Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   

This is table  29  of  349  ( 41854 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8086538--8088702
723
3.0
723
99
0
4312
41
9
19
29
1.83
8087981--8088158
46
3.8
46
86
2
241
45
15
19
19
1.85
8089505--8089600
25
3.8
25
83
0
111
32
19
27
20
1.97
8089505--8089600
50
1.9
50
84
0
129
32
19
27
20
1.97
8089488--8089602
25
4.6
25
77
8
101
31
19
26
22
1.98
8093533--8093557
13
1.9
13
100
0
50
88
0
12
0
0.53
8094909--8094949
15
2.8
15
81
3
57
39
14
0
46
1.45
8101035--8101117
45
1.9
42
83
11
105
45
9
0
44
1.36
8103082--8103144
31
2.0
32
84
3
83
34
20
1
42
1.62
8103067--8103128
31
2.0
31
87
0
88
32
22
0
45
1.53
8104655--8104700
12
3.8
13
83
11
53
60
2
36
0
1.09
8104668--8104702
13
2.9
12
91
8
54
65
0
34
0
0.93
8113150--8113192
22
2.0
22
90
9
70
53
0
0
46
1.00
8114742--8114792
25
2.0
27
88
11
81
29
0
7
62
1.23
8114742--8114793
24
2.1
25
86
10
72
28
0
7
63
1.22
8114875--8114945
20
3.5
20
75
9
63
38
26
8
26
1.85
8115220--8115259
18
2.2
19
86
4
55
22
5
7
65
1.38
8115382--8115409
3
9.3
3
100
0
56
64
0
0
35
0.94
8116165--8116197
3
11.0
3
100
0
66
66
0
0
33
0.92
8116859--8116892
9
3.7
9
88
4
50
47
17
8
26
1.77
8120689--8120726
17
2.2
17
100
0
76
42
0
13
44
1.43
8121271--8121331
18
3.2
18
75
11
59
50
6
31
11
1.64
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8121275--8121336
27
2.3
26
81
8
70
51
8
30
9
1.63
8121296--8121336
21
2.0
21
85
0
55
53
9
29
7
1.60
8121271--8121306
6
6.0
6
86
0
54
50
2
33
13
1.57
8121284--8121336
12
4.2
12
77
13
52
52
7
30
9
1.61
8123701--8123756
28
2.0
28
96
0
103
28
12
28
30
1.93
8128890--8128920
12
2.6
12
89
0
53
0
54
0
45
0.99
8129812--8129983
84
2.0
84
90
0
272
32
8
16
41
1.79
8130464--8130502
15
2.6
15
84
11
53
30
0
7
61
1.24
8130464--8130491
14
2.0
14
100
0
56
28
0
7
64
1.20
8130403--8130607
106
1.9
105
89
4
315
40
6
11
41
1.67
8130566--8130608
14
3.1
14
90
6
61
32
2
6
58
1.38
8132168--8132210
13
3.2
13
87
6
59
69
0
0
30
0.88
8132203--8132301
24
4.1
23
70
15
67
58
4
7
30
1.43
8134801--8134837
20
1.9
20
88
5
58
40
0
8
51
1.32
8137001--8137228
46
5.0
46
85
1
278
40
15
24
20
1.90
8137011--8137223
92
2.3
92
89
0
309
40
15
23
19
1.90
8147415--8147479
21
3.1
21
71
6
60
18
23
16
41
1.90
8147415--8147502
42
2.1
42
80
4
97
18
21
18
42
1.90
8153717--8153763
16
2.9
16
84
9
51
40
2
4
53
1.32
8154935--8155060
3
41.3
3
77
10
96
62
1
4
30
1.25
8155206--8155268
15
4.1
15
84
12
58
63
0
9
26
1.25
8155194--8155266
29
2.5
29
80
8
78
64
0
9
26
1.24
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8159527--8159612
26
3.3
26
62
22
63
34
18
17
29
1.94
8159511--8159613
51
2.0
51
100
0
206
34
15
17
32
1.91
8165219--8165256
3
12.7
3
88
0
58
0
34
0
65
0.93
8165638--8165690
7
7.6
7
97
0
79
37
0
41
20
1.53
8179887--8179938
25
2.1
25
85
0
68
38
15
7
38
1.76
8181182--8181213
10
3.2
10
100
0
64
62
0
28
9
1.26
8183506--8183577
31
2.3
32
83
9
87
38
0
2
58
1.13
8185388--8185646
46
5.6
46
90
0
367
41
13
24
20
1.88
8187534--8187582
23
2.1
24
85
11
66
36
2
2
59
1.21
8191240--8191279
17
2.5
16
80
11
55
67
0
25
7
1.16
8191726--8191765
11
3.6
11
79
0
53
20
15
7
57
1.61
8191803--8191865
30
2.1
30
93
0
108
25
3
14
57
1.52
8191947--8191986
18
2.2
18
86
8
55
20
0
12
67
1.22
8193195--8193222
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
8194380--8194508
36
3.4
38
72
16
115
41
12
10
35
1.76
8194469--8194629
35
4.7
34
80
8
175
46
10
12
30
1.75
8194469--8194629
17
9.4
17
76
11
150
46
10
12
30
1.75
8194807--8194853
20
2.5
19
77
16
53
44
8
17
29
1.78
8195213--8195295
8
10.4
8
77
14
91
0
18
0
81
0.68
8195212--8195304
19
4.9
18
79
12
98
0
18
0
81
0.69
8195210--8195295
15
5.8
15
81
6
104
0
18
0
81
0.69
8195215--8195306
42
2.4
36
84
12
112
0
19
0
80
0.71
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8195390--8195443
15
3.6
14
79
18
56
0
12
22
64
1.27
8195392--8195477
32
2.7
29
78
16
75
1
10
22
66
1.29
8195423--8195491
32
2.2
32
82
10
79
1
5
21
71
1.16
8195607--8195647
3
13.3
3
89
5
64
0
29
0
70
0.87
8195713--8195762
10
5.2
10
76
7
50
2
28
0
70
0.99
8196008--8196124
30
3.9
29
77
11
94
44
3
22
29
1.69
8196023--8196124
30
3.4
30
84
2
134
44
3
22
29
1.71
8196395--8196612
54
4.1
55
88
8
324
37
17
16
28
1.92
8196591--8196625
14
2.5
14
90
0
52
60
2
17
20
1.49
8196714--8196961
85
2.8
87
81
10
299
36
18
18
26
1.94
8196874--8196907
16
2.1
16
88
0
50
64
5
11
17
1.45
8196714--8196968
91
2.9
88
82
9
324
36
18
18
26
1.93
8196926--8198300
191
7.2
192
97
1
2613
35
20
13
29
1.91
8197240--8197466
122
1.9
122
84
3
305
34
21
14
30
1.92
8196926--8198300
572
2.4
575
97
1
2627
35
20
13
29
1.91
8196926--8198300
381
3.6
383
98
1
2627
35
20
13
29
1.91
8197621--8197847
122
1.9
122
84
3
305
34
21
14
30
1.92
8197941--8198101
70
2.3
68
82
6
180
33
23
13
29
1.93
8209983--8210126
17
8.4
17
77
8
130
47
10
11
30
1.74
8209894--8210022
36
3.4
38
72
16
115
41
12
10
35
1.76
8209983--8210145
35
4.7
35
79
6
170
47
10
12
30
1.74
8210321--8210367
20
2.5
19
77
16
53
44
8
17
29
1.78
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8210727--8210808
8
10.2
8
79
10
87
0
19
0
80
0.71
8210740--8210806
15
4.4
15
86
3
89
0
19
0
80
0.71
8210892--8210949
19
3.4
17
81
11
64
1
3
20
74
1.06
8211075--8211106
3
10.3
3
93
6
55
0
31
0
68
0.90
8211136--8211185
10
5.2
10
80
7
59
0
30
0
70
0.88
8211140--8211182
19
2.3
19
88
11
63
0
30
0
69
0.88
8211452--8211539
30
3.1
28
83
8
106
40
4
23
30
1.75
8215322--8215357
18
1.9
19
88
5
56
0
16
5
77
0.94
8223412--8223549
69
2.0
69
91
0
222
41
10
9
39
1.71
8227997--8228084
44
2.0
44
93
4
151
22
21
15
39
1.91
8229274--8229313
20
2.0
20
90
0
62
22
30
20
27
1.98
8231774--8231816
21
2.0
22
90
4
70
60
0
9
30
1.28
8233272--8233533
104
2.4
105
83
8
305
43
13
11
32
1.80
8233852--8233908
29
2.0
29
86
6
80
43
0
3
52
1.18
8233967--8234038
33
2.2
32
88
11
103
38
0
8
52
1.32
8235185--8235274
44
2.0
44
85
8
121
20
23
25
31
1.98
8235432--8235527
18
5.4
18
67
16
65
36
6
15
41
1.73
8236820--8236882
30
2.1
30
91
5
101
55
15
3
25
1.55
8241770--8241844
31
2.4
31
88
0
105
38
5
14
41
1.69
8244564--8244606
3
14.3
3
100
0
86
32
0
0
67
0.91
8244951--8244996
3
15.3
3
100
0
92
65
0
0
34
0.93
8245209--8245304
30
3.2
29
66
12
77
23
11
11
53
1.69
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8250557--8250670
41
2.8
40
78
4
122
39
14
24
21
1.91
8250568--8250670
40
2.5
41
80
1
118
40
13
23
22
1.89
8251831--8251878
25
1.9
25
95
0
87
31
8
0
60
1.26
8254247--8254320
31
2.3
32
95
4
132
59
9
6
24
1.53
8257561--8257694
27
4.6
27
72
21
119
47
17
0
35
1.48
8257590--8257693
9
11.6
9
77
8
95
46
19
0
34
1.50
8257563--8257648
36
2.4
36
96
0
154
46
17
0
36
1.48
8257590--8257693
54
1.9
54
100
0
208
46
19
0
34
1.50
8265843--8265889
21
2.1
23
85
14
64
34
2
17
46
1.59
8267116--8267244
50
2.5
51
91
5
208
34
17
22
24
1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349