genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76185884--76185947	31	2.1	31	87	0	92	37	15	23	23	1.93
76187202--76187568	46	8.0	46	94	0	545	40	13	23	22	1.89
76187202--76187616	92	4.5	92	91	1	544	41	13	23	21	1.89
76193685--76193711	7	3.9	7	100	0	54	14	55	0	29	1.40
76193684--76193718	14	2.5	14	85	0	52	20	48	0	31	1.50
76194496--76194534	20	1.9	21	85	15	55	28	5	15	51	1.64
76196578--76196742	43	3.8	43	77	10	158	30	27	18	23	1.97
76200418--76200447	7	4.4	7	95	4	53	86	0	0	13	0.57
76201727--76201794	19	3.3	19	74	21	64	26	4	1	67	1.18
76206265--76206464	27	7.4	27	84	0	247	37	19	19	24	1.94
76206265--76206465	54	3.7	54	87	1	278	37	18	19	24	1.94
76206444--76206500	27	2.1	27	83	6	71	22	21	21	35	1.96
76206465--76206518	27	2.0	26	85	3	72	22	18	22	37	1.95
76208878--76208911	18	1.9	18	88	5	52	50	5	23	20	1.70
76212224--76212396	27	6.4	27	86	0	229	34	19	21	25	1.96
76220592--76221011	48	8.8	48	86	1	547	28	31	16	23	1.96
76228501--76228672	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
76228448--76228670	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
76228528--76228705	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
76236393--76236561	39	4.3	40	85	5	204	24	21	27	26	1.99
76236420--76236594	78	2.2	78	79	5	183	25	21	28	25	1.99
76238234--76238279	19	2.4	19	100	0	92	13	36	28	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76241134--76241396	48	5.6	47	80	9	252	28	30	16	25	1.96
76241134--76241370	96	2.5	96	85	1	305	28	30	16	24	1.96
76245063--76245123	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
76249454--76249514	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
76252492--76252825	47	7.1	47	90	4	465	32	11	29	26	1.91
76252492--76252871	139	2.7	139	79	9	412	32	10	30	26	1.90
76252799--76252935	46	3.0	46	89	0	202	34	8	31	25	1.86
76254419--76254774	40	8.9	40	92	0	527	24	20	27	27	1.99
76254419--76254774	119	3.0	120	88	2	529	24	20	27	27	1.99
76254780--76254914	57	2.4	57	79	9	150	22	19	31	27	1.98
76258406--76258741	47	7.1	47	90	2	465	32	10	29	27	1.90
76258504--76258578	23	3.2	23	66	23	66	29	9	32	29	1.88
76258516--76258587	22	3.0	25	62	25	64	29	11	31	27	1.91
76258715--76258851	46	3.0	46	86	0	193	34	9	31	24	1.88
76263705--76263765	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
76265612--76265692	43	1.9	43	84	2	110	22	29	22	25	1.99
76265628--76265740	44	2.6	44	79	10	124	27	28	19	24	1.99
76265866--76265958	28	3.3	28	92	0	123	29	25	11	33	1.91
76265852--76265958	56	1.9	56	82	3	135	28	24	12	34	1.91
76280385--76280421	9	4.1	9	100	0	74	32	0	24	43	1.55
76283942--76284114	46	3.7	46	76	10	172	20	20	29	30	1.97
76283935--76284106	93	1.8	93	91	0	281	20	20	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76287904--76287941	20	1.9	20	88	0	58	18	13	31	36	1.89
76292759--76292788	7	4.3	7	100	0	60	13	56	0	30	1.37
76292759--76292799	21	2.0	21	85	0	55	19	48	0	31	1.49
76303727--76303900	46	3.8	46	79	15	207	29	29	20	20	1.98
76306272--76306355	29	2.9	29	82	10	100	57	15	16	10	1.65
76306268--76306346	15	5.4	15	80	10	92	59	12	17	10	1.60
76306279--76306355	15	5.2	15	80	9	79	57	14	16	11	1.66
76312492--76312604	27	4.2	26	86	8	145	16	23	23	36	1.94
76312492--76312604	55	2.1	54	88	5	165	16	23	23	36	1.94
76315114--76315152	13	2.9	14	84	7	62	0	15	0	84	0.62
76315117--76315152	15	2.6	13	87	12	54	0	11	0	88	0.50
76315180--76315414	118	2.0	117	99	0	461	33	14	15	36	1.88
76319788--76319866	24	3.2	24	72	24	76	37	21	24	16	1.93
76334931--76335100	46	3.7	46	76	14	179	30	29	18	21	1.97
76334938--76335109	93	1.8	93	91	2	283	29	29	19	22	1.98
76334931--76335119	46	4.0	47	75	8	163	30	29	18	21	1.97
76337500--76337577	15	5.1	16	80	12	92	58	14	15	11	1.62
76337491--76337579	30	3.0	30	80	11	94	59	14	14	11	1.61
76340519--76340684	46	3.6	44	75	8	143	28	28	20	22	1.98
76340519--76340689	93	1.8	93	88	0	261	28	28	20	22	1.98
76344700--76345000	79	3.8	79	88	4	414	24	22	26	26	2.00
76344701--76345024	40	8.2	40	86	4	401	24	22	27	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76352875--76353200	40	8.2	39	87	4	365	23	23	26	26	2.00
76352874--76353177	79	3.8	79	88	2	423	24	23	26	25	2.00
76352874--76353200	119	2.8	117	87	4	431	24	22	26	25	2.00
76355947--76356167	40	5.6	40	83	4	252	25	22	25	27	2.00
76355947--76356167	80	2.8	80	86	4	288	25	22	25	27	2.00
76358548--76358717	93	1.8	93	88	2	261	31	28	18	20	1.97
76374962--76375023	21	2.9	19	76	19	54	66	0	4	29	1.12
76375048--76375097	22	2.3	22	82	6	57	72	2	2	24	1.06
76375132--76375182	18	2.9	17	85	5	66	52	0	11	35	1.38
76375514--76375592	14	5.5	14	73	10	70	62	0	3	34	1.14
76377412--76377452	17	2.5	17	88	4	57	65	0	2	31	1.05
76378136--76378166	16	2.0	16	93	6	55	58	9	6	25	1.54
76382128--76382473	96	3.6	95	80	5	383	30	20	26	22	1.98
76382128--76382490	48	7.6	48	79	4	290	30	20	26	23	1.98
76382128--76382489	144	2.5	143	79	4	406	30	20	25	23	1.98
76386328--76386476	40	3.7	40	80	5	156	20	16	27	34	1.95
76387514--76387540	12	2.2	12	100	0	54	33	44	14	7	1.73
76401694--76401777	28	3.0	28	91	1	132	19	3	30	46	1.66
76401698--76401791	28	3.6	24	78	18	91	15	4	34	45	1.66
76401983--76402060	21	3.6	22	76	8	63	16	24	25	33	1.96
76407509--76407727	98	2.3	95	80	7	241	27	19	26	26	1.99
76407553--76407682	49	2.6	50	80	7	158	30	21	25	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76407557--76407720	49	3.4	48	79	9	147	29	21	25	23	1.99
76416768--76416950	46	4.0	46	92	0	276	27	31	6	34	1.81
76416967--76417042	22	3.3	22	66	28	59	25	28	11	34	1.91
76416964--76417302	47	7.2	47	96	0	597	25	28	11	33	1.91
76417130--76417254	23	5.2	25	62	30	76	28	29	11	31	1.91
76417014--76417088	22	3.3	22	66	23	64	25	29	13	32	1.93
76422506--76422809	79	3.8	79	89	2	441	23	22	27	25	1.99
76422506--76422832	119	2.8	119	86	4	437	23	22	27	25	1.99
76422507--76422832	40	8.2	40	87	3	401	23	22	27	26	1.99
76425984--76426177	85	2.3	85	93	1	329	25	30	19	24	1.98
76439059--76439166	39	2.8	39	80	5	128	33	22	23	21	1.97
76439409--76439448	2	20.0	2	100	0	80	0	0	50	50	1.00
76447095--76447241	39	3.8	39	90	0	231	28	21	27	22	1.99
76450096--76450274	40	4.5	40	93	1	279	25	27	24	22	2.00
76454381--76454493	28	4.0	28	82	4	120	26	14	31	27	1.94
76469008--76469231	79	2.8	80	86	7	289	25	21	27	25	2.00
76469008--76469231	40	5.7	40	86	6	289	25	21	27	25	2.00
76469008--76469264	79	3.2	80	82	8	244	26	21	27	24	1.99
76476830--76476976	39	3.8	39	79	13	144	25	22	27	23	2.00
76476830--76477009	38	4.7	40	77	15	159	26	22	27	23	2.00
76476830--76476976	78	1.9	78	83	10	194	25	22	27	23	2.00
76486077--76486114	17	2.2	18	85	4	51	63	2	23	10	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76486096--76486150	12	4.6	12	73	15	51	63	0	23	12	1.29
76490097--76490143	23	2.0	23	100	0	94	57	12	21	8	1.62
76490751--76490783	15	2.1	16	88	5	50	21	9	0	69	1.15
76492567--76492615	25	1.9	26	87	4	73	71	2	6	20	1.18
76499922--76499953	7	4.6	7	100	0	64	40	0	0	59	0.97
76500387--76500417	9	3.4	9	100	0	62	35	12	19	32	1.90
76502290--76502331	14	2.8	16	82	17	54	47	0	7	45	1.30
76507400--76507448	17	2.9	16	90	6	71	42	2	6	48	1.39
76508159--76508242	32	2.6	32	83	9	116	32	14	14	39	1.86
76508451--76508484	4	8.5	4	93	0	59	50	23	2	23	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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