genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19628110--19628164	28	1.9	29	85	3	76	25	1	10	61	1.39
19628075--19628237	81	2.0	82	91	1	265	27	6	15	50	1.68
19630322--19630413	23	4.0	23	74	2	78	34	10	15	39	1.82
19630927--19631151	72	3.1	72	78	2	245	27	22	16	33	1.95
19634259--19634490	49	4.7	49	78	3	248	29	26	17	25	1.98
19634259--19634380	50	2.5	49	87	1	163	30	27	15	26	1.96
19634308--19634488	100	1.8	100	85	3	256	30	24	17	27	1.97
19634737--19634790	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
19643821--19643996	46	3.8	45	78	10	194	21	21	28	28	1.98
19643818--19643988	93	1.8	93	92	0	288	21	21	28	28	1.99
19653414--19653467	25	2.1	26	83	10	67	48	11	7	33	1.67
19654464--19654524	25	2.5	25	94	2	106	40	13	6	39	1.70
19659146--19659263	46	2.6	46	84	2	148	22	22	15	39	1.91
19659388--19659471	38	2.2	38	91	0	132	8	28	39	23	1.84
19659504--19659536	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
19659583--19659641	20	2.8	22	80	7	61	23	0	8	67	1.17
19659612--19659661	26	2.0	24	84	7	64	32	0	6	62	1.20
19659859--19659954	46	2.1	46	94	0	165	26	26	11	36	1.90
19661830--19661897	30	2.3	30	84	5	84	27	19	5	47	1.72
19665993--19666075	24	3.4	24	81	9	89	33	20	21	24	1.97
19666015--19666110	24	3.9	25	77	8	92	35	18	21	23	1.96
19667526--19667563	19	2.0	19	94	0	67	28	26	7	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19667829--19667948	45	2.7	43	84	10	143	22	21	13	42	1.87
19671476--19671637	42	3.9	42	73	1	137	16	35	24	23	1.95
19672618--19672670	26	2.0	26	100	0	106	43	18	15	22	1.87
19672865--19673073	64	3.1	64	61	23	140	30	25	18	26	1.98
19672831--19673116	137	2.1	136	95	0	509	31	24	19	24	1.98
19674899--19674982	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
19675653--19675711	31	1.9	31	86	10	86	33	8	0	57	1.29
19675691--19675753	19	3.3	19	70	12	56	38	6	1	53	1.36
19675821--19675862	21	2.0	21	85	0	57	33	0	2	64	1.07
19686268--19686309	21	2.0	21	100	0	84	33	4	23	38	1.76
19699622--19699646	11	2.3	11	100	0	50	8	28	0	64	1.22
19700897--19700948	25	2.1	25	85	0	68	36	9	15	38	1.80
19706338--19706380	18	2.4	18	84	3	61	13	46	25	13	1.81
19710027--19710084	30	1.9	30	100	0	116	32	13	13	39	1.85
19720479--19720511	7	4.7	7	92	0	57	30	0	12	57	1.35
19721329--19721379	21	2.4	21	83	6	68	37	41	13	7	1.74
19721494--19721865	126	2.9	128	92	2	642	34	4	4	56	1.39
19721819--19721903	39	2.2	38	81	6	100	41	7	5	45	1.55
19721891--19721921	9	3.4	9	90	0	53	35	0	0	64	0.94
19724955--19725262	126	2.4	126	90	2	510	28	18	15	37	1.91
19725388--19725425	15	2.4	16	82	13	51	55	28	0	15	1.41
19725283--19725787	174	2.9	173	89	3	768	44	21	1	32	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19725561--19725599	16	2.4	17	83	12	55	53	33	0	12	1.39
19725740--19725786	7	6.4	7	77	18	51	51	36	0	12	1.40
19725730--19725779	24	2.1	24	88	7	75	56	30	0	14	1.39
19725739--19725773	16	2.1	17	89	5	54	57	31	0	11	1.34
19726817--19726898	22	3.6	23	76	17	73	37	15	26	19	1.92
19726863--19726914	25	2.1	25	92	0	86	42	17	19	21	1.89
19727539--19727845	169	1.8	170	83	4	413	32	20	5	42	1.74
19727959--19728029	21	3.3	21	84	4	88	32	25	26	15	1.95
19727968--19728042	23	3.3	23	85	3	100	37	25	22	14	1.92
19734575--19734644	25	2.8	25	70	20	65	58	7	5	28	1.48
19734911--19734961	18	2.8	18	75	0	66	13	43	3	39	1.63
19737756--19737795	20	2.0	20	85	0	53	50	10	10	30	1.69
19737744--19737810	34	1.9	35	84	3	91	46	10	8	34	1.70
19737990--19738042	15	3.2	15	80	17	52	54	1	1	41	1.22
19738073--19738111	20	2.0	20	94	0	69	48	0	2	48	1.15
19738210--19738249	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
19738198--19738264	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
19738233--19738272	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
19741806--19741916	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
19776426--19776459	17	2.0	17	94	0	59	55	0	5	38	1.24
19777592--19777747	24	6.5	24	85	4	192	24	14	29	32	1.94
19777592--19777747	48	3.3	47	90	3	224	24	14	29	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19777594--19777730	71	1.9	72	89	4	215	24	13	29	32	1.94
19777592--19777747	71	2.2	72	85	7	212	24	14	29	32	1.94
19777593--19777772	24	7.5	24	81	6	86	25	13	30	31	1.94
19777592--19777771	95	1.9	95	81	4	220	24	13	30	31	1.94
19781347--19781380	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
19781362--19781412	23	2.2	23	100	0	102	43	3	3	49	1.39
19786123--19786168	19	2.4	19	88	0	74	19	34	30	15	1.93
19788000--19788409	46	8.7	46	75	9	278	23	28	19	28	1.98
19788056--19788412	94	3.8	94	81	8	390	23	29	18	28	1.98
19788056--19788373	140	2.3	140	79	6	356	23	29	17	28	1.97
19788055--19788412	188	1.9	187	81	10	435	23	29	18	28	1.98
19797835--19797869	7	5.0	7	100	0	70	28	0	0	71	0.86
19798103--19798499	131	3.0	130	78	9	392	26	10	9	53	1.66
19815978--19816026	12	4.2	12	75	19	59	48	2	0	48	1.12
19815983--19816026	17	2.6	18	78	10	56	47	2	0	50	1.13
19827831--19827856	9	2.9	9	100	0	52	76	11	0	11	1.01
19831194--19831252	26	2.3	25	82	5	66	44	18	15	22	1.87
19840746--19840814	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
19840746--19840814	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
19840795--19840885	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
19841033--19842856	121	15.2	121	98	0	3238	46	5	3	43	1.45
19845876--19845951	33	2.3	33	97	0	143	35	5	15	43	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19845986--19846067	37	2.2	37	91	0	128	35	8	15	40	1.78
19856695--19856793	33	3.0	33	93	0	171	17	10	41	31	1.82
19858817--19859194	189	2.0	189	98	0	729	29	19	15	35	1.93
19862418--19862519	43	2.3	43	82	11	120	50	11	21	15	1.76
19863466--19863657	97	2.0	97	98	0	375	22	13	19	44	1.85
19864108--19864365	129	2.0	129	91	1	419	35	19	14	29	1.92
19867194--19867288	28	3.3	28	71	14	77	58	2	2	36	1.21
19868112--19868139	10	2.8	10	100	0	56	28	0	0	71	0.86
19868235--19868339	27	3.9	27	92	0	156	22	22	27	26	1.99
19873397--19873450	24	2.2	24	80	9	65	62	1	0	35	1.06
19873760--19873818	31	1.9	31	85	0	82	33	11	18	35	1.88
19874723--19874764	20	2.1	20	90	0	66	78	0	19	2	0.86
19878453--19878571	45	2.7	44	78	13	136	42	15	21	21	1.88
19878713--19878783	27	2.6	27	78	8	72	30	21	32	15	1.94
19882510--19882583	38	1.9	38	91	0	121	39	12	22	25	1.89
19883403--19883623	45	4.9	43	77	9	167	42	14	19	23	1.88
19885970--19886016	18	2.6	18	89	0	76	36	17	12	34	1.87
19886203--19886312	45	2.4	45	86	0	148	42	18	17	21	1.89
19891078--19891182	27	3.9	27	86	9	135	34	21	24	19	1.96
19892776--19892908	26	5.2	26	93	1	232	36	24	6	32	1.82
19892776--19892908	51	2.6	52	93	1	232	36	24	6	32	1.82
19898126--19898230	27	3.9	27	86	9	135	34	21	24	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19899819--19899926	26	4.2	26	90	0	171	37	24	6	31	1.81
19901694--19901735	16	2.5	18	81	14	54	11	16	0	71	1.14
19905121--19905195	38	2.0	38	97	0	141	29	21	16	33	1.95
19910234--19910359	62	2.0	62	95	0	225	21	23	23	32	1.98
19928925--19928969	23	2.0	23	82	8	56	55	6	2	35	1.38
19935410--19935436	13	2.1	13	100	0	54	29	29	7	33	1.85
19939813--19939894	40	2.0	41	97	2	157	23	19	24	32	1.97
19940299--19940343	23	2.0	23	81	0	54	64	2	4	28	1.25
19941164--19941211	25	1.9	25	86	0	69	37	10	14	37	1.81
19941163--19941222	25	2.3	26	80	11	68	38	11	15	35	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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