genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.268.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89627084--89627166	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
89627365--89627560	27	7.3	27	85	0	248	25	19	19	36	1.95
89627565--89628274	27	26.3	27	85	5	864	39	9	22	27	1.85
89628844--89629010	82	2.0	82	98	0	325	28	31	10	29	1.91
89632790--89632901	27	4.1	26	79	8	116	18	22	21	37	1.94
89640344--89640456	27	4.2	26	84	8	127	18	23	21	36	1.95
89640344--89640456	55	2.1	54	85	5	147	18	23	21	36	1.95
89643618--89643646	14	2.0	15	93	6	51	55	20	0	24	1.44
89650788--89650913	55	2.3	55	85	0	171	26	31	27	14	1.95
89654621--89654660	20	2.0	21	90	9	66	45	17	32	5	1.70
89657540--89657601	25	2.6	23	77	10	70	30	17	24	27	1.97
89657540--89657608	24	2.8	25	78	10	72	31	15	24	27	1.96
89659657--89659735	27	3.0	27	68	15	74	29	17	17	35	1.93
89662859--89662886	14	2.0	14	100	0	56	28	0	35	35	1.58
89663019--89663069	27	1.9	26	84	4	66	43	11	0	45	1.40
89663034--89663114	13	6.2	13	81	7	83	39	16	0	44	1.47
89663045--89663132	40	2.2	39	84	9	108	38	18	0	43	1.50
89663058--89663142	40	2.2	40	81	14	97	35	22	0	42	1.54
89663200--89663269	25	2.8	25	78	4	70	32	20	20	27	1.97
89665850--89666058	38	5.5	38	83	5	262	32	25	21	21	1.98
89665850--89666072	114	2.0	113	85	7	301	31	25	21	21	1.98
89674611--89674688	37	2.1	37	100	0	156	29	2	19	48	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89675019--89675076	20	2.9	21	72	15	59	37	0	15	46	1.46
89685134--89685197	20	3.2	20	76	10	60	34	0	15	50	1.45
89688802--89688963	38	4.3	38	92	0	261	20	22	26	30	1.98
89688935--89689066	43	3.1	43	89	2	196	12	24	32	30	1.93
89689397--89689504	45	2.5	42	85	8	128	23	24	26	25	2.00
89692350--89692519	43	4.0	44	75	4	127	31	25	17	25	1.97
89695045--89695211	49	3.4	47	75	8	140	28	19	25	26	1.99
89698692--89698752	25	2.4	25	100	0	122	52	8	11	27	1.66
89699331--89699594	40	6.6	40	88	4	347	26	27	21	25	1.99
89699331--89699595	119	2.2	120	85	6	360	26	27	21	25	1.99
89702253--89702429	39	4.5	39	84	5	180	25	20	27	25	1.99
89702206--89702429	40	5.7	40	81	8	217	25	20	27	25	1.99
89702259--89702427	79	2.1	79	83	4	207	25	21	27	25	1.99
89709413--89709583	39	4.3	40	83	8	181	25	19	28	26	1.99
89709413--89709583	79	2.2	79	82	6	204	25	19	28	26	1.99
89711007--89711179	56	3.1	56	94	5	316	21	23	9	45	1.80
89720044--89720076	18	1.9	17	88	11	50	54	0	0	45	0.99
89727175--89727341	46	3.6	46	80	7	135	26	19	29	23	1.98
89732404--89732434	14	2.1	15	94	5	55	29	6	9	54	1.57
89734428--89734483	26	2.2	26	93	0	94	30	8	25	35	1.86
89743340--89743370	14	2.2	14	94	0	53	61	12	6	19	1.53
89751264--89751297	17	2.0	17	100	0	68	35	41	17	5	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89756042--89756070	14	2.0	15	93	6	51	31	13	20	34	1.92
89759965--89759995	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
89768449--89768488	19	2.1	19	100	0	80	42	15	10	32	1.79
89783170--89783222	18	2.9	17	81	13	61	24	0	3	71	1.02
89785418--89785625	93	2.2	94	81	8	239	29	19	27	23	1.98
89787266--89787292	13	2.1	13	100	0	54	29	22	33	14	1.94
89793706--89793747	21	2.0	21	81	9	50	21	7	7	64	1.43
89797257--89797311	20	2.8	20	77	0	65	27	7	36	29	1.84
89802455--89802482	13	2.2	13	100	0	56	28	0	14	57	1.38
89802805--89802850	24	2.0	23	86	4	65	21	4	0	73	1.00
89806926--89806959	2	17.5	2	93	6	61	52	0	47	0	1.00
89809345--89809477	38	3.5	38	84	4	144	28	19	17	34	1.94
89814002--89814100	50	2.0	50	95	0	180	32	22	23	22	1.98
89821873--89821955	5	15.4	5	73	14	58	33	24	6	36	1.80
89821884--89821955	12	6.5	11	76	12	60	34	25	4	36	1.75
89821896--89821959	22	2.6	27	71	23	75	34	25	1	39	1.65
89821884--89821950	22	3.0	22	86	4	89	34	25	4	35	1.76
89823177--89823448	48	5.7	48	74	10	234	29	19	27	23	1.98
89823174--89823391	95	2.3	96	86	0	303	29	18	27	24	1.98
89826144--89826531	50	7.7	50	75	5	309	28	17	22	30	1.97
89826140--89826328	101	1.9	101	81	0	234	27	17	23	30	1.97
89826140--89826522	151	2.5	151	90	1	581	28	17	22	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89831593--89831769	55	3.2	55	90	0	255	31	28	12	27	1.93
89831593--89831769	27	6.4	27	89	3	237	31	28	12	27	1.93
89833420--89833459	15	2.7	15	92	0	62	15	22	15	47	1.82
89835972--89836359	50	7.7	50	75	6	347	28	18	23	29	1.97
89835968--89836156	101	1.9	101	84	2	254	27	18	24	29	1.98
89835968--89836356	151	2.6	151	90	1	611	28	18	23	29	1.98
89841322--89841364	17	2.5	17	76	0	50	72	9	4	13	1.26
89844330--89844357	6	4.7	6	100	0	56	14	0	14	71	1.15
89845885--89845923	20	2.0	20	100	0	78	48	10	10	30	1.70
89847364--89847400	19	2.0	19	89	5	58	70	0	0	29	0.88
89847654--89847729	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
89847683--89847780	35	2.7	37	87	12	150	35	16	10	37	1.82
89847690--89847780	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
89848318--89848555	44	5.3	44	74	6	210	25	26	17	31	1.97
89848495--89849022	78	6.8	78	89	0	788	24	23	18	32	1.97
89848422--89849022	234	2.5	234	88	4	835	24	23	18	32	1.97
89849055--89849217	89	1.9	89	84	5	224	28	23	17	30	1.97
89854656--89854744	29	3.2	29	66	18	89	47	5	19	28	1.72
89854650--89854758	54	2.0	54	100	0	218	47	5	19	27	1.71
89858260--89858292	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
89858260--89858293	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
89858549--89858624	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89858585--89858675	19	4.9	19	90	8	152	36	15	9	38	1.81
89858578--89858675	35	2.7	37	86	12	141	35	16	9	38	1.80
89858599--89858654	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
89858795--89858834	21	2.0	20	85	5	53	12	2	15	70	1.28
89859808--89859850	22	2.0	22	90	0	68	18	27	16	37	1.92
89862974--89863200	50	4.6	49	80	6	233	30	26	18	24	1.98
89865341--89865547	58	3.6	58	78	10	203	38	9	17	33	1.83
89865600--89866161	69	8.2	68	74	6	326	22	20	22	34	1.96
89865558--89866163	138	4.4	137	74	4	495	22	20	21	34	1.96
89866167--89866214	24	2.0	24	92	8	80	27	4	14	54	1.59
89875567--89875746	28	6.5	28	94	2	294	26	13	28	31	1.94
89875567--89875746	55	3.3	55	94	1	299	26	13	28	31	1.94
89875567--89875746	83	2.2	82	93	1	306	26	13	28	31	1.94
89883748--89883925	27	6.6	27	96	1	302	26	14	29	30	1.95
89901180--89901241	24	2.6	24	84	0	70	35	6	27	30	1.82
89901578--89901602	13	1.9	13	100	0	50	24	8	20	48	1.76
89901884--89901916	4	8.5	4	86	6	50	21	3	0	75	0.93
89901888--89901934	15	3.2	15	93	3	78	19	6	0	74	1.03
89902812--89902886	25	3.0	25	73	19	84	45	12	2	40	1.55
89905306--89905358	26	2.0	26	88	3	79	37	1	0	60	1.08
89906699--89906747	23	2.1	23	100	0	98	51	24	4	20	1.65
89921226--89921284	27	2.2	27	82	11	68	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89926079--89926120	13	3.2	13	80	16	50	21	0	4	73	1.01
89928053--89928316	47	5.7	46	78	8	232	24	28	18	28	1.98
89928059--89928316	140	1.8	140	85	4	360	24	28	17	29	1.98
89931701--89931758	27	2.1	27	84	6	73	32	22	15	29	1.95
89934930--89935085	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
89934929--89935082	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
89934930--89935085	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
89934922--89935106	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
89934922--89935106	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
89937007--89937097	45	2.0	44	97	2	173	18	19	27	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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