genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9418216--9418273	30	1.9	30	85	0	80	15	29	34	20	1.94
9420320--9420358	12	3.4	11	86	10	51	82	2	12	2	0.89
9420326--9420352	6	4.5	6	100	0	54	85	0	14	0	0.61
9420320--9420358	11	3.5	11	86	6	51	82	2	12	2	0.89
9421598--9421652	28	2.0	27	82	3	65	45	16	7	30	1.74
9421614--9421808	18	10.3	18	67	11	104	41	14	9	33	1.79
9429285--9429462	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
9429285--9429462	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
9429306--9429461	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
9434801--9434863	26	2.5	26	75	17	69	47	20	0	31	1.51
9435378--9435446	35	2.1	31	84	10	84	47	4	0	47	1.21
9438409--9438442	16	2.1	17	88	5	52	17	20	14	47	1.83
9440839--9440866	7	4.0	7	100	0	56	71	0	0	28	0.86
9456101--9456169	17	4.1	16	74	23	54	47	1	2	47	1.25
9458740--9458782	20	2.2	20	86	0	59	9	16	23	51	1.73
9459819--9459864	22	2.1	22	100	0	92	41	21	6	30	1.78
9461139--9461182	23	2.0	22	86	4	61	36	9	0	54	1.32
9464296--9464347	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
9476735--9476779	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
9477950--9478014	29	2.2	29	83	5	76	33	6	15	44	1.71
9478392--9478425	11	2.9	12	86	8	52	61	11	2	23	1.43
9478873--9478927	20	2.7	20	81	13	67	67	3	3	25	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9483199--9483262	3	21.3	3	84	6	85	31	4	1	62	1.25
9491850--9492178	44	7.6	44	74	12	220	31	21	20	26	1.98
9491853--9492179	46	7.5	46	73	13	189	31	21	21	25	1.98
9492020--9492230	87	2.4	88	80	5	212	30	20	22	26	1.98
9493753--9493816	3	21.3	3	84	6	85	31	4	1	62	1.25
9493947--9494026	36	2.2	36	80	8	92	36	8	2	52	1.46
9494361--9494391	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
9513856--9513913	23	2.6	23	80	2	64	48	0	1	50	1.11
9523775--9523884	51	2.2	51	82	9	127	46	7	17	29	1.74
9525474--9525498	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
9539467--9539500	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
9541425--9541467	22	2.0	22	85	0	59	67	2	2	27	1.15
9545838--9545871	2	17.0	2	87	0	50	47	2	0	50	1.16
9547460--9547503	20	2.3	19	81	14	54	75	4	6	13	1.17
9557735--9557760	7	3.7	7	100	0	52	15	11	0	73	1.11
9567213--9567418	108	1.9	108	92	4	344	32	12	24	30	1.92
9567214--9567443	108	2.1	108	88	3	338	33	13	24	28	1.93
9567527--9567589	29	2.2	29	94	0	108	15	9	26	47	1.76
9571004--9571076	36	2.0	36	100	0	146	52	10	19	17	1.74
9574023--9574079	6	9.5	6	88	0	78	77	3	1	17	1.00
9575738--9575853	5	23.2	5	67	18	55	72	1	5	20	1.13
9586838--9586918	33	2.5	33	81	2	92	27	27	32	13	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9597121--9597185	21	3.1	21	80	8	71	35	0	7	56	1.28
9597137--9597185	20	2.5	20	86	6	64	36	0	6	57	1.24
9597175--9597213	11	3.5	11	85	0	60	28	5	0	66	1.12
9599366--9599478	23	4.8	22	71	20	86	15	28	22	33	1.95
9599366--9599483	48	2.5	48	75	15	120	17	27	21	33	1.96
9615454--9615509	27	2.1	27	100	0	112	21	17	37	23	1.94
9621528--9621619	27	3.2	28	80	9	98	53	5	6	34	1.50
9621735--9621761	12	2.2	12	100	0	54	62	14	0	22	1.31
9622143--9622169	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
9622226--9622264	15	2.8	13	85	14	60	64	0	5	30	1.15
9624083--9624115	15	2.2	15	94	0	57	69	3	6	21	1.24
9624186--9624437	89	2.9	86	87	7	323	36	19	18	25	1.94
9624338--9624372	13	2.6	14	86	9	54	65	2	11	20	1.37
9624388--9624893	75	6.8	73	75	12	404	33	21	16	27	1.95
9624388--9624810	72	5.8	72	80	8	453	32	21	17	29	1.95
9624393--9624796	146	2.8	145	83	4	501	31	21	17	29	1.96
9637222--9637325	51	1.9	56	81	11	128	54	10	0	33	1.41
9637317--9637408	27	3.2	28	80	9	98	53	5	6	34	1.50
9637778--9637824	21	2.2	21	88	7	69	61	4	2	31	1.27
9637822--9637864	20	2.1	20	83	12	52	51	2	9	37	1.47
9642751--9642783	17	1.9	17	93	0	57	21	6	0	72	1.05
9660320--9660971	2	336.0	2	72	5	417	36	0	62	0	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9662286--9662310	6	4.2	6	100	0	50	20	0	0	80	0.72
9664684--9664735	22	2.3	23	80	9	63	51	25	3	19	1.63
9665501--9665559	29	2.0	29	87	9	84	30	25	22	22	1.99
9673757--9673810	24	2.2	24	90	0	81	40	1	7	50	1.41
9681078--9681171	40	2.3	40	92	0	152	24	20	24	30	1.98
9681101--9681236	40	3.3	40	87	4	166	26	17	23	32	1.97
9681161--9681245	42	2.0	42	100	0	170	28	17	23	30	1.97
9685194--9685265	25	3.0	25	83	6	85	37	20	22	19	1.94
9685242--9685369	64	2.0	64	82	0	157	35	22	19	21	1.96
9686858--9686898	6	6.5	6	83	10	55	17	0	4	78	0.93
9686863--9686912	20	2.4	21	86	6	66	26	0	4	70	1.05
9689333--9689432	46	2.2	46	87	0	146	37	18	20	25	1.94
9689358--9689442	23	3.7	23	75	6	91	35	18	20	25	1.95
9701976--9702024	25	2.0	25	100	0	98	20	36	18	24	1.94
9701974--9702030	25	2.3	25	90	0	96	24	33	17	24	1.96
9727431--9727531	43	2.3	43	82	1	121	31	15	28	23	1.96
9727452--9727555	43	2.4	45	86	3	140	28	14	26	29	1.95
9727125--9727799	176	3.8	177	79	8	704	32	16	24	26	1.96
9733386--9733454	27	2.6	27	95	0	120	28	18	20	31	1.96
9734020--9734060	20	2.0	20	100	0	82	41	19	0	39	1.52
9738714--9739464	375	2.0	375	100	0	1502	26	30	15	27	1.96
9745229--9745340	23	4.9	23	75	0	80	33	19	21	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9745208--9745340	46	2.9	46	86	2	169	33	18	21	25	1.96
9750908--9751005	30	3.3	30	78	16	89	43	3	0	53	1.16
9754751--9754999	131	1.9	131	91	1	410	29	19	18	32	1.96
9765596--9766259	180	3.7	175	83	5	748	29	24	16	30	1.96
9765596--9766259	357	1.9	355	83	5	874	29	24	16	30	1.96
9766768--9767086	64	5.0	64	94	0	548	38	12	16	31	1.87
9767113--9767143	15	2.0	16	93	6	55	19	9	6	64	1.45
9768194--9768236	20	2.2	20	86	0	59	6	11	6	74	1.21
9768918--9768956	9	4.2	9	93	6	69	0	0	10	89	0.48
9768918--9768956	19	2.1	19	100	0	78	0	0	10	89	0.48
9779689--9780223	44	12.2	44	86	2	698	28	15	29	25	1.96
9783106--9783354	131	1.9	131	93	1	428	30	19	17	32	1.95
9783512--9783750	130	1.8	130	82	3	311	25	19	20	34	1.96
9784574--9784666	31	3.1	30	74	10	82	41	5	25	26	1.77
9791640--9791694	18	3.1	18	83	0	74	41	18	21	18	1.90
9795069--9795108	21	1.9	21	89	0	62	27	32	17	22	1.96
9795451--9795715	131	2.0	131	98	0	512	29	18	9	42	1.82
9798339--9798440	50	2.0	50	85	7	136	35	4	16	43	1.70
9800110--9800163	18	2.8	20	75	16	60	33	1	0	64	1.04
9800917--9800950	14	2.3	15	85	10	52	38	0	8	52	1.33
9801405--9801430	12	2.2	12	100	0	52	30	0	0	69	0.89
9803066--9803115	26	2.0	26	96	4	93	56	8	20	16	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9812726--9812756	15	2.1	15	100	0	62	25	0	0	74	0.82
9813336--9813419	31	2.7	31	85	1	107	42	10	9	36	1.72
9817152--9817225	2	37.0	2	100	0	148	0	50	0	50	1.00
9822418--9822457	21	1.9	21	100	0	80	32	0	20	47	1.50
9824699--9827685	744	4.0	744	96	0	5551	36	12	18	32	1.88
9832089--9832116	9	3.1	9	100	0	56	32	0	32	35	1.58
9833157--9833269	49	2.3	49	83	5	142	26	12	21	39	1.88
9836763--9836787	11	2.3	11	100	0	50	24	8	16	52	1.70
9847106--9847195	45	2.0	45	95	0	162	42	17	13	26	1.86
9848899--9848987	29	2.9	30	88	11	128	31	3	19	46	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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