genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.277.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92510828--92510869	17	2.5	17	92	0	66	7	23	11	57	1.59
92514290--92514508	47	4.6	49	90	4	326	32	7	30	28	1.85
92514627--92514728	37	2.8	37	93	0	168	25	18	29	26	1.98
92516204--92516289	41	2.1	42	84	2	111	16	20	16	46	1.84
92516266--92516325	21	2.8	22	87	7	88	16	31	15	36	1.90
92518743--92518802	31	2.0	30	83	3	75	15	5	6	73	1.22
92518768--92518802	16	2.2	16	94	0	61	11	5	2	80	1.00
92519724--92519763	16	2.4	17	87	8	55	27	0	2	70	1.01
92535347--92535399	24	2.3	22	87	6	70	26	5	1	66	1.25
92535367--92535408	22	2.0	22	85	4	59	28	4	2	64	1.26
92536153--92536178	13	2.0	13	100	0	52	38	7	23	30	1.83
92536592--92536651	25	2.4	26	81	13	72	65	3	0	31	1.09
92546061--92546189	69	1.9	69	96	0	240	37	13	17	31	1.89
92550535--92550747	101	2.1	101	87	0	300	30	14	25	29	1.95
92553531--92553601	16	4.4	16	90	0	106	35	7	28	29	1.83
92553757--92553860	26	4.0	26	72	6	86	47	2	1	48	1.28
92554595--92554651	30	1.9	30	96	0	105	45	10	3	40	1.56
92554965--92555024	30	2.0	30	96	0	111	36	13	18	31	1.89
92557709--92557749	18	2.2	19	86	4	57	41	17	2	39	1.62
92558972--92559064	44	2.1	44	80	15	102	37	4	19	38	1.71
92559226--92559258	15	2.2	15	89	10	50	48	3	0	48	1.17
92559268--92559560	58	4.6	68	72	19	276	42	1	1	54	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92559338--92559394	25	2.3	26	81	9	73	38	0	3	57	1.16
92559227--92559560	125	2.7	125	93	0	560	43	1	1	53	1.19
92559410--92559519	25	4.1	26	71	20	82	43	2	0	53	1.15
92559468--92559565	33	2.9	32	79	8	115	41	0	1	57	1.05
92563021--92563241	47	4.7	46	74	11	171	28	18	28	24	1.98
92567379--92567535	29	5.5	29	89	3	221	33	26	12	28	1.92
92567379--92567535	57	2.7	58	89	3	221	33	26	12	28	1.92
92576009--92576165	29	5.5	29	86	3	203	33	25	11	29	1.91
92576011--92576165	57	2.7	58	87	4	199	34	25	10	29	1.90
92592581--92592651	37	1.9	37	97	0	133	42	9	19	28	1.83
92611761--92611986	40	5.7	40	91	2	323	26	25	21	25	2.00
92618636--92618839	40	5.2	40	86	4	263	26	27	21	24	1.99
92624413--92624519	25	4.3	25	74	1	81	23	28	14	33	1.94
92631856--92631917	33	1.9	31	81	15	72	72	0	20	6	1.06
92631870--92631915	21	2.2	21	84	7	58	78	0	17	4	0.91
92635490--92635549	27	2.2	28	79	8	70	43	0	5	51	1.23
92656239--92656343	26	4.2	26	91	7	171	31	4	26	37	1.77
92656238--92656336	49	2.0	49	96	0	180	31	3	27	38	1.72
92657828--92657880	26	2.0	26	82	7	63	39	20	13	26	1.89
92667151--92667183	17	1.9	17	88	11	50	51	15	3	30	1.58
92667646--92667722	34	2.3	34	86	0	100	49	14	9	27	1.73
92680355--92680437	42	2.0	43	83	11	109	21	12	26	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92680356--92680446	43	2.1	42	80	9	96	24	12	25	38	1.90
92685075--92685114	20	2.0	20	100	0	80	30	15	20	35	1.93
92697545--92697704	43	3.8	41	76	5	131	24	16	25	33	1.96
92697592--92697708	43	2.8	41	80	12	137	23	16	26	33	1.96
92697878--92697924	20	2.3	20	85	7	60	40	0	23	36	1.55
92698617--92698649	12	2.8	12	95	0	57	27	39	33	0	1.57
92708718--92708767	25	2.0	26	81	18	61	42	0	4	54	1.19
92708730--92708779	20	2.7	19	84	9	68	42	0	2	56	1.11
92708757--92708874	62	1.9	59	86	8	166	41	3	5	50	1.41
92711514--92711555	21	2.0	21	100	0	84	19	14	14	52	1.75
92715122--92715238	20	5.8	20	63	11	51	39	18	17	24	1.92
92715523--92715608	37	2.3	37	93	0	145	43	22	5	29	1.76
92715712--92716730	344	3.0	344	97	0	1912	35	16	13	33	1.88
92723771--92723798	11	2.5	11	100	0	56	57	25	17	0	1.41
92728071--92728210	55	2.5	53	75	7	127	27	26	28	17	1.98
92729739--92729838	49	2.0	49	94	0	173	25	28	22	25	1.99
92733086--92733310	46	4.8	46	71	16	163	22	22	27	28	1.99
92733199--92733284	26	3.3	26	95	0	154	22	29	26	22	1.99
92735958--92736056	50	2.0	51	85	2	137	34	18	21	26	1.96
92736167--92736239	26	2.8	26	87	2	101	27	16	27	28	1.97
92737613--92737674	20	3.1	20	69	0	61	35	20	22	20	1.96
92737769--92737852	38	2.2	38	85	2	107	41	15	20	22	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92742363--92742420	29	2.0	29	100	0	116	34	13	10	41	1.79
92747005--92747036	16	2.0	16	93	0	55	40	9	0	50	1.35
92747680--92747742	32	1.9	33	93	3	110	31	22	17	28	1.96
92754067--92754856	49	16.6	49	91	4	1203	33	8	28	28	1.87
92754067--92754856	96	8.3	96	91	4	1192	33	8	28	28	1.87
92754570--92754638	22	3.3	22	62	22	58	33	11	28	26	1.91
92761165--92761209	18	2.5	18	81	0	54	31	13	33	22	1.92
92761365--92761399	18	1.9	18	88	0	52	22	8	34	34	1.85
92761151--92762115	198	4.9	198	72	10	627	30	14	28	26	1.95
92761747--92761791	18	2.5	18	85	0	54	28	13	33	24	1.93
92761667--92762132	198	2.4	198	87	1	675	31	15	27	26	1.96
92762875--92765341	900	2.7	899	91	1	4008	42	15	16	25	1.87
92766027--92766062	18	2.0	18	88	0	54	41	11	19	27	1.85
92767076--92767131	18	3.1	18	82	5	51	44	10	25	19	1.83
92766921--92767890	210	4.8	209	76	10	888	38	14	23	23	1.92
92767303--92767892	192	3.1	189	81	3	597	36	14	24	24	1.92
92768135--92768190	18	3.1	18	84	0	67	42	7	28	21	1.79
92768609--92768653	18	2.5	18	85	7	56	44	11	26	17	1.82
92768556--92768914	165	2.2	165	93	0	601	37	16	21	23	1.93
92768560--92768983	165	2.6	165	87	3	514	38	16	21	23	1.93
92768960--92769001	18	2.3	18	87	0	66	42	11	28	16	1.84
92772575--92772623	9	5.3	10	90	9	70	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92772561--92772623	17	3.6	18	79	12	69	63	1	0	34	1.04
92772561--92772625	9	7.3	9	76	13	64	63	1	0	35	1.04
92772947--92772989	9	4.5	10	81	18	56	62	0	2	34	1.08
92772932--92772990	9	6.6	9	79	11	50	64	1	1	32	1.13
92772955--92773065	22	4.8	22	75	15	75	63	4	2	28	1.27
92772948--92773037	22	4.2	21	79	9	85	65	3	2	28	1.20
92772955--92773310	10	35.4	10	66	11	120	59	5	3	32	1.34
92772956--92773036	11	7.5	11	68	18	53	66	3	2	27	1.21
92773085--92773122	19	2.0	20	84	5	51	52	0	0	47	1.00
92773169--92773301	49	2.7	48	81	9	135	63	6	3	27	1.32
92773220--92773292	18	3.6	21	73	19	66	68	4	2	24	1.20
92782183--92782277	40	2.4	40	82	3	122	37	33	13	14	1.86
92786423--92786602	40	4.5	40	87	2	238	22	23	30	24	1.99
92790913--92790954	19	2.2	20	86	4	59	35	0	7	57	1.26
92790879--92790966	10	8.9	10	70	14	58	36	1	6	55	1.34
92790998--92791093	50	1.9	50	81	10	115	40	2	4	53	1.32
92799896--92799923	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
92807372--92807422	25	2.0	25	96	0	93	39	7	5	47	1.57
92808976--92809023	23	2.1	23	100	0	96	41	12	18	27	1.86
92811226--92811430	42	4.9	42	80	0	230	30	21	22	24	1.99
92811226--92811429	84	2.4	84	84	0	255	30	22	23	24	1.99
92813885--92813980	39	2.5	39	84	3	122	43	22	4	29	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92841541--92841583	17	2.6	17	81	3	52	32	4	20	41	1.73
92844470--92844507	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
92847600--92847758	67	2.4	66	81	4	189	30	16	30	22	1.96
92849904--92850117	46	4.7	46	89	0	313	39	14	23	22	1.90
92849919--92850152	46	5.2	45	87	2	157	40	15	22	21	1.90
92853049--92853078	11	2.7	11	100	0	60	30	26	0	43	1.55
92853031--92853090	22	2.7	22	80	14	63	28	30	0	41	1.56
92861237--92861267	16	1.9	16	93	0	53	67	0	6	25	1.14
92861219--92861268	22	2.3	22	85	0	73	70	0	8	22	1.13
92863821--92863877	28	2.0	28	100	0	114	43	21	17	17	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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