genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.137.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44067294--44067378	37	2.3	37	89	0	125	28	20	24	27	1.99
44067358--44067538	48	3.8	48	86	0	254	24	19	25	29	1.98
44072080--44072114	13	2.8	12	91	8	52	82	2	2	11	0.88
44073067--44073115	19	2.6	19	83	0	53	20	4	8	67	1.34
44074674--44074750	33	2.3	33	80	12	79	11	11	3	72	1.24
44074673--44074723	21	2.5	21	78	15	61	9	11	3	74	1.19
44075611--44075654	23	2.0	22	86	4	61	79	2	9	9	1.02
44075619--44075664	14	3.2	14	84	6	65	82	0	6	10	0.83
44075619--44075664	15	3.1	15	81	3	58	82	0	6	10	0.83
44078224--44078325	37	2.8	37	95	0	177	26	30	18	24	1.98
44078444--44079095	47	13.6	47	93	2	1043	29	29	8	32	1.86
44078444--44079095	96	6.8	96	93	3	1082	29	29	8	32	1.86
44081191--44081266	37	2.1	37	100	0	152	11	22	7	57	1.59
44082685--44082724	13	3.1	13	89	7	55	22	20	20	37	1.94
44093630--44093903	29	9.4	29	77	6	171	36	12	27	24	1.91
44093630--44093875	58	4.2	58	73	7	203	36	11	28	23	1.90
44093630--44093873	87	2.8	87	75	8	210	36	11	27	24	1.90
44093629--44093875	116	2.1	116	82	4	293	36	11	27	23	1.90
44093652--44093946	29	10.1	29	77	6	170	36	12	27	23	1.91
44107593--44107899	40	7.7	40	95	0	542	29	20	28	21	1.98
44120533--44120619	34	2.6	34	83	3	95	25	25	25	24	2.00
44129911--44129949	20	2.0	20	94	0	69	48	0	2	48	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44130047--44130086	20	2.0	20	100	0	80	45	15	10	30	1.78
44130070--44130112	14	3.0	14	86	3	50	34	16	11	37	1.85
44147559--44147776	40	5.5	40	90	2	316	23	24	28	23	2.00
44166126--44166414	147	2.0	147	91	1	472	39	19	12	28	1.88
44170177--44170219	22	1.9	23	90	4	70	20	53	4	20	1.63
44175061--44175112	24	2.2	24	82	6	61	36	11	1	50	1.50
44178108--44178185	39	2.0	39	94	0	138	47	19	3	29	1.67
44183705--44183875	40	4.3	41	89	2	190	26	28	19	25	1.99
44183705--44183929	80	2.8	80	84	6	271	26	28	20	24	1.99
44183707--44183929	119	1.9	120	82	6	283	26	27	21	25	1.99
44184790--44184905	56	2.1	56	98	0	223	23	23	8	44	1.80
44235265--44235325	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
44242812--44242911	34	2.9	34	93	0	173	36	15	19	30	1.92
44245943--44246096	38	4.0	37	86	3	173	22	20	23	34	1.97
44245943--44246096	76	2.0	78	85	2	213	22	20	23	34	1.97
44252183--44252358	85	2.1	85	98	0	343	37	8	27	26	1.85
44253624--44254030	47	8.6	47	93	2	586	32	8	29	28	1.87
44253881--44254002	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
44256460--44256534	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
44256588--44256985	40	10.1	40	93	1	642	24	21	27	25	1.99
44256588--44256985	119	3.4	119	94	1	656	24	21	27	25	1.99
44258240--44258418	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44259680--44260133	47	9.6	47	92	1	619	33	9	30	27	1.87
44262643--44262745	29	3.6	29	90	2	145	25	33	16	24	1.96
44270590--44270721	29	4.6	29	91	1	194	25	33	16	25	1.96
44275403--44275601	38	5.2	38	80	5	220	22	21	23	33	1.97
44275392--44275585	76	2.5	78	85	5	252	23	21	22	32	1.98
44275392--44275596	78	2.7	76	86	4	261	22	21	22	33	1.98
44277514--44277576	29	2.3	27	86	5	81	38	25	0	36	1.56
44282479--44282534	15	3.7	15	88	7	87	12	16	10	60	1.58
44284930--44285102	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
44284927--44285097	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
44291161--44291257	28	3.5	28	88	4	126	26	13	28	30	1.94
44296124--44296153	12	2.5	12	94	0	51	30	36	10	23	1.87
44302204--44302558	47	7.5	47	94	1	593	29	30	8	32	1.87
44305766--44306073	40	7.7	40	91	0	474	25	29	21	23	1.99
44305957--44306031	23	3.5	23	65	20	63	26	29	21	22	1.99
44306128--44306201	38	1.9	38	86	5	105	24	25	18	31	1.98
44308597--44308810	47	4.5	47	90	2	320	28	29	8	33	1.87
44308597--44308810	96	2.3	94	90	1	320	28	29	8	33	1.87
44317947--44318052	52	2.0	52	100	0	212	24	19	24	31	1.98
44325306--44325528	40	5.6	40	86	3	245	24	20	27	26	1.99
44325381--44325563	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
44355369--44355546	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44355390--44355545	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
44363397--44363573	27	6.6	27	84	5	205	29	28	14	27	1.95
44363418--44363572	81	1.9	81	88	5	233	29	28	14	27	1.95
44370931--44371033	6	16.8	6	71	15	68	47	16	17	18	1.83
44370940--44371033	37	2.5	37	85	0	116	47	15	18	18	1.82
44370976--44371048	31	2.4	31	90	0	110	52	15	16	16	1.76
44371193--44371294	27	3.8	26	89	3	132	37	21	23	17	1.94
44371453--44371517	22	3.0	22	77	8	69	33	23	21	21	1.97
44371961--44372158	27	7.3	27	87	0	261	24	21	20	33	1.97
44371968--44372161	81	2.4	81	89	1	291	25	21	19	32	1.97
44372161--44372327	27	6.2	26	86	5	199	29	9	19	40	1.84
44372146--44372327	81	2.3	81	84	8	230	29	9	20	40	1.85
44372177--44372344	27	6.2	26	82	6	138	29	8	20	41	1.83
44372146--44372354	81	2.6	81	82	8	223	30	9	20	40	1.84
44372348--44372554	27	7.7	27	87	0	281	39	7	23	29	1.81
44372347--44372554	81	2.6	81	91	0	328	39	7	23	29	1.81
44374089--44374195	25	4.3	25	70	14	80	25	22	17	34	1.96
44374089--44374195	50	2.2	49	83	8	137	25	22	17	34	1.96
44377881--44377914	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
44379081--44379186	28	3.8	29	82	5	119	31	31	10	27	1.90
44385875--44385960	43	2.0	44	90	2	138	24	19	31	24	1.98
44386255--44386472	38	5.7	38	88	2	312	21	22	23	33	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44386482--44386598	45	2.7	43	80	7	114	24	23	29	22	1.99
44388784--44388953	46	3.7	46	77	16	188	31	28	18	21	1.97
44388792--44388963	93	1.8	93	89	0	272	29	28	20	21	1.98
44388826--44388978	46	3.3	46	69	15	116	30	28	18	21	1.97
44392413--44392494	43	1.9	43	92	0	137	23	19	31	25	1.98
44392796--44392928	38	3.5	38	92	0	212	20	21	24	33	1.97
44392925--44393055	45	3.0	44	82	8	153	24	22	29	23	1.99
44394284--44394386	28	3.7	28	83	3	118	28	33	11	27	1.91
44394598--44394643	24	2.0	23	82	4	56	6	15	26	52	1.67
44397484--44397522	18	2.3	16	82	8	51	53	0	5	41	1.23
44398036--44398189	43	3.6	42	77	10	159	25	17	26	30	1.97
44415416--44415573	43	3.7	43	75	10	144	23	13	29	33	1.93
44415751--44415791	21	2.0	21	90	0	64	56	2	17	24	1.53
44419791--44419975	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
44419772--44419975	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
44427731--44427915	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
44427712--44427915	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
44429693--44429724	14	2.3	14	100	0	64	28	0	21	50	1.49
44438129--44438158	15	1.9	16	93	6	53	36	13	0	50	1.42
44444701--44444871	93	1.8	93	92	0	288	29	29	19	21	1.98
44444693--44444862	46	3.7	46	76	10	184	30	29	19	21	1.97
44444744--44444887	46	3.1	44	72	14	103	30	27	18	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44450216--44450299	40	2.1	40	97	0	159	27	29	21	21	1.98
44467021--44467613	27	22.0	27	83	2	656	39	21	18	20	1.92
44474782--44474815	17	2.0	17	88	0	50	23	17	17	41	1.90
44482383--44482522	43	3.3	43	78	4	131	29	18	23	28	1.98
44487718--44487803	29	3.0	29	84	3	104	27	26	15	30	1.96
44487791--44487833	18	2.5	17	81	7	50	32	27	6	32	1.84
44490044--44490068	7	3.6	7	100	0	50	28	0	56	16	1.41
44490256--44490290	18	1.9	18	100	0	70	37	17	11	34	1.85
44490257--44490297	18	2.3	18	91	0	64	39	17	14	29	1.89
44496852--44496916	28	2.3	28	81	0	85	38	10	23	27	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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