Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   

This is table  349  of  349  ( 41854 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
115208392--115208442
3
17.3
3
75
4
50
33
1
3
60
1.26
115208565--115208597
3
11.0
3
100
0
66
33
0
0
66
0.92
115210341--115210370
12
2.4
13
94
5
53
80
0
13
6
0.91
115210975--115211025
3
17.3
3
75
4
50
33
1
3
60
1.26
115211150--115211179
3
10.0
3
100
0
60
33
0
0
66
0.92
115214522--115214547
3
8.7
3
100
0
52
34
0
0
65
0.93
115227067--115227124
29
2.0
29
96
0
107
44
18
10
25
1.82
115229476--115229582
54
2.0
54
94
0
187
30
11
14
43
1.80
115232202--115232299
45
2.2
45
96
1
178
53
10
21
15
1.71
115234085--115234143
29
2.0
29
83
0
73
54
23
10
11
1.67
115242715--115243380
285
2.3
288
88
2
966
42
19
11
26
1.85
115245375--115245465
33
2.8
33
93
0
155
30
42
8
17
1.80
115248503--115248530
13
2.2
13
100
0
56
28
7
25
39
1.82
115257401--115257458
5
10.8
5
80
12
62
43
0
1
55
1.10
115257402--115257459
8
6.7
9
74
21
61
43
0
1
55
1.10
115257404--115257459
17
3.4
17
85
9
71
42
0
1
55
1.10
115258774--115258812
18
2.1
19
85
4
53
38
0
10
51
1.36
115262765--115262842
36
2.2
36
84
9
97
62
8
7
20
1.49
115267042--115267136
47
2.0
46
91
2
154
10
26
8
54
1.63
115271171--115271196
10
2.6
10
100
0
52
50
7
0
42
1.31
115281963--115282207
49
4.9
49
83
3
319
28
25
18
26
1.98
115281976--115282207
100
2.3
99
86
4
315
28
25
18
26
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
115283546--115283597
16
3.2
17
81
8
72
57
0
3
38
1.17
115283550--115283632
32
2.6
31
86
9
105
57
0
2
39
1.12
115283552--115283604
16
3.3
15
77
17
54
58
0
1
39
1.09
115295053--115295107
4
13.8
4
96
0
83
20
0
29
50
1.48
115302026--115302096
31
2.3
31
92
0
115
52
12
15
19
1.75
115302556--115302598
21
2.0
21
86
0
59
67
9
20
2
1.30
115311218--115311265
24
2.0
24
84
8
62
58
4
10
27
1.49
115322262--115322302
21
2.0
21
90
0
64
19
29
21
29
1.98
115325986--115326216
118
2.0
118
92
3
385
24
23
12
38
1.90
115327308--115327367
22
2.7
21
72
10
57
56
0
8
35
1.29
115337562--115337612
18
2.8
18
93
0
84
27
25
15
31
1.96
115349957--115349990
17
2.0
17
100
0
68
35
23
5
35
1.79
115354940--115354989
13
3.8
14
79
12
61
36
20
6
38
1.77
115361702--115361734
5
6.6
5
92
0
57
39
3
18
39
1.66
115367144--115367208
27
2.4
28
89
2
96
52
13
1
32
1.50
115371226--115371283
31
1.9
29
83
13
73
37
10
10
41
1.73
115380912--115380939
6
4.7
6
100
0
56
50
14
0
35
1.43
115408885--115408913
13
2.2
13
100
0
58
48
6
13
31
1.69
115410136--115410165
10
3.0
10
95
0
51
13
0
6
80
0.91
115411346--115411412
33
2.0
34
91
2
109
20
32
8
37
1.84
115412704--115412728
12
2.1
12
100
0
50
68
0
16
16
1.22
115424460--115424497
16
2.4
16
86
4
51
28
5
7
57
1.49
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
115428470--115428516
20
2.2
21
77
11
51
42
4
4
48
1.42
115430553--115430631
28
2.7
29
84
13
92
34
8
8
48
1.66
115447131--115447199
25
2.7
25
73
10
68
62
1
5
30
1.27
115447175--115447213
17
2.3
17
86
8
53
69
2
0
28
1.02
115462934--115462970
4
9.2
4
100
0
74
51
24
0
24
1.49
115473874--115474036
82
2.0
82
92
0
272
35
20
19
24
1.95
115482296--115482337
19
2.3
19
88
8
61
38
0
0
61
0.96
115482299--115482332
7
4.7
7
85
7
50
38
0
0
61
0.96
115482296--115482362
5
14.2
5
76
17
54
32
0
5
61
1.20
115482299--115482337
12
3.4
12
82
13
55
38
0
0
61
0.96
115483178--115483218
3
13.7
3
84
0
55
34
0
2
63
1.08
115483178--115483234
9
6.3
9
77
0
51
36
0
3
59
1.14
115491093--115491129
12
3.0
13
88
7
51
81
0
0
18
0.70
115491081--115491119
19
2.1
19
90
0
60
79
2
0
17
0.84
115491596--115491626
16
1.9
16
100
0
62
32
32
9
25
1.88
115491689--115491734
18
2.7
16
81
15
56
13
17
0
69
1.19
115498735--115498962
113
2.0
113
96
0
420
39
17
10
32
1.85
115507781--115507824
20
2.2
20
84
11
56
52
4
2
40
1.34
115514649--115514685
18
2.0
19
94
5
67
64
5
18
10
1.43
115514927--115514968
21
2.0
21
85
0
57
30
9
23
35
1.87
115515435--115515490
28
2.0
28
100
0
112
35
14
10
39
1.81
115520181--115520287
53
2.0
53
100
0
214
28
7
20
42
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
115526597--115527138
273
2.0
269
97
1
1012
25
18
20
35
1.95
115536251--115536327
21
3.5
21
65
15
57
44
11
37
6
1.67
115536245--115536332
44
2.0
42
95
4
158
45
11
36
6
1.67
115536586--115536993
204
2.0
202
94
4
714
27
24
16
31
1.96
115540676--115540750
22
3.3
22
83
7
80
18
26
17
37
1.93
115542080--115542123
10
4.4
10
81
18
56
47
11
0
40
1.39
115542073--115542115
19
2.2
20
91
4
70
48
6
0
44
1.29
115544822--115544862
21
2.0
21
95
0
73
36
17
4
41
1.71
115554664--115554750
27
3.4
27
62
18
67
16
14
9
59
1.59
115554654--115554752
50
2.0
50
100
0
198
19
14
10
56
1.66
115561038--115561201
87
1.9
87
91
2
267
37
21
19
20
1.94
115575180--115575258
40
2.0
40
89
0
122
36
3
8
50
1.52
115578910--115578948
16
2.4
16
87
12
53
66
5
0
28
1.12
115579960--115579999
11
3.6
11
82
0
53
55
0
17
27
1.43
115582392--115582505
57
2.0
57
100
0
228
21
21
22
35
1.96
115593750--115593787
19
2.0
19
100
0
76
26
26
21
26
1.99
115594032--115594107
34
2.2
34
92
0
125
26
6
31
35
1.82
115599140--115599203
32
2.0
33
84
3
85
25
20
1
53
1.55
115599161--115599210
18
2.6
19
87
6
66
22
22
2
54
1.55
115605961--115605987
6
4.5
6
100
0
54
33
33
14
18
1.92
115607706--115607749
16
2.8
16
86
6
54
29
0
13
56
1.38
115609439--115609484
22
2.1
22
84
8
58
8
8
2
80
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
115620001--115620043
20
2.2
20
100
0
86
9
4
27
58
1.49
115620305--115620345
21
2.0
21
85
9
57
12
14
26
46
1.80
115624452--115624490
20
2.0
20
90
10
62
64
0
2
33
1.08
115627854--115627941
43
2.0
43
95
0
158
17
15
20
46
1.84
115629178--115629258
32
2.5
33
80
4
94
16
28
24
30
1.96
115629278--115637255
7
1147.6
7
96
3
13944
14
0
42
42
1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349

The End!