	0	239	28	20	8	41	1.82
22780685--22780894	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
22780632--22780894	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
22780633--22780929	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
22788522--22788731	40	5.3	39	88	4	233	25	21	27	25	1.99
22788470--22788766	80	3.7	80	80	6	221	26	21	27	24	1.99
22791083--22791320	47	5.1	47	88	1	316	34	9	28	27	1.88
22791177--22791255	25	3.3	25	67	16	67	34	10	26	29	1.89
22791156--22791230	22	3.3	22	67	17	62	33	13	28	25	1.93
22791202--22791277	22	3.3	22	66	28	59	34	11	28	25	1.91
22791083--22791320	94	2.5	94	88	1	352	34	9	28	27	1.88
22791294--22791430	46	3.0	46	89	2	195	35	8	30	26	1.85
22792934--22793198	40	6.6	40	91	0	404	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22797144--22797380	47	5.1	47	88	2	316	34	10	28	26	1.89
22797144--22797358	93	2.3	93	88	2	324	34	10	28	26	1.89
22797262--22797337	22	3.3	22	66	28	59	34	11	28	25	1.91
22797354--22797499	46	3.1	46	89	2	211	34	8	30	27	1.86
22799044--22799112	6	11.3	6	79	14	79	18	15	14	50	1.78
22808414--22808587	45	3.8	46	77	13	187	20	21	29	28	1.98
22810920--22810964	23	2.0	23	82	8	56	46	24	4	24	1.71
22822488--22822572	39	2.2	40	93	2	145	25	29	24	20	1.99
22828314--22828343	15	1.9	16	93	6	53	56	3	0	40	1.16
22828470--22828528	29	2.0	30	83	9	77	50	11	6	30	1.65
22834538--22834621	42	2.0	42	90	0	132	42	4	15	36	1.68
22836149--22836196	10	4.6	10	80	10	51	60	2	0	37	1.09
22839468--22839536	9	7.2	10	77	18	51	31	5	0	62	1.19
22839468--22839557	10	9.2	9	74	21	58	30	5	2	62	1.30
22854368--22854530	43	3.8	42	77	9	168	32	23	17	26	1.96
22856272--22856296	10	2.5	10	100	0	50	20	0	8	72	1.10
22889592--22889625	7	4.9	7	88	0	50	38	2	17	41	1.65
22890875--22890904	15	2.0	15	93	0	51	43	6	0	50	1.28
22924218--22924249	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
22927633--22927657	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
22929302--22929429	28	4.5	28	86	2	166	28	11	25	33	1.91
22944520--22944597	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22944551--22944876	173	1.9	174	92	0	555	30	14	23	31	1.95
22950215--22950291	29	2.6	29	85	2	100	25	14	29	29	1.95
22950245--22950570	173	1.9	174	92	0	546	30	14	23	31	1.94
22962202--22962265	28	2.3	28	94	0	110	43	9	12	34	1.75
22967163--22967196	17	2.1	16	89	10	52	44	5	0	50	1.26
22968115--22968172	29	1.9	31	83	13	77	22	8	10	58	1.58
22970258--22970313	25	2.4	23	82	14	62	39	0	1	58	1.08
22970558--22970609	27	1.9	27	88	7	79	32	3	1	61	1.25
22977459--22977625	40	4.2	40	87	5	234	25	26	22	24	2.00
22977459--22977625	79	2.1	80	86	6	234	25	26	22	24	2.00
22978754--22978881	51	2.5	51	94	2	220	16	22	10	50	1.74
22984984--22985032	20	2.4	20	86	10	64	81	2	0	16	0.78
22985890--22986693	210	3.8	210	87	3	1038	31	18	20	29	1.96
22988293--22988348	22	2.5	22	80	11	69	39	1	3	55	1.28
22988433--22988492	21	2.7	23	76	14	56	31	6	1	60	1.33
22988590--22988639	12	4.0	12	87	10	73	32	2	2	64	1.16
22988590--22988639	26	1.9	26	95	0	91	32	2	2	64	1.16
22994629--22994725	48	2.0	48	100	0	194	47	2	16	34	1.58
22994986--22995124	43	3.3	42	78	3	147	30	15	23	30	1.95
23002203--23002259	25	2.3	25	93	0	96	24	40	7	28	1.81
23017007--23018133	577	2.0	576	96	0	2092	34	8	17	39	1.79
23027956--23028025	25	2.8	25	93	0	113	27	22	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23031249--23031303	26	2.1	26	82	0	65	25	23	20	30	1.98
23033410--23033645	50	4.7	50	81	3	242	25	16	26	30	1.97
23033415--23033604	101	1.9	101	88	0	290	26	18	25	29	1.98
23033518--23033601	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
23033371--23033691	150	2.1	152	85	1	421	25	16	27	31	1.96
23037381--23037426	21	2.2	21	92	0	74	41	17	8	32	1.80
23037388--23037433	21	2.2	21	100	0	92	39	17	4	39	1.69
23039029--23039173	42	3.4	42	77	7	134	31	20	14	33	1.93
23043265--23043443	28	6.4	28	93	1	270	25	12	27	34	1.92
23051184--23051333	42	3.5	42	82	8	162	30	21	16	32	1.95
23052627--23052661	18	1.9	18	88	11	54	34	11	8	45	1.71
23054060--23054104	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
23059047--23059100	20	2.5	21	76	11	56	46	14	7	31	1.73
23063528--23063663	66	2.1	66	98	0	263	25	5	13	54	1.62
23068198--23068243	24	1.9	24	86	0	65	56	13	6	23	1.60
23072323--23072414	27	3.4	27	87	3	132	29	13	26	31	1.93
23072367--23072447	27	3.0	26	85	3	99	29	14	23	32	1.95
23077355--23077398	22	2.0	22	86	4	63	54	0	0	45	0.99
23083457--23083570	33	3.5	32	81	9	131	33	24	10	31	1.89
23088658--23088718	18	3.6	17	77	14	72	29	1	1	67	1.10
23088682--23088729	25	2.0	24	83	4	60	29	0	6	64	1.18
23107487--23107579	39	2.4	39	88	0	141	44	17	4	34	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23109474--23109658	78	2.4	78	82	0	208	45	20	4	30	1.70
23109475--23109658	39	4.7	40	77	9	175	45	20	4	30	1.70
23111317--23111377	27	2.3	26	83	8	79	39	18	21	21	1.93
23111422--23111469	25	2.0	25	87	4	71	35	18	27	18	1.95
23115461--23115629	48	3.6	48	81	4	200	26	19	30	23	1.98
23118257--23118302	23	2.0	23	91	0	74	58	10	10	19	1.61
23122342--23122525	40	4.6	40	79	10	207	25	22	27	25	2.00
23122397--23122558	79	2.1	79	83	6	204	26	19	27	25	1.99
23126480--23126513	17	2.0	17	88	0	50	26	5	11	55	1.58
23137604--23137658	29	1.9	28	85	3	74	32	27	18	21	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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