genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19946852--19946940	42	2.1	42	89	4	135	14	25	34	24	1.94
19947565--19947634	34	2.0	35	86	2	97	25	18	24	31	1.98
19948113--19948154	18	2.3	18	91	0	66	47	2	14	35	1.57
19948122--19948156	18	1.9	18	100	0	70	40	2	17	40	1.64
19955738--19955844	43	2.5	43	92	0	178	42	25	9	22	1.83
19955825--19955866	22	1.9	22	90	0	66	45	35	2	16	1.61
19956002--19956052	19	2.7	19	67	11	50	49	21	0	29	1.50
19958385--19958647	127	2.1	127	95	0	472	33	15	6	45	1.71
19961873--19961916	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
19961936--19961977	13	2.9	14	80	13	50	52	2	0	45	1.13
19962525--19962570	14	3.2	14	84	9	58	43	4	4	47	1.42
19963344--19963409	22	3.0	22	76	10	64	34	1	3	60	1.21
19967606--19967654	24	2.0	24	92	0	80	55	2	8	34	1.41
19973481--19973518	18	2.1	18	90	0	58	26	23	10	39	1.87
19973774--19973816	21	2.0	22	86	4	61	39	41	11	6	1.68
19977060--19977584	126	4.2	126	83	1	615	29	16	15	38	1.90
19977670--19977799	33	3.9	33	76	13	133	46	14	0	38	1.45
19977849--19977904	22	2.5	23	80	11	64	50	37	1	10	1.48
19988880--19988922	18	2.4	18	88	0	59	69	4	16	9	1.31
19988916--19988964	21	2.5	19	78	15	55	42	0	57	0	0.99
19988999--19989030	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
19989000--19989030	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19993432--19993463	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
19993433--19993463	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
19995491--19995551	4	15.2	4	85	0	77	0	55	1	42	1.09
19995491--19995551	6	10.2	6	85	0	77	0	55	1	42	1.09
19995493--19995543	14	3.6	14	89	0	75	0	54	1	43	1.11
19995491--19995561	18	3.9	18	90	0	88	0	59	1	39	1.06
19995493--19995577	14	6.2	14	81	12	63	0	62	1	36	1.03
19995535--19995577	12	3.6	12	84	12	61	0	72	0	27	0.85
19995517--19995577	18	3.4	18	82	13	72	0	68	0	31	0.89
19996888--19996951	2	32.5	2	82	3	67	0	54	0	45	0.99
20001654--20001691	20	1.9	20	94	0	67	21	18	5	55	1.62
20004838--20004877	20	2.0	20	100	0	80	30	20	0	50	1.49
20011519--20011549	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
20011516--20011555	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
20011793--20011995	55	3.8	53	81	7	214	22	25	17	34	1.95
20019294--20019354	24	2.5	24	83	0	95	42	24	13	19	1.87
20020012--20020095	30	2.8	30	81	3	98	26	27	17	28	1.98
20025681--20025773	45	2.0	47	91	6	154	34	16	15	34	1.90
20039667--20039696	13	2.2	14	94	5	53	23	3	36	36	1.71
20039736--20039839	28	3.8	29	80	10	123	15	5	31	47	1.69
20041599--20041663	29	2.2	29	83	0	76	18	13	16	50	1.78
20063900--20063972	27	2.5	29	82	14	80	20	6	2	69	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20078906--20078930	13	1.9	13	100	0	50	24	28	48	0	1.52
20082747--20082780	11	3.1	11	86	0	50	79	0	20	0	0.73
20082739--20082779	18	2.2	19	86	4	57	80	0	19	0	0.71
20084034--20084214	40	4.6	40	88	2	260	24	21	28	25	1.99
20087468--20087518	23	2.2	23	82	6	59	70	9	5	13	1.32
20092668--20092742	37	2.0	37	97	0	141	21	26	16	36	1.94
20098320--20098362	5	8.0	5	85	14	59	23	2	0	74	0.93
20098325--20098375	22	2.3	21	83	9	66	25	3	0	70	1.04
20098315--20098375	18	3.8	17	78	18	51	26	4	0	68	1.09
20098346--20098475	63	2.1	63	85	2	172	29	6	0	63	1.26
20103012--20103036	12	2.1	12	100	0	50	44	24	8	24	1.80
20112458--20112486	13	2.2	13	100	0	58	27	37	34	0	1.57
20116432--20116489	15	3.9	15	81	0	71	53	13	17	15	1.73
20116430--20116489	30	2.0	30	86	0	84	53	13	16	16	1.73
20118538--20118669	40	3.3	40	95	2	230	27	28	20	24	1.99
20118538--20118723	80	2.3	81	84	5	236	27	27	20	23	1.99
20122888--20123071	78	2.3	81	85	6	243	25	27	22	24	2.00
20122869--20123071	40	5.1	40	84	7	245	24	27	22	25	2.00
20143439--20144413	45	20.9	45	73	9	492	34	16	19	29	1.94
20143439--20144414	96	10.4	96	74	9	637	34	16	19	29	1.94
20143759--20144420	51	13.9	51	71	13	385	34	16	19	29	1.94
20143526--20144444	146	6.5	144	76	10	594	34	16	19	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20145029--20145090	21	2.9	22	86	11	85	16	6	3	74	1.16
20145915--20145947	16	2.1	15	94	5	57	18	3	0	78	0.87
20145916--20145961	23	2.0	24	82	4	58	17	8	0	73	1.07
20146008--20146062	23	2.5	22	77	13	58	25	3	3	67	1.23
20146040--20146152	60	1.9	58	87	7	165	28	7	1	62	1.31
20146830--20146882	27	2.0	27	96	0	97	16	15	32	35	1.90
20147164--20147214	20	2.6	19	79	11	50	47	3	5	43	1.46
20148971--20149078	26	4.2	26	95	0	189	30	6	26	36	1.82
20150674--20150832	27	5.9	26	80	10	160	20	24	20	33	1.97
20150671--20150814	54	2.7	54	91	2	218	19	24	22	34	1.97
20156963--20157044	26	3.2	26	98	0	155	30	9	26	32	1.89
20158640--20158780	27	5.2	26	76	13	126	19	24	21	34	1.97
20158637--20158780	54	2.7	54	91	2	218	19	24	22	34	1.97
20159711--20159790	39	2.1	39	95	0	142	18	28	26	26	1.98
20166258--20166297	5	8.0	5	100	0	80	20	0	0	80	0.72
20168089--20168124	18	2.0	18	88	0	54	30	13	25	30	1.94
20169708--20169745	20	2.1	18	85	14	51	57	10	0	31	1.32
20172275--20172375	48	2.0	49	81	9	116	54	2	0	41	1.22
20173487--20173569	37	2.2	37	89	0	130	40	13	8	37	1.75
20173737--20173796	24	2.5	24	75	5	59	51	3	1	43	1.28
20183756--20183794	13	3.0	13	85	11	53	25	2	5	66	1.25
20191296--20191336	21	2.0	21	90	9	66	53	12	12	21	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20195149--20195235	27	3.2	27	82	12	99	34	24	22	18	1.96
20196828--20196935	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
20201594--20201719	46	2.7	45	78	14	134	30	18	27	23	1.97
20205231--20205279	19	2.5	20	80	10	55	55	8	10	26	1.61
20206846--20206892	24	2.0	24	86	0	67	17	23	10	48	1.77
20212987--20213027	21	2.0	21	90	0	64	21	17	17	43	1.87
20217419--20217483	25	2.7	24	78	4	67	18	27	15	38	1.91
20217438--20217484	25	1.9	25	86	4	69	19	25	17	38	1.92
20218877--20219029	43	3.6	43	81	3	164	26	14	24	34	1.94
20218949--20219042	43	2.2	42	79	5	100	28	17	21	32	1.95
20226488--20226652	43	3.9	42	78	9	156	23	16	27	32	1.96
20228360--20228535	58	3.0	58	100	0	352	25	17	19	38	1.93
20235712--20235787	24	3.2	24	84	0	80	19	27	17	35	1.94
20235723--20235789	24	2.8	24	86	0	89	17	31	19	31	1.95
20235771--20235836	27	2.6	24	73	17	62	22	25	21	30	1.99
20241655--20241685	16	1.9	16	93	0	53	19	16	6	58	1.59
20255752--20255848	39	2.5	39	91	0	149	38	25	22	13	1.91
20258032--20258073	15	2.8	15	85	0	57	50	14	19	16	1.79
20261319--20261420	18	5.4	19	74	15	68	38	24	22	14	1.92
20261333--20261420	38	2.3	39	90	2	133	39	25	21	13	1.90
20266535--20266568	4	8.5	4	100	0	68	23	0	26	50	1.50
20273220--20273272	25	2.1	25	92	0	88	24	16	26	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20282606--20282647	19	2.2	19	95	0	75	38	2	21	38	1.67
20283107--20283163	22	2.6	22	82	0	69	29	19	15	35	1.93
20288605--20288648	21	2.1	21	91	0	70	18	25	13	43	1.86
20290994--20291027	16	2.1	16	88	0	50	35	20	14	29	1.93
20299914--20300003	45	2.0	45	97	0	171	21	13	20	45	1.84
20301863--20301893	12	2.6	12	94	0	53	58	0	9	32	1.31
20311331--20311380	13	3.8	13	75	0	55	44	10	0	46	1.37
20312555--20312607	24	2.1	26	86	6	74	28	3	18	49	1.65
20313929--20313960	16	2.0	16	100	0	64	18	43	6	31	1.75
20328801--20328871	36	2.0	35	86	5	99	59	7	9	23	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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