genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.110.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34555265--34555437	43	4.0	43	72	14	140	25	16	24	33	1.96
34560008--34560125	59	2.0	59	89	0	182	23	27	27	21	1.99
34560363--34560410	15	3.1	15	77	16	62	25	8	12	54	1.65
34560358--34560403	15	3.0	15	78	15	58	26	4	13	56	1.55
34563058--34563275	40	5.5	40	89	4	293	25	28	23	22	1.99
34594618--34594672	25	2.2	26	78	15	62	49	0	9	41	1.34
34618289--34618410	47	2.6	47	96	0	226	36	13	24	26	1.92
34618389--34618555	55	3.1	54	85	5	230	36	16	25	21	1.94
34618397--34618585	55	3.5	53	84	5	227	35	18	24	20	1.95
34618699--34618731	16	2.0	17	94	5	59	42	3	18	36	1.66
34630156--34630538	44	8.7	44	74	11	320	28	16	27	27	1.97
34629996--34630519	221	2.4	222	89	2	793	29	17	24	28	1.97
34630379--34630571	88	2.2	88	85	3	246	28	14	29	27	1.95
34630702--34630737	13	2.6	14	86	8	56	83	5	0	11	0.80
34632148--34632204	12	4.5	12	76	8	51	38	7	0	54	1.28
34632342--34632394	21	2.5	21	80	17	56	32	3	0	64	1.12
34632366--34632403	17	2.2	17	90	0	58	36	2	0	60	1.11
34632345--34632404	10	6.2	10	75	14	54	33	3	0	63	1.11
34632357--34632415	27	2.1	28	87	3	84	35	5	0	59	1.20
34636750--34636811	28	2.1	30	82	11	76	24	1	20	53	1.55
34636904--34637015	41	2.7	43	90	5	176	21	18	25	34	1.96
34640128--34640284	29	5.5	29	89	3	221	33	26	12	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34640128--34640284	57	2.7	58	89	3	221	33	26	12	28	1.92
34648045--34648172	29	4.5	28	86	2	157	33	25	11	29	1.91
34648044--34648172	57	2.3	57	84	2	170	33	25	11	29	1.91
34650029--34650144	47	2.5	47	92	0	196	35	12	24	27	1.92
34650131--34650319	55	3.5	54	84	3	229	35	18	23	21	1.95
34652029--34652126	24	4.0	24	90	1	151	36	4	38	20	1.72
34652237--34652284	21	2.4	21	80	16	57	4	25	0	70	1.04
34659963--34660060	24	4.0	24	90	1	151	36	5	37	20	1.75
34661669--34661749	33	2.4	34	79	8	94	29	18	23	28	1.98
34661675--34661761	32	2.7	32	79	13	88	27	20	26	25	1.99
34662510--34662560	25	2.0	25	96	0	93	60	5	3	29	1.38
34664365--34664499	55	2.5	55	82	0	162	28	29	17	24	1.97
34665313--34665438	47	2.7	46	82	7	166	24	31	17	26	1.97
34665313--34665434	46	2.6	47	83	7	160	24	31	17	27	1.97
34679080--34679342	38	6.9	38	81	0	249	13	22	29	34	1.92
34679080--34679342	113	2.3	114	83	2	323	13	22	29	34	1.92
34684982--34685016	17	2.0	18	88	5	54	20	40	28	11	1.87
34687235--34687290	28	2.0	28	100	0	112	50	10	7	32	1.64
34687565--34687600	16	2.2	16	95	0	63	13	33	33	19	1.91
34687565--34687609	16	2.8	16	89	0	54	13	31	31	24	1.93
34687534--34687644	54	2.1	54	85	0	150	14	23	28	33	1.94
34687584--34687758	38	4.6	38	75	5	131	15	22	26	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34687585--34687798	76	2.8	76	80	2	189	15	22	26	35	1.94
34687585--34687792	38	5.5	38	73	8	129	15	22	26	35	1.94
34687581--34687788	114	1.8	114	84	4	285	16	22	26	35	1.95
34689068--34689113	24	1.9	24	86	0	65	58	13	8	19	1.60
34689092--34689170	6	12.8	6	70	15	54	49	13	16	20	1.79
34689092--34689170	31	2.5	31	85	0	104	49	13	16	20	1.79
34689565--34689706	27	5.3	27	86	1	178	26	19	19	35	1.95
34689564--34689733	81	2.1	81	80	2	198	27	18	18	36	1.94
34689692--34689807	54	2.1	54	80	3	135	27	9	21	41	1.84
34689692--34689806	27	4.3	27	78	4	106	27	8	21	41	1.82
34689720--34689827	54	2.0	54	83	0	135	28	7	22	41	1.80
34689753--34689922	81	2.1	81	81	2	189	37	5	21	35	1.78
34689818--34689926	27	4.0	27	92	0	182	42	6	21	30	1.78
34689780--34689913	54	2.5	53	79	3	133	40	6	20	32	1.79
34689929--34690020	27	3.4	27	79	5	96	31	7	21	39	1.82
34691975--34692068	6	15.3	6	70	16	59	48	14	14	21	1.80
34691992--34692068	31	2.5	31	85	4	102	48	14	15	22	1.81
34692457--34692589	27	4.9	27	86	3	178	27	21	16	33	1.95
34692458--34692597	54	2.6	54	88	2	201	27	20	16	35	1.94
34692455--34692624	81	2.1	81	81	2	207	27	19	18	34	1.95
34692582--34692670	27	3.3	27	78	6	99	25	7	23	42	1.81
34692582--34692694	54	2.1	54	83	0	136	28	7	23	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34692674--34692788	27	4.3	27	89	0	185	38	7	22	31	1.83
34692793--34692884	27	3.4	27	83	0	112	29	3	22	44	1.69
34705342--34705421	29	2.8	28	83	7	108	22	13	35	28	1.92
34712227--34712270	21	2.1	21	83	8	54	56	18	2	22	1.52
34712463--34712537	5	15.4	5	77	9	59	77	1	4	17	0.99
34712463--34712519	12	4.7	12	80	12	55	78	1	1	17	0.91
34712476--34712513	6	6.3	6	90	9	60	84	0	0	15	0.63
34726309--34726350	11	3.8	11	84	12	59	80	0	2	16	0.81
34726313--34726350	17	2.2	17	90	0	58	81	0	2	15	0.80
34726367--34726403	14	2.8	13	88	8	56	81	2	0	16	0.81
34726309--34726403	6	15.3	6	72	17	61	73	1	5	20	1.08
34726360--34726403	20	2.1	21	91	4	72	79	2	2	15	0.93
34733405--34733457	23	2.2	25	77	12	58	67	11	1	18	1.30
34734864--34735010	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
34734910--34735090	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
34734907--34735090	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
34742780--34742926	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
34742826--34743006	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
34742823--34743006	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
34751446--34751638	47	4.1	47	89	2	273	33	10	29	26	1.90
34751519--34751594	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
34751613--34751792	98	1.9	96	94	4	317	36	7	26	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34751608--34751789	48	3.8	48	89	5	294	36	7	25	30	1.84
34751953--34752120	37	4.5	37	91	0	264	22	17	33	26	1.96
34753951--34754047	42	2.3	42	92	0	158	29	24	15	29	1.96
34778228--34778387	40	4.0	40	77	0	140	28	21	15	33	1.94
34778310--34778465	40	3.9	39	78	4	107	29	25	14	30	1.94
34778487--34778591	37	2.8	39	82	7	119	41	12	16	29	1.84
34789402--34789625	79	2.8	77	81	8	254	24	27	22	25	2.00
34789402--34789625	40	5.7	38	83	9	227	24	27	22	25	2.00
34791248--34791389	26	5.5	26	87	0	203	29	14	26	29	1.95
34801623--34801833	40	5.3	40	82	3	239	24	22	26	26	2.00
34806975--34807199	40	5.7	40	86	5	287	24	22	27	25	2.00
34806975--34807232	80	3.2	80	83	7	242	25	21	27	25	1.99
34820965--34821432	47	10.0	47	88	0	677	32	11	28	26	1.92
34821105--34821184	25	3.3	25	69	22	80	32	7	28	31	1.85
34825637--34825702	31	2.1	31	94	0	114	51	22	10	15	1.73
34825637--34825721	31	2.7	31	87	1	98	57	20	8	14	1.62
34826421--34826449	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
34829075--34829132	30	1.9	30	89	0	89	34	12	25	27	1.91
34829472--34829739	47	5.7	46	74	14	201	27	20	30	21	1.98
34829472--34829739	94	2.9	94	80	9	282	27	20	30	21	1.98
34832270--34832306	20	1.9	18	89	10	56	54	5	5	35	1.47
34832545--34832593	25	1.9	25	84	12	64	55	2	34	8	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34833782--34833873	46	2.0	46	95	0	166	35	22	7	33	1.83
34856668--34856697	11	2.7	11	94	0	51	30	20	0	50	1.49
34862663--34862723	30	2.0	30	87	0	86	32	21	8	37	1.83
34881163--34881219	24	2.3	25	85	11	73	59	0	29	10	1.31
34885487--34885657	93	1.8	93	92	2	290	29	28	20	22	1.98
34885482--34885654	46	3.7	46	75	13	183	30	27	20	22	1.98
34886082--34886141	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
34887767--34888025	27	9.6	27	76	7	157	32	10	18	38	1.85
34887858--34888016	54	2.9	54	80	3	178	30	11	20	38	1.87
34887835--34887983	81	1.8	81	88	2	228	28	8	20	42	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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