genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62004584--62004643	10	5.8	10	83	12	77	25	1	20	53	1.55
62004587--62004644	23	2.7	21	86	7	82	25	1	17	55	1.52
62005018--62005487	234	2.0	233	97	0	886	23	18	15	42	1.88
62006818--62006863	13	3.5	13	81	0	65	23	8	30	36	1.85
62008570--62008596	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
62009891--62009940	18	2.8	18	78	0	55	48	2	0	50	1.12
62011825--62011858	17	2.0	17	94	0	59	32	5	5	55	1.48
62012872--62012913	18	2.2	20	87	8	61	69	4	0	26	1.08
62015966--62016024	30	2.0	30	86	0	82	30	16	27	25	1.97
62016363--62016567	46	4.4	46	85	4	254	27	20	29	22	1.98
62017539--62017574	18	2.0	18	94	0	63	36	27	2	33	1.72
62018384--62018659	48	5.8	48	89	0	426	29	30	17	23	1.97
62025148--62025270	47	2.6	47	97	0	228	24	20	26	29	1.99
62027126--62027161	18	2.0	18	100	0	72	33	27	5	33	1.80
62028520--62028704	79	2.3	81	84	9	238	24	27	22	25	2.00
62028520--62028704	40	4.7	40	80	12	220	24	27	22	25	2.00
62036384--62036572	41	4.6	41	79	10	183	25	26	21	25	2.00
62038900--62039266	48	7.7	48	89	0	547	28	28	17	25	1.98
62038893--62039266	191	2.0	192	88	0	561	28	28	17	25	1.98
62041988--62042078	45	2.0	45	95	0	164	17	21	3	57	1.54
62042205--62042229	12	2.1	12	100	0	50	76	8	0	16	1.02
62043739--62043778	20	2.0	20	100	0	80	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62043734--62043778	20	2.4	18	85	7	54	46	2	0	51	1.13
62045173--62045358	93	2.0	93	90	2	293	56	13	11	18	1.65
62049946--62049983	19	2.0	20	89	5	60	5	18	10	65	1.41
62052916--62052949	7	4.9	7	100	0	68	70	29	0	0	0.87
62055007--62055076	3	25.0	3	75	16	53	68	0	31	0	0.90
62055019--62055068	20	2.4	21	90	6	75	74	0	26	0	0.83
62055020--62055068	11	4.6	11	77	10	57	75	0	24	0	0.80
62055020--62055068	16	3.0	17	80	14	59	75	0	24	0	0.80
62055103--62055164	14	4.8	12	74	18	54	72	0	27	0	0.85
62055546--62055625	16	4.9	16	72	6	63	71	3	3	21	1.18
62055556--62055624	32	2.2	32	84	5	86	72	4	2	20	1.15
62055587--62055628	17	2.5	17	84	0	57	78	2	2	16	0.96
62055663--62057413	151	11.6	152	91	2	2764	57	7	6	28	1.50
62056122--62056157	13	2.8	13	87	4	56	75	2	0	22	0.94
62057174--62057233	30	2.2	27	82	14	70	65	3	5	26	1.29
62059334--62059417	26	3.1	26	71	24	82	47	14	2	35	1.57
62061074--62061629	49	11.6	49	93	2	884	28	29	8	33	1.86
62061074--62061629	96	5.8	97	92	3	887	28	29	8	33	1.86
62061074--62061629	145	3.9	145	95	0	958	28	29	8	33	1.86
62065697--62065737	20	2.0	20	100	0	82	36	19	9	34	1.85
62067530--62067712	39	4.7	39	79	5	217	49	12	4	33	1.61
62067530--62067710	78	2.3	78	98	0	353	48	12	4	34	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62067685--62067716	13	2.5	13	95	5	57	62	9	0	28	1.26
62067683--62067722	16	2.5	17	84	8	57	62	15	0	22	1.32
62067572--62067732	78	2.1	78	83	0	196	52	13	3	30	1.56
62068180--62068224	23	2.0	22	86	4	63	0	31	0	68	0.89
62067833--62068525	353	2.0	352	91	1	1142	19	22	15	43	1.88
62069874--62069902	11	2.6	11	100	0	58	44	24	0	31	1.54
62072216--62072276	31	2.0	31	100	0	122	36	9	21	32	1.86
62076802--62076851	24	2.1	24	100	0	100	30	4	20	46	1.69
62077691--62077723	15	2.3	15	89	5	50	27	30	9	33	1.88
62081853--62081901	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
62082359--62082414	18	3.1	18	82	12	53	48	0	26	25	1.52
62086864--62086904	19	2.2	19	90	0	64	24	9	9	56	1.62
62087694--62087737	20	2.1	21	87	4	63	38	0	2	59	1.10
62092033--62092189	47	3.3	48	78	8	162	24	29	19	25	1.98
62092077--62092185	48	2.3	47	80	9	123	23	29	20	26	1.99
62093421--62093574	43	3.6	43	75	8	136	25	25	20	27	1.99
62093421--62093579	85	1.9	85	81	5	196	26	25	20	27	1.99
62103597--62103635	21	1.9	21	89	5	62	23	30	35	10	1.88
62104888--62104998	46	2.4	47	80	4	109	25	27	18	28	1.98
62113772--62114042	46	5.7	48	80	11	265	23	30	19	26	1.98
62116654--62116742	29	3.1	29	86	0	124	22	24	32	20	1.98
62127547--62127575	3	9.7	3	100	0	58	68	0	31	0	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62128060--62128105	24	2.0	24	83	8	60	60	2	23	13	1.43
62136460--62136653	47	4.1	47	91	0	298	32	10	29	26	1.90
62136489--62136560	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
62136534--62136609	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
62136623--62136757	48	2.8	48	98	0	261	34	6	27	31	1.83
62136904--62137085	37	4.9	37	95	0	310	23	19	31	26	1.98
62141380--62141404	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
62143425--62143464	20	2.0	20	90	0	62	32	25	5	37	1.77
62148171--62148337	43	3.9	43	76	12	155	27	14	27	30	1.95
62160403--62160510	43	2.5	43	87	3	155	36	24	13	25	1.93
62162166--62162544	48	7.9	47	77	2	326	27	18	28	25	1.98
62162176--62162548	96	3.9	96	81	5	430	28	19	28	24	1.98
62162176--62162544	144	2.6	143	76	7	377	28	18	28	24	1.98
62166563--62166624	25	2.5	26	80	10	69	58	11	9	20	1.61
62168543--62168713	46	3.7	46	76	15	192	28	28	21	22	1.99
62173783--62173959	85	2.1	85	97	0	336	38	8	27	25	1.85
62173822--62173952	41	3.1	41	62	25	92	41	6	24	27	1.80
62175984--62176628	47	13.6	47	93	2	1067	33	8	29	28	1.87
62175984--62176628	96	6.8	96	94	2	1074	33	8	29	28	1.87
62178181--62178351	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
62178176--62178348	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
62183688--62183823	46	3.0	43	76	14	123	30	27	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62187405--62187486	38	2.2	38	95	0	146	29	18	7	45	1.76
62198012--62198061	20	2.4	21	77	12	59	50	10	6	34	1.60
62198895--62198969	38	1.9	40	86	5	109	29	5	14	50	1.65
62198893--62198983	18	4.9	18	72	11	67	28	4	15	51	1.62
62198893--62198978	38	2.3	38	80	6	104	29	4	13	52	1.61
62203196--62203248	26	2.0	26	92	0	88	28	15	15	41	1.87
62206503--62206564	20	3.2	20	61	21	51	27	27	24	20	1.99
62206499--62206572	37	2.0	37	100	0	148	27	27	24	21	1.99
62206531--62206676	47	3.2	44	73	15	127	29	28	19	23	1.98
62210873--62210945	29	2.6	29	84	6	87	27	16	31	24	1.96
62226084--62226347	40	6.7	40	95	2	455	30	20	27	21	1.98
62226083--62226347	117	2.2	120	93	2	457	30	20	27	21	1.98
62234632--62234899	40	6.7	40	95	0	464	31	20	26	21	1.98
62238154--62238328	46	3.8	45	76	14	185	29	29	19	21	1.97
62238161--62238332	93	1.8	93	93	0	299	29	29	20	20	1.98
62238203--62238341	47	3.0	46	73	16	126	30	28	18	22	1.97
62240838--62240984	47	3.1	47	94	0	258	36	10	27	26	1.89
62241008--62241180	46	3.8	46	92	0	265	34	8	33	23	1.86
62242655--62243136	40	12.1	40	91	0	721	21	21	29	26	1.99
62242656--62243134	120	4.0	120	95	0	832	21	22	29	26	1.99
62243298--62243352	25	2.2	25	90	6	85	29	12	30	27	1.93
62246695--62246841	47	3.1	47	92	0	249	36	9	27	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62246695--62246881	94	2.0	94	86	4	261	34	10	28	26	1.89
62246865--62247037	46	3.8	46	93	0	274	35	9	32	21	1.87
62255600--62255642	16	2.7	16	85	0	59	46	18	25	9	1.79
62260534--62260593	29	2.1	29	96	0	111	25	23	11	40	1.88
62263012--62263054	15	2.9	15	82	0	59	51	16	16	16	1.77
62268319--62268369	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
62292594--62292683	6	14.7	6	73	17	78	47	15	17	18	1.82
62292603--62292713	31	3.5	31	88	3	143	49	15	17	18	1.80
62292827--62292935	27	4.0	27	81	10	116	36	21	22	20	1.95
62292827--62292935	54	2.0	54	85	7	150	36	21	22	20	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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