genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.290.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97089791--97089919	46	2.8	46	89	0	195	20	20	27	30	1.98
97092011--97092035	12	2.1	12	100	0	50	32	24	0	44	1.54
97101825--97101936	29	4.0	27	72	16	84	27	33	12	26	1.92
97102011--97102058	19	2.6	19	86	3	62	18	35	16	29	1.93
97102161--97102204	8	5.6	8	81	5	54	11	22	13	52	1.72
97103442--97103479	8	4.8	8	86	0	58	13	2	31	52	1.54
97108226--97108288	33	1.9	33	100	0	126	49	6	20	23	1.72
97113187--97113276	27	3.3	27	85	0	108	13	14	36	35	1.85
97113178--97113291	27	4.2	27	77	4	95	14	15	35	34	1.89
97113178--97113291	54	2.1	54	80	0	129	14	15	35	34	1.89
97126218--97126252	18	1.9	18	94	0	61	22	28	37	11	1.89
97129036--97129074	13	2.9	14	84	7	53	15	0	15	69	1.20
97133948--97134037	20	4.3	20	80	6	90	12	28	18	40	1.87
97133947--97134016	20	3.4	20	82	7	95	11	30	20	38	1.87
97133947--97134037	42	2.2	41	84	5	112	12	28	19	39	1.88
97136019--97136044	9	2.9	9	100	0	52	23	23	19	34	1.96
97138582--97138755	35	5.0	35	91	2	269	31	7	19	41	1.79
97145480--97145587	40	2.7	40	89	0	171	18	30	17	33	1.94
97152610--97152683	6	12.5	6	77	11	73	2	20	0	77	0.90
97152889--97153696	228	3.5	227	86	4	1044	24	19	12	42	1.86
97153608--97153649	16	2.8	15	75	10	50	0	26	0	73	0.83
97158174--97158206	8	4.0	8	96	4	57	12	0	3	84	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97164983--97165028	23	2.0	23	95	0	83	50	17	2	30	1.58
97165627--97165713	38	2.3	38	90	4	131	17	44	12	25	1.83
97166171--97166256	3	28.3	3	73	19	65	30	3	1	65	1.17
97166170--97166256	27	3.4	27	71	19	78	29	3	1	65	1.16
97166171--97166260	18	4.7	18	80	13	92	31	3	1	64	1.17
97166420--97166633	119	1.8	114	80	11	256	30	5	6	57	1.46
97169055--97169101	19	2.5	19	89	6	69	27	21	8	42	1.81
97171880--97171906	6	4.5	6	100	0	54	55	14	29	0	1.40
97173097--97173215	61	1.9	64	89	8	192	32	16	13	36	1.88
97173398--97173597	68	2.9	68	87	4	287	30	23	19	27	1.98
97173757--97174503	132	5.7	132	79	8	761	30	18	25	25	1.98
97173655--97174503	176	4.8	176	86	6	849	30	18	25	25	1.98
97173655--97174502	44	19.3	44	76	7	648	30	18	25	25	1.98
97174729--97174766	4	9.5	4	100	0	76	76	0	0	23	0.79
97174794--97174853	13	4.7	13	68	4	50	15	50	15	20	1.79
97174836--97174886	22	2.3	22	96	0	93	27	50	9	11	1.70
97174766--97174855	38	2.4	38	98	0	171	16	48	12	22	1.79
97174960--97175000	21	2.0	21	95	4	75	4	0	26	68	1.10
97175333--97175413	3	26.3	3	74	18	62	29	3	1	65	1.17
97175333--97175417	12	6.8	13	76	19	76	30	3	1	64	1.17
97175333--97175413	18	4.2	18	80	12	90	29	3	1	65	1.17
97175333--97175419	27	3.4	27	71	16	76	31	3	1	64	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97175492--97175534	15	2.9	15	80	10	52	27	0	9	62	1.25
97180032--97180147	57	2.0	57	100	0	232	45	12	27	14	1.80
97184016--97184109	50	1.9	50	84	2	127	23	22	32	21	1.98
97184626--97184687	29	2.1	30	93	3	108	25	3	12	58	1.50
97191322--97191348	8	3.4	8	100	0	54	11	25	0	62	1.28
97191713--97191755	22	1.9	23	95	4	79	27	23	9	39	1.85
97204811--97204858	4	12.8	4	82	12	66	79	0	0	20	0.74
97204815--97204859	7	6.1	7	87	7	63	80	0	0	20	0.72
97204815--97204859	15	3.1	15	90	6	74	80	0	0	20	0.72
97205437--97205479	13	3.5	13	78	18	56	37	0	13	48	1.43
97205435--97205481	23	2.0	23	95	0	85	38	0	14	46	1.45
97209813--97209839	8	3.4	8	100	0	54	33	11	0	55	1.35
97215732--97215771	21	1.9	21	85	10	55	40	0	10	50	1.36
97216637--97216682	24	1.9	24	82	8	58	41	8	17	32	1.80
97223212--97223253	22	1.9	22	90	0	66	47	2	0	50	1.14
97226459--97226492	17	2.0	17	88	11	52	50	0	5	44	1.26
97228368--97228530	43	3.8	43	74	13	140	31	25	18	24	1.97
97228368--97228525	44	3.7	44	73	13	141	31	25	18	24	1.98
97233501--97233537	13	2.7	14	87	4	58	62	8	0	29	1.24
97237044--97237123	40	2.0	40	100	0	160	50	15	12	22	1.77
97237949--97237991	22	2.0	22	90	0	68	41	4	4	48	1.44
97246768--97246810	17	2.5	17	100	0	86	18	27	44	9	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97246929--97246970	23	1.9	21	85	9	57	28	0	0	71	0.86
97246933--97246965	16	2.1	15	94	5	57	27	0	0	72	0.85
97254659--97254860	40	5.1	40	88	5	286	26	27	23	21	1.99
97258938--97259066	44	3.0	42	77	13	120	24	17	25	33	1.96
97266546--97266701	43	3.6	42	76	10	136	23	16	25	33	1.96
97270295--97270439	40	3.6	40	83	4	175	24	25	23	26	2.00
97306139--97306193	18	3.0	18	79	12	51	20	9	7	63	1.47
97321370--97321419	25	2.0	24	85	11	66	42	2	2	54	1.23
97321695--97321752	29	1.9	30	82	6	73	37	10	12	39	1.77
97334112--97334200	42	2.1	43	87	4	128	23	32	22	21	1.98
97346714--97346754	21	1.9	22	85	5	57	41	14	0	43	1.45
97347966--97347995	15	1.9	16	93	6	53	20	20	6	53	1.67
97350527--97350599	26	2.8	26	83	4	94	21	21	19	36	1.95
97350540--97350680	25	5.6	25	69	9	83	20	24	20	34	1.96
97354113--97354169	20	3.0	18	74	20	62	66	5	3	24	1.28
97359173--97359205	17	2.0	17	88	5	50	6	0	30	63	1.18
97359233--97359267	4	8.8	4	100	0	70	77	0	0	22	0.78
97359448--97359519	28	2.5	27	72	18	65	48	1	0	50	1.09
97359459--97359517	30	2.0	30	83	12	77	50	1	0	47	1.11
97360833--97360902	28	2.5	29	86	6	99	61	8	0	30	1.26
97366188--97366325	40	3.5	39	78	8	138	32	24	15	26	1.96
97366188--97366325	41	3.5	40	80	4	138	32	24	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97367173--97367236	25	2.6	25	85	7	85	0	18	6	75	1.01
97368478--97368540	20	3.1	20	69	13	56	20	28	15	34	1.94
97368487--97368554	21	3.3	21	72	12	68	17	30	16	35	1.92
97368467--97368577	41	2.7	41	85	2	152	19	29	16	34	1.94
97369467--97369492	12	2.2	12	100	0	52	15	38	38	7	1.76
97373437--97373575	48	2.9	48	80	7	165	22	26	20	30	1.98
97383116--97383378	48	5.6	47	70	13	175	28	20	26	23	1.99
97395359--97395437	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
97395708--97395771	31	2.1	31	96	0	119	31	31	4	32	1.78
97395661--97395818	78	2.0	78	98	0	307	30	30	6	32	1.84
97395556--97395740	47	3.9	47	90	0	271	28	30	8	32	1.87
97395739--97395887	47	3.2	47	99	0	289	30	28	8	32	1.86
97395614--97395857	125	2.0	125	100	0	488	30	30	6	32	1.84
97395572--97395887	172	1.8	172	94	0	560	29	30	8	31	1.87
97402417--97402524	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
97406241--97406608	48	7.7	49	80	9	377	27	19	27	25	1.99
97406234--97406611	191	2.0	191	84	5	496	27	19	27	25	1.99
97414078--97414407	48	6.9	47	79	5	297	24	29	19	26	1.98
97414078--97414394	96	3.3	94	81	4	334	23	29	19	27	1.98
97414078--97414407	144	2.3	142	84	3	428	24	29	19	26	1.98
97423868--97424355	47	10.4	47	96	0	870	32	8	29	29	1.87
97423868--97424355	234	2.1	235	95	0	879	32	8	29	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97424474--97424552	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
97426367--97426496	40	3.3	40	91	3	201	23	20	29	26	1.99
97430050--97430257	47	4.4	47	91	1	317	32	9	30	28	1.88
97430375--97430452	36	2.1	37	88	6	115	25	19	30	24	1.98
97434515--97434692	27	6.6	27	78	3	169	26	15	28	28	1.96
97434516--97434671	82	1.9	81	84	3	206	26	16	28	28	1.97
97434512--97434692	82	2.2	81	80	2	202	27	16	28	28	1.97
97442547--97442723	27	6.6	27	78	5	169	27	15	28	28	1.96
97442547--97442723	55	3.3	54	82	4	205	27	15	28	28	1.96
97442544--97442723	82	2.2	80	80	3	200	27	16	27	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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