genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.100.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31089396--31089437	20	2.3	18	81	18	52	47	11	4	35	1.61
31092996--31093236	47	5.1	47	95	0	437	34	11	27	26	1.91
31093264--31093478	46	4.7	46	91	0	322	35	8	30	25	1.86
31095035--31095060	13	2.0	13	100	0	52	38	15	23	23	1.92
31095589--31096022	125	3.5	125	86	2	541	38	20	14	26	1.91
31098261--31098539	84	3.3	84	87	1	407	19	21	21	37	1.95
31098491--31099245	177	4.3	177	90	2	1162	25	21	21	31	1.98
31098947--31099035	45	2.0	45	91	4	144	29	24	17	28	1.98
31099320--31099442	64	1.9	64	91	0	201	38	13	16	32	1.87
31110073--31110152	40	2.0	40	100	0	160	32	15	12	40	1.84
31110648--31111093	127	3.5	127	87	0	592	37	19	15	27	1.92
31114093--31114123	12	2.7	11	90	9	53	29	0	0	70	0.87
31114104--31114163	30	2.0	30	93	0	102	30	0	11	58	1.34
31125414--31125442	14	2.1	14	93	6	51	0	13	0	86	0.58
31126490--31126588	51	1.9	51	89	0	153	35	16	16	32	1.91
31126852--31126922	13	5.5	13	87	0	106	25	7	25	42	1.80
31126854--31126922	26	2.7	26	95	0	120	26	7	24	42	1.80
31127144--31127216	21	3.6	19	78	10	65	50	0	1	47	1.09
31128145--31128174	10	3.0	10	95	0	51	40	23	0	36	1.55
31133323--31133433	59	1.9	58	86	1	159	52	2	0	45	1.15
31133402--31133450	21	2.3	21	86	13	66	59	2	2	36	1.21
31134352--31134404	26	2.0	26	96	0	97	33	20	13	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31139187--31139238	19	2.8	18	75	16	52	50	1	0	48	1.12
31146598--31146664	21	3.2	21	86	0	89	35	26	22	14	1.93
31146600--31146685	21	4.0	22	83	6	86	36	26	22	15	1.93
31147055--31147112	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
31153118--31153185	21	3.2	21	68	15	68	33	11	23	30	1.91
31153106--31153185	42	1.9	42	100	0	160	35	10	23	31	1.88
31155348--31155596	69	3.6	67	79	2	237	22	23	21	32	1.98
31155474--31155635	69	2.3	69	90	0	243	27	22	19	31	1.97
31163979--31164146	68	2.4	69	85	4	207	34	23	22	20	1.97
31167298--31167511	48	4.5	48	77	4	200	24	27	18	29	1.98
31167298--31167555	142	1.8	141	81	5	322	24	27	18	30	1.98
31176000--31176047	24	1.9	25	84	16	64	35	0	2	62	1.07
31176000--31176047	26	1.9	24	87	8	69	35	0	2	62	1.07
31181483--31181524	19	2.2	20	91	4	68	61	2	0	35	1.09
31182174--31182218	19	2.2	20	85	14	58	26	0	4	68	1.08
31182201--31182258	31	1.9	31	89	6	93	32	6	0	60	1.23
31182936--31182985	18	2.7	18	82	11	57	66	4	6	24	1.32
31182954--31182995	19	2.2	19	83	8	50	71	0	2	26	0.98
31182982--31183031	18	2.7	19	81	12	59	64	2	6	28	1.28
31183885--31183937	13	4.1	13	72	18	56	33	26	7	32	1.84
31184509--31184768	134	1.9	134	81	0	313	41	13	13	31	1.83
31184510--31184806	134	2.2	134	80	2	301	41	13	12	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31187054--31187098	20	2.3	20	82	14	58	33	8	4	53	1.52
31187119--31187163	21	2.1	21	91	0	72	15	22	17	44	1.86
31196719--31196800	35	2.3	35	81	8	96	40	19	17	23	1.91
31202134--31202358	48	4.8	47	77	13	191	24	29	18	28	1.98
31202137--31202358	94	2.4	92	80	7	243	23	30	18	27	1.98
31213492--31213568	40	1.9	40	86	0	109	37	32	15	14	1.88
31216058--31216154	24	4.1	25	74	11	80	38	20	23	17	1.93
31216109--31216152	23	2.0	23	86	13	65	31	25	29	13	1.94
31222094--31222419	174	1.9	174	87	1	483	22	24	11	41	1.87
31224630--31224674	12	3.5	12	77	16	54	24	22	6	46	1.75
31224637--31224696	13	4.5	13	78	15	61	28	23	5	43	1.74
31224626--31224682	27	2.1	27	100	0	114	26	21	7	45	1.77
31224626--31224669	14	3.2	14	75	18	56	25	20	9	45	1.80
31227533--31227614	19	4.2	20	66	21	57	59	2	2	35	1.24
31227538--31227627	28	3.1	28	75	12	85	61	1	4	33	1.23
31227538--31227609	10	7.7	9	77	13	65	61	1	2	34	1.19
31231039--31231204	81	2.0	81	97	0	314	28	13	21	36	1.92
31245432--31246229	416	1.9	416	88	2	1192	36	18	14	30	1.91
31255124--31255158	10	3.5	10	92	0	52	62	8	0	28	1.24
31256568--31256637	25	2.8	25	80	4	88	51	18	24	5	1.68
31256661--31256709	15	3.3	15	77	11	55	59	10	20	10	1.59
31256755--31256820	31	2.2	30	83	2	78	62	16	13	7	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31260786--31260825	21	2.0	20	90	5	62	70	5	5	20	1.26
31262526--31262573	20	2.3	20	92	3	78	33	0	6	60	1.22
31300041--31300092	21	2.4	22	81	12	63	21	30	32	15	1.94
31301524--31301663	48	2.9	48	82	2	172	28	18	31	21	1.97
31314447--31314493	22	2.1	23	84	11	62	40	4	12	42	1.63
31316331--31316367	18	2.1	18	100	0	74	45	10	5	37	1.62
31316499--31316549	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
31316566--31316629	33	2.0	32	81	9	76	21	23	18	35	1.95
31316613--31316677	27	2.4	27	97	0	121	26	23	15	35	1.94
31323751--31323786	18	2.0	18	100	0	72	61	5	22	11	1.50
31324195--31324247	25	2.2	24	82	3	61	15	24	22	37	1.92
31330459--31330534	38	2.0	38	97	0	143	44	17	21	17	1.86
31347771--31347797	13	2.1	13	100	0	54	0	0	7	92	0.38
31350800--31350933	61	2.2	60	78	7	137	36	6	6	50	1.55
31364387--31364539	41	3.8	40	85	4	164	30	21	24	22	1.99
31364405--31364539	41	3.3	40	88	2	180	31	22	24	21	1.98
31364620--31364693	14	5.2	15	88	4	75	14	0	50	35	1.44
31364632--31364774	7	20.1	7	85	4	108	17	2	42	37	1.61
31365380--31365411	16	2.0	16	93	0	55	75	3	0	21	0.95
31369149--31369202	27	2.0	28	85	3	74	29	1	3	64	1.21
31369179--31369211	16	2.1	16	88	5	50	30	0	0	69	0.88
31369215--31369353	43	3.3	43	85	4	174	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31369233--31369353	42	2.8	43	87	5	174	27	18	27	27	1.98
31372536--31372856	161	2.0	161	95	0	579	43	17	10	27	1.82
31374736--31375283	47	11.6	47	92	1	900	33	7	29	29	1.85
31374736--31375283	190	2.9	189	95	2	951	33	7	29	29	1.85
31381671--31381708	20	1.9	20	88	0	58	31	13	5	50	1.63
31386976--31387338	41	8.9	41	87	4	401	35	22	15	26	1.94
31387656--31387730	20	3.6	21	76	5	62	53	29	0	17	1.44
31389048--31389141	40	2.4	41	75	10	97	42	19	17	21	1.89
31389717--31389752	18	1.9	19	88	5	56	50	2	25	22	1.63
31390131--31390180	11	4.4	11	80	9	64	40	8	14	38	1.75
31397174--31397240	31	2.2	31	83	0	80	17	4	17	59	1.53
31397309--31397391	43	1.9	42	87	4	112	26	28	19	25	1.98
31405488--31405534	24	2.0	24	100	0	94	42	23	21	12	1.87
31413151--31413264	27	4.3	26	85	7	140	36	23	22	16	1.94
31413155--31413260	53	2.0	53	87	3	151	36	22	22	17	1.95
31414879--31414988	26	4.2	26	91	0	175	36	23	5	34	1.78
31421304--31421465	29	5.6	28	71	15	80	60	4	1	33	1.26
31421254--31421384	19	6.9	19	69	17	69	63	4	1	30	1.24
31421252--31421475	9	23.3	9	71	15	123	61	4	1	32	1.26
31438132--31438637	47	10.6	47	93	1	814	29	29	8	33	1.86
31438132--31438637	192	2.7	190	94	1	872	29	29	8	33	1.86
31440776--31440954	85	2.1	85	97	0	340	26	27	7	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31471419--31471479	23	2.5	25	76	19	67	50	11	0	37	1.39
31472273--31472672	144	2.8	144	93	3	663	36	18	3	41	1.67
31474536--31474581	18	2.7	17	77	9	58	34	2	0	63	1.07
31474603--31474832	9	23.7	9	66	21	69	29	3	6	60	1.38
31475902--31475946	20	2.2	20	92	7	74	2	26	0	71	0.98
31475898--31475932	12	2.8	13	86	8	54	0	25	0	74	0.82
31479101--31479176	31	2.5	31	91	0	125	17	32	32	17	1.93
31493376--31493405	9	3.3	9	100	0	60	10	0	0	90	0.47
31496987--31497129	72	2.0	72	88	2	216	25	15	37	21	1.93
31501451--31501532	28	3.0	28	82	5	87	51	3	23	21	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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