genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3048888--3049216	92	3.6	91	86	1	255	40	15	23	20	1.91
3058760--3058847	45	2.0	45	100	0	176	50	15	20	13	1.78
3058760--3058869	45	2.5	44	91	2	168	48	15	22	13	1.80
3059640--3059793	77	2.0	77	93	1	265	27	17	22	33	1.96
3059728--3059847	64	1.9	64	94	0	213	23	19	27	30	1.98
3059925--3060044	64	1.9	64	92	0	204	25	17	25	30	1.97
3059716--3060374	197	3.3	197	95	0	1174	28	16	21	33	1.95
3060122--3060241	64	1.9	64	92	0	204	25	19	25	30	1.98
3062078--3062655	133	4.2	138	84	10	757	29	4	5	59	1.41
3062539--3062578	10	4.1	10	83	3	55	37	0	10	52	1.35
3062528--3062574	16	3.0	16	75	3	51	36	0	6	57	1.24
3062131--3062688	145	4.0	141	80	9	602	30	5	5	59	1.42
3062723--3062778	26	2.0	26	86	10	76	33	3	1	60	1.24
3066807--3066868	27	2.3	26	79	15	65	35	6	1	56	1.35
3066854--3066893	20	1.9	21	90	10	64	42	5	0	52	1.23
3066873--3066911	18	2.2	18	86	4	53	35	2	0	61	1.10
3067757--3067799	19	2.3	19	92	4	70	39	0	4	55	1.20
3067884--3067913	9	3.3	9	90	0	51	30	10	13	46	1.75
3082148--3082221	31	2.4	32	86	8	93	24	10	14	50	1.75
3083376--3083418	18	2.4	18	88	7	61	53	0	0	46	1.00
3085058--3085141	26	3.2	26	94	0	141	34	5	23	35	1.80
3086326--3086358	8	4.2	8	88	3	50	48	24	24	3	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3090856--3090945	18	5.2	18	72	12	64	62	6	1	30	1.28
3090849--3090899	17	3.1	17	78	13	61	62	7	1	27	1.33
3090916--3090958	22	2.0	21	86	9	59	65	0	0	34	0.93
3091488--3091513	13	2.0	13	100	0	52	15	0	46	38	1.46
3091531--3091565	17	2.1	17	94	0	61	20	0	51	28	1.47
3092014--3092279	134	2.0	134	90	1	426	30	22	17	29	1.97
3092137--3092811	178	3.8	178	90	1	1059	29	22	18	29	1.98
3091812--3092458	312	2.1	311	89	1	974	29	22	19	28	1.98
3092137--3092811	355	1.9	356	91	0	1109	29	22	18	29	1.98
3092735--3092900	89	1.9	89	93	0	287	31	19	18	30	1.96
3092563--3093047	267	1.8	266	89	2	697	29	22	18	29	1.97
3093148--3093272	64	2.0	64	93	0	214	36	17	17	28	1.93
3096102--3096178	22	3.6	21	78	5	75	51	35	0	12	1.40
3096847--3096889	19	2.3	19	88	4	61	0	34	0	65	0.93
3097586--3097633	22	2.3	20	89	7	69	39	4	8	47	1.53
3098598--3098642	17	2.4	18	82	17	56	31	6	6	55	1.52
3099096--3099142	24	2.0	24	86	0	67	36	0	6	57	1.24
3103976--3104085	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
3115641--3115693	20	2.5	21	75	9	63	54	33	0	11	1.36
3117077--3117118	22	2.0	21	90	4	66	38	4	9	47	1.57
3118083--3118127	17	2.4	18	82	17	56	31	6	6	55	1.52
3118583--3118629	24	2.0	24	86	0	67	36	0	6	57	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3118875--3118901	9	3.0	9	100	0	54	33	11	0	55	1.35
3123394--3123437	23	2.0	22	86	4	61	65	0	0	34	0.93
3123449--3123506	15	3.9	14	73	10	53	72	6	5	15	1.24
3123982--3124027	24	1.9	24	95	0	83	26	2	45	26	1.65
3130414--3130464	25	2.0	25	100	0	102	52	19	11	15	1.73
3137663--3137702	21	1.9	21	84	0	53	30	17	5	47	1.69
3139462--3139496	15	2.3	15	90	9	54	11	5	5	77	1.12
3139484--3139513	9	3.3	9	95	0	51	10	3	0	86	0.67
3140870--3140922	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
3146552--3146604	26	2.0	27	85	7	74	24	16	22	35	1.95
3149161--3149214	21	2.5	21	87	3	81	33	5	0	61	1.19
3149161--3149257	21	4.3	21	71	22	63	31	8	0	59	1.27
3149201--3149259	24	2.3	26	85	11	86	33	8	0	57	1.29
3149289--3149335	23	2.0	23	87	0	67	38	8	0	53	1.32
3149569--3149620	28	2.0	27	85	11	72	26	11	3	57	1.51
3149566--3149631	28	2.4	28	74	23	68	28	12	3	56	1.51
3151323--3151366	19	2.4	19	88	3	63	72	20	4	2	1.13
3160809--3160992	72	2.6	69	80	7	217	25	15	24	34	1.94
3161016--3161348	86	3.8	88	83	7	395	25	16	21	36	1.94
3161243--3161278	14	2.6	14	95	0	63	16	16	5	61	1.53
3161259--3161420	76	2.1	77	85	6	215	28	19	20	30	1.97
3161189--3161535	166	2.1	165	86	6	481	27	18	19	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3161830--3162163	86	3.8	88	84	6	399	26	16	22	35	1.94
3162058--3162092	14	2.5	14	95	0	61	17	17	5	60	1.55
3162072--3162637	76	7.3	75	75	12	507	29	17	19	32	1.95
3160633--3162293	815	2.0	810	92	5	2755	26	16	21	35	1.94
3162239--3162634	74	5.2	74	77	7	384	30	16	19	33	1.94
3162781--3162923	73	2.0	73	91	6	238	30	17	19	32	1.95
3162876--3162973	50	1.9	51	95	2	180	28	15	21	34	1.94
3162925--3163209	75	3.8	74	82	10	328	32	15	18	33	1.92
3162925--3163211	155	1.9	153	84	8	395	33	14	18	33	1.91
3163187--3163364	94	1.9	89	80	15	202	28	19	17	34	1.94
3163509--3163543	13	2.7	13	81	0	52	28	14	8	48	1.73
3164510--3164569	20	2.8	21	92	7	95	68	23	3	5	1.24
3164514--3164569	23	2.6	23	91	8	91	66	25	3	5	1.29
3166155--3166179	12	2.1	12	100	0	50	12	24	0	64	1.27
3171238--3171316	37	2.1	37	97	0	149	35	2	29	32	1.71
3171239--3171298	18	3.3	18	68	13	59	40	1	26	31	1.66
3172523--3172608	43	2.0	43	95	0	154	41	6	20	30	1.79
3175916--3175963	21	2.3	22	82	10	64	39	2	0	58	1.10
3175928--3175980	7	7.7	7	91	2	72	37	0	0	62	0.96
3176860--3176918	30	2.0	30	100	0	118	45	10	27	16	1.80
3181170--3181205	18	2.0	18	100	0	72	33	16	22	27	1.95
3181742--3181794	11	4.9	11	83	2	54	30	3	45	20	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3182967--3183040	23	3.3	23	65	24	66	20	6	41	31	1.78
3182968--3183057	45	2.0	45	100	0	180	17	8	40	33	1.81
3188326--3188351	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
3188556--3188587	13	2.5	13	95	5	57	31	9	0	59	1.29
3188753--3188791	21	1.9	21	89	5	62	30	2	12	53	1.52
3189078--3189133	23	2.6	22	81	15	64	33	3	8	53	1.49
3189449--3189480	9	3.6	9	95	0	55	31	9	0	59	1.29
3192455--3192511	30	1.9	30	89	7	89	31	3	7	57	1.42
3192876--3192924	24	2.2	23	89	10	75	69	24	2	4	1.17
3192876--3192925	22	2.3	22	86	10	75	70	24	2	4	1.15
3193151--3193184	12	2.8	12	90	0	50	14	8	0	76	1.01
3193698--3193727	11	2.7	11	89	0	51	40	0	0	60	0.97
3194115--3194149	16	2.3	15	90	5	52	31	5	0	62	1.18
3197619--3197654	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
3205905--3206080	71	2.5	70	86	3	221	28	13	22	35	1.92
3206152--3206185	13	2.5	13	90	4	50	20	11	8	58	1.59
3206052--3206305	140	1.8	140	93	3	440	26	16	20	36	1.93
3206238--3206378	75	1.9	75	86	4	203	29	19	22	28	1.98
3206293--3206900	92	7.1	91	72	16	332	28	19	18	33	1.96
3206238--3206542	171	1.8	167	85	4	432	29	19	20	30	1.97
3206484--3207562	87	12.6	86	73	16	588	29	17	19	34	1.94
3206654--3207482	78	9.8	78	70	17	354	29	17	19	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3206461--3206960	170	2.9	168	77	10	455	29	18	18	32	1.95
3206238--3207544	419	3.1	418	88	4	1792	29	17	19	34	1.95
3207073--3207215	77	1.9	76	89	2	225	30	16	21	31	1.96
3207127--3207544	91	4.6	88	83	10	413	28	16	18	36	1.92
3207293--3207325	14	2.4	14	100	0	66	18	9	6	66	1.40
3207127--3207540	180	2.3	180	82	8	488	28	16	18	37	1.92
3208227--3208277	19	2.7	19	81	0	75	60	35	0	3	1.15
3208518--3208542	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
3208494--3208553	30	1.9	32	83	6	79	10	10	0	80	0.92
3208582--3208632	12	4.0	12	77	20	50	72	3	0	23	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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