genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86737345--86737424	37	2.2	37	84	2	99	26	27	17	28	1.98
86737365--86737463	37	2.7	37	87	3	137	27	23	17	32	1.96
86738493--86738531	20	2.0	20	94	0	69	10	28	38	23	1.87
86742826--86742977	42	3.6	42	85	3	198	28	26	16	27	1.97
86744931--86744982	24	2.2	24	93	6	88	46	1	3	48	1.31
86750903--86750950	15	3.2	15	71	11	53	56	14	14	14	1.68
86756795--86757012	40	5.5	40	91	1	341	24	23	27	25	2.00
86758459--86758498	5	7.8	5	83	5	53	5	17	0	77	0.94
86758461--86758502	10	4.2	10	88	8	59	7	16	0	76	1.00
86758464--86758499	11	3.4	11	92	3	56	5	16	0	77	0.94
86759222--86759281	19	2.9	20	74	20	61	51	6	0	41	1.28
86766222--86766287	33	2.0	33	96	0	123	31	25	21	21	1.98
86772150--86772408	46	5.5	47	78	10	228	28	18	29	22	1.98
86772147--86772464	46	6.7	50	77	12	203	26	19	30	23	1.98
86776444--86776727	40	7.1	40	85	6	328	25	21	27	26	1.99
86776444--86776727	80	3.6	80	87	4	389	25	21	27	26	1.99
86776445--86776708	119	2.2	120	87	6	392	24	21	27	26	1.99
86795091--86795174	42	2.0	41	88	2	123	32	19	3	45	1.67
86795106--86795177	21	3.4	21	65	5	56	33	18	4	44	1.69
86804297--86804366	25	2.7	26	78	10	90	31	15	20	32	1.94
86804299--86804381	26	3.2	26	76	8	89	30	14	22	32	1.94
86823521--86823573	24	2.2	25	83	10	65	67	1	3	26	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86827742--86827785	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
86827805--86827846	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
86827809--86827845	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
86827878--86827934	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
86831443--86831482	4	9.2	4	84	15	53	25	5	0	70	1.08
86832474--86832515	16	2.7	15	82	13	50	45	0	0	54	0.99
86832726--86832788	29	2.2	29	83	11	76	55	4	1	38	1.31
86833661--86833761	24	4.2	24	87	0	139	34	1	37	25	1.68
86835175--86835286	27	4.2	26	83	7	134	16	24	22	36	1.94
86835175--86835286	54	2.1	54	88	3	163	16	24	22	36	1.94
86840926--86841097	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
86840919--86841094	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
86848367--86848495	46	2.8	46	95	0	222	29	29	21	19	1.98
86848375--86848514	46	3.0	45	88	4	140	28	29	21	20	1.98
86850064--86850094	8	3.9	8	91	0	53	48	25	22	3	1.66
86850513--86850624	27	4.2	26	83	7	134	16	24	22	36	1.94
86850513--86850624	54	2.1	54	88	3	163	16	24	22	36	1.94
86865072--86865186	29	4.0	29	85	6	146	28	29	14	26	1.95
86865396--86865447	16	3.2	16	83	0	59	17	25	11	46	1.81
86865410--86865455	24	1.9	24	90	0	74	19	23	10	45	1.82
86870678--86870763	42	2.0	42	100	0	172	46	6	18	27	1.75
86873426--86873507	40	2.0	40	92	0	137	20	17	12	50	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86883653--86883706	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
86883960--86884184	49	4.5	50	79	8	262	26	17	26	29	1.97
86883955--86884184	100	2.3	98	84	6	277	26	17	26	29	1.98
86887830--86887875	9	4.9	9	84	7	56	32	15	36	15	1.88
86887834--86887876	19	2.3	19	87	0	68	27	18	39	13	1.89
86887967--86888049	29	2.9	29	78	5	89	30	12	30	27	1.92
86894417--86894481	30	2.2	29	91	2	103	38	21	15	24	1.92
86899452--86899617	50	3.3	49	83	3	197	25	15	27	30	1.96
86899559--86899672	59	1.9	59	89	3	176	24	14	27	33	1.95
86902958--86903132	46	3.8	46	75	13	187	29	28	20	21	1.98
86902965--86903136	93	1.8	93	92	0	290	28	28	20	22	1.99
86909657--86909710	9	5.5	10	75	16	51	37	9	18	35	1.83
86909654--86909702	5	10.2	5	75	16	50	36	6	20	36	1.78
86909654--86909710	20	2.9	21	90	10	86	36	8	19	35	1.83
86909760--86909896	26	5.3	26	85	4	145	27	20	24	28	1.99
86917649--86917696	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
86917725--86917781	9	5.8	10	76	15	57	36	8	19	35	1.83
86917724--86917798	20	3.8	20	91	6	111	37	9	18	34	1.83
86917743--86917798	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
86917848--86918062	52	4.2	52	88	3	303	27	20	22	28	1.99
86917848--86918049	78	2.6	78	87	2	300	26	21	22	28	1.99
86917848--86918062	26	8.3	26	85	2	265	27	20	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86918631--86918665	18	1.9	18	88	0	52	34	25	8	31	1.86
86930146--86930202	27	2.1	27	83	6	71	26	24	29	19	1.98
86930327--86930396	21	3.3	21	87	0	104	17	34	25	22	1.96
86936757--86936934	52	3.5	51	84	6	195	27	30	13	28	1.94
86946075--86946295	40	5.6	40	84	8	281	24	28	22	24	2.00
86946077--86946292	119	1.8	120	85	7	305	25	27	22	25	2.00
86954210--86954432	119	1.9	120	85	6	310	24	27	23	24	2.00
86954189--86954432	40	6.1	40	85	6	300	24	27	22	24	2.00
86966253--86966460	48	4.3	48	78	7	208	26	15	26	31	1.96
86968520--86968684	47	3.7	45	77	18	175	29	29	18	23	1.98
86968520--86968703	46	4.1	44	74	18	148	28	29	18	23	1.98
86969092--86969151	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
86976025--86976150	46	2.7	47	91	7	206	30	28	20	20	1.98
86976027--86976169	46	3.1	45	86	6	130	29	29	20	20	1.98
86976568--86976627	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
86981267--86981311	15	3.0	15	86	0	72	48	22	4	24	1.68
86988072--86988304	48	4.8	48	79	2	218	26	15	28	29	1.96
86988072--86988304	96	2.4	95	76	7	247	26	15	28	29	1.96
86988142--86988335	48	4.0	48	81	4	137	25	15	27	30	1.96
86996263--86996414	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
86996263--86996414	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
87004424--87004575	27	5.6	27	92	3	223	28	12	28	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87004424--87004575	55	2.8	55	91	0	232	28	12	28	30	1.93
87016880--87017009	47	2.8	47	86	0	161	26	16	25	32	1.96
87021037--87021220	40	4.6	40	90	3	266	26	26	22	23	2.00
87022766--87022833	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
87022655--87022982	174	1.9	174	97	0	620	31	24	13	30	1.94
87022942--87023013	29	2.5	30	82	13	96	30	29	12	27	1.93
87026403--87026443	20	2.0	20	85	0	55	26	7	21	43	1.79
87030624--87030662	6	6.5	6	81	0	51	76	0	7	15	0.99
87032291--87032315	13	1.9	13	100	0	50	8	32	36	24	1.84
87037306--87037361	21	2.7	20	83	5	67	25	23	37	14	1.92
87038489--87038749	46	5.5	47	76	14	168	25	31	16	26	1.96
87038529--87038748	46	4.7	47	82	9	245	24	33	15	25	1.95
87050447--87050562	28	4.2	28	84	4	130	37	20	24	18	1.94
87050447--87050562	56	2.1	55	85	3	153	37	20	24	18	1.94
87066193--87066284	45	2.0	45	100	0	184	34	6	19	39	1.78
87074928--87075082	43	3.7	42	81	6	170	30	30	16	22	1.96
87074960--87075082	41	2.9	43	85	3	169	31	28	16	23	1.96
87078206--87078289	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
87088221--87088366	37	3.9	37	93	0	238	26	32	18	21	1.97
87088529--87088903	47	8.0	47	90	0	552	26	29	12	32	1.92
87088529--87088903	94	4.0	94	91	0	624	26	29	12	32	1.92
87088661--87088737	22	3.4	22	69	22	68	29	28	11	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87114862--87114930	36	1.9	36	93	0	120	33	31	8	26	1.87
87115955--87116016	31	2.0	32	87	3	90	35	19	24	20	1.96
87116764--87116934	27	6.3	27	85	0	234	25	21	18	35	1.95
87116735--87116934	54	3.7	54	81	4	233	27	21	18	33	1.96
87123344--87123405	31	2.0	32	87	3	90	35	19	22	22	1.96
87124113--87124312	54	3.7	54	83	2	251	26	21	17	35	1.95
87124113--87124312	27	7.4	27	82	1	222	26	21	17	35	1.95
87139153--87139212	30	2.0	30	86	0	84	38	6	25	30	1.81
87146122--87146194	38	1.9	38	82	0	92	26	17	24	31	1.97
87146217--87146328	43	2.6	43	92	0	188	11	25	32	31	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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