genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27137736--27137793	23	2.9	19	75	22	57	8	22	29	39	1.84
27137750--27137829	23	3.5	23	92	0	133	13	21	27	37	1.91
27145835--27145940	23	4.6	23	78	0	113	16	18	20	43	1.88
27147504--27147552	21	2.3	21	78	3	53	44	24	0	30	1.54
27151840--27151869	15	2.0	15	100	0	60	33	26	13	26	1.93
27152410--27152503	24	3.8	24	79	10	75	62	0	17	20	1.32
27152455--27152515	27	2.3	27	94	5	106	52	0	18	29	1.45
27156701--27156798	47	2.1	47	96	0	178	53	6	4	36	1.45
27175553--27175712	56	2.9	56	89	0	239	27	14	23	34	1.94
27176266--27176298	15	2.2	15	94	0	57	21	0	24	54	1.45
27181803--27181844	22	2.0	20	90	9	66	33	0	19	47	1.49
27182346--27182532	70	2.7	69	84	3	230	29	4	31	33	1.79
27182346--27182551	35	5.9	35	75	5	139	30	4	30	34	1.77
27187770--27187803	17	1.9	18	94	5	61	23	35	23	17	1.95
27187854--27187900	18	2.6	18	83	6	60	19	48	23	8	1.75
27193163--27193202	21	1.9	21	85	10	55	17	52	10	20	1.72
27203861--27203885	5	5.0	5	100	0	50	60	20	0	20	1.37
27223109--27223143	17	2.1	17	100	0	70	54	5	22	17	1.64
27226382--27226439	29	2.0	29	100	0	116	37	0	13	48	1.43
27240337--27241138	132	6.1	131	82	4	893	26	24	19	28	1.99
27240442--27240913	44	10.8	44	66	12	220	24	25	20	28	1.99
27240335--27241092	261	2.9	261	88	1	1095	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27255385--27255435	24	2.1	24	85	7	68	7	23	15	52	1.68
27255385--27255435	12	4.2	12	72	18	52	7	23	15	52	1.68
27255399--27255445	24	2.0	24	82	0	58	10	29	10	48	1.71
27259307--27259346	17	2.4	16	88	12	62	72	0	0	27	0.85
27259310--27259349	22	1.9	20	85	10	53	72	0	0	27	0.85
27263956--27263991	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
27271503--27271558	27	2.1	27	86	6	78	37	14	23	25	1.92
27274004--27274138	56	2.4	56	97	0	252	33	23	15	27	1.95
27277125--27277164	21	1.9	21	85	10	55	12	2	2	82	0.87
27279955--27280012	13	4.5	13	84	0	80	37	27	8	25	1.85
27293855--27293912	29	2.0	28	86	3	80	39	5	3	51	1.41
27297708--27297752	19	2.4	19	85	7	56	31	24	8	35	1.86
27297903--27297941	12	3.2	12	79	13	53	46	17	25	10	1.80
27301204--27301282	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
27301401--27301576	47	3.7	47	89	1	246	27	31	9	31	1.88
27309996--27310557	44	12.7	43	68	12	198	28	18	26	26	1.98
27309994--27310583	177	3.3	174	79	10	601	28	18	25	26	1.98
27321767--27322208	224	2.0	224	90	0	706	28	13	22	35	1.92
27334745--27334802	24	2.5	23	81	16	66	62	0	5	32	1.18
27335073--27335230	49	3.2	48	95	2	273	31	7	31	30	1.85
27335348--27335426	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
27340673--27340792	38	3.1	38	80	2	132	35	24	20	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27341426--27341469	22	2.0	22	100	0	88	31	18	18	31	1.95
27343292--27343657	48	7.8	47	71	15	210	25	19	29	24	1.98
27343297--27343657	96	3.8	93	76	9	333	26	19	29	24	1.99
27343450--27343657	89	2.2	92	82	5	251	25	19	30	24	1.98
27343343--27343659	137	2.3	139	80	6	354	25	19	30	23	1.98
27355813--27355980	46	3.6	47	81	7	166	29	18	28	23	1.98
27360569--27360638	24	2.8	26	78	6	81	31	17	24	27	1.97
27365149--27365231	37	2.2	37	84	0	103	38	16	3	40	1.66
27368907--27369012	43	2.5	43	79	10	128	23	18	27	30	1.98
27376038--27376155	43	2.8	42	75	6	121	23	16	26	33	1.96
27378102--27378154	24	2.1	24	86	6	70	47	22	0	30	1.52
27382408--27382479	6	11.8	6	77	14	76	50	13	18	18	1.79
27382401--27382454	18	3.0	18	84	10	74	53	14	14	16	1.73
27382408--27382479	31	2.4	30	90	2	108	50	13	18	18	1.79
27382597--27382662	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
27382597--27382670	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
27382621--27382678	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
27382835--27382893	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
27382981--27383063	27	3.1	26	86	5	112	36	20	22	20	1.95
27383262--27383449	27	7.0	27	85	0	223	26	20	18	35	1.95
27383466--27384006	27	20.1	27	82	3	583	40	8	21	28	1.83
27385999--27386117	30	3.9	29	82	9	132	48	14	17	19	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27386020--27386096	6	12.8	6	81	15	97	50	14	15	19	1.78
27386239--27386304	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
27386239--27386312	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
27386263--27386320	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
27386605--27386684	27	3.0	26	85	3	97	36	20	22	21	1.95
27386902--27387070	27	6.3	27	85	0	194	24	18	18	37	1.93
27386911--27387078	54	3.1	54	84	4	223	26	17	17	38	1.92
27387087--27387629	27	20.1	27	83	3	619	40	8	21	28	1.83
27388991--27389033	17	2.5	17	82	14	52	74	9	4	11	1.20
27394019--27394061	20	2.2	20	95	0	77	60	13	20	4	1.51
27395075--27395107	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
27410531--27410623	17	5.9	16	74	16	70	18	5	2	74	1.11
27410530--27410623	12	8.4	11	70	18	61	18	5	2	74	1.11
27410531--27410623	5	17.8	5	72	22	68	18	5	2	74	1.11
27410531--27410586	26	2.2	26	90	6	87	16	3	1	78	0.97
27410531--27410573	9	4.9	9	78	16	54	18	2	0	79	0.85
27410670--27410694	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
27414393--27414452	30	2.0	30	83	0	75	20	33	21	25	1.97
27415640--27415716	40	1.9	40	92	5	129	32	25	15	25	1.96
27421334--27421453	29	4.2	29	92	1	188	30	30	12	26	1.93
27429178--27429261	41	2.1	41	88	6	127	33	25	17	23	1.97
27430802--27430877	39	1.9	40	86	7	111	32	23	15	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27434331--27434370	18	2.4	17	91	8	64	42	20	2	35	1.65
27434337--27434372	18	2.0	18	100	0	72	38	22	5	33	1.77
27438568--27438619	26	2.0	26	96	0	95	28	23	17	30	1.97
27440572--27440637	6	11.0	6	100	0	132	33	0	16	50	1.46
27440769--27441162	144	2.7	144	86	2	533	31	18	23	26	1.98
27440769--27441113	48	7.2	48	78	3	345	30	18	24	26	1.98
27440769--27441162	96	4.1	96	79	4	364	31	18	23	26	1.98
27445422--27445459	16	2.4	16	82	4	51	55	2	10	31	1.48
27447454--27447543	29	3.1	29	91	1	137	31	28	13	26	1.94
27447760--27447797	16	2.4	16	90	0	58	7	15	21	55	1.66
27451436--27451525	29	3.1	29	91	1	137	31	28	12	27	1.93
27451738--27451780	16	2.7	16	85	7	52	13	20	13	51	1.76
27452535--27452564	4	7.8	4	92	7	53	76	0	0	23	0.78
27455097--27455139	23	1.9	22	85	4	59	27	2	18	51	1.59
27457011--27457188	39	4.5	38	90	5	241	30	28	21	19	1.97
27462136--27462288	38	4.0	38	85	5	191	24	23	24	27	2.00
27462145--27462289	76	1.9	76	89	0	227	24	22	24	28	2.00
27479873--27479919	24	2.0	24	86	0	67	59	27	4	8	1.45
27482829--27482871	18	2.4	18	84	3	52	34	0	0	65	0.93
27482894--27482997	44	2.3	44	77	11	106	32	0	2	63	1.16
27482941--27482994	15	3.5	15	88	11	83	37	0	0	62	0.95
27482937--27482997	10	5.4	12	76	21	69	36	0	0	63	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27482943--27483026	35	2.5	31	84	9	96	33	4	0	61	1.17
27482933--27482980	12	3.8	12	82	15	60	35	0	0	64	0.94
27483166--27483215	19	2.7	18	79	11	55	38	2	6	54	1.37
27483287--27483333	19	2.4	19	86	10	60	19	0	8	72	1.10
27483358--27483392	18	1.9	18	88	0	52	17	0	5	77	0.96
27483431--27483630	106	1.9	106	82	6	253	32	6	12	49	1.65
27486496--27486535	17	2.3	17	86	4	53	42	20	0	37	1.52
27494883--27495154	47	5.8	48	71	14	185	27	17	29	25	1.98
27499354--27499432	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
27499551--27500316	47	16.2	47	95	2	1335	29	29	8	32	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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