genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22503726--22504227	44	11.4	44	75	6	381	31	16	24	27	1.96
22503726--22504126	175	2.3	176	88	0	579	31	15	24	27	1.96
22503857--22504212	132	2.7	132	92	0	577	32	15	24	27	1.96
22504174--22505120	206	4.6	206	92	0	1450	30	17	22	29	1.97
22505502--22505562	17	3.5	17	85	10	79	37	9	19	32	1.85
22505495--22505562	17	3.9	17	85	9	75	38	10	17	33	1.84
22505505--22505564	19	3.2	19	86	9	70	36	10	18	35	1.84
22505522--22505564	19	2.1	21	91	8	72	37	9	18	34	1.83
22505737--22505772	17	2.1	17	100	0	72	0	33	11	55	1.35
22508084--22508140	9	6.0	10	78	17	59	40	1	0	57	1.09
22508087--22508140	19	2.8	19	88	5	74	40	1	0	57	1.09
22512261--22512356	40	2.5	40	86	3	124	37	32	13	16	1.88
22517080--22517265	43	4.3	43	86	2	250	28	27	18	25	1.98
22523483--22523552	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
22523483--22523580	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
22531336--22531405	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
22531336--22531433	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
22533627--22533829	40	5.1	40	88	5	281	21	23	29	25	1.99
22533627--22533829	79	2.5	80	88	7	281	21	23	29	25	1.99
22537426--22537473	15	3.3	15	77	11	55	50	33	0	16	1.46
22537839--22537989	40	3.8	39	73	12	119	30	19	23	26	1.98
22549101--22549246	62	2.3	62	81	9	163	28	15	19	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22549236--22549320	42	2.0	42	84	11	111	34	15	16	34	1.90
22553297--22553903	311	2.0	311	91	1	993	34	20	11	33	1.89
22558701--22558753	22	2.4	22	84	9	72	20	20	13	45	1.84
22562830--22562962	57	2.3	57	84	3	178	40	21	5	33	1.75
22562874--22562972	19	5.2	19	74	4	92	40	22	6	31	1.78
22563155--22563243	24	3.7	24	81	3	99	32	19	23	24	1.97
22580626--22580759	27	5.0	27	81	5	119	38	16	9	35	1.82
22580685--22580770	27	3.2	27	88	6	113	38	12	15	33	1.85
22582334--22582371	14	2.7	14	100	0	76	13	34	28	23	1.92
22597666--22597724	13	4.6	13	80	2	57	37	28	8	25	1.85
22600867--22600899	12	2.8	12	90	0	57	75	0	15	9	1.03
22601060--22601119	10	5.8	10	75	14	50	78	3	1	16	0.97
22601059--22601114	6	9.3	6	78	18	55	78	3	0	17	0.89
22601058--22601114	16	3.6	16	72	23	57	77	3	0	19	0.92
22613410--22613460	26	2.0	26	84	7	68	41	25	3	29	1.73
22639244--22639439	39	5.1	39	78	8	193	17	19	30	32	1.95
22639257--22639439	77	2.4	78	77	8	192	17	20	30	31	1.96
22640559--22640612	27	2.0	27	85	7	74	48	5	1	44	1.37
22650087--22650145	27	2.2	26	79	5	64	15	20	20	44	1.87
22664491--22664516	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
22683584--22683627	22	2.0	23	82	13	56	52	6	2	38	1.41
22696111--22696154	17	2.6	17	92	0	70	13	38	34	13	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22704427--22704531	47	2.2	47	96	0	192	34	7	30	27	1.85
22728471--22728694	40	5.7	40	82	7	242	25	21	27	25	1.99
22728471--22728694	79	2.8	78	82	6	254	25	21	27	25	1.99
22728551--22728727	79	2.3	79	82	4	198	25	22	28	24	1.99
22736418--22736602	40	4.7	40	77	9	155	27	21	27	24	1.99
22741018--22741097	41	2.0	41	92	0	133	28	16	25	30	1.96
22741013--22741108	41	2.3	41	82	7	131	28	17	22	31	1.97
22751926--22752074	41	3.6	41	87	2	192	26	16	24	32	1.96
22754521--22754598	26	3.1	25	85	5	95	30	21	20	26	1.98
22754815--22754887	31	2.4	31	90	0	110	34	21	20	23	1.97
22756679--22756766	24	3.7	24	93	0	149	35	30	13	20	1.91
22756631--22756763	48	2.8	48	83	0	149	35	27	12	24	1.92
22756630--22756766	72	1.9	72	84	0	184	35	29	12	23	1.91
22757939--22757972	17	2.0	17	94	0	59	38	5	0	55	1.24
22764216--22764349	24	5.7	24	78	3	137	32	29	12	24	1.92
22765879--22765930	20	2.5	20	75	9	52	36	0	17	46	1.48
22766572--22766611	21	1.9	21	89	0	62	42	42	0	15	1.46
22766599--22766645	7	6.6	7	85	4	67	53	27	0	19	1.45
22766599--22766645	14	3.3	14	93	3	76	53	27	0	19	1.45
22766603--22766644	22	2.0	21	90	4	66	50	30	0	19	1.48
22766912--22767127	40	5.4	40	80	1	211	27	18	21	31	1.97
22767167--22767429	40	6.6	38	75	5	175	26	20	21	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22767190--22767342	80	1.9	80	82	5	193	27	20	21	30	1.98
22767167--22767429	120	2.2	120	80	8	286	26	20	21	31	1.98
22766805--22767389	262	2.2	262	78	4	567	27	18	20	33	1.96
22774177--22774251	31	2.5	31	84	6	100	42	9	10	37	1.72
22774762--22774807	21	2.2	21	88	0	65	36	4	13	45	1.63
22775317--22775366	21	2.4	21	79	0	64	46	20	2	32	1.62
22775455--22775512	27	2.1	27	87	6	82	29	31	18	20	1.97
22780894--22780920	7	3.9	7	100	0	54	29	29	0	40	1.57
22781708--22781732	11	2.3	11	100	0	50	16	8	0	76	1.02
22781801--22781838	19	2.0	20	89	5	60	34	10	5	50	1.59
22788390--22788439	20	2.5	20	93	0	82	34	14	34	18	1.90
22788874--22788934	26	2.3	26	78	13	72	36	26	8	29	1.85
22789038--22789143	27	3.9	28	86	2	128	20	22	19	36	1.95
22799297--22799424	9	13.6	9	76	9	121	31	0	21	47	1.51
22799297--22799424	57	2.2	57	85	0	175	31	0	21	47	1.51
22803414--22803776	41	8.9	41	73	7	229	24	18	19	37	1.94
22803495--22803757	123	2.1	122	81	5	298	25	19	20	34	1.96
22807954--22808071	24	4.8	24	76	12	96	31	15	23	29	1.95
22807966--22808071	50	2.1	49	81	14	121	33	13	24	29	1.93
22809629--22809666	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
22809896--22810064	93	1.8	93	92	2	286	29	28	20	21	1.98
22809891--22810063	46	3.7	47	80	10	212	30	27	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22820052--22820731	137	5.0	137	89	0	993	28	19	17	33	1.95
22833205--22833270	32	2.0	33	88	2	98	65	3	13	18	1.39
22839526--22839603	31	2.6	30	84	8	95	20	26	23	29	1.99
22839627--22839718	42	2.2	42	88	0	130	35	20	13	30	1.91
22839851--22839986	26	5.3	26	84	3	172	26	23	21	28	1.99
22839851--22839986	52	2.7	51	90	5	206	26	23	21	28	1.99
22840794--22840868	27	2.8	27	91	4	116	22	26	20	30	1.98
22840934--22841019	28	3.1	26	76	14	75	36	10	13	39	1.80
22840938--22841031	27	3.4	27	78	8	73	31	9	17	41	1.81
22840969--22841204	27	8.7	27	77	7	158	30	9	19	40	1.84
22840996--22841204	81	2.6	81	81	5	226	29	10	21	39	1.86
22840919--22841204	54	5.3	54	74	8	186	31	10	18	39	1.85
22843060--22843112	26	2.1	25	82	6	63	24	22	22	30	1.99
22843101--22843162	24	2.6	25	80	12	67	37	17	22	22	1.94
22851211--22851245	14	2.5	14	95	0	61	45	0	0	54	0.99
22872267--22872300	15	2.3	15	89	0	50	5	2	8	82	0.93
22901335--22901505	46	3.7	46	75	9	186	29	28	19	22	1.98
22901340--22901510	93	1.8	93	93	2	299	29	28	20	21	1.98
22911021--22911117	35	2.7	36	80	1	115	37	13	11	38	1.81
22911306--22911397	44	2.1	44	85	4	123	35	23	19	20	1.95
22918281--22918343	25	2.5	25	70	14	58	30	1	4	63	1.24
22920263--22920287	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22920265--22920373	45	2.4	45	84	0	137	19	16	19	44	1.86
22920549--22920740	18	10.6	19	73	13	95	34	11	16	37	1.85
22920673--22920740	17	3.7	19	78	11	70	32	11	14	41	1.82
22922416--22922456	12	3.3	13	90	10	52	75	0	0	24	0.80
22922428--22922456	12	2.4	12	100	0	58	75	0	0	24	0.80
22922422--22922463	15	2.8	15	80	20	52	73	0	0	26	0.83
22929440--22929549	18	6.1	18	76	0	103	36	17	12	33	1.88
22936537--22936582	20	2.2	21	88	7	76	10	26	47	15	1.78
22936723--22936772	17	2.9	17	82	11	57	74	2	24	0	0.93
22936719--22936772	16	3.4	17	82	10	60	72	1	25	0	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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