genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.297.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99463497--99463549	24	2.3	23	81	9	63	9	18	1	69	1.25
99475253--99475407	27	5.8	26	77	8	150	40	19	9	30	1.83
99475247--99475435	54	3.5	53	77	6	175	39	20	9	30	1.84
99475254--99475407	54	2.9	53	81	4	177	40	19	9	29	1.84
99475281--99475435	81	1.9	80	80	3	177	41	20	8	30	1.81
99475749--99475790	22	1.9	22	85	0	57	16	23	19	40	1.91
99475887--99475960	32	2.3	32	80	0	85	31	18	17	32	1.95
99477667--99477982	47	6.7	48	76	10	249	25	29	18	26	1.98
99477667--99477982	94	3.3	97	79	9	305	25	29	18	26	1.98
99480130--99480227	27	3.5	28	87	2	126	26	13	27	32	1.93
99480158--99480240	27	3.0	27	85	5	87	30	10	25	33	1.90
99480130--99480241	28	4.0	27	81	6	89	28	12	25	33	1.92
99496034--99496062	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
99506459--99506535	36	2.1	37	95	2	138	28	27	18	25	1.98
99506505--99506628	50	2.5	50	79	11	139	25	32	18	24	1.97
99506554--99506812	46	5.5	45	73	16	185	24	28	18	28	1.98
99509140--99509260	34	3.6	34	87	1	181	25	22	23	28	1.99
99509128--99509260	68	2.0	67	89	1	203	24	21	24	29	1.99
99509571--99509699	27	4.8	27	82	3	170	36	18	17	27	1.93
99509571--99509724	81	1.9	81	81	2	184	35	17	16	29	1.92
99511971--99512061	47	1.9	47	89	8	141	37	18	18	25	1.94
99512027--99512162	55	2.4	56	89	4	213	27	15	25	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99513806--99513846	21	2.0	21	85	9	57	21	0	17	60	1.35
99528404--99528485	42	2.0	42	97	0	155	39	17	21	21	1.93
99531544--99531665	42	2.8	42	79	8	131	33	22	16	27	1.95
99531539--99531684	43	3.4	41	79	10	143	32	21	18	27	1.97
99531538--99531676	42	3.2	44	73	14	130	30	21	19	28	1.97
99541292--99541397	27	3.9	26	80	11	106	19	25	19	34	1.96
99541295--99541404	54	2.0	54	84	3	141	18	24	20	36	1.95
99543160--99543277	44	2.8	41	79	8	121	32	29	16	21	1.95
99546499--99546537	15	2.6	15	91	0	60	28	28	20	23	1.99
99554679--99554836	85	1.9	85	85	2	219	20	28	25	25	1.99
99559036--99559088	21	2.5	22	76	11	56	32	18	7	41	1.79
99570316--99570491	85	2.1	85	98	0	343	38	8	26	26	1.85
99572517--99573019	47	10.6	47	91	2	799	32	8	29	29	1.87
99572517--99573019	96	5.3	96	94	0	825	32	8	29	29	1.87
99572517--99573019	143	3.5	141	91	2	799	32	8	29	29	1.87
99576002--99576119	37	3.1	38	88	9	161	33	24	14	27	1.94
99579649--99580006	47	7.6	47	90	4	549	32	8	30	29	1.86
99579649--99580006	143	2.5	144	91	4	559	32	8	30	29	1.86
99579877--99579955	25	3.2	25	64	7	72	32	5	30	31	1.79
99579649--99580006	95	3.8	94	90	4	549	32	8	30	29	1.86
99582209--99582564	40	9.1	40	88	4	510	24	22	28	24	1.99
99582215--99582564	119	3.0	119	91	1	526	24	22	28	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99582209--99582564	197	1.8	196	88	4	547	24	22	28	24	1.99
99586110--99586468	47	7.6	47	92	1	556	32	8	29	29	1.87
99588607--99588634	13	2.2	13	100	0	56	57	7	0	35	1.26
99595671--99595778	37	2.9	37	90	2	155	26	25	19	27	1.99
99595918--99596156	98	2.5	97	90	2	365	30	27	7	34	1.84
99595918--99596157	48	5.0	48	91	2	363	30	27	7	34	1.84
99599789--99599912	39	3.2	39	96	0	221	29	25	17	28	1.98
99599746--99599912	78	2.1	78	85	0	217	29	25	19	25	1.98
99608106--99608133	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
99610008--99610042	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
99610061--99610115	17	3.1	17	85	12	67	67	1	1	29	1.11
99611561--99611598	15	2.5	15	83	12	51	50	0	5	44	1.24
99613718--99613893	46	3.8	46	80	14	218	20	19	29	30	1.97
99613715--99613886	93	1.8	93	96	2	319	20	20	29	29	1.98
99615207--99615369	87	1.9	86	92	1	272	25	12	22	38	1.90
99617099--99617132	18	1.9	17	88	5	50	29	0	2	67	1.05
99617333--99617385	16	3.4	16	73	5	54	58	5	0	35	1.22
99619383--99619425	16	2.7	16	85	0	50	53	2	2	41	1.26
99621585--99621633	20	2.5	20	83	6	55	51	20	16	12	1.76
99622968--99623077	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
99624511--99624585	26	2.8	26	85	4	87	34	22	12	30	1.91
99624690--99624774	27	3.1	27	86	6	118	14	22	25	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99629561--99629701	42	3.3	43	81	6	144	24	19	27	28	1.98
99635783--99635826	20	2.2	20	80	15	56	27	15	27	29	1.96
99637723--99637756	17	2.0	17	100	0	68	17	11	5	64	1.45
99638714--99638769	6	9.2	6	86	2	58	19	21	12	46	1.83
99645165--99645206	17	2.5	17	85	11	52	52	0	2	45	1.13
99645176--99645219	21	2.1	21	83	4	54	56	0	2	40	1.11
99645213--99645246	17	1.9	17	88	5	50	79	2	8	8	1.03
99645236--99645289	21	2.6	19	72	16	54	66	3	24	5	1.29
99648128--99648186	27	2.3	26	82	5	66	22	23	20	33	1.97
99652816--99652955	71	2.0	71	91	0	226	36	25	9	28	1.87
99653681--99653729	25	2.0	25	100	0	98	36	12	18	32	1.88
99657683--99657759	37	2.1	38	97	2	147	29	5	7	57	1.49
99660650--99660704	18	3.1	18	78	0	56	36	34	20	9	1.84
99661835--99661902	31	2.2	30	86	2	91	45	2	0	51	1.16
99662433--99662476	22	1.9	23	81	9	54	43	2	4	50	1.35
99663226--99663352	49	2.6	49	77	14	127	48	3	5	41	1.45
99665483--99665521	20	2.0	20	89	0	60	43	12	10	33	1.77
99668690--99668819	47	2.8	44	83	11	154	28	17	30	23	1.97
99668812--99668841	14	2.1	14	93	0	51	26	36	23	13	1.92
99676370--99676590	46	4.7	46	79	9	200	28	18	29	23	1.98
99676416--99676639	47	4.8	47	77	11	185	29	18	28	22	1.98
99677769--99677807	21	1.9	21	89	5	62	10	35	30	23	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99680460--99680825	48	7.6	48	79	3	378	28	19	27	24	1.99
99680447--99680826	96	4.0	96	85	1	458	27	19	27	24	1.99
99681829--99681925	28	3.5	28	98	0	185	20	21	41	16	1.90
99683389--99683488	42	2.4	42	98	1	193	25	30	27	18	1.98
99684387--99684752	180	2.0	179	85	4	488	34	18	9	37	1.83
99685320--99685753	50	8.6	50	77	3	395	31	26	17	25	1.97
99685320--99685706	101	3.8	100	75	7	300	30	26	17	25	1.97
99685323--99685707	151	2.5	151	88	0	572	30	26	17	25	1.97
99685319--99685751	151	2.9	150	82	4	557	31	26	17	25	1.97
99689382--99689597	47	4.6	47	90	1	324	32	8	30	28	1.87
99691815--99692121	40	7.7	40	89	2	449	24	22	28	25	1.99
99692336--99692436	29	3.5	28	73	9	87	25	18	24	30	1.98
99695242--99695457	47	4.6	47	90	1	324	32	8	30	28	1.87
99697751--99697885	48	2.8	48	80	2	137	25	26	18	28	1.98
99705406--99705572	90	1.9	90	87	2	246	26	27	17	28	1.98
99705496--99705615	42	2.9	42	87	0	159	30	29	15	25	1.95
99705579--99705748	48	3.5	48	83	6	168	29	28	15	26	1.96
99705405--99705749	132	2.5	137	78	10	330	28	28	16	26	1.97
99705624--99705758	48	2.8	48	85	4	175	28	28	15	26	1.96
99712352--99712487	47	3.0	43	75	14	123	29	27	19	23	1.98
99722700--99722917	40	5.5	40	79	1	240	30	16	29	23	1.96
99722695--99722917	80	2.8	79	82	1	268	31	16	29	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99730139--99730187	17	3.1	17	75	19	52	36	22	0	40	1.54
99740924--99740956	8	4.2	8	88	3	50	24	0	0	75	0.80
99741406--99741431	12	2.2	12	100	0	52	57	0	7	34	1.27
99752574--99752678	42	2.5	42	76	6	122	32	25	11	30	1.91
99754298--99754378	40	2.0	40	100	0	162	45	27	4	22	1.72
99754970--99755013	20	2.2	20	91	0	70	36	31	2	29	1.70
99755109--99755199	42	2.1	43	91	2	148	30	26	12	30	1.92
99762272--99762379	44	2.4	45	86	6	139	28	23	14	33	1.94
99767571--99767727	41	3.8	41	72	11	133	30	26	18	24	1.98
99772091--99772137	23	2.0	23	100	0	94	55	21	4	19	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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