genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.286.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95692111--95692186	26	3.0	25	86	5	100	80	1	3	14	0.92
95692129--95692194	21	3.2	21	76	18	59	78	0	6	15	0.93
95698900--95698959	23	2.6	23	100	0	120	10	33	33	23	1.88
95706100--95706322	40	5.6	40	82	7	217	24	28	22	24	2.00
95706100--95706323	79	2.8	77	81	8	252	25	28	22	24	2.00
95706102--95706323	39	5.6	40	83	8	242	24	27	22	24	2.00
95714889--95714929	13	3.2	13	96	0	73	21	34	26	17	1.95
95721882--95721978	5	18.2	5	76	16	81	75	1	5	18	1.05
95721882--95721978	12	9.1	10	74	16	81	75	1	5	18	1.05
95721882--95721966	6	14.3	6	72	10	59	75	1	5	17	1.07
95721882--95721942	17	3.6	16	78	8	59	75	1	4	18	1.06
95721935--95721975	9	4.3	9	82	11	55	78	0	4	17	0.93
95732287--95732356	34	2.1	34	97	0	131	34	4	24	37	1.75
95738138--95738217	43	1.9	42	86	2	108	31	16	23	28	1.96
95738277--95738312	18	2.0	18	100	0	72	33	16	16	33	1.92
95742122--95742267	27	5.4	27	79	4	143	30	25	15	28	1.95
95743986--95744155	46	3.7	46	77	6	146	24	28	18	28	1.98
95747760--95747855	43	2.2	43	87	7	133	19	27	32	20	1.97
95749160--95749362	27	7.5	27	91	0	325	27	22	8	41	1.82
95749366--95749502	27	5.1	27	88	0	175	40	21	8	29	1.83
95749160--95749398	81	3.0	81	86	1	237	29	21	7	41	1.81
95749351--95749502	81	1.9	81	83	1	196	38	21	8	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95749533--95749774	27	9.0	27	85	0	295	36	18	19	25	1.94
95749977--95750046	25	2.8	25	91	0	104	28	25	22	22	1.99
95749987--95750073	25	3.5	24	81	12	79	26	25	21	26	2.00
95750267--95750349	31	2.7	31	92	3	134	31	16	25	26	1.97
95752630--95752741	27	4.1	27	83	0	125	28	19	7	44	1.77
95752630--95752741	54	2.1	54	87	0	161	28	19	7	44	1.77
95752757--95752897	26	5.3	27	78	5	119	36	19	19	24	1.95
95752757--95752892	53	2.6	53	86	4	188	36	19	20	24	1.95
95753361--95753443	30	2.7	30	92	1	130	31	14	26	27	1.95
95755698--95755931	27	8.6	27	79	6	249	28	20	9	40	1.85
95755698--95755926	108	2.1	109	86	2	309	27	21	10	40	1.85
95755921--95756072	26	5.8	27	75	12	93	42	21	8	28	1.82
95755980--95756098	27	4.6	27	84	5	138	40	21	10	27	1.85
95755953--95756129	27	6.8	27	77	9	136	41	21	10	27	1.85
95756118--95756385	27	10.0	27	82	4	283	35	18	19	27	1.95
95756118--95756387	80	3.4	78	80	6	272	35	18	18	27	1.95
95756589--95756682	25	3.8	24	83	8	109	27	23	23	25	2.00
95759122--95759385	27	9.8	27	88	0	359	28	21	9	41	1.83
95759373--95759552	27	6.8	27	79	6	161	41	21	8	29	1.82
95759156--95759414	81	3.2	81	85	1	252	30	20	8	39	1.83
95759451--95759610	54	3.0	53	76	8	144	37	20	12	30	1.89
95759571--95759840	27	10.0	27	85	0	335	34	20	19	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95760043--95760137	25	3.8	25	92	0	145	28	25	23	23	1.99
95762569--95762825	27	9.6	27	85	2	322	28	20	8	41	1.82
95762567--95762825	80	3.2	79	85	3	324	28	20	8	41	1.82
95762569--95762825	107	2.4	106	86	3	338	28	20	8	41	1.82
95762651--95762854	107	1.9	107	82	0	255	32	21	7	39	1.81
95762846--95763019	27	6.7	25	76	10	109	39	22	9	28	1.85
95762817--95762991	27	6.6	27	78	6	171	40	21	8	29	1.83
95762891--95763074	54	3.5	53	76	8	144	36	19	12	30	1.89
95763010--95763274	27	10.0	26	82	6	259	35	19	18	26	1.95
95763011--95763257	53	4.7	52	82	4	275	35	19	17	26	1.95
95763476--95763570	25	3.8	25	92	0	145	28	25	23	23	1.99
95765996--95766260	27	9.8	27	89	0	368	29	20	8	42	1.81
95766239--95766417	27	6.7	27	74	10	116	40	18	8	31	1.81
95766252--95766376	26	4.8	25	76	15	119	43	20	8	28	1.80
95766252--95766432	53	3.4	54	79	3	161	40	18	9	30	1.83
95766424--95766608	54	3.4	54	87	0	262	36	18	20	24	1.95
95766420--95766609	27	7.0	27	85	0	227	36	19	20	24	1.95
95766837--95766894	25	2.4	24	88	11	91	31	18	20	29	1.97
95767102--95767183	30	2.7	30	94	3	139	30	15	26	26	1.96
95770013--95770110	26	3.5	28	86	4	119	26	13	29	30	1.94
95770041--95770121	26	3.0	25	80	10	81	29	12	25	32	1.92
95777935--95778004	28	2.5	28	86	13	99	27	12	27	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96040005--96040062	28	2.1	28	100	0	116	32	0	20	46	1.51
96040009--96040070	28	2.2	28	94	0	106	35	0	22	41	1.54
96045633--96045682	25	2.0	25	100	0	100	20	36	12	32	1.89
96047665--96047807	27	5.3	28	79	3	98	30	25	15	28	1.96
96050029--96050061	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
96052961--96053019	6	9.8	6	80	7	57	76	1	6	15	1.07
96052939--96052994	18	3.1	18	76	10	60	71	3	5	19	1.21
96055831--96055863	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
96060811--96060847	10	3.8	10	89	3	58	75	0	8	16	1.02
96060816--96060850	15	2.4	14	86	9	52	74	0	5	20	1.02
96073890--96073957	28	2.4	28	82	0	82	30	25	22	22	1.99
96073969--96074247	40	7.0	40	92	1	436	26	27	21	23	1.99
96080005--96080055	25	2.0	25	96	0	93	21	7	19	50	1.72
96080787--96080994	46	4.5	44	77	13	172	29	19	28	22	1.98
96082839--96083007	27	6.3	27	73	8	130	40	17	10	31	1.83
96082839--96082995	53	2.9	54	74	10	151	39	17	11	31	1.86
96082833--96083007	80	2.2	82	82	6	214	39	17	10	32	1.84
96082987--96083267	27	10.4	27	89	3	395	26	23	9	40	1.84
96082987--96083356	81	4.5	81	84	7	388	28	22	9	39	1.85
96083302--96083356	27	2.0	27	92	0	92	27	23	9	40	1.85
96083213--96083394	89	2.0	89	100	0	364	34	19	10	35	1.87
96083346--96083432	27	3.2	28	74	11	83	41	21	9	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96083186--96083430	116	2.1	116	82	3	296	35	20	10	33	1.87
96083240--96083430	89	2.1	88	85	7	253	38	19	9	31	1.85
96083360--96083494	27	4.9	27	77	12	123	41	17	8	31	1.81
96083548--96083639	27	3.4	27	87	0	130	34	19	26	19	1.96
96084438--96084680	26	9.3	26	86	3	330	27	21	23	27	1.99
96084438--96084667	53	4.4	53	92	2	367	26	22	23	28	1.99
96084438--96084680	52	4.7	52	90	3	366	27	21	23	27	1.99
96084888--96084970	31	2.7	30	89	7	123	31	14	25	28	1.95
96090321--96090507	43	4.3	44	87	5	249	33	20	15	30	1.94
96095012--96095189	46	3.8	46	76	8	191	28	27	21	22	1.99
96095021--96095191	93	1.8	93	92	2	290	27	28	21	22	1.99
96098514--96098781	40	6.7	40	94	0	464	22	26	20	30	1.98
96107347--96107614	40	6.7	40	94	0	464	22	26	20	30	1.98
96111596--96111650	16	3.7	16	74	18	64	56	14	18	10	1.67
96111585--96111650	28	2.3	28	94	2	114	57	12	19	10	1.63
96117959--96117999	19	2.2	19	95	0	73	41	4	9	43	1.59
96118885--96119024	43	3.3	43	76	7	126	27	20	25	27	1.99
96120376--96120427	26	2.1	25	86	10	72	25	3	1	69	1.16
96135920--96135995	25	3.1	25	76	17	70	39	22	19	18	1.92
96136037--96136096	26	2.3	26	88	0	93	40	20	20	20	1.92
96136052--96136114	26	2.5	26	87	7	85	39	22	22	15	1.92
96136128--96136175	23	2.1	23	92	0	78	45	33	12	8	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96145433--96145511	25	3.2	25	83	1	79	41	21	18	17	1.90
96147000--96147038	18	2.2	18	90	0	60	23	23	7	46	1.78
96150958--96151023	25	2.7	23	80	15	80	27	21	28	22	1.99
96163722--96163838	62	1.9	60	81	6	137	36	5	8	49	1.56
96180593--96180770	40	4.5	40	88	4	220	26	28	23	22	1.99
96183000--96183167	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
96183023--96183167	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
96184358--96184429	37	1.9	37	100	0	144	33	22	13	30	1.93
96191032--96191197	40	4.2	40	77	3	149	25	27	23	24	2.00
96191055--96191197	40	3.6	39	84	5	171	23	25	24	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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