genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65592720--65592967	81	3.1	81	87	2	354	39	7	24	29	1.83
65595217--65595331	31	3.7	31	95	1	196	28	26	16	28	1.97
65595355--65595446	42	2.2	42	98	0	175	32	20	15	31	1.94
65595594--65595663	25	2.8	25	91	4	106	25	22	25	25	2.00
65596473--65596537	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
65596581--65596633	27	2.0	27	84	0	70	37	15	13	33	1.86
65596596--65596777	54	3.3	54	80	3	177	31	7	19	41	1.78
65596588--65596777	27	7.0	26	77	8	119	32	8	18	40	1.81
65596655--65596810	81	1.9	81	85	5	217	28	8	19	42	1.82
65596679--65596810	27	4.9	26	74	8	104	29	9	20	40	1.85
65596809--65597006	27	7.3	27	88	0	252	39	6	24	29	1.79
65596809--65597006	81	2.4	81	87	0	279	39	6	24	29	1.79
65609641--65609669	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
65609654--65609712	25	2.3	27	80	11	70	54	5	0	40	1.23
65609761--65609804	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
65611140--65611172	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
65616493--65616711	25	8.8	25	89	1	296	49	10	13	26	1.74
65616507--65616711	75	2.7	75	93	1	349	49	11	12	27	1.74
65617261--65617300	21	1.9	21	85	10	55	45	7	5	42	1.54
65618581--65618704	46	2.7	46	97	0	230	20	20	28	29	1.98
65621729--65621767	20	2.0	20	89	0	60	17	23	17	41	1.91
65624236--65624420	79	2.3	82	84	7	229	24	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65624217--65624420	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
65625843--65626018	56	3.1	55	96	3	325	23	22	9	44	1.81
65631796--65632000	40	5.1	40	82	9	231	24	27	22	25	2.00
65633427--65633602	56	3.1	56	95	0	316	23	22	8	46	1.79
65635262--65635301	15	2.5	17	84	15	59	0	20	2	77	0.88
65639091--65639131	20	2.0	20	85	4	55	17	26	19	36	1.94
65640641--65640728	30	2.9	30	69	12	81	29	28	14	27	1.95
65646291--65646330	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
65647959--65649435	738	2.0	738	93	1	2512	25	22	15	35	1.94
65650347--65650397	6	8.0	6	76	20	50	1	21	1	74	1.02
65650359--65650395	19	1.9	19	89	10	58	2	24	2	70	1.14
65652193--65652371	50	3.6	49	84	3	216	27	18	25	28	1.98
65652197--65652383	99	1.9	100	85	1	259	27	17	25	29	1.98
65658377--65658463	24	3.6	24	81	6	104	29	21	21	26	1.99
65660893--65661116	48	4.7	48	86	3	265	28	21	26	24	1.99
65662132--65662475	27	12.7	27	84	1	350	39	20	9	30	1.84
65662292--65662527	81	2.9	80	79	5	208	37	23	8	30	1.84
65662402--65662527	27	4.7	26	74	9	74	36	24	8	30	1.86
65662517--65662729	27	7.9	27	86	0	266	36	18	21	23	1.95
65662518--65662734	81	2.7	80	89	2	328	36	18	20	23	1.95
65663249--65663336	6	14.3	6	74	17	74	19	17	15	47	1.82
65663249--65663327	31	2.5	31	89	0	113	18	17	15	48	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65665273--65665910	27	23.6	27	85	0	772	39	20	7	31	1.82
65665894--65665954	27	2.3	27	91	0	104	42	21	6	29	1.78
65666011--65666247	27	8.9	27	82	2	255	37	17	20	24	1.94
65666011--65666235	81	2.8	81	87	0	317	37	18	19	24	1.94
65666666--65666753	6	14.3	6	72	17	65	20	17	13	48	1.80
65666669--65666738	25	2.8	25	83	12	83	18	18	14	48	1.81
65666666--65666745	31	2.6	31	85	0	106	21	17	12	48	1.80
65669118--65669361	40	6.1	40	80	5	262	24	27	24	22	2.00
65677964--65678477	48	10.8	48	83	7	559	27	19	29	23	1.98
65680449--65680619	43	4.0	44	79	13	203	33	23	16	26	1.96
65680449--65680617	86	2.0	85	85	10	229	33	23	17	26	1.96
65684120--65684157	20	2.0	20	89	5	60	28	0	7	63	1.23
65684350--65684404	20	2.8	20	88	0	83	25	29	16	29	1.97
65686197--65686240	12	3.7	12	93	0	70	77	4	2	15	1.04
65686188--65686239	12	4.7	11	80	13	54	78	3	1	15	0.98
65686281--65686333	13	3.9	13	75	15	54	79	1	13	5	0.99
65686286--65686354	27	2.4	29	88	9	106	76	2	11	8	1.11
65687202--65687240	15	2.4	15	87	12	51	66	2	20	10	1.33
65688723--65688777	20	2.8	20	88	0	83	25	29	16	29	1.97
65693841--65693870	7	4.3	7	91	0	51	16	0	43	40	1.48
65693078--65695554	848	2.9	850	78	9	2705	37	13	17	31	1.89
65695543--65695595	14	3.7	14	72	5	52	18	1	26	52	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65696154--65696189	16	2.2	17	90	5	56	52	27	2	16	1.57
65697508--65697599	29	3.2	29	87	1	132	26	15	30	28	1.96
65697485--65697599	29	4.0	29	83	6	128	27	14	28	28	1.95
65698299--65698347	21	2.4	20	86	3	62	14	22	20	42	1.88
65698572--65698600	13	2.2	13	100	0	58	27	0	10	62	1.28
65700953--65701049	30	3.2	30	70	8	81	28	28	14	27	1.95
65704935--65704963	13	2.2	13	100	0	58	27	0	10	62	1.28
65712048--65712099	25	2.1	26	82	13	65	46	23	0	30	1.53
65716566--65716773	55	3.9	54	80	7	217	23	25	16	35	1.95
65724904--65724980	22	3.5	22	74	0	82	35	27	24	12	1.92
65728071--65728141	33	2.2	33	84	5	90	33	25	16	23	1.96
65728288--65728346	22	2.7	22	81	5	66	28	22	32	16	1.96
65730401--65730472	19	3.9	19	77	15	71	4	16	4	75	1.12
65730345--65730465	6	19.3	6	71	17	52	5	16	4	73	1.18
65730448--65730486	16	2.4	16	86	0	51	10	20	0	69	1.17
65731797--65731973	27	6.6	27	83	4	196	27	15	28	29	1.96
65731798--65731952	82	1.9	80	86	5	222	27	15	28	29	1.96
65731794--65731973	82	2.2	80	82	3	218	27	15	27	29	1.96
65734573--65734633	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
65735251--65735305	28	2.0	27	82	7	65	40	7	21	30	1.81
65737891--65738005	43	2.7	43	81	8	119	30	13	24	32	1.93
65738287--65738328	18	2.3	18	95	0	75	26	16	21	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65739735--65739784	16	3.1	16	91	0	82	30	2	30	38	1.69
65740176--65740205	14	2.2	14	94	5	53	80	0	20	0	0.72
65740357--65740418	27	2.2	28	78	16	67	27	0	19	53	1.45
65744071--65744112	17	2.3	18	84	12	59	0	2	78	19	0.86
65744071--65744111	18	2.3	18	86	0	55	0	2	80	17	0.82
65746736--65746820	18	4.6	17	71	16	62	17	28	2	51	1.58
65747788--65747866	30	2.7	28	79	11	79	7	12	5	74	1.19
65747803--65747854	15	3.5	15	75	15	54	3	13	5	76	1.10
65747859--65747883	11	2.3	11	100	0	50	16	0	8	76	1.02
65749367--65749413	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
65752617--65752676	29	2.1	29	93	0	102	41	30	0	28	1.56
65752623--65752670	15	3.3	15	73	5	53	43	27	0	29	1.55
65764193--65764312	25	4.8	25	93	4	206	25	21	26	26	2.00
65764520--65764760	27	8.9	27	83	8	285	25	22	17	34	1.95
65764543--65764760	81	2.7	81	87	5	325	25	22	17	35	1.95
65764695--65764905	27	7.9	27	82	6	162	28	14	19	36	1.91
65764780--65764957	27	6.6	27	84	2	214	28	10	21	40	1.85
65764805--65764989	27	6.9	26	83	3	163	29	8	22	38	1.84
65764789--65764957	81	2.1	81	87	2	241	28	10	21	40	1.85
65764832--65764982	81	1.9	81	84	2	205	29	7	23	39	1.81
65764950--65765133	27	6.8	27	87	0	224	41	5	20	31	1.76
65764959--65765158	81	2.5	83	88	1	264	41	6	21	31	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65764950--65765158	27	7.7	27	84	0	220	40	6	21	32	1.78
65767762--65767867	43	2.5	43	81	6	117	33	23	14	29	1.94
65769101--65769129	14	2.0	15	93	6	51	75	0	10	13	1.04
65771846--65772049	40	5.1	40	80	8	220	25	27	22	25	2.00
65771867--65772047	79	2.3	80	81	7	208	25	27	22	24	2.00
65773289--65773345	24	2.4	25	82	5	73	5	21	1	71	1.14
65775764--65775864	24	4.2	24	93	2	150	32	1	41	23	1.66
65777269--65777379	54	2.1	53	86	1	150	17	20	21	40	1.91
65777269--65777379	27	4.2	26	82	5	123	17	20	21	40	1.91
65779837--65780000	31	5.3	31	96	0	301	29	25	15	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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