genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22937165--22937197	17	1.9	17	100	0	66	78	6	3	12	1.04
22939020--22939049	15	2.0	15	100	0	60	66	6	20	6	1.38
22953334--22953372	18	2.2	18	95	0	69	28	41	23	7	1.82
22953500--22953598	33	3.0	32	70	5	81	17	31	20	31	1.95
22953963--22954011	18	2.8	17	81	6	62	44	14	4	36	1.64
22953968--22954044	18	4.2	17	70	19	57	48	12	5	33	1.64
22957774--22957812	19	2.1	18	85	4	51	66	7	0	25	1.18
22958094--22958156	28	2.4	28	92	7	105	19	6	3	71	1.21
22958148--22958185	19	2.1	19	90	5	60	15	5	10	68	1.36
22970559--22970631	20	3.4	20	72	22	67	43	1	2	52	1.24
22970991--22971031	20	2.0	20	90	0	64	29	9	17	43	1.80
22976387--22976467	29	2.8	29	84	0	108	29	12	23	34	1.91
22987000--22987027	8	3.5	8	100	0	56	53	0	21	25	1.46
22994915--22995061	10	15.4	9	68	19	59	34	1	3	61	1.21
22994907--22994975	29	2.4	28	81	11	77	31	4	1	62	1.24
22994926--22995015	35	2.8	31	85	9	94	36	0	2	61	1.09
22994999--22995046	19	2.5	20	83	13	64	37	0	6	56	1.25
23001947--23002103	29	5.5	28	90	2	215	28	12	26	33	1.92
23001947--23002102	57	2.7	58	89	3	219	28	12	25	33	1.92
23009968--23010124	29	5.5	28	90	2	215	28	12	26	33	1.92
23009968--23010123	57	2.7	58	89	3	219	28	12	25	33	1.92
23015265--23015304	17	2.3	17	91	4	62	77	5	7	10	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23015995--23016024	16	1.9	16	93	6	53	46	3	0	50	1.18
23024379--23024403	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
23026780--23026840	30	2.0	30	83	0	77	40	1	24	32	1.65
23027702--23027785	28	3.2	28	67	25	83	25	16	28	29	1.97
23027645--23027829	101	1.8	99	88	2	280	26	18	25	29	1.98
23027645--23027829	50	3.7	50	87	1	255	26	18	25	29	1.98
23031465--23031511	24	2.0	24	100	0	94	46	19	17	17	1.84
23034627--23034715	19	4.5	19	78	12	74	64	3	2	30	1.22
23045271--23045438	68	2.5	67	82	3	189	30	14	23	31	1.95
23045456--23045792	75	4.5	73	84	7	421	31	15	20	32	1.94
23045442--23045792	72	4.7	72	83	9	363	30	15	19	34	1.93
23045679--23046041	127	2.8	127	78	6	376	26	15	22	35	1.94
23046193--23046446	73	3.5	72	89	3	366	33	16	18	31	1.93
23048484--23048510	11	2.5	11	100	0	54	29	7	7	55	1.55
23049584--23049626	19	2.2	20	83	8	52	53	2	4	39	1.34
23051613--23051727	42	2.7	42	76	9	101	40	15	23	20	1.90
23054686--23054757	35	2.1	35	92	5	119	36	12	19	31	1.89
23058461--23058499	18	2.3	17	86	8	53	23	0	12	64	1.28
23059354--23059392	18	2.2	19	86	9	55	69	0	2	28	1.02
23059459--23059497	17	2.5	15	87	8	51	64	2	5	28	1.28
23060025--23060088	17	3.6	17	87	6	74	46	3	0	50	1.17
23060024--23060084	18	3.3	18	83	4	68	42	3	0	54	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23060046--23060093	17	2.8	17	90	3	69	50	0	2	47	1.12
23060079--23060145	35	2.0	33	82	11	82	34	4	1	59	1.26
23061693--23061789	48	2.0	48	100	0	194	37	14	12	36	1.84
23062872--23062918	23	2.0	24	87	4	69	46	8	10	34	1.69
23064554--23064683	45	2.8	47	79	10	160	20	20	24	34	1.96
23064980--23065005	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
23066088--23066135	19	2.6	19	86	3	71	39	2	10	47	1.49
23067672--23067880	46	4.5	46	76	15	166	30	18	28	22	1.98
23079098--23079137	20	2.0	20	100	0	80	35	15	30	20	1.93
23080706--23080739	16	2.1	16	100	0	68	23	17	17	41	1.90
23083788--23083817	14	2.1	14	93	0	51	53	16	0	30	1.44
23100138--23100162	13	1.9	13	100	0	50	0	48	28	24	1.52
23106121--23106149	11	2.6	11	100	0	58	10	62	0	27	1.28
23114872--23114905	17	1.9	18	88	5	52	35	23	0	41	1.55
23115416--23115454	7	5.6	7	93	6	62	58	0	0	41	0.98
23116816--23116931	20	5.8	19	73	11	74	42	18	27	11	1.85
23121120--23121171	20	2.6	20	90	0	86	15	26	28	28	1.96
23142829--23142882	27	2.0	27	100	0	108	51	3	11	33	1.55
23143794--23143964	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	22	1.99
23143789--23143961	46	3.7	46	77	13	201	28	27	21	22	1.99
23150853--23150900	24	2.0	25	87	4	71	75	10	8	6	1.20
23155092--23155132	19	2.2	19	100	0	82	17	29	17	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23155188--23155249	28	2.1	29	85	5	81	61	1	3	33	1.22
23155728--23155766	20	1.9	21	94	5	71	12	0	25	61	1.31
23166077--23166163	28	3.1	27	75	6	84	32	4	4	58	1.39
23176810--23176848	18	2.2	18	90	0	60	20	10	15	53	1.70
23178174--23178487	43	7.3	43	85	4	429	29	28	17	24	1.97
23178174--23178487	85	3.7	84	86	6	411	29	28	17	24	1.97
23178174--23178487	128	2.4	129	88	3	447	29	28	17	24	1.97
23178567--23178612	22	2.1	22	95	0	83	50	6	8	34	1.59
23184256--23184280	11	2.3	11	100	0	50	56	0	36	8	1.29
23184585--23184621	18	2.0	19	89	5	58	32	0	2	64	1.07
23184587--23184645	31	1.9	30	86	3	82	32	0	5	62	1.17
23185270--23185316	21	2.2	21	88	0	67	42	34	4	19	1.70
23185686--23185729	14	3.1	14	80	0	52	52	29	0	18	1.46
23185687--23185727	21	2.0	21	90	0	64	56	24	0	19	1.42
23185773--23185826	14	3.9	14	75	4	56	46	25	1	25	1.63
23186178--23186273	40	2.4	40	83	0	120	30	19	18	31	1.96
23186060--23186590	155	3.4	155	86	0	711	28	21	19	29	1.98
23186330--23186435	40	2.7	40	84	0	140	26	22	23	27	2.00
23186487--23186590	40	2.6	39	77	6	109	25	23	24	27	2.00
23194841--23194885	20	2.2	21	84	4	56	22	2	4	71	1.15
23195581--23195674	44	2.1	44	96	0	170	57	3	6	32	1.40
23207674--23207811	46	3.0	46	93	0	240	23	13	26	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23207816--23207887	28	2.6	28	84	0	90	31	13	26	27	1.94
23210746--23210792	16	3.2	16	71	22	57	31	8	25	34	1.86
23210738--23210792	28	2.0	28	96	0	101	34	7	27	30	1.84
23211396--23211450	21	2.6	21	88	0	74	18	25	30	25	1.98
23214173--23214220	23	2.1	23	100	0	96	31	16	8	43	1.78
23214544--23214583	21	1.9	21	89	0	62	42	0	15	42	1.46
23218549--23218632	43	2.0	43	92	0	141	25	10	27	36	1.89
23218542--23218713	43	4.0	43	77	9	138	30	13	23	32	1.93
23233001--23233395	47	8.4	47	94	2	641	32	8	29	29	1.87
23233514--23233591	36	2.1	37	86	6	106	25	17	30	25	1.97
23237399--23237548	43	3.5	43	76	7	126	28	16	24	31	1.96
23258385--23258416	11	2.6	13	85	14	50	31	0	0	68	0.90
23260304--23260470	46	3.6	46	90	1	255	41	11	25	20	1.86
23260569--23260598	13	2.3	13	94	0	51	36	0	26	36	1.57
23264379--23264457	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
23272482--23272560	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
23342874--23342948	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
23343002--23343354	40	9.1	40	90	4	508	24	21	28	25	1.99
23343002--23343354	79	4.5	79	90	4	513	24	21	28	25	1.99
23346693--23347022	47	6.9	47	88	6	398	31	10	30	27	1.89
23346701--23347022	94	3.4	93	90	4	441	31	10	31	27	1.90
23357958--23357999	21	2.0	21	95	0	75	50	19	21	9	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23360122--23360233	28	4.0	28	82	2	109	30	23	16	30	1.96
23373325--23373450	49	2.6	49	75	5	130	30	19	26	24	1.98
23379370--23379394	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
23382746--23382881	40	3.4	42	79	9	140	30	26	13	28	1.94
23385589--23385772	67	2.8	64	78	10	196	29	16	30	23	1.96
23385565--23385718	67	2.3	64	83	7	182	32	16	29	22	1.95
23394216--23394398	78	2.3	78	84	1	233	27	18	21	32	1.97
23397620--23397645	12	2.2	12	100	0	52	34	23	19	23	1.96
23426411--23426492	6	13.3	6	75	14	78	47	14	19	18	1.82
23426411--23426521	31	3.5	31	92	1	168	48	13	18	19	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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