genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73730185--73730240	29	1.9	29	88	0	85	19	12	1	66	1.33
73730187--73730248	29	2.2	29	82	2	72	20	11	1	66	1.32
73743941--73743979	16	2.4	16	82	0	51	38	2	23	35	1.68
73744156--73744281	58	2.2	58	86	2	173	52	3	0	43	1.22
73744156--73744318	58	2.8	57	81	9	145	53	3	1	41	1.26
73745031--73745223	98	2.0	98	90	0	305	37	24	9	27	1.87
73759569--73759688	51	2.4	51	91	0	186	26	22	12	38	1.90
73762055--73762096	21	2.0	21	100	0	84	14	33	19	33	1.91
73772709--73772837	46	2.8	46	93	0	213	29	31	21	17	1.97
73780284--73780454	46	3.7	45	74	13	159	29	28	22	19	1.98
73780290--73780462	93	1.9	93	90	0	274	27	28	23	20	1.99
73780912--73781005	48	2.0	48	85	8	129	40	26	12	20	1.88
73783409--73783502	48	2.0	48	83	8	120	39	26	13	20	1.90
73787911--73788087	27	6.6	27	83	4	196	29	27	15	26	1.96
73789373--73789418	18	2.6	17	77	12	56	4	15	2	78	1.01
73792865--73793208	47	7.4	47	89	5	468	27	29	8	33	1.87
73793101--73793206	49	2.2	49	94	0	194	29	30	8	32	1.87
73797714--73797889	46	3.8	46	77	12	198	28	27	21	22	1.99
73799330--73799649	40	8.0	40	89	0	451	26	27	21	24	1.99
73799707--73799781	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
73802211--73802555	47	7.4	47	88	5	459	27	30	8	33	1.86
73802448--73802553	49	2.2	49	92	0	185	30	30	7	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73805328--73805392	6	10.3	6	91	6	103	81	1	1	15	0.84
73805328--73805404	18	4.1	18	88	5	91	79	2	3	14	0.99
73810411--73811229	419	2.0	420	79	6	908	35	11	22	30	1.90
73819793--73819941	75	2.0	75	98	0	289	30	21	16	30	1.96
73832768--73832950	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
73832769--73832952	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
73832821--73832985	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
73840113--73840290	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
73840114--73840269	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
73840110--73840290	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
73848182--73848359	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
73848183--73848338	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
73848179--73848359	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
73855567--73855687	39	3.1	39	97	0	224	22	32	25	19	1.98
73860587--73860665	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
73860784--73861147	49	7.6	49	90	3	537	28	30	8	32	1.87
73860784--73861147	96	3.8	95	91	2	559	28	30	8	32	1.87
73862834--73862858	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
73865090--73865168	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
73865150--73865252	43	2.4	43	98	0	197	26	34	16	22	1.95
73867114--73867190	37	2.1	35	88	4	109	24	31	19	24	1.98
73867309--73867667	47	7.6	47	91	3	535	28	29	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73867309--73867667	95	3.8	94	92	3	544	28	29	8	32	1.87
73867320--73867713	190	2.1	187	83	7	487	29	29	7	32	1.86
73869349--73869373	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
73872868--73873034	40	4.2	40	75	3	140	25	27	22	24	2.00
73886272--73886364	44	2.1	46	84	8	120	33	4	25	36	1.76
73898564--73898746	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
73898543--73898746	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
73907537--73907718	27	6.6	27	79	6	168	30	28	15	26	1.96
73907537--73907718	56	3.3	55	78	8	172	30	28	15	26	1.96
73915601--73915778	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
73915622--73915777	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
73919654--73919688	18	1.9	18	88	0	52	40	0	45	14	1.45
73921994--73922031	19	2.0	19	89	0	58	52	0	2	44	1.14
73923297--73923441	28	5.3	27	80	4	130	29	26	11	32	1.92
73929494--73929615	57	2.1	58	80	1	129	33	22	13	30	1.93
73930607--73930640	17	2.0	17	88	11	52	26	17	11	44	1.83
73934167--73934271	53	2.0	53	83	3	131	37	19	22	20	1.95
73948639--73948881	29	8.5	29	82	6	268	34	23	16	25	1.95
73948847--73948899	26	2.0	26	88	0	79	41	20	13	24	1.88
73956131--73956172	21	2.0	21	95	0	75	21	33	26	19	1.97
73958158--73958196	20	1.9	21	85	15	55	51	17	0	30	1.46
73965354--73965404	19	2.8	17	81	18	59	43	1	11	43	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73966475--73966614	19	7.4	19	78	4	95	21	22	25	30	1.99
73966475--73966614	38	3.7	38	71	4	113	21	22	25	30	1.99
73971955--73972140	29	6.4	29	77	9	150	27	16	24	31	1.96
73971955--73972088	59	2.3	58	79	8	146	26	14	23	34	1.94
73974507--73974657	39	3.9	39	90	0	203	27	18	28	25	1.98
73996952--73997027	31	2.5	31	86	0	116	21	36	26	15	1.93
74006324--74006409	26	3.3	26	81	0	109	22	25	25	26	2.00
74007634--74007682	23	2.2	21	79	17	55	28	0	24	46	1.53
74014536--74014618	43	2.0	42	87	2	121	30	25	14	30	1.95
74015821--74015872	22	2.4	22	80	6	61	21	15	28	34	1.94
74022619--74022697	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
74030674--74030752	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
74032614--74032686	29	2.5	30	82	14	100	26	15	30	28	1.96
74032793--74032861	29	2.3	29	85	2	93	28	13	30	27	1.94
74032645--74033152	176	2.9	175	93	4	869	30	14	24	30	1.94
74040911--74040988	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
74040941--74041442	174	2.9	174	97	0	950	30	14	24	30	1.95
74043810--74043834	13	1.9	13	100	0	50	16	20	0	64	1.30
74046805--74046869	31	2.1	31	97	0	121	16	24	32	26	1.96
74049977--74050101	28	4.6	27	91	2	178	31	29	12	26	1.93
74049979--74050122	56	2.6	56	84	5	159	32	31	11	24	1.91
74057998--74058149	27	5.6	27	93	3	241	30	28	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74057998--74058149	55	2.8	55	94	0	259	30	28	13	26	1.94
74062472--74062530	30	2.0	30	86	0	82	47	10	8	33	1.68
74071469--74071595	43	3.0	42	82	6	166	28	22	15	33	1.95
74076369--74076407	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
74083974--74084160	37	5.1	37	96	0	320	26	30	19	24	1.98
74084365--74084549	47	3.9	47	91	0	289	26	28	11	33	1.92
74084458--74084533	22	3.3	22	67	16	64	25	27	13	34	1.93
74088927--74089055	43	3.0	42	76	6	125	27	22	15	34	1.94
74088927--74089055	42	3.0	43	75	8	131	27	22	15	34	1.94
74090702--74090828	43	3.0	42	78	6	139	26	24	14	33	1.94
74090702--74090828	42	3.0	42	76	8	141	26	24	14	33	1.94
74097096--74097173	29	2.8	28	86	3	102	26	15	29	28	1.96
74098581--74098804	40	5.7	40	85	6	269	25	28	22	24	2.00
74098581--74098804	78	2.8	79	85	5	283	25	28	22	24	2.00
74098584--74098804	118	1.9	119	83	6	297	24	28	22	24	2.00
74099932--74100051	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
74106502--74106725	40	5.7	40	85	6	278	25	28	21	24	1.99
74107853--74108027	56	3.1	56	98	1	343	22	24	9	44	1.82
74109847--74110074	27	8.4	27	83	1	258	32	20	21	24	1.97
74109850--74110072	83	2.7	82	81	2	261	33	21	21	24	1.97
74110212--74110275	27	2.4	27	84	2	76	17	21	21	39	1.93
74110225--74110304	27	3.0	27	77	1	72	20	22	18	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74139864--74140073	40	5.3	40	92	0	314	23	20	29	26	1.99
74147776--74147985	40	5.3	40	92	0	314	23	20	29	26	1.99
74151744--74151929	47	4.0	47	91	0	282	32	11	29	26	1.92
74151773--74151844	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
74151907--74152186	48	5.8	48	87	8	408	36	6	25	31	1.82
74151902--74152186	98	2.9	98	90	5	447	36	7	25	31	1.83
74152331--74152435	37	2.9	36	86	12	146	22	18	32	26	1.97
74152334--74152441	32	3.0	36	85	11	143	22	17	33	26	1.96
74163708--74163866	43	3.7	42	80	9	169	31	27	18	22	1.97
74163703--74163872	86	2.0	85	83	3	216	32	27	17	22	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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