genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10501289--10501313	8	3.1	8	100	0	50	40	0	0	60	0.97
10501380--10501441	27	2.3	27	77	5	63	46	4	1	46	1.33
10508473--10508510	19	2.0	19	85	10	51	10	21	18	50	1.76
10520595--10520914	46	7.0	46	93	0	498	22	23	15	38	1.92
10525243--10525288	22	2.1	22	84	8	58	30	19	13	36	1.90
10525581--10525758	76	2.4	75	80	6	198	29	21	25	23	1.99
10533123--10533148	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
10537476--10537513	17	2.2	17	95	0	67	21	7	10	60	1.54
10549208--10549236	13	2.3	13	94	5	51	68	0	6	24	1.13
10560810--10560838	15	1.9	15	100	0	58	68	6	10	13	1.37
10562500--10562542	22	2.0	22	85	0	59	51	11	20	16	1.75
10567710--10567734	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
10567741--10567779	20	2.0	20	90	5	62	41	0	2	56	1.13
10567744--10567785	9	4.6	9	77	16	50	45	0	2	52	1.13
10567741--10567785	19	2.4	19	82	13	58	44	0	2	53	1.13
10572844--10572868	12	2.1	12	100	0	50	24	28	8	40	1.83
10586607--10586718	47	2.4	47	77	5	129	39	23	12	25	1.89
10587479--10587511	4	8.2	4	100	0	66	0	24	0	75	0.80
10591263--10591291	7	4.3	7	95	4	51	0	13	0	86	0.58
10593998--10594023	6	4.3	6	100	0	52	50	15	0	34	1.45
10597758--10597784	7	3.9	7	100	0	54	88	0	11	0	0.50
10597744--10597777	16	2.1	17	88	5	52	82	0	17	0	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10597758--10597792	14	2.4	14	90	4	52	85	2	8	2	0.79
10599430--10599473	20	2.2	20	87	0	61	29	2	27	40	1.68
10606589--10606638	16	3.1	17	80	8	59	42	0	0	58	0.98
10606781--10606832	15	3.3	15	75	15	52	40	0	3	55	1.18
10606910--10606970	32	1.9	32	90	9	99	40	0	9	49	1.36
10606920--10606994	31	2.4	31	82	10	82	42	0	9	48	1.35
10607223--10607256	13	2.6	14	86	13	54	82	0	17	0	0.67
10607413--10607463	21	2.4	21	96	0	93	37	0	21	41	1.54
10613714--10613895	26	7.2	26	86	1	255	28	21	21	28	1.99
10613714--10613895	52	3.6	52	94	2	309	28	21	21	28	1.99
10614694--10614771	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
10614816--10615268	27	16.7	27	76	7	159	33	9	18	37	1.84
10614901--10615148	54	4.6	53	78	6	239	30	8	20	39	1.83
10614901--10615134	81	2.9	80	85	2	308	29	8	20	41	1.83
10614877--10615268	54	7.3	53	73	9	213	32	9	19	38	1.83
10620231--10620760	36	14.6	34	74	12	292	38	14	21	25	1.92
10620225--10620540	109	2.9	106	80	9	325	37	14	23	24	1.93
10620188--10620725	73	7.4	73	76	4	433	37	14	21	26	1.92
10620672--10620761	35	2.5	36	82	5	103	40	13	20	26	1.89
10621079--10621165	45	1.9	45	90	0	138	40	19	9	31	1.83
10624420--10624463	18	2.4	18	88	3	61	56	15	20	6	1.62
10625221--10625249	9	3.2	9	100	0	58	44	31	0	24	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10634319--10634415	35	2.8	35	79	3	106	22	16	42	18	1.89
10635512--10635688	31	5.7	31	93	0	302	29	26	15	28	1.96
10635712--10635843	42	3.1	42	97	0	246	34	20	14	31	1.92
10635993--10636062	25	2.8	25	88	0	104	25	22	25	25	2.00
10636875--10636945	27	2.7	26	77	12	81	23	22	19	33	1.97
10636959--10637175	27	8.0	27	77	10	138	32	8	17	41	1.79
10637050--10637208	54	2.9	54	82	3	178	30	11	18	39	1.86
10637054--10637208	81	1.9	81	83	7	199	30	11	17	40	1.85
10637053--10637215	27	6.0	27	75	7	107	30	11	19	38	1.87
10637207--10637431	27	8.3	27	87	2	281	40	6	23	30	1.79
10639047--10639125	7	11.7	7	72	5	56	41	39	0	18	1.51
10639047--10639126	28	3.0	27	78	8	83	41	40	0	18	1.51
10639359--10639906	140	3.9	140	87	2	735	33	23	16	26	1.96
10639142--10639928	140	5.6	140	79	7	734	33	22	17	26	1.96
10642636--10642677	13	3.2	13	83	12	59	21	33	30	14	1.93
10648818--10648906	28	3.2	28	79	6	108	28	15	33	22	1.95
10648818--10648931	56	2.0	56	89	0	174	28	18	30	21	1.97
10648836--10648931	28	3.4	28	74	5	95	30	19	27	22	1.98
10649009--10649103	32	3.0	32	82	0	118	34	8	26	30	1.86
10655028--10655129	28	3.6	28	81	5	107	28	17	30	23	1.97
10655028--10655154	56	2.3	56	87	0	173	29	19	28	22	1.98
10655055--10655154	28	3.6	28	80	0	119	31	20	26	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10655232--10655305	32	2.3	32	83	0	85	37	9	24	28	1.86
10655252--10655322	32	2.2	32	92	0	115	35	7	23	33	1.82
10659068--10659382	156	2.0	155	98	0	603	33	14	20	31	1.92
10665578--10665760	6	30.5	6	100	0	366	33	0	16	49	1.46
10669027--10669148	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
10668999--10669541	47	11.4	46	91	3	566	27	29	9	33	1.88
10668999--10669548	94	5.8	94	90	3	779	27	29	9	33	1.88
10669026--10669548	141	3.7	142	92	3	797	27	29	9	33	1.89
10671005--10671124	56	2.1	56	96	0	222	22	24	9	44	1.82
10674147--10674220	35	2.1	35	87	5	105	25	21	18	33	1.96
10674657--10674716	21	3.2	21	60	30	53	55	8	15	21	1.66
10674652--10674722	35	2.0	35	100	0	142	53	8	14	23	1.68
10677523--10677582	14	4.1	14	74	21	52	51	5	1	41	1.33
10678444--10678481	18	2.1	18	85	9	51	36	5	0	57	1.21
10678883--10678920	13	2.9	13	85	14	60	31	5	23	39	1.77
10680451--10680486	10	3.5	10	92	7	63	72	8	8	11	1.29
10680452--10680497	11	4.3	11	88	2	67	71	6	8	13	1.29
10680452--10680497	22	2.1	22	92	4	76	71	6	8	13	1.29
10680851--10680883	5	6.6	5	100	0	66	36	0	0	63	0.95
10680856--10680898	15	3.2	13	87	9	52	27	0	0	72	0.85
10681183--10681243	16	3.8	16	76	8	61	68	3	6	21	1.27
10681261--10681766	136	3.8	134	91	3	790	57	5	8	27	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10681552--10681606	23	2.4	23	79	8	60	60	3	3	32	1.32
10681663--10681863	97	2.1	94	96	0	312	57	4	9	27	1.50
10681530--10681998	233	2.0	232	95	2	836	57	5	8	27	1.52
10681761--10682133	135	2.8	136	94	2	671	57	5	9	27	1.52
10681394--10682333	367	2.6	368	96	1	1717	57	5	8	28	1.52
10682031--10682229	97	2.1	96	96	0	362	57	4	10	27	1.50
10681897--10682331	232	1.9	233	93	3	761	57	5	8	28	1.50
10684310--10684343	12	2.8	12	86	0	50	26	44	17	11	1.83
10688062--10688302	124	1.9	123	94	4	421	24	19	2	53	1.59
10688460--10688516	26	2.1	27	90	3	89	21	7	5	66	1.36
10690361--10691709	228	5.9	225	81	7	1066	30	22	23	23	1.99
10691037--10691068	16	2.0	16	100	0	64	25	6	37	31	1.81
10690817--10691523	244	3.0	243	81	8	835	28	21	24	25	1.99
10691053--10691709	227	2.9	226	83	5	788	30	20	24	24	1.98
10692749--10692791	19	2.4	18	84	7	52	0	25	2	72	0.97
10695804--10695908	26	4.0	26	93	0	183	32	7	23	36	1.83
10697485--10697642	27	5.9	27	82	12	184	18	25	21	34	1.96
10697482--10697624	53	2.7	54	93	4	245	17	25	23	34	1.96
10700645--10700691	24	2.0	24	83	8	60	23	21	25	29	1.99
10703829--10703936	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
10705514--10705654	27	5.2	26	80	11	151	17	23	23	35	1.95
10705510--10705672	54	3.0	54	90	2	240	18	23	22	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10705514--10705672	27	5.9	27	79	16	145	18	23	22	35	1.96
10705514--10705672	81	2.0	80	82	8	198	18	23	22	35	1.96
10707934--10708206	84	3.2	84	64	20	222	43	21	4	29	1.73
10707928--10708250	173	1.9	173	100	0	646	44	22	4	28	1.71
10711087--10711540	3	150.3	3	66	17	81	59	4	7	28	1.44
10711344--10711403	23	2.7	23	84	2	68	60	1	6	31	1.33
10711460--10711536	27	2.9	27	81	11	95	62	2	6	28	1.33
10711807--10711859	24	2.1	26	86	6	74	13	20	9	56	1.64
10711807--10711858	25	2.1	24	85	3	68	13	21	9	55	1.66
10711959--10712004	24	1.9	24	100	0	92	28	4	43	23	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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