genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   

This is table  82  of  349  ( 41854 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24375423--24375572	10	14.9	10	68	19	55	29	5	2	63	1.27
24375516--24375574	20	2.8	22	80	14	72	27	5	0	67	1.11
24375540--24375613	19	3.8	18	77	10	58	29	4	1	64	1.20
24376158--24376320	36	4.4	36	72	9	123	43	13	20	22	1.86
24376186--24376327	75	1.9	75	88	0	212	43	13	20	22	1.86
24376209--24376351	75	1.9	75	84	2	189	41	13	23	21	1.88
24376381--24376810	36	11.7	35	72	9	224	43	14	19	22	1.86
24376365--24376826	147	3.1	147	85	3	554	44	14	19	21	1.86
24376405--24376827	75	5.7	74	78	5	365	44	13	19	22	1.85
24376406--24376885	75	6.5	75	76	8	299	45	13	18	22	1.85
24376365--24376918	147	3.8	148	81	5	444	44	14	18	22	1.85
24376950--24377141	39	5.2	35	68	16	120	46	16	16	20	1.84
24376870--24377157	74	3.8	75	82	5	312	46	15	17	20	1.83
24376870--24377165	75	3.9	75	82	5	319	46	15	17	20	1.84
24377960--24378014	25	2.2	26	78	15	62	50	5	3	40	1.43
24377907--24378043	68	2.0	71	86	5	199	50	3	4	41	1.40
24377915--24378062	68	2.1	71	80	7	160	51	3	4	41	1.37
24385176--24385380	102	2.0	102	89	1	313	35	24	11	28	1.91
24388327--24388493	27	6.1	27	82	10	198	37	22	22	17	1.94
24388327--24388493	54	3.1	54	89	2	246	37	22	22	17	1.94
24390068--24390175	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
24390530--24390584	29	1.9	28	85	3	74	36	1	3	58	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24390966--24391014	17	2.9	17	81	6	55	65	0	0	34	0.93
24391539--24391617	27	2.9	27	80	12	90	35	0	5	59	1.19
24391537--24391603	18	3.7	18	78	4	71	37	0	4	58	1.19
24403847--24403884	18	2.1	18	90	0	58	44	47	2	5	1.39
24403861--24403885	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
24403910--24403950	6	6.5	6	89	10	64	80	2	0	17	0.82
24403912--24403956	14	3.3	14	78	15	58	77	2	0	20	0.87
24403913--24403951	20	2.0	20	94	0	69	79	2	0	17	0.84
24403968--24404052	9	9.4	9	83	5	91	29	9	18	42	1.82
24408266--24408305	20	2.0	20	85	9	55	32	0	10	57	1.32
24408300--24408337	20	1.9	20	89	10	60	42	0	2	55	1.14
24415778--24416044	35	7.6	35	85	0	327	31	23	11	32	1.91
24415784--24416044	105	2.5	105	88	1	371	31	24	11	32	1.91
24420592--24420697	40	2.7	39	83	4	133	36	4	9	49	1.56
24423926--24423984	16	3.4	18	77	11	61	45	5	18	30	1.71
24423936--24423990	16	3.4	16	78	11	58	50	3	16	29	1.62
24423926--24423989	34	1.9	33	87	3	92	46	4	18	29	1.69
24424546--24424589	22	2.0	22	82	13	54	18	2	31	47	1.61
24424859--24424922	33	1.9	33	100	0	128	34	10	26	28	1.90
24429652--24429794	37	4.1	37	83	14	205	32	6	12	48	1.66
24429687--24429746	29	2.1	29	100	0	120	35	6	6	51	1.54
24429652--24429783	66	2.0	65	95	1	237	33	6	11	49	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24429794--24429876	9	9.4	9	78	5	98	26	9	20	43	1.82
24429801--24429842	17	2.5	17	88	0	66	26	9	23	40	1.85
24429789--24429876	26	3.3	27	82	6	90	26	10	20	43	1.83
24439195--24439220	9	2.9	9	100	0	52	57	0	42	0	0.98
24441110--24441171	30	2.1	30	96	0	115	22	22	17	37	1.94
24443068--24443104	18	2.1	18	94	0	65	45	8	18	27	1.77
24443256--24443318	31	2.0	31	87	0	90	39	0	1	58	1.07
24445003--24445114	33	3.4	32	79	11	113	38	12	22	26	1.90
24445011--24445114	32	3.2	32	80	5	102	38	11	23	26	1.89
24445107--24445223	31	3.8	31	87	2	173	28	18	26	26	1.98
24445313--24445377	27	2.4	27	92	0	103	38	13	26	21	1.91
24445432--24445505	34	2.2	34	92	0	121	25	10	28	35	1.90
24446048--24446087	20	2.0	20	100	0	80	45	5	15	35	1.68
24450338--24450574	50	4.7	50	83	4	273	24	18	27	29	1.98
24450338--24450574	101	2.4	99	85	5	291	24	18	27	29	1.98
24452491--24452858	126	2.9	126	91	1	576	27	19	18	34	1.95
24453345--24453397	27	1.9	28	96	3	99	43	33	0	22	1.54
24453337--24453439	45	2.4	43	82	14	115	44	34	0	20	1.52
24468206--24468244	19	2.1	19	95	0	69	38	12	10	38	1.78
24470263--24470352	27	3.3	26	78	9	101	24	27	16	31	1.97
24472798--24472895	25	3.9	24	80	9	99	38	11	16	33	1.84
24472798--24472895	50	2.0	50	80	11	112	38	11	16	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24475925--24475972	10	4.5	10	79	10	51	39	10	0	50	1.37
24495099--24495314	40	5.4	40	92	2	330	23	22	28	25	1.99
24496975--24497166	33	5.9	32	78	7	145	29	23	14	32	1.94
24497012--24497216	65	3.1	66	78	4	182	30	23	12	33	1.92
24497110--24497203	32	2.9	34	74	7	95	32	21	11	34	1.89
24497103--24497215	34	3.4	34	75	6	124	28	24	9	37	1.87
24497207--24497276	28	2.5	28	95	2	122	24	32	10	32	1.88
24503510--24503634	62	2.0	62	96	0	232	35	11	19	34	1.87
24505928--24505996	22	3.2	22	68	12	70	26	7	7	59	1.50
24505917--24506001	43	2.0	44	97	2	163	25	5	9	58	1.52
24505930--24505997	21	3.2	21	64	12	57	26	7	7	58	1.51
24514791--24514825	18	1.9	18	88	11	54	11	28	31	28	1.92
24516874--24516927	26	2.1	25	82	6	63	14	12	14	57	1.66
24517586--24517646	21	3.0	21	80	2	70	34	24	16	24	1.95
24522020--24522053	16	2.0	18	88	11	54	52	0	2	44	1.16
24534938--24535046	27	4.1	27	85	5	132	37	22	22	16	1.93
24534938--24535046	54	2.0	53	85	1	146	37	22	22	16	1.93
24540561--24540665	42	2.5	42	90	3	158	25	11	33	29	1.91
24540769--24540822	5	10.6	5	78	11	56	79	0	1	18	0.82
24540769--24540841	15	5.0	14	75	18	60	80	0	4	15	0.85
24540803--24540847	22	2.0	23	87	12	67	82	0	11	6	0.84
24540769--24540841	10	8.0	9	73	15	53	80	0	4	15	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24540803--24540845	6	7.3	6	81	5	52	83	0	9	6	0.80
24540773--24540845	18	4.1	17	77	18	69	80	0	5	13	0.87
24549981--24550089	27	4.1	27	81	5	105	37	21	22	18	1.94
24556698--24556726	13	2.1	14	93	6	51	55	6	0	37	1.27
24561771--24561914	9	16.0	9	70	17	77	38	1	15	44	1.56
24561808--24561914	18	5.8	18	72	12	92	39	1	15	42	1.58
24562124--24562170	12	3.7	12	81	15	58	57	12	14	14	1.66
24562128--24562191	15	4.4	15	77	18	73	60	14	9	15	1.57
24562124--24562187	28	2.3	28	91	2	103	59	12	12	15	1.61
24565977--24566078	40	2.5	40	83	0	123	30	20	13	35	1.92
24567149--24567234	43	2.0	43	86	4	122	39	27	6	25	1.81
24567390--24567482	28	3.2	28	76	14	84	24	0	26	48	1.51
24567420--24567482	21	3.0	21	76	2	54	25	0	23	50	1.49
24567771--24568182	40	10.2	41	85	4	491	25	16	23	34	1.95
24567771--24568182	81	5.1	80	83	5	497	25	16	23	34	1.95
24568847--24568917	10	7.1	9	75	15	52	35	7	1	56	1.35
24568845--24568918	30	2.4	30	82	10	80	36	6	1	55	1.35
24570811--24570851	22	1.9	22	95	5	75	46	2	7	43	1.44
24571142--24571197	19	2.8	20	86	10	78	46	5	8	39	1.58
24575038--24575130	28	3.3	27	83	5	114	23	13	34	27	1.93
24584919--24585228	27	11.6	27	80	4	308	38	20	9	31	1.85
24584918--24585228	53	5.8	53	81	3	358	37	20	9	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24584918--24585228	107	2.9	107	85	3	405	37	20	9	31	1.85
24585209--24585297	27	3.3	27	90	0	124	37	15	16	30	1.91
24584919--24585283	134	2.7	133	78	4	387	37	20	10	31	1.87
24586886--24587117	48	4.8	48	84	2	313	25	29	18	27	1.98
24586886--24587122	96	2.5	97	92	2	388	25	29	17	27	1.98
24592704--24592946	40	6.1	40	90	0	380	28	26	20	23	1.99
24594258--24594284	13	2.1	13	100	0	54	51	14	7	25	1.68
24606033--24606132	42	2.3	44	81	10	118	37	22	15	26	1.93
24625080--24625240	43	3.8	42	73	15	134	31	24	17	26	1.97
24625080--24625227	44	3.5	42	77	11	149	30	25	18	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349