genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.274.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91459238--91459393	42	3.7	42	77	0	150	28	25	16	29	1.96
91465533--91465574	22	2.0	21	95	4	75	38	16	9	35	1.81
91467489--91467694	107	1.9	108	82	4	256	35	12	13	38	1.81
91472707--91472734	13	2.2	13	100	0	56	14	14	17	53	1.73
91479416--91479507	40	2.3	40	100	0	184	30	13	20	35	1.91
91480008--91480328	48	6.7	48	76	11	255	29	18	27	24	1.98
91479998--91480328	96	3.4	96	78	5	330	29	18	27	25	1.98
91479998--91480311	144	2.2	144	88	0	457	28	17	27	25	1.98
91487154--91487210	29	2.0	29	89	0	87	26	12	29	31	1.92
91489707--91489736	11	2.7	11	94	0	51	46	0	3	50	1.18
91492352--91492666	94	3.3	95	78	8	300	23	28	19	28	1.98
91492352--91492666	49	6.6	48	75	7	205	23	28	19	28	1.98
91492501--91492666	48	3.5	48	78	3	156	24	28	18	28	1.98
91496030--91496069	19	2.1	19	100	0	80	12	20	37	30	1.89
91498976--91499697	48	15.0	48	96	0	1291	30	28	5	34	1.81
91506699--91506840	57	2.5	57	75	5	135	30	16	21	30	1.96
91510394--91510432	17	2.3	17	100	0	78	28	5	20	46	1.72
91512629--91512727	37	2.7	37	87	0	126	41	3	17	38	1.65
91523193--91523246	27	2.0	27	100	0	108	22	29	25	22	1.99
91532544--91532569	13	2.0	13	100	0	52	38	0	23	38	1.55
91537082--91537122	20	2.0	20	90	0	64	31	0	2	65	1.05
91537114--91537159	20	2.2	20	84	7	56	39	0	6	54	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91537620--91537656	19	1.9	19	88	0	56	35	16	8	40	1.78
91537770--91537794	12	2.1	12	100	0	50	28	24	16	32	1.96
91538102--91538177	38	2.0	38	100	0	152	55	23	5	15	1.61
91540350--91540416	31	2.3	27	78	14	71	38	11	11	37	1.79
91542687--91542717	15	2.1	15	100	0	62	67	0	32	0	0.91
91544387--91544434	21	2.3	21	88	0	69	20	25	14	39	1.91
91545344--91545393	25	2.0	25	96	0	91	26	20	22	32	1.98
91547538--91547583	22	2.0	22	83	12	56	56	4	10	28	1.53
91548059--91548107	8	6.1	8	85	0	71	53	2	10	34	1.47
91548059--91548107	16	3.1	16	90	0	80	53	2	10	34	1.47
91550967--91551186	48	4.6	48	77	4	174	28	19	29	22	1.98
91550967--91551176	96	2.2	96	87	0	303	28	20	29	22	1.98
91551172--91551197	11	2.4	11	100	0	52	26	11	26	34	1.91
91574475--91574576	43	2.4	43	78	3	116	31	18	20	29	1.97
91580146--91580323	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
91580147--91580302	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
91580143--91580323	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
91586473--91586650	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
91586474--91586629	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
91586470--91586650	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
91590446--91590492	21	2.2	21	96	0	85	12	23	42	21	1.87
91593613--91593688	21	3.5	21	66	16	55	22	13	26	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91594191--91594226	16	2.2	16	95	0	63	22	33	5	38	1.77
91597826--91597920	47	2.0	47	100	0	190	18	43	23	14	1.87
91600429--91600624	53	3.6	53	76	3	194	37	17	24	20	1.94
91606221--91606288	29	2.4	29	95	2	120	27	11	26	33	1.91
91611823--91612324	47	10.6	47	90	3	710	27	28	9	34	1.88
91611823--91612324	143	3.5	141	88	5	744	27	28	9	34	1.88
91611823--91612324	190	2.6	190	92	3	843	27	28	9	34	1.88
91613772--91613891	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
91625550--91625657	6	17.3	6	66	21	53	49	14	16	19	1.80
91625561--91625628	25	2.7	25	86	0	91	48	14	17	19	1.81
91625589--91625646	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
91625583--91625657	31	2.4	31	97	2	141	50	16	14	18	1.78
91625533--91625646	25	4.4	25	72	16	88	49	14	16	19	1.80
91625797--91625888	27	3.4	26	85	5	103	35	18	23	21	1.95
91626054--91626118	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
91626546--91626847	27	11.2	27	82	4	333	24	22	19	34	1.97
91626545--91626839	81	3.7	81	82	5	382	24	22	19	33	1.97
91626546--91626847	54	5.6	54	83	5	387	24	22	19	34	1.97
91626886--91627189	27	11.3	27	80	9	227	31	8	20	39	1.83
91626901--91626973	26	2.8	26	83	6	94	28	10	23	36	1.89
91626966--91627189	54	4.2	53	88	2	286	32	7	20	40	1.80
91626938--91627189	81	3.1	80	83	5	292	32	8	20	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91635373--91635485	33	3.4	32	79	7	111	38	11	23	27	1.89
91635478--91635625	31	4.8	31	86	5	201	29	17	25	27	1.97
91635715--91635779	27	2.4	27	92	0	103	38	13	26	21	1.91
91635827--91635900	34	2.2	34	90	0	112	25	12	28	33	1.92
91639818--91639898	27	3.0	27	98	0	153	39	18	16	25	1.91
91649098--91649217	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
91650662--91651166	47	10.6	47	90	3	712	33	9	28	28	1.88
91650662--91651145	143	3.4	142	93	3	769	33	9	28	28	1.88
91656992--91657045	27	2.0	27	100	0	108	29	3	22	44	1.70
91657255--91657366	56	2.0	56	91	0	179	26	16	23	33	1.96
91658792--91658906	23	4.8	23	75	9	81	23	23	20	33	1.97
91658816--91658906	47	2.0	46	86	6	130	21	24	19	34	1.97
91658816--91658907	23	4.0	22	79	9	94	21	23	19	34	1.96
91661595--91661646	24	2.0	26	85	10	72	42	11	3	42	1.59
91662086--91662111	12	2.2	12	100	0	52	69	7	0	23	1.14
91662800--91662859	27	2.3	27	81	13	65	33	10	3	53	1.51
91663873--91663906	16	2.1	16	89	10	52	50	2	17	29	1.61
91670853--91670890	12	3.2	12	92	0	58	28	42	0	28	1.56
91677224--91677437	46	4.6	46	74	11	143	27	19	30	22	1.98
91677318--91677484	47	3.6	45	74	13	142	28	17	28	25	1.97
91678644--91678684	22	1.9	22	90	5	66	9	46	26	17	1.79
91680537--91680744	55	3.8	53	77	6	202	24	23	16	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91680537--91680737	108	1.8	110	83	2	271	24	23	16	35	1.95
91680853--91680944	41	2.2	41	100	0	184	57	11	6	23	1.58
91682606--91682671	34	1.9	34	84	0	87	28	25	22	22	1.99
91692201--91692276	27	2.8	26	72	18	66	36	21	23	18	1.95
91692349--91692407	27	2.2	27	84	0	82	33	20	27	18	1.96
91692883--91692940	29	2.0	29	100	0	116	48	13	10	27	1.75
91696696--91696749	20	2.7	20	97	0	99	7	33	40	18	1.78
91697526--91697683	52	3.0	52	77	7	156	31	24	17	27	1.97
91711033--91711165	69	1.9	69	95	0	239	48	16	8	26	1.74
91712894--91712961	31	2.2	31	97	0	127	32	4	8	54	1.51
91713856--91713880	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
91715545--91715580	16	2.2	16	95	0	63	33	27	13	25	1.94
91726648--91726691	22	1.9	23	82	17	56	22	0	9	68	1.18
91732518--91732737	48	4.7	46	77	9	178	23	26	20	29	1.99
91732518--91732737	94	2.3	94	83	5	266	23	26	20	29	1.99
91738864--91738977	43	2.7	42	78	6	104	31	23	16	28	1.96
91750591--91750632	20	2.1	20	95	0	75	28	33	4	33	1.78
91753362--91753402	22	1.9	22	90	5	66	21	24	41	12	1.87
91759607--91759633	13	2.1	13	100	0	54	29	0	7	62	1.22
91762648--91762691	18	2.4	18	80	0	61	20	25	38	15	1.92
91765589--91765681	46	2.0	46	100	0	186	35	15	21	27	1.93
91770149--91770293	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91778206--91778350	40	3.6	40	85	4	184	26	24	25	23	2.00
91781379--91781470	45	2.0	45	100	0	184	35	23	6	33	1.81
91793379--91793512	46	2.9	45	76	9	128	21	29	21	27	1.99
91793379--91793562	94	2.0	92	84	6	237	22	29	21	26	1.99
91797644--91797701	26	2.2	26	81	9	64	27	15	24	32	1.95
91799641--91799757	46	2.5	46	80	6	121	22	31	19	26	1.98
91799690--91799856	46	3.6	46	80	6	176	21	29	19	29	1.98
91806445--91806614	47	3.7	47	76	16	142	22	31	18	27	1.98
91806443--91806620	46	3.8	46	75	18	163	22	30	19	27	1.98
91806449--91806631	92	2.0	90	82	6	219	25	29	18	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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