genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.114.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35875276--35875577	139	2.1	141	84	8	416	32	9	31	27	1.88
35878135--35878492	40	9.1	40	90	1	544	25	22	27	25	2.00
35878135--35878492	118	3.0	119	91	1	558	25	22	27	25	2.00
35881831--35882175	47	7.3	47	90	3	473	32	9	30	27	1.89
35884291--35884403	42	2.7	43	81	5	140	30	24	16	28	1.97
35884291--35884448	43	3.7	42	76	7	131	29	25	17	27	1.97
35892153--35892323	94	1.8	92	83	7	229	22	28	21	28	1.99
35892106--35892325	46	4.8	44	77	13	171	22	29	20	28	1.98
35892195--35892333	47	3.0	45	80	12	147	24	28	19	28	1.99
35893161--35893191	14	2.2	14	100	0	62	16	19	0	64	1.29
35904643--35904680	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
35912760--35912797	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
35913026--35913195	92	1.8	93	92	1	288	28	28	21	22	1.99
35920286--35920312	13	2.1	13	100	0	54	62	22	0	14	1.31
35930565--35930604	20	2.0	20	85	0	53	45	7	5	42	1.54
35931518--35931580	28	2.2	29	81	10	69	39	6	6	47	1.54
35931762--35931853	30	3.0	29	81	12	96	51	5	3	40	1.41
35932503--35932555	26	2.0	26	100	0	106	33	28	15	22	1.94
35939357--35939403	23	2.0	23	95	0	85	53	6	14	25	1.65
35939796--35939838	12	3.6	12	93	0	68	18	41	30	9	1.82
35955171--35955207	18	2.1	18	100	0	74	27	21	13	37	1.91
35959015--35959041	13	2.1	13	100	0	54	22	37	25	14	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35961268--35961331	31	2.1	31	96	0	119	35	9	21	32	1.86
35966563--35966663	45	2.3	42	82	11	123	23	17	22	35	1.95
35966553--35966690	42	3.2	44	78	13	124	22	17	23	36	1.95
35966563--35966725	87	1.9	85	82	5	202	23	19	23	34	1.96
35968612--35968642	12	2.6	12	89	0	53	48	0	29	22	1.51
35968997--35969053	30	1.9	30	85	7	80	40	10	15	33	1.82
35969681--35969797	49	2.4	49	76	11	123	26	18	28	26	1.98
35976486--35976579	40	2.3	41	85	7	122	38	26	13	21	1.91
35983812--35983890	41	1.9	41	89	5	124	31	30	12	25	1.93
35983812--35983900	41	2.2	41	83	4	117	32	29	12	25	1.92
35984849--35984881	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
35986011--35986059	21	2.3	21	96	0	89	22	22	26	28	1.99
35999495--35999570	36	2.1	36	100	0	152	47	25	5	22	1.72
36005304--36005337	12	2.6	14	81	18	54	26	0	14	58	1.36
36008242--36008411	84	2.0	84	100	0	340	35	21	26	16	1.94
36008613--36008796	40	4.6	39	81	9	194	23	21	28	26	1.99
36008646--36008829	79	2.3	77	78	10	192	26	20	27	26	1.99
36016758--36016842	41	2.1	41	97	0	161	35	10	8	45	1.69
36027889--36027947	27	2.2	27	90	0	91	33	20	22	23	1.97
36030805--36031024	40	5.5	40	84	3	232	24	23	27	25	2.00
36031815--36031923	57	1.9	57	100	0	218	31	18	12	37	1.88
36032173--36032224	21	2.5	22	78	9	65	28	5	19	46	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36032857--36032923	34	2.0	34	96	0	125	31	4	26	37	1.77
36037367--36037707	27	12.7	27	84	1	425	39	19	9	32	1.83
36037367--36037760	54	7.3	54	84	7	309	39	19	9	31	1.83
36037690--36037760	27	2.6	27	81	0	88	42	23	5	28	1.77
36037367--36037762	81	4.9	81	81	2	404	38	19	9	32	1.83
36037802--36037936	27	5.0	27	88	0	182	34	18	22	24	1.96
36038185--36038235	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
36038166--36038341	67	2.6	67	91	0	289	19	28	21	31	1.97
36038342--36038455	27	4.3	27	94	1	185	21	22	19	35	1.96
36038574--36038741	6	27.3	6	73	15	139	18	18	14	48	1.82
36038577--36038683	25	4.6	25	79	15	138	17	19	15	46	1.84
36038575--36038678	43	2.4	42	93	4	172	17	19	16	47	1.83
36038578--36038742	37	4.5	36	80	6	111	18	18	15	47	1.82
36038648--36038715	19	3.6	19	80	11	86	19	19	13	48	1.81
36042502--36042578	34	2.3	34	88	4	111	25	22	23	28	1.99
36047929--36048142	40	5.3	40	87	0	293	32	27	20	19	1.97
36053222--36053413	40	4.8	40	92	1	226	27	27	21	23	1.99
36053193--36053412	80	2.8	80	81	4	248	28	27	20	23	1.99
36068158--36068326	27	6.2	27	84	4	196	30	26	15	27	1.96
36068170--36068325	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
36075994--36076170	27	6.5	27	85	1	183	30	28	14	26	1.95
36076015--36076170	82	1.9	81	86	3	224	30	28	14	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36082488--36082616	50	2.5	51	87	5	181	36	17	20	25	1.94
36082592--36082771	31	5.8	31	90	2	263	27	19	26	26	1.99
36082891--36083004	42	2.7	43	83	6	144	32	14	25	27	1.95
36084843--36084908	34	1.9	34	87	0	96	22	22	27	27	1.99
36085515--36085713	41	4.7	41	78	7	191	35	18	27	18	1.94
36085686--36085733	20	2.4	20	96	0	87	37	18	33	10	1.85
36094654--36094705	22	2.3	23	74	9	54	50	28	3	17	1.64
36100365--36100389	9	2.8	9	100	0	50	24	24	0	52	1.48
36102572--36102625	20	2.7	20	97	0	99	24	38	25	11	1.88
36105782--36105854	34	2.1	34	89	0	110	30	23	21	24	1.99
36109692--36109867	46	3.8	45	78	10	185	22	21	27	28	1.99
36109688--36109859	93	1.8	93	91	0	281	22	21	28	27	1.99
36120349--36120470	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
36120321--36120915	47	12.6	47	93	2	876	27	29	9	33	1.88
36122171--36122349	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
36123604--36123841	39	6.1	40	88	2	322	25	27	21	25	1.99
36123630--36123841	79	2.7	79	90	2	302	26	27	21	25	1.99
36123895--36123969	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
36126424--36126545	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
36126396--36126896	47	10.6	47	93	2	740	27	29	9	33	1.88
36127192--36127367	56	3.1	56	97	0	334	46	9	22	22	1.80
36128494--36128677	39	4.6	41	82	9	195	25	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36128495--36128677	40	4.6	39	82	5	192	25	22	27	24	2.00
36131365--36131542	85	2.1	85	97	1	340	26	27	8	37	1.85
36140077--36140182	29	3.7	29	74	10	101	31	15	28	25	1.95
36142531--36142655	39	3.2	39	80	1	126	38	11	10	40	1.75
36142798--36142887	44	2.0	44	84	0	117	35	23	21	20	1.96
36143952--36144013	28	2.1	28	91	5	97	48	8	1	41	1.42
36147529--36147595	27	2.5	27	76	7	66	26	10	17	44	1.81
36160706--36160810	27	3.9	26	86	7	131	19	25	22	32	1.97
36162733--36162781	21	2.5	20	84	12	66	36	16	10	36	1.82
36162733--36162878	39	3.7	39	82	0	184	37	13	10	38	1.79
36163984--36164014	11	2.7	11	95	5	53	16	3	0	80	0.83
36164185--36164246	30	2.1	28	85	5	79	48	6	3	41	1.45
36166757--36166832	32	2.4	32	88	0	116	27	28	21	22	1.99
36166775--36166842	32	2.4	26	70	25	64	30	25	17	26	1.97
36169294--36169360	32	2.1	33	97	2	127	59	14	2	22	1.49
36170499--36170535	14	2.6	14	100	0	74	16	0	18	64	1.29
36176577--36176620	22	2.0	22	86	0	61	27	9	13	50	1.72
36177189--36177221	15	2.2	15	100	0	66	12	30	21	36	1.90
36183367--36183757	219	1.8	211	87	6	588	20	5	19	55	1.62
36183817--36183865	25	2.1	23	82	14	57	22	2	10	65	1.34
36184699--36184742	22	2.0	22	81	0	52	29	18	29	22	1.97
36186078--36186134	27	2.1	26	81	12	62	29	22	15	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36194741--36194773	16	2.1	16	88	5	50	33	6	0	60	1.21
36194804--36194833	15	1.9	16	93	6	53	56	0	0	43	0.99
36194825--36194888	20	3.2	20	88	4	94	40	0	3	56	1.15
36194823--36194883	28	2.2	28	85	11	81	44	0	3	52	1.17
36194832--36194893	19	3.2	19	84	4	79	40	0	4	54	1.22
36196644--36196828	40	4.6	39	81	5	185	24	22	28	24	1.99
36196697--36196861	79	2.1	79	80	6	183	26	20	27	26	1.99
36204700--36204922	40	5.7	39	85	8	267	23	22	28	25	2.00
36225682--36225854	46	3.7	46	77	13	210	21	20	27	30	1.98
36225679--36225849	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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