Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   

This is table  344  of  349  ( 41854 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
113393091--113393120
3
10.0
3
92
0
51
30
0
33
36
1.58
113394124--113394158
16
2.1
17
94
5
63
28
0
0
71
0.86
113406678--113406736
26
2.2
27
84
3
75
16
3
1
77
0.98
113415385--113415839
101
4.4
101
76
7
380
31
28
12
27
1.93
113415385--113415841
210
2.2
202
82
3
545
31
28
12
27
1.93
113415382--113415887
101
4.9
99
72
12
349
31
28
12
27
1.93
113424205--113424276
21
3.2
21
75
16
65
48
1
0
50
1.09
113424205--113424266
22
2.9
21
77
15
63
50
1
0
48
1.10
113434861--113435275
144
2.9
144
88
2
604
28
13
20
36
1.91
113436953--113437138
97
1.9
97
85
4
259
31
10
17
40
1.83
113445809--113445861
22
2.5
21
81
3
61
45
0
9
45
1.36
113453070--113453111
18
2.3
19
83
4
50
66
0
0
33
0.92
113464331--113464370
21
2.0
21
90
5
64
70
0
0
30
0.88
113467385--113467462
3
26.0
3
87
5
113
34
1
33
30
1.66
113468119--113468167
14
3.3
15
77
8
55
44
0
2
53
1.12
113476212--113476258
21
2.2
22
92
3
78
21
38
19
21
1.94
113478049--113478711
360
1.8
360
99
0
1308
26
23
14
34
1.94
113481265--113481296
8
4.0
8
95
0
55
37
46
0
15
1.46
113482136--113482160
2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
48
1.00
113486815--113487057
132
1.8
131
87
2
362
26
17
19
36
1.94
113491036--113491149
58
2.0
58
80
3
131
29
11
13
45
1.78
113491094--113491178
31
2.8
31
80
5
93
28
14
10
47
1.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
113495862--113496083
111
2.0
111
86
1
311
32
25
14
27
1.95
113500759--113500791
16
2.1
16
94
0
57
27
12
3
57
1.49
113500764--113500799
16
2.2
16
90
5
54
25
13
5
55
1.60
113501250--113501293
21
2.1
21
91
0
70
50
11
13
25
1.75
113509612--113509646
14
2.5
14
100
0
70
22
0
5
71
1.07
113519992--113520026
9
3.7
9
85
14
52
74
0
0
25
0.82
113519992--113520035
20
2.2
20
91
0
70
75
0
0
25
0.81
113528653--113528736
29
2.9
29
78
18
93
36
5
1
55
1.32
113536763--113536804
18
2.3
18
80
8
50
69
0
0
30
0.89
113540237--113540300
31
2.1
30
88
8
85
53
1
1
43
1.19
113545682--113545721
16
2.5
16
83
0
53
52
5
12
30
1.60
113546496--113546551
27
2.1
27
83
3
69
60
1
0
37
1.07
113553538--113553756
73
3.0
73
91
0
366
29
16
28
25
1.97
113554567--113554634
16
4.3
16
67
10
50
55
0
4
39
1.20
113554560--113554657
47
2.1
47
96
1
180
54
0
5
40
1.23
113554916--113554948
17
2.0
17
94
5
59
63
0
0
36
0.95
113556872--113556913
21
2.0
21
86
4
59
38
0
0
61
0.96
113556874--113556925
26
2.0
26
88
0
77
44
0
0
55
0.99
113559665--113559698
16
2.1
16
88
0
50
50
14
17
17
1.79
113562499--113562539
21
2.0
21
90
0
64
29
21
29
19
1.98
113564443--113564476
16
2.1
16
88
0
50
50
14
17
17
1.79
113574662--113574703
20
2.1
20
100
0
84
30
4
4
59
1.39
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
113580665--113580795
63
2.1
64
92
1
219
28
25
16
29
1.96
113581955--113581988
3
11.3
3
100
0
68
67
0
0
32
0.91
113590990--113591022
18
1.9
17
88
11
50
72
0
3
24
0.98
113595468--113595578
47
2.4
47
84
6
154
35
23
16
25
1.95
113596320--113596359
12
3.3
12
85
0
53
2
22
0
75
0.93
113596380--113596410
4
7.8
4
92
0
53
3
25
0
70
1.02
113596427--113596457
14
2.2
14
94
0
53
22
16
0
61
1.34
113605259--113605334
15
4.9
16
72
20
63
63
3
2
30
1.26
113621291--113621321
15
2.1
15
93
0
53
6
22
0
70
1.09
113625516--113625650
54
2.5
54
97
0
252
34
23
14
26
1.94
113628359--113628420
21
3.0
21
73
7
63
35
24
20
19
1.96
113629524--113629583
26
2.3
27
85
11
72
55
3
0
41
1.16
113634511--113634555
23
2.0
23
81
0
54
31
4
8
55
1.51
113637054--113637078
2
12.5
2
100
0
50
0
0
48
52
1.00
113641785--113641844
28
2.1
28
87
0
84
38
6
16
38
1.75
113642070--113642107
2
19.5
2
89
5
60
50
0
2
47
1.15
113642769--113642811
3
14.3
3
100
0
86
32
0
0
67
0.91
113644304--113644613
43
7.2
42
74
9
205
31
28
19
21
1.97
113644426--113644613
87
2.2
86
78
3
207
32
30
18
19
1.95
113644941--113644985
21
2.1
21
91
0
72
0
48
24
26
1.51
113646049--113646124
36
2.1
36
97
0
143
39
19
3
36
1.71
113650610--113650746
9
14.6
9
72
8
103
32
2
20
45
1.63
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
113650614--113650746
57
2.3
57
85
0
167
31
2
20
45
1.63
113652650--113652705
25
2.2
26
78
9
62
53
1
7
37
1.39
113654106--113654154
7
7.0
7
80
0
62
44
34
0
20
1.52
113654098--113654177
21
3.8
21
77
8
74
47
28
1
22
1.59
113654535--113654578
14
3.1
14
87
9
63
31
45
0
22
1.53
113654655--113654701
23
2.0
22
84
15
60
57
29
0
12
1.36
113655488--113655929
41
10.8
41
86
1
499
24
25
20
29
1.99
113655510--113655917
206
2.0
206
84
0
539
24
24
20
30
1.99
113655881--113655957
41
1.9
41
83
2
102
22
23
20
33
1.97
113661412--113661454
22
2.0
22
85
0
59
25
6
2
65
1.30
113661419--113661454
11
3.3
11
88
0
54
25
8
0
66
1.19
113663400--113663434
16
2.3
15
90
5
52
65
0
2
31
1.07
113663547--113663653
22
4.9
20
71
17
63
57
5
6
30
1.48
113663584--113663776
24
8.1
23
68
17
101
54
4
5
34
1.45
113663615--113663703
27
3.3
28
75
19
82
57
5
3
33
1.39
113663637--113663703
29
2.3
29
82
5
73
56
4
4
34
1.39
113664276--113664374
30
3.3
30
94
0
180
17
6
50
26
1.69
113664529--113664618
45
2.0
45
100
0
180
31
6
26
35
1.82
113664909--113664942
15
2.3
15
89
0
50
64
5
8
20
1.43
113664769--113665017
88
2.8
85
79
8
259
35
18
16
29
1.93
113664769--113665017
87
2.8
85
79
8
261
35
18
16
29
1.93
113664925--113665551
77
8.2
76
80
11
644
33
20
17
28
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
113664934--113665553
151
4.1
150
81
10
706
33
20
17
28
1.95
113664870--113665637
151
4.9
154
77
14
584
34
19
16
28
1.94
113665394--113665531
71
1.9
71
92
0
231
31
18
16
33
1.94
113666034--113666288
73
3.3
73
69
16
206
35
20
17
26
1.95
113666107--113666141
14
2.6
14
90
4
54
68
2
11
17
1.31
113665849--113666203
186
1.9
186
86
4
509
36
19
17
26
1.94
113666031--113666200
87
2.0
87
95
0
304
37
20
17
24
1.94
113666205--113666374
91
1.9
89
89
6
261
35
20
16
27
1.94
113667235--113667267
12
2.8
12
86
4
50
0
15
0
84
0.61
113667235--113667267
17
1.9
17
88
11
50
0
15
0
84
0.61
113668188--113668212
8
3.1
8
100
0
50
24
12
64
0
1.27
113673313--113673355
8
5.5
8
88
2
61
62
2
2
32
1.20
113673506--113673718
23
8.9
25
74
11
126
55
4
6
34
1.44
113673673--113673718
25
1.9
25
86
8
69
60
0
4
34
1.16
113674202--113674255
18
3.3
18
66
28
57
22
7
48
22
1.75
113674202--113674265
30
2.1
30
94
0
110
18
6
50
25
1.70
113675361--113675403
15
2.9
15
80
19
54
53
0
2
44
1.13
113675363--113675405
16
2.9
15
82
6
52
53
0
2
44
1.13
113676243--113676312
27
2.5
29
76
4
81
50
5
1
42
1.35
113678336--113678365
13
2.4
13
94
5
53
53
0
0
46
1.00
113682887--113682939
28
1.9
27
85
11
72
5
32
3
58
1.39
113689679--113689725
25
1.9
25
82
4
60
34
14
6
44
1.71
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
113694508--113694632
61
2.0
62
86
4
173
40
13
6
39
1.70
113697000--113697032
3
11.0
3
100
0
66
33
0
0
66
0.92
113704477--113704517
5
7.6
5
94
5
55
43
0
0
56
0.99
113704472--113704520
6
8.7
6
93
4
68
46
0
0
53
1.00
113705155--113705713
131
4.4
127
72
9
467
36
19
17
26
1.94
113705034--113705547
250
2.1
251
98
0
1003
37
19
17
25
1.93
113714007--113714048
15
2.7
16
85
14
61
30
0
4
64
1.14
113713987--113714045
15
4.0
14
78
8
55
32
1
6
59
1.34
113713987--113714062
31
2.5
31
80
4
84
34
3
5
56
1.40
113715386--113715437
14
3.6
14
79
7
59
59
1
1
36
1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349