genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.213.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69202750--69202959	46	4.5	47	77	10	193	24	30	18	26	1.98
69202754--69203010	139	1.8	139	79	8	299	24	29	19	26	1.98
69205237--69205407	43	4.0	43	79	8	204	32	25	16	25	1.96
69205237--69205401	86	1.9	85	85	8	228	32	24	17	24	1.97
69208530--69208682	27	5.7	26	77	6	110	35	20	10	33	1.87
69208667--69209212	27	20.3	27	89	0	761	36	21	19	22	1.95
69209415--69209484	25	2.8	25	88	0	95	28	22	22	25	1.99
69210867--69211037	93	1.8	93	90	5	274	28	27	21	22	1.99
69210862--69211034	46	3.7	46	75	15	169	29	26	20	23	1.99
69214187--69214342	68	2.2	68	77	13	149	34	16	28	20	1.94
69218790--69219073	48	5.9	48	94	0	469	35	6	26	32	1.81
69219220--69219322	37	2.8	37	93	0	170	23	18	32	26	1.97
69220297--69220386	27	3.3	26	83	6	108	38	18	10	32	1.84
69220365--69220456	27	3.4	27	84	0	121	27	20	8	43	1.81
69220461--69221007	27	20.3	27	87	0	716	35	20	20	24	1.96
69221209--69221278	25	2.8	25	89	4	97	27	22	22	27	1.99
69221208--69221303	25	3.9	24	81	9	95	28	21	22	27	1.99
69221209--69221303	50	1.9	50	80	8	113	28	22	23	26	1.99
69227574--69227631	29	2.0	29	96	0	107	20	5	31	43	1.74
69231237--69231413	94	1.9	94	83	4	232	22	29	20	27	1.98
69233464--69233638	46	3.8	45	76	7	154	29	28	20	22	1.98
69236006--69236055	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69236017--69236064	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
69239002--69239173	93	1.8	93	90	7	278	28	29	19	22	1.98
69238994--69239169	46	3.8	46	77	10	189	29	28	19	22	1.98
69247575--69247710	44	3.2	41	78	11	139	33	25	16	24	1.96
69247541--69247712	43	4.0	43	77	6	168	31	25	18	24	1.97
69251780--69251825	20	2.3	20	96	0	83	50	4	15	30	1.63
69273774--69273798	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
69274294--69274383	47	1.9	47	97	0	171	15	25	23	35	1.94
69275162--69275215	27	2.0	27	100	0	108	44	7	18	29	1.77
69275294--69275348	28	2.0	28	85	7	76	32	12	32	21	1.91
69279562--69279613	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
69279571--69279625	12	4.6	12	73	15	51	12	23	0	63	1.29
69279607--69279644	17	2.2	18	85	4	51	10	23	2	63	1.39
69284342--69284520	27	6.6	27	83	3	171	29	27	15	28	1.96
69285066--69285090	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
69286672--69286773	27	3.8	26	85	5	123	35	21	24	18	1.96
69286672--69286773	54	1.9	53	85	2	141	35	21	24	18	1.96
69286932--69286993	22	2.8	22	78	11	65	35	20	20	22	1.96
69289592--69289895	47	6.4	47	91	3	425	32	9	30	26	1.88
69289746--69289867	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
69291881--69291938	27	2.1	27	80	0	62	39	18	18	22	1.92
69291919--69292085	27	6.3	27	80	2	176	25	21	19	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69292070--69292329	27	9.6	26	81	6	125	30	9	22	38	1.85
69292070--69292226	81	1.9	81	80	2	181	30	9	22	37	1.86
69292117--69292320	81	2.5	81	84	3	232	30	9	21	37	1.86
69292178--69292329	27	5.6	27	87	1	207	29	8	21	40	1.83
69292764--69292788	13	1.9	13	100	0	50	16	16	40	28	1.89
69294303--69294398	30	3.2	30	87	1	111	48	12	16	21	1.79
69294548--69294676	27	4.8	26	87	3	150	36	20	23	19	1.95
69294835--69294899	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
69295326--69295547	27	8.3	27	82	2	232	23	20	20	34	1.96
69295579--69295791	27	7.9	27	81	4	214	31	9	20	38	1.84
69295578--69295791	81	2.6	81	82	1	241	31	9	20	38	1.84
69295640--69295791	27	5.6	27	88	0	223	30	8	21	40	1.83
69300993--69301086	30	3.1	30	89	3	125	23	5	18	53	1.65
69309209--69309440	49	4.7	49	77	5	232	31	27	17	24	1.97
69309209--69309334	50	2.6	49	85	1	162	30	29	15	24	1.96
69311123--69311241	27	4.4	27	81	6	134	24	21	18	36	1.95
69311123--69311241	54	2.2	54	83	7	152	24	21	18	36	1.95
69316207--69316268	30	2.1	30	100	0	124	19	6	19	54	1.65
69324955--69325216	39	6.7	40	87	7	319	24	26	22	25	2.00
69324955--69325216	118	2.2	119	82	9	324	24	26	22	25	2.00
69329432--69329488	26	2.2	26	83	3	69	26	19	19	35	1.95
69331722--69331765	22	2.0	22	90	0	70	22	36	27	13	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69337091--69337154	33	2.0	33	84	9	87	29	26	18	25	1.98
69346025--69346290	48	5.5	48	81	1	282	28	30	16	24	1.96
69349390--69349449	30	2.0	30	87	6	86	40	5	25	30	1.77
69353054--69353096	21	2.0	21	100	0	86	34	27	13	23	1.93
69355534--69355593	27	2.3	26	82	2	66	33	21	23	21	1.97
69356309--69356535	27	8.4	27	84	3	215	24	19	19	36	1.95
69356310--69356558	54	4.6	54	85	2	295	24	18	20	36	1.95
69356326--69356523	81	2.4	81	88	1	290	24	19	20	36	1.95
69356431--69356613	27	6.8	26	82	7	134	25	10	23	39	1.87
69356432--69356613	54	3.4	53	83	3	159	25	10	23	40	1.87
69356325--69356585	81	3.2	80	81	8	287	24	16	21	37	1.93
69365813--69365926	43	2.7	43	90	2	176	32	29	15	21	1.95
69366486--69366542	30	1.9	30	96	0	105	40	26	1	31	1.66
69373029--69373169	70	2.0	70	97	0	264	23	24	23	28	2.00
69377991--69378022	17	1.9	16	93	6	55	56	6	12	25	1.59
69379167--69379213	20	2.3	20	92	0	76	29	2	29	38	1.69
69386722--69386760	20	2.0	20	89	0	60	28	2	30	38	1.70
69395658--69395733	38	2.0	38	94	5	136	31	10	23	34	1.89
69396922--69397066	40	3.6	40	84	4	184	25	24	26	24	2.00
69409292--69409398	42	2.7	39	81	9	128	24	23	27	25	2.00
69409290--69409433	39	3.6	39	79	11	132	25	23	26	24	2.00
69410207--69410240	16	2.1	17	88	5	52	55	0	14	29	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69758990--69759157	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
69759013--69759157	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
69760344--69760419	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
69767144--69767273	65	2.0	64	95	1	233	42	16	14	26	1.87
69769013--69769183	93	1.8	93	92	0	288	28	29	21	21	1.98
69769005--69769180	46	3.8	46	78	15	200	28	28	20	21	1.98
69771998--69772041	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
69775783--69775849	32	2.1	32	94	0	116	31	38	11	17	1.87
69779943--69780037	48	2.0	48	85	0	127	41	21	15	22	1.90
69782646--69782830	40	4.6	39	83	4	194	25	28	21	24	1.99
69782646--69782828	79	2.3	80	81	8	203	25	28	21	25	1.99
69783959--69784134	56	3.1	56	99	0	343	22	22	9	45	1.80
69787814--69787911	48	2.0	48	98	0	187	37	21	18	22	1.94
69798859--69798922	24	2.7	24	92	0	101	25	17	32	25	1.96
69801499--69801629	40	3.3	40	89	2	201	23	20	27	28	1.99
69801499--69801666	40	4.2	38	81	9	167	24	20	27	27	1.99
69809360--69809455	40	2.4	39	86	8	140	25	17	27	30	1.97
69816639--69816805	39	4.3	39	91	0	271	28	28	23	19	1.98
69816639--69816922	78	3.6	78	83	4	258	27	27	22	23	1.99
69816801--69816929	39	3.3	39	93	2	206	25	24	19	30	1.98
69819266--69819443	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
69819287--69819442	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69827324--69827501	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
69827345--69827500	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
69837415--69837599	40	4.6	39	82	5	194	24	22	27	24	2.00
69837415--69837597	79	2.3	81	82	7	214	25	22	27	24	2.00
69837468--69837632	79	2.1	79	82	6	192	26	21	27	24	1.99
69846247--69846403	43	3.7	43	81	7	176	32	25	17	24	1.97
69846247--69846403	86	1.8	85	85	6	219	32	25	17	24	1.97
69848130--69848314	92	2.0	93	91	3	302	55	15	10	17	1.68
69852820--69852997	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
69852841--69852996	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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