genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.144.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45985651--45985695	22	2.2	20	88	8	63	75	2	6	15	1.11
45986757--45986863	45	2.4	45	90	3	162	20	17	19	42	1.90
45986847--45986881	18	1.9	18	88	0	52	17	25	17	40	1.90
45994036--45994158	47	2.6	45	82	13	144	26	17	30	25	1.97
45995573--45995624	26	2.0	26	100	0	104	30	7	26	34	1.85
45995911--45995988	32	2.5	32	89	4	115	37	10	12	39	1.78
45996348--45996409	25	2.5	25	84	7	74	33	20	24	20	1.97
45999682--45999727	23	2.0	23	84	12	60	45	10	4	39	1.59
45999689--45999733	23	2.0	23	82	8	56	40	13	6	40	1.71
46004485--46004587	39	2.7	38	86	1	134	50	6	2	39	1.44
46005931--46005957	14	1.9	14	100	0	54	37	25	7	29	1.83
46006092--46006158	34	1.9	35	93	3	118	47	13	4	34	1.63
46008980--46009044	29	2.2	29	78	5	78	49	0	1	49	1.10
46011283--46011349	26	2.6	26	100	0	134	22	25	25	26	2.00
46015643--46016119	171	2.8	169	86	2	650	35	15	12	37	1.85
46018961--46019055	48	2.0	47	84	10	122	56	6	3	33	1.40
46020017--46020050	17	2.1	17	88	5	52	61	0	0	38	0.96
46021916--46021967	27	2.0	26	85	7	70	42	0	0	57	0.98
46022875--46022919	21	2.1	21	100	0	90	42	11	8	37	1.72
46027388--46027413	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
46027796--46027922	7	17.6	7	68	12	51	26	2	25	45	1.65
46027723--46027918	102	1.9	102	83	8	256	25	2	25	46	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46027731--46027900	51	3.3	50	70	16	134	24	2	25	47	1.66
46027882--46027994	51	2.2	51	81	7	131	27	0	27	44	1.60
46027863--46027967	22	4.8	22	73	13	83	26	1	26	44	1.64
46027798--46027973	73	2.4	74	82	3	214	26	2	25	45	1.65
46028311--46028484	40	4.3	40	85	0	213	27	21	18	32	1.97
46028311--46028484	80	2.2	81	87	3	244	27	21	18	32	1.97
46039841--46039924	26	3.3	26	68	26	79	20	2	33	44	1.64
46039825--46039924	51	2.0	51	97	0	191	20	3	32	45	1.66
46049817--46049943	46	2.7	47	83	10	172	28	18	28	24	1.98
46054443--46054536	10	9.7	10	71	17	56	58	2	2	37	1.22
46054503--46054581	19	4.2	20	70	16	78	60	1	5	32	1.26
46054459--46054534	9	8.1	9	71	12	55	57	2	2	36	1.26
46054498--46054627	29	4.6	29	71	18	94	56	0	6	36	1.30
46054443--46054581	57	2.4	56	80	11	147	58	2	3	35	1.27
46054573--46054627	21	2.6	21	82	5	67	52	0	9	38	1.33
46056110--46056152	22	1.9	23	90	4	70	25	4	4	65	1.32
46057912--46058083	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
46057905--46058080	46	3.8	46	80	10	205	28	30	21	20	1.98
46057913--46058099	46	4.0	46	72	19	138	27	29	20	21	1.98
46060448--46060535	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
46060448--46060526	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
46060459--46060535	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46063434--46063607	45	3.8	45	80	9	199	28	29	21	20	1.98
46063441--46063611	93	1.8	92	93	1	297	27	29	21	21	1.98
46063442--46063627	46	4.0	46	72	19	138	27	29	20	21	1.98
46065488--46065552	33	2.0	33	81	0	76	38	20	20	21	1.94
46068074--46068151	18	4.3	18	78	0	66	32	35	16	15	1.90
46069905--46070129	81	2.8	80	79	5	193	41	22	20	16	1.90
46069944--46070138	81	2.4	80	79	7	214	44	18	20	16	1.87
46070792--46070862	35	2.0	35	100	0	142	54	14	2	28	1.53
46070808--46070864	18	3.2	18	66	14	55	57	14	3	24	1.52
46078935--46079008	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
46080814--46081031	40	5.5	40	92	2	334	24	27	23	23	2.00
46088049--46088078	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
46090025--46090257	49	4.7	50	78	4	247	26	18	26	28	1.98
46090032--46090267	101	2.4	98	80	9	255	26	17	26	29	1.98
46104060--46104119	30	2.0	30	100	0	120	26	16	26	30	1.97
46111965--46112028	33	1.9	33	90	0	101	35	14	20	29	1.92
46112184--46112238	27	2.0	27	96	0	101	41	12	14	30	1.83
46113621--46113684	33	1.9	33	87	0	92	34	14	20	31	1.92
46113840--46113893	27	2.0	27	96	0	99	40	12	14	31	1.84
46128123--46129006	483	1.8	485	90	2	1429	33	19	13	33	1.91
46129514--46129565	26	2.0	26	100	0	104	19	30	26	23	1.98
46130727--46130751	9	2.8	9	100	0	50	36	12	0	52	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46133536--46133802	48	5.6	48	75	11	174	28	26	19	25	1.99
46141251--46141297	24	2.0	24	83	8	60	42	2	10	44	1.51
46142884--46142944	20	2.9	22	81	13	83	73	4	1	19	1.10
46144373--46144408	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
46149067--46149109	23	2.0	23	86	9	63	44	0	23	32	1.54
46149767--46149816	23	2.2	23	82	7	57	18	20	14	48	1.82
46150517--46150554	20	1.9	20	89	10	60	42	0	2	55	1.14
46150565--46150601	18	1.9	18	89	10	56	54	0	5	40	1.24
46150859--46150911	18	2.8	18	77	5	52	52	0	1	45	1.11
46151366--46151405	13	2.9	14	85	7	55	62	2	10	25	1.39
46161894--46161954	30	2.0	30	100	0	122	37	0	26	36	1.57
46164647--46164680	5	6.8	5	100	0	68	58	0	0	41	0.98
46165169--46165225	23	2.3	26	88	8	84	42	0	0	57	0.98
46165179--46165219	18	2.3	19	79	8	50	46	0	0	53	1.00
46168360--46168387	14	2.0	14	100	0	56	71	0	14	14	1.15
46174519--46174567	25	2.0	25	83	0	62	46	22	2	28	1.63
46175833--46175867	16	2.1	17	89	5	54	17	11	0	71	1.14
46177241--46177274	8	4.4	8	88	7	52	38	0	0	61	0.96
46177242--46177284	7	5.9	7	81	8	50	39	0	2	58	1.11
46181475--46181524	19	2.6	19	93	0	91	16	40	22	22	1.91
46183343--46183666	48	6.8	48	85	1	400	26	29	16	27	1.97
46183343--46183666	96	3.4	96	86	1	445	26	29	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46184897--46185022	47	2.7	47	83	12	152	28	18	31	21	1.97
46188628--46188672	23	1.9	24	86	4	65	20	24	13	42	1.87
46188798--46188995	55	3.7	54	79	10	210	22	24	17	35	1.95
46191903--46191955	21	2.5	21	87	0	70	16	32	28	22	1.96
46191917--46191961	21	2.1	21	91	0	72	15	33	26	24	1.95
46222191--46222249	27	2.2	26	85	11	75	30	25	23	20	1.98
46225721--46225782	30	2.1	30	84	0	79	38	6	25	29	1.81
46226511--46226682	67	2.7	63	76	9	175	29	16	29	25	1.96
46227917--46227979	31	2.0	31	100	0	126	31	6	26	34	1.82
46228957--46229016	31	1.9	31	89	0	93	26	21	15	36	1.93
46229209--46229354	25	6.0	24	88	5	188	27	21	21	30	1.98
46229403--46229449	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
46240619--46240679	30	2.0	30	87	0	86	37	8	24	29	1.84
46241414--46241585	67	2.7	64	76	6	193	29	16	29	24	1.97
46243937--46244059	46	2.7	44	90	7	176	22	29	20	27	1.98
46243937--46244156	46	4.7	46	78	9	166	23	29	19	27	1.98
46243937--46244161	94	2.4	92	79	10	219	24	29	19	27	1.98
46245953--46246199	55	4.7	52	78	12	229	36	17	23	21	1.94
46245960--46246160	108	1.8	110	88	6	311	35	17	24	22	1.95
46253404--46253611	55	3.8	53	77	8	215	34	16	25	24	1.95
46253411--46253611	108	1.8	110	86	4	291	33	16	24	24	1.96
46259201--46259298	41	2.4	41	82	0	133	28	23	32	15	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46263737--46263901	80	2.1	79	82	3	197	27	19	24	27	1.99
46263710--46263901	40	4.8	40	75	9	162	28	20	23	27	1.99
46265059--46265092	13	2.6	13	90	0	50	64	11	5	17	1.45
46267559--46267662	42	2.4	43	85	6	140	29	18	22	29	1.97
46267527--46267679	43	3.6	43	75	7	132	29	17	22	30	1.97
46268015--46268040	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
46273073--46273245	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
46273070--46273240	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
46273466--46273503	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
46279511--46279535	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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