genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.294.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98424021--98424197	70	2.5	70	86	1	239	33	21	14	29	1.93
98424822--98424865	22	2.0	22	81	4	52	40	25	4	29	1.75
98426740--98426898	27	5.9	27	83	11	193	34	22	24	18	1.96
98426758--98426898	54	2.6	54	94	2	248	34	24	24	17	1.95
98428513--98428620	26	4.2	26	91	0	180	36	23	7	33	1.83
98430560--98430651	47	2.0	47	100	0	184	28	22	19	29	1.98
98434443--98434519	24	3.2	24	65	17	68	38	10	10	40	1.74
98434426--98434523	49	2.0	49	100	0	196	36	10	12	40	1.77
98434789--98434901	40	2.8	40	93	4	185	23	23	29	24	1.99
98438160--98438337	35	5.1	35	80	2	187	35	21	13	29	1.92
98443609--98443860	127	2.0	124	83	10	322	39	13	9	37	1.76
98449516--98449641	28	4.5	28	95	1	209	31	28	13	26	1.94
98449516--98449666	28	5.4	28	91	1	205	32	28	13	25	1.93
98456016--98456142	46	2.7	46	86	3	166	21	22	25	31	1.98
98459008--98459041	15	2.2	16	89	5	52	41	2	11	44	1.56
98463621--98463687	9	7.9	9	79	12	70	68	1	1	28	1.07
98463613--98463686	18	4.3	18	78	11	75	68	4	1	25	1.15
98464182--98464250	21	3.3	22	80	11	74	34	2	1	60	1.20
98467122--98467146	9	2.8	9	100	0	50	88	0	0	12	0.53
98470859--98470902	22	2.0	22	86	0	61	38	2	6	52	1.41
98472807--98472972	46	3.6	46	80	9	194	24	27	19	28	1.99
98472807--98472976	94	1.8	92	86	7	245	24	27	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98472710--98472972	140	1.9	141	81	7	329	24	28	18	28	1.98
98483236--98483303	31	2.2	31	84	7	86	27	11	14	45	1.80
98486096--98486144	24	2.0	24	84	4	62	44	4	2	48	1.33
98486738--98486940	55	3.7	54	82	3	244	25	9	14	50	1.72
98493189--98493232	20	2.2	20	84	8	54	61	6	15	15	1.54
98497199--98497401	102	2.0	102	96	0	370	28	17	23	31	1.97
98498132--98498226	30	3.2	30	65	21	81	40	2	20	37	1.64
98498352--98498391	17	2.4	17	100	0	80	40	17	22	20	1.92
98498905--98498963	24	2.5	25	79	20	65	16	27	20	35	1.94
98498918--98499030	25	4.6	25	71	3	86	19	29	18	32	1.96
98498937--98499065	50	2.6	50	75	13	120	22	26	20	30	1.99
98501392--98501418	9	3.0	9	100	0	54	66	11	0	22	1.22
98505216--98505242	9	3.0	9	100	0	54	66	11	0	22	1.22
98506548--98506603	24	2.3	24	76	11	60	16	26	19	37	1.92
98509007--98509033	9	3.0	9	100	0	54	66	11	0	22	1.22
98516693--98516835	51	2.8	51	79	9	166	29	27	16	25	1.97
98523128--98523174	22	2.2	21	88	3	67	36	19	8	36	1.82
98523145--98523241	19	5.1	19	87	7	144	35	15	9	40	1.79
98523145--98523241	36	2.5	37	85	9	133	35	15	9	40	1.79
98523697--98524209	43	12.3	41	68	20	173	24	22	23	29	1.99
98523673--98523959	84	3.4	84	88	6	440	24	23	22	29	1.99
98523741--98524168	209	2.1	202	88	5	615	25	21	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98523947--98524262	166	1.9	164	90	5	499	25	21	23	29	1.99
98523947--98524262	84	3.8	84	88	5	498	25	21	23	29	1.99
98523673--98524252	293	2.0	293	95	0	1034	25	22	22	29	1.99
98525209--98525267	7	8.4	7	85	14	70	0	15	0	84	0.62
98525209--98525267	15	4.2	13	81	14	73	0	15	0	84	0.62
98525209--98525267	22	2.8	21	94	5	102	0	15	0	84	0.62
98530740--98530812	36	2.0	38	89	5	114	34	13	9	42	1.77
98530740--98530818	19	4.2	19	79	9	90	34	15	8	41	1.78
98535807--98535922	42	2.7	43	76	16	114	26	18	25	28	1.98
98540048--98540567	47	11.1	47	94	0	781	32	9	30	27	1.89
98547237--98547397	86	1.9	86	80	5	191	31	19	22	26	1.98
98553483--98553551	34	2.0	34	97	0	129	50	13	5	30	1.64
98555477--98555509	17	2.0	17	88	5	50	39	12	0	48	1.40
98555804--98555922	46	2.6	46	89	0	175	16	24	14	44	1.85
98558740--98558769	14	2.1	15	93	6	53	10	20	30	40	1.85
98564426--98564688	94	2.8	91	81	11	264	28	17	29	23	1.97
98564426--98564688	48	5.6	48	77	15	230	28	17	29	23	1.97
98570651--98570835	50	3.7	50	77	5	180	31	23	16	28	1.96
98574685--98574721	9	4.1	9	96	0	65	10	24	0	64	1.25
98587497--98587604	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
98595545--98595652	26	4.2	26	95	0	180	33	7	23	36	1.83
98608265--98608627	48	7.6	48	87	2	500	25	17	31	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98610324--98610474	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
98610324--98610474	55	2.8	55	92	1	241	27	13	28	30	1.94
98618462--98618613	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
98618462--98618613	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
98623415--98623463	24	2.0	25	84	11	66	38	18	20	22	1.93
98623991--98624045	21	2.7	21	83	8	60	45	18	0	36	1.49
98632469--98632511	8	5.4	8	88	0	68	41	0	0	58	0.98
98637478--98637648	39	4.3	40	88	3	222	25	28	21	25	1.99
98637480--98637701	40	5.6	39	83	6	216	25	27	21	25	1.99
98637478--98637701	79	2.8	79	80	8	240	25	27	20	25	1.99
98637633--98637710	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
98645392--98645561	39	4.3	39	88	5	211	25	28	21	25	1.99
98645392--98645614	40	5.7	40	82	8	233	25	27	21	25	1.99
98645392--98645614	79	2.8	79	80	9	240	25	27	21	25	1.99
98645546--98645623	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
98649691--98649721	15	2.1	15	100	0	62	41	6	6	45	1.55
98666677--98666743	23	3.2	23	62	33	60	37	13	8	40	1.76
98666671--98666748	39	2.0	39	100	0	156	41	12	7	38	1.72
98667490--98667533	17	2.6	18	85	7	56	31	27	11	29	1.91
98679327--98679450	33	3.8	33	96	0	221	16	9	43	29	1.80
98683988--98684013	6	4.3	6	100	0	52	53	15	15	15	1.73
98685733--98685811	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98685930--98686411	47	10.2	47	91	3	752	29	30	8	31	1.87
98685930--98686411	96	5.1	94	90	3	743	29	30	8	31	1.87
98686148--98686221	22	3.3	22	65	10	60	29	31	9	29	1.89
98693533--98693702	28	6.1	28	81	2	173	38	11	21	28	1.88
98693544--98693816	27	10.0	27	76	9	160	35	13	22	28	1.92
98693533--98693803	56	4.9	54	76	8	201	37	12	21	28	1.90
98695235--98695317	41	2.0	41	97	0	157	24	7	12	56	1.60
98695984--98696241	31	8.3	31	79	1	257	47	8	14	29	1.74
98697900--98697950	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
98698594--98698762	48	3.6	48	82	3	225	28	18	28	24	1.98
98698597--98699002	48	8.5	49	78	8	216	26	19	29	24	1.99
98698641--98698960	142	2.3	142	83	7	391	26	19	29	24	1.98
98698880--98699005	48	2.6	48	97	1	236	22	21	30	26	1.99
98706809--98706915	38	2.8	38	89	1	178	30	15	22	30	1.95
98710542--98710596	25	2.2	25	90	6	85	14	16	21	47	1.82
98717054--98717327	46	5.9	44	71	16	137	24	30	17	26	1.97
98717414--98717462	22	2.2	23	96	3	91	38	26	8	26	1.84
98724659--98724873	46	4.6	45	75	14	156	21	29	20	27	1.98
98733333--98733378	23	2.0	23	100	0	92	34	8	13	43	1.74
98735007--98735344	50	6.7	51	81	4	341	24	17	27	30	1.97
98735007--98735351	101	3.4	101	79	4	356	24	17	27	31	1.97
98741500--98741827	50	6.5	50	83	3	331	25	16	26	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98741552--98741838	101	2.9	99	84	2	351	25	17	26	29	1.98
98741500--98741778	151	1.8	152	87	3	418	24	16	27	31	1.97
98742026--98742055	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
98749038--98749354	127	2.5	126	84	6	399	36	20	17	25	1.94
98751985--98752155	45	3.8	43	76	11	175	28	21	18	31	1.97
98751886--98752079	102	1.9	102	80	10	227	28	22	18	30	1.97
98752133--98752324	88	2.2	88	90	1	305	22	23	23	30	1.99
98760515--98760554	19	2.1	19	86	9	55	42	12	20	25	1.86
98763810--98764135	127	2.6	127	81	5	381	38	19	16	25	1.92
98764527--98764596	35	1.9	37	82	8	90	60	18	5	15	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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