genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.343.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113145885--113146457	35	15.7	35	70	11	190	29	19	16	35	1.93
113146143--113146221	37	2.1	37	86	9	108	26	22	13	36	1.92
113145937--113146234	109	2.8	107	75	5	296	28	18	16	36	1.92
113146156--113146334	37	4.8	37	74	6	101	29	17	17	35	1.93
113146180--113146366	75	2.5	76	81	4	191	30	17	17	34	1.94
113146151--113146394	38	6.6	38	73	6	153	28	18	18	34	1.94
113146811--113146876	23	2.8	23	86	2	78	45	16	12	25	1.82
113151457--113151543	40	2.2	40	95	2	158	34	19	13	32	1.91
113155692--113155742	24	2.1	24	96	0	93	49	7	11	31	1.68
113156638--113156691	21	2.5	20	80	11	54	59	0	3	37	1.15
113162331--113162373	18	2.4	18	80	7	52	41	2	2	53	1.26
113162664--113162705	19	2.2	19	100	0	84	54	16	9	19	1.69
113170607--113170638	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
113170733--113170974	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
113170733--113170982	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
113172321--113172409	30	3.0	30	95	1	162	25	49	6	17	1.71
113172887--113173095	23	8.6	25	69	15	80	33	5	4	56	1.42
113173032--113173098	25	2.9	22	78	10	71	29	5	5	58	1.46
113172945--113173102	77	2.0	79	81	4	187	30	6	4	58	1.44
113173162--113173217	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
113185298--113185341	13	3.4	13	81	12	63	13	11	6	68	1.39
113185300--113185337	12	2.9	13	81	14	51	15	13	7	63	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113185228--113185595	99	3.8	98	83	11	442	26	17	18	37	1.93
113185512--113186330	73	11.3	74	84	6	1043	29	16	20	33	1.94
113185512--113186324	145	5.6	145	87	5	1044	29	16	20	33	1.94
113185533--113186330	218	3.7	217	92	4	1231	29	16	20	33	1.95
113186397--113186429	14	2.4	14	94	0	57	18	12	6	63	1.48
113186246--113186490	87	2.8	83	79	10	258	27	17	18	36	1.93
113197467--113197507	20	2.1	20	95	4	75	17	29	31	21	1.96
113202170--113202616	205	2.2	205	96	0	813	29	18	23	28	1.98
113202651--113202933	132	2.2	132	89	4	421	31	18	25	24	1.97
113202714--113202933	44	5.0	44	76	8	207	30	17	26	25	1.97
113202915--113202939	13	1.9	13	100	0	50	48	16	28	8	1.74
113204047--113204160	40	2.9	39	92	3	185	47	3	19	29	1.66
113205797--113205835	20	1.9	21	89	5	62	30	20	5	43	1.73
113209680--113209837	41	3.9	40	83	7	187	36	15	18	29	1.92
113209815--113209898	42	2.0	42	95	0	150	29	16	9	44	1.80
113209933--113209998	35	1.9	35	84	3	89	27	27	1	43	1.64
113212884--113212934	25	2.0	26	92	3	86	49	3	3	43	1.39
113213228--113213254	13	2.1	13	100	0	54	51	0	11	37	1.37
113215380--113215426	20	2.4	20	92	3	78	61	34	0	4	1.15
113217907--113217942	4	9.0	4	87	0	54	25	25	5	44	1.75
113217907--113217942	12	3.0	12	95	0	63	25	25	5	44	1.75
113226119--113227737	82	20.9	72	73	18	720	29	17	19	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113226310--113227736	77	18.1	81	74	17	930	29	17	19	33	1.95
113226409--113226581	94	1.8	94	88	2	267	27	19	19	32	1.96
113226789--113226969	89	2.0	88	83	8	222	24	20	19	34	1.96
113226878--113227545	72	8.8	73	79	12	541	30	17	18	33	1.94
113226899--113227544	142	4.3	145	78	11	505	30	17	19	33	1.94
113227328--113227967	87	7.6	86	75	16	419	29	16	18	36	1.92
113227642--113227674	13	2.6	13	90	4	50	27	12	6	54	1.60
113228110--113228147	20	1.9	20	88	0	58	28	10	31	28	1.90
113228663--113228719	20	2.8	20	78	0	78	56	40	0	3	1.17
113230650--113230692	10	4.3	10	82	11	52	67	2	6	23	1.27
113231296--113231385	40	2.2	40	84	6	108	22	13	32	32	1.92
113231430--113231496	35	1.9	35	90	0	107	35	16	22	25	1.94
113238215--113238279	30	2.2	30	82	0	76	49	7	0	43	1.31
113239035--113239064	16	1.9	16	93	6	53	30	0	0	70	0.88
113239126--113239160	17	1.9	18	88	11	54	37	0	0	62	0.95
113242059--113242173	59	1.9	60	82	5	144	36	8	17	37	1.81
113249531--113249570	22	1.9	20	85	10	53	22	5	5	67	1.30
113252235--113252265	12	2.6	12	94	0	53	35	35	3	25	1.72
113263048--113263435	171	2.3	171	88	3	575	40	13	13	32	1.83
113266323--113266376	3	18.3	3	78	17	60	62	0	3	33	1.12
113266582--113266638	3	19.3	3	81	3	62	57	0	8	33	1.29
113266973--113267067	38	2.8	32	72	21	93	58	6	4	30	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113266973--113267072	31	2.9	32	74	17	94	58	7	4	31	1.43
113267355--113267395	11	3.8	11	84	9	50	53	4	0	41	1.22
113267357--113267396	17	2.2	17	86	8	53	55	5	0	40	1.22
113267364--113267396	17	2.0	16	94	5	57	54	3	0	42	1.15
113267967--113268007	18	2.3	18	87	8	57	75	0	9	14	1.04
113267966--113268010	21	2.1	22	87	4	65	75	0	8	15	1.03
113269626--113269659	18	1.9	17	94	5	59	61	0	0	38	0.96
113272867--113272919	26	2.0	26	92	0	88	20	26	18	33	1.96
113273236--113273275	21	1.9	21	90	10	64	57	15	10	17	1.64
113277785--113277825	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
113283342--113283440	50	2.0	50	100	0	198	42	16	3	38	1.63
113283856--113283897	16	2.8	16	89	7	61	45	0	0	54	0.99
113285510--113285543	12	2.8	12	86	0	50	29	23	20	26	1.99
113291367--113291398	16	1.9	17	93	6	57	59	3	6	31	1.38
113296828--113296893	33	2.0	33	100	0	132	36	30	6	27	1.81
113299901--113299931	16	1.9	16	93	0	53	51	3	0	45	1.17
113313714--113313742	6	4.8	6	100	0	58	0	13	0	86	0.58
113315097--113315144	24	2.0	24	87	0	69	33	4	39	22	1.74
113318890--113319060	71	2.4	71	95	0	306	50	12	14	22	1.76
113321866--113321897	16	2.1	16	94	5	57	31	3	6	59	1.38
113323023--113323055	16	2.1	15	94	5	57	27	6	24	42	1.78
113327777--113328325	219	2.5	221	84	2	696	29	21	15	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113328180--113328481	156	1.9	156	82	4	376	29	17	14	37	1.90
113327961--113328701	376	2.0	375	86	1	1029	29	20	15	34	1.94
113328327--113329334	219	4.6	219	83	2	1182	29	21	15	33	1.94
113327777--113328920	595	1.9	595	84	3	1505	29	21	15	33	1.94
113329194--113329498	163	1.9	164	88	0	468	27	20	13	37	1.91
113328978--113329698	383	1.9	382	86	2	1027	29	21	13	35	1.92
113329358--113335068	220	26.0	220	83	2	6510	29	21	15	33	1.94
113329358--113335068	441	13.0	437	83	3	6352	29	21	15	33	1.94
113336215--113336346	35	3.6	38	79	9	141	33	23	11	31	1.90
113337568--113337602	16	2.1	17	89	5	54	42	28	0	28	1.56
113339002--113339149	46	3.2	46	70	13	126	29	29	18	22	1.98
113340458--113350651	220	46.5	219	83	2	11383	29	21	15	33	1.94
113351871--113351971	40	2.7	39	83	8	129	36	22	6	33	1.81
113354110--113354150	18	2.3	18	87	8	57	29	21	0	48	1.50
113355353--113355399	25	1.9	24	86	4	67	10	10	6	72	1.28
113356047--113358538	220	11.4	220	85	2	3142	28	22	16	33	1.95
113359123--113359173	20	2.4	21	87	12	70	54	0	1	43	1.11
113359446--113359476	16	2.0	16	93	6	55	45	6	6	41	1.55
113365763--113365802	18	2.2	19	86	4	55	30	0	15	55	1.41
113365863--113365939	31	2.5	30	81	12	86	44	15	6	33	1.72
113365963--113365991	6	4.8	6	100	0	58	34	0	13	51	1.42
113367993--113368039	15	3.1	15	87	0	76	31	19	0	48	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113368307--113368335	7	4.3	7	91	8	51	13	0	13	72	1.13
113370764--113370940	50	3.5	50	93	0	282	35	14	23	27	1.94
113370916--113371095	31	5.8	31	88	2	272	28	18	26	26	1.98
113371188--113371282	49	2.0	48	87	6	138	27	15	25	31	1.96
113376650--113376690	19	2.2	19	90	0	64	51	0	9	39	1.35
113378418--113378713	39	7.5	39	94	0	493	19	21	29	29	1.98
113387017--113387074	30	1.9	30	85	0	80	43	1	24	31	1.64
113387286--113387317	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
113387412--113387653	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
113387412--113387661	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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