genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.206.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66409184--66409222	10	3.9	10	87	12	62	20	30	20	28	1.98
66409184--66409226	20	2.2	20	95	0	77	20	30	20	27	1.98
66409629--66409784	42	3.6	43	75	7	156	32	27	16	23	1.96
66414797--66414856	20	3.0	20	87	0	66	23	20	23	33	1.97
66414810--66414856	20	2.3	20	88	0	67	23	23	23	29	1.99
66420506--66420669	43	3.8	43	77	12	140	32	26	16	23	1.96
66423238--66423332	25	3.8	25	94	0	154	26	22	25	26	2.00
66423225--66423332	50	2.2	50	86	5	148	25	22	24	28	1.99
66423537--66423602	27	2.4	27	87	0	87	25	24	18	31	1.97
66423756--66423840	27	3.1	27	96	0	152	25	21	17	35	1.95
66423833--66424254	27	15.6	27	78	6	338	31	8	21	38	1.83
66423870--66424254	54	7.1	54	80	5	411	31	9	20	38	1.84
66426513--66426607	25	3.8	25	88	5	122	27	21	24	27	1.99
66426654--66426692	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
66426654--66426693	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
66432361--66432435	35	2.1	35	95	0	132	38	8	17	36	1.79
66437646--66438103	39	11.7	39	91	0	727	29	29	21	19	1.97
66444142--66444193	27	1.9	27	88	7	79	50	0	9	40	1.35
66445035--66445205	43	4.0	42	75	15	181	22	17	29	30	1.97
66445062--66445220	84	1.9	84	83	5	205	22	16	30	30	1.96
66448916--66449059	6	23.8	6	75	14	127	49	14	15	20	1.80
66448916--66449025	30	3.7	30	86	4	159	49	14	16	20	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66449177--66449250	27	2.8	27	84	10	98	36	20	24	18	1.95
66449201--66449258	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
66449415--66449473	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
66449561--66449643	27	3.1	26	86	5	103	37	20	21	20	1.95
66449842--66450037	27	7.3	27	85	0	230	26	19	18	35	1.95
66450042--66450456	27	15.4	27	78	8	407	40	8	22	28	1.83
66450042--66450448	81	5.0	81	85	5	493	40	8	22	28	1.83
66450047--66450456	54	7.6	54	85	2	520	40	8	22	28	1.83
66454607--66454835	40	5.7	40	94	0	395	31	20	26	21	1.98
66463250--66463515	39	6.7	40	94	1	457	31	19	27	22	1.98
66463250--66463515	79	3.4	80	93	2	457	31	19	27	22	1.98
66467222--66467248	4	6.8	4	100	0	54	25	0	22	51	1.48
66471085--66471261	85	2.1	84	96	2	329	37	8	27	26	1.85
66472545--66472856	47	6.6	47	87	5	434	30	12	30	26	1.93
66472519--66472856	144	2.4	145	91	3	537	30	12	30	26	1.93
66472691--66472766	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
66472828--66472920	46	2.0	48	80	4	109	32	9	32	25	1.88
66518369--66518446	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
66518399--66518726	174	1.9	174	96	0	602	29	14	24	30	1.95
66524809--66524868	28	2.1	29	81	9	70	43	3	23	30	1.70
66527472--66527752	40	7.1	40	83	0	312	35	19	25	20	1.96
66529243--66529290	21	2.3	21	86	10	64	33	2	20	43	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66531042--66531140	27	3.7	27	87	0	144	34	19	19	27	1.95
66531122--66531353	27	8.6	27	78	3	135	41	20	7	30	1.80
66531042--66531208	54	3.1	53	80	8	144	35	18	15	29	1.92
66531120--66531361	54	4.5	53	78	10	197	40	19	7	31	1.80
66531176--66531492	27	11.7	27	78	4	253	40	19	8	31	1.81
66536400--66536474	23	3.1	24	86	5	98	33	18	28	20	1.96
66540389--66540560	44	3.7	47	78	13	171	22	19	27	31	1.97
66549953--66550003	21	2.5	20	75	6	50	49	0	3	47	1.20
66552020--66552130	39	2.9	38	82	6	134	31	8	9	50	1.65
66557759--66557936	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
66557780--66557935	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
66565789--66565966	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
66565810--66565965	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
66569720--66569753	17	2.0	17	88	0	50	29	20	8	41	1.82
66569831--66569864	3	11.3	3	87	12	52	67	0	29	2	1.05
66572505--66572676	45	3.7	46	78	11	199	22	20	27	29	1.99
66572900--66572937	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
66578056--66578317	79	3.3	77	82	6	262	24	20	28	25	1.99
66578056--66578317	40	6.7	40	83	6	275	24	20	28	25	1.99
66578109--66578350	79	3.1	80	80	4	217	25	21	28	24	1.99
66584987--66585249	120	2.2	120	80	4	291	25	20	27	25	1.99
66584987--66585249	40	6.6	40	84	4	264	25	20	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66585102--66585284	79	2.3	80	81	1	217	26	20	27	25	1.99
66587284--66587353	34	2.1	34	97	0	131	38	15	14	31	1.88
66591346--66591434	38	2.4	38	92	1	144	39	11	16	32	1.84
66597533--66597597	22	3.0	22	80	8	78	30	23	26	20	1.98
66597737--66597820	41	2.0	41	95	0	150	26	27	22	23	2.00
66598052--66598143	27	3.4	27	87	3	114	27	14	18	40	1.89
66598095--66598757	27	24.7	28	79	9	532	31	10	20	37	1.86
66598095--66598731	54	11.9	54	81	4	619	31	10	20	37	1.86
66598065--66598731	107	6.2	107	81	5	607	30	10	20	37	1.86
66600086--66600207	43	2.9	42	80	2	145	31	16	23	27	1.96
66608874--66609002	61	2.1	61	100	0	258	28	9	20	41	1.83
66609057--66609087	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
66609844--66610212	168	2.2	168	83	2	461	26	15	27	30	1.96
66609844--66610229	43	9.1	43	82	5	453	26	15	27	30	1.96
66612300--66612357	29	1.9	31	86	6	84	36	3	24	36	1.72
66617904--66618087	40	4.6	40	85	6	223	23	22	27	26	2.00
66619533--66619611	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
66619729--66620214	47	10.2	47	90	2	720	29	30	8	31	1.86
66619729--66620214	96	5.1	94	90	2	720	29	30	8	31	1.86
66623550--66623653	40	2.6	40	84	0	118	25	29	21	24	1.99
66623588--66623815	80	2.8	80	81	9	227	23	28	20	27	1.99
66623671--66623815	40	3.6	40	87	5	213	22	28	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66624102--66624180	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
66624162--66624350	43	4.4	43	93	0	324	26	33	16	23	1.95
66626212--66626290	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
66626408--66626845	47	9.2	47	89	3	644	29	30	8	32	1.87
66626408--66626847	96	4.6	95	89	3	643	29	30	8	32	1.87
66637048--66637231	40	4.6	40	83	8	214	23	22	26	26	2.00
66641900--66642007	27	4.0	26	77	12	94	17	23	21	37	1.94
66643561--66643659	23	4.3	23	78	8	103	38	18	21	22	1.93
66644304--66644347	21	2.2	20	91	4	70	40	18	0	40	1.50
66648249--66648427	38	4.7	38	84	2	207	32	25	21	21	1.98
66648249--66648414	76	2.2	78	86	2	228	33	25	19	21	1.97
66652563--66652679	57	2.0	59	85	3	157	29	27	17	25	1.98
66652839--66652963	43	2.9	43	91	0	205	32	33	23	11	1.90
66654522--66654715	38	5.0	37	77	8	174	32	24	20	22	1.98
66656404--66656644	120	2.0	120	98	0	464	32	17	8	41	1.80
66660456--66660567	47	2.4	47	86	0	143	32	24	13	30	1.93
66666174--66666304	50	2.6	50	80	2	147	29	18	29	22	1.97
66666307--66666419	43	2.6	43	76	5	129	28	13	26	31	1.94
66669752--66669927	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
66669748--66669919	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
66672066--66672184	47	2.5	47	84	0	157	31	24	15	29	1.95
66673672--66674095	208	2.0	208	98	0	812	30	23	13	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66676406--66676497	22	4.1	22	82	8	107	33	19	23	22	1.97
66676406--66676497	45	2.1	44	82	10	107	33	19	23	22	1.97
66681439--66681695	40	6.5	39	82	5	243	25	19	28	26	1.99
66681439--66681660	79	2.8	79	83	6	245	24	19	28	27	1.99
66681513--66681695	79	2.3	80	82	1	226	24	20	28	26	1.99
66689394--66689499	37	2.7	41	88	8	166	23	19	26	30	1.98
66689377--66689538	40	4.1	40	78	10	138	24	19	27	29	1.99
66692979--66693030	25	2.1	24	86	10	70	40	25	19	15	1.90
66695709--66695884	27	6.6	27	81	8	180	30	27	14	27	1.95
66695730--66695880	81	1.9	80	84	8	207	31	27	13	27	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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