genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14656542--14656598	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
14657057--14657094	14	2.7	14	88	8	51	31	21	5	42	1.75
14659297--14659326	15	2.1	14	93	6	51	40	23	6	30	1.80
14677134--14677198	34	1.9	34	90	0	103	38	21	20	20	1.94
14687011--14687049	13	3.0	13	88	0	60	28	30	25	15	1.96
14696273--14696323	26	2.0	25	92	3	84	50	9	19	19	1.75
14698982--14699020	17	2.3	17	95	0	69	58	15	5	20	1.55
14700440--14700618	89	2.0	89	96	0	331	35	23	8	32	1.86
14704679--14704719	21	2.0	20	85	4	55	24	17	21	36	1.94
14709046--14709201	78	2.0	78	93	0	267	42	12	19	25	1.86
14710462--14710502	21	2.0	21	85	4	57	48	0	2	48	1.14
14711280--14711327	15	3.0	16	78	6	53	68	4	0	27	1.07
14711285--14711331	16	2.9	16	78	12	60	65	4	0	29	1.11
14714905--14715125	40	5.7	40	84	8	260	24	22	28	24	2.00
14714905--14715158	79	3.3	79	80	10	213	25	21	27	24	1.99
14722895--14723117	39	5.6	39	85	4	252	24	21	27	26	1.99
14722895--14723136	79	3.1	78	82	6	274	24	21	27	25	1.99
14722895--14723123	118	1.9	119	81	6	277	24	21	27	25	1.99
14722908--14723150	39	6.2	40	80	8	164	25	20	27	25	1.99
14733662--14733699	20	2.0	20	84	5	51	63	2	10	23	1.39
14738083--14738153	36	2.0	36	84	10	94	30	4	1	63	1.22
14741178--14741207	10	3.0	10	95	0	51	13	40	6	40	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14757772--14757856	38	2.2	38	100	0	170	34	9	18	37	1.83
14768819--14768858	6	6.5	6	88	5	62	17	0	0	82	0.67
14768820--14768858	19	2.0	20	95	5	71	15	0	0	84	0.62
14777297--14777328	13	2.5	13	94	0	55	56	0	6	37	1.25
14778529--14778553	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
14779433--14779457	13	1.9	13	100	0	50	36	8	8	48	1.62
14783561--14783606	2	23.0	2	100	0	92	0	50	0	50	1.00
14788624--14788685	20	3.2	20	65	17	58	58	14	4	22	1.56
14788625--14788701	38	2.0	38	100	0	154	55	15	5	23	1.60
14789339--14789490	3	49.7	3	67	13	51	59	5	7	27	1.47
14790831--14790865	2	18.5	2	88	11	56	48	0	0	51	1.00
14790980--14791062	18	4.6	18	73	17	66	34	2	6	56	1.37
14790998--14791063	34	1.9	33	82	17	82	33	4	6	56	1.44
14792282--14792330	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
14792475--14792523	3	16.3	3	95	0	89	65	2	0	32	1.04
14793511--14793544	18	1.9	17	94	5	59	0	11	0	88	0.52
14795914--14795946	15	2.2	15	94	0	57	90	0	9	0	0.44
14795913--14795953	8	5.2	8	88	5	57	87	0	12	0	0.53
14795913--14795950	19	2.1	19	90	5	60	89	0	10	0	0.49
14796624--14796735	59	1.9	59	98	0	215	33	16	10	38	1.84
14799084--14799132	21	2.3	21	73	13	55	18	4	22	55	1.60
14801909--14801966	20	3.2	19	74	13	59	37	3	0	58	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14804103--14804132	3	9.7	3	92	7	51	66	0	0	33	0.92
14804991--14805042	24	2.1	25	82	10	63	53	0	1	44	1.11
14804992--14805032	21	2.0	20	85	4	55	58	0	0	41	0.98
14812142--14812205	31	2.1	31	100	0	128	34	3	17	45	1.64
14814673--14814877	27	7.6	27	86	3	259	26	15	27	30	1.96
14814674--14814877	109	1.9	108	89	3	320	26	15	27	30	1.96
14817395--14817469	36	2.1	36	97	0	141	22	21	32	24	1.98
14822849--14823053	27	7.6	27	86	3	259	26	15	27	30	1.96
14822850--14823053	109	1.9	108	89	3	320	26	15	27	30	1.96
14832870--14832923	22	2.4	22	93	3	81	38	24	12	24	1.90
14832876--14832923	22	2.2	22	100	0	96	39	22	14	22	1.91
14833583--14833651	33	2.1	33	91	0	111	42	2	7	47	1.46
14835263--14835313	24	2.1	24	85	7	68	29	7	0	62	1.23
14835258--14835460	17	11.6	17	66	22	68	34	3	2	59	1.29
14835338--14835385	20	2.3	21	86	10	64	35	4	4	56	1.38
14835420--14835460	3	14.0	3	84	5	57	34	0	0	65	0.93
14836710--14836734	13	1.9	13	100	0	50	56	4	0	40	1.18
14836719--14836766	25	2.1	24	81	14	57	66	4	2	27	1.21
14837823--14837861	18	2.1	19	90	4	62	41	5	5	48	1.47
14840382--14840527	37	3.9	37	95	0	247	26	31	18	23	1.97
14840734--14840927	47	4.1	47	89	0	280	26	28	10	33	1.90
14845390--14845470	30	2.6	30	73	13	74	37	7	0	55	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14846567--14846674	26	4.2	26	91	0	180	31	6	25	37	1.81
14848156--14848208	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
14853571--14853626	26	2.2	26	96	0	103	30	7	25	37	1.82
14861982--14862330	38	9.1	38	86	1	464	21	21	25	31	1.98
14862328--14862439	43	2.6	43	91	0	179	11	24	33	31	1.91
14862307--14862439	43	3.1	43	85	2	171	12	23	33	30	1.92
14871797--14872134	119	2.8	119	90	0	516	32	16	19	31	1.94
14874033--14874113	30	2.6	30	73	13	74	37	7	0	55	1.28
14882571--14882689	25	4.8	25	80	2	132	28	22	21	26	1.99
14885407--14885562	42	3.7	41	75	10	127	31	26	17	24	1.97
14891728--14891945	40	5.5	40	87	4	275	25	28	22	22	1.99
14894648--14894678	13	2.4	13	94	0	53	58	3	0	38	1.15
14898394--14898450	30	1.9	30	85	0	78	42	14	8	35	1.76
14900374--14900558	40	4.7	40	82	6	216	25	27	22	24	2.00
14900374--14900558	79	2.3	82	82	7	220	25	27	22	24	2.00
14906118--14906198	41	2.0	40	87	2	117	58	11	7	23	1.58
14907095--14907136	21	2.0	20	86	4	57	47	16	7	28	1.73
14917126--14917249	43	2.9	43	81	1	160	32	21	14	31	1.93
14923096--14923124	14	2.0	15	93	6	51	48	20	0	31	1.50
14928268--14928415	43	3.5	42	78	9	138	31	20	15	32	1.94
14955244--14955290	20	2.3	20	96	0	85	19	36	29	14	1.92
14969321--14969359	19	2.1	18	85	4	51	10	23	15	51	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14980350--14980472	43	2.9	43	83	7	160	23	17	29	30	1.97
14990550--14990629	40	2.0	40	97	0	151	41	16	22	20	1.90
15014928--15014978	19	2.9	17	81	13	59	37	9	17	35	1.83
15014938--15014980	19	2.1	21	91	8	72	37	9	18	34	1.83
15015190--15015220	14	2.2	14	100	0	62	12	16	0	70	1.16
15020623--15020673	19	2.8	19	94	5	88	82	0	9	7	0.85
15021498--15022212	44	16.3	44	74	8	544	32	16	23	27	1.96
15021498--15022206	132	5.4	132	92	0	1123	32	16	23	27	1.96
15022786--15022864	19	4.2	19	88	9	117	40	8	15	35	1.78
15022776--15022863	36	2.4	35	82	17	117	40	9	14	35	1.78
15023074--15023104	14	2.2	14	100	0	62	12	16	0	70	1.16
15025985--15026025	19	2.2	18	86	4	55	60	2	9	26	1.40
15026619--15026726	54	2.0	54	100	0	216	33	18	24	24	1.97
15029901--15030030	43	3.0	42	79	7	154	29	26	14	29	1.95
15034457--15034638	79	2.3	81	83	7	230	24	21	28	25	1.99
15034457--15034638	40	4.6	40	83	9	212	24	21	28	25	1.99
15034507--15034671	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
15034863--15035077	47	4.6	47	91	0	331	32	8	30	27	1.87
15035196--15035274	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
15042157--15042378	42	5.2	42	75	12	177	28	24	19	27	1.99
15042194--15042357	85	1.9	85	96	0	301	29	24	20	25	1.99
15049521--15049641	41	2.9	42	78	7	138	29	24	19	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15049484--15049652	43	4.0	42	75	7	162	28	26	18	26	1.98
15057618--15057651	17	2.0	18	88	11	54	47	0	11	41	1.40
15064341--15064383	17	2.5	17	80	3	50	69	2	6	20	1.23
15067167--15067195	15	1.9	15	100	0	58	55	10	6	27	1.59
15068956--15069159	111	1.8	111	87	4	304	10	29	4	54	1.55
15079130--15079388	46	5.6	46	74	11	174	28	20	28	23	1.99
15079125--15079389	138	1.9	138	86	3	372	28	20	28	23	1.98
15087220--15087268	23	2.1	23	92	0	80	28	20	16	34	1.94
15097921--15097957	18	1.9	18	89	10	56	5	5	35	54	1.47
15099061--15099328	91	3.0	90	81	6	283	32	26	13	27	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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