genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.155.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49983659--49983767	26	4.2	26	97	0	209	31	6	26	35	1.82
49985250--49985302	26	2.0	26	85	7	72	37	22	9	30	1.86
49988329--49988405	27	3.1	27	62	21	67	20	18	24	36	1.95
49988318--49988460	48	3.0	48	89	2	207	21	17	27	33	1.96
49990772--49990889	28	4.2	28	85	0	155	21	14	37	27	1.92
49990772--49990889	56	2.1	56	88	0	173	21	14	37	27	1.92
49991207--49991431	27	8.3	27	80	8	192	36	21	12	30	1.89
49991384--49991448	27	2.4	27	84	5	78	40	21	15	23	1.91
49991215--49991433	81	2.7	79	79	6	244	35	21	11	30	1.90
49991959--49992026	27	2.5	26	77	11	66	22	19	27	30	1.97
49994301--49994390	28	3.2	28	93	0	144	18	15	38	26	1.91
49994725--49994934	27	7.8	27	79	10	198	38	16	10	33	1.84
49994725--49994932	81	2.6	81	83	4	260	38	16	11	33	1.84
49998062--49998114	26	2.0	26	100	0	106	18	18	26	35	1.95
50000137--50000327	56	3.4	56	88	2	269	29	13	24	32	1.93
50001310--50001371	31	2.0	32	87	3	90	35	19	24	20	1.96
50002041--50002091	27	1.9	27	84	4	68	37	21	19	21	1.95
50002105--50002290	54	3.4	54	81	4	214	26	19	17	36	1.94
50002109--50002290	81	2.2	81	85	3	233	25	19	18	36	1.94
50002109--50002290	27	6.8	26	80	6	186	25	19	18	36	1.94
50003463--50003538	38	2.0	38	94	0	134	32	11	22	32	1.90
50004725--50004910	41	4.6	41	88	4	227	25	24	25	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50004727--50004880	81	1.9	82	85	6	215	25	24	25	24	2.00
50010991--50011046	28	2.0	28	82	3	67	16	19	42	21	1.89
50015775--50015998	40	5.7	40	85	6	278	25	27	22	24	2.00
50015775--50015998	79	2.8	78	86	8	301	25	27	22	24	2.00
50019690--50019874	79	2.3	81	82	7	218	24	23	27	24	2.00
50019691--50019874	40	4.6	39	80	9	194	25	23	27	23	2.00
50019743--50019907	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
50023664--50023702	21	1.9	20	89	5	60	35	0	10	53	1.35
50024399--50024481	41	2.0	42	86	6	116	26	10	16	45	1.80
50026532--50026568	18	2.1	17	90	10	56	67	0	16	16	1.23
50036114--50036335	39	5.6	39	85	5	252	25	27	21	24	1.99
50036114--50036335	78	2.8	78	85	8	281	25	27	21	24	1.99
50050203--50050597	150	2.6	151	87	2	562	30	25	18	25	1.98
50050200--50050597	50	7.9	50	76	2	332	30	25	18	25	1.98
50051260--50051318	30	2.0	30	82	0	73	27	27	6	38	1.81
50053610--50053655	15	3.1	14	87	9	65	52	13	19	15	1.75
50057125--50057511	50	7.7	50	80	2	355	31	26	16	25	1.96
50057125--50057511	101	3.8	99	78	2	378	31	26	16	25	1.96
50057117--50057554	151	2.9	151	87	1	590	32	26	16	24	1.96
50057169--50057554	50	7.6	52	78	4	263	32	26	16	24	1.96
50057123--50057556	101	4.3	101	78	3	300	32	26	15	25	1.96
50059627--50059789	85	1.9	85	81	2	193	25	19	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50060737--50060770	14	2.5	14	95	4	61	29	20	14	35	1.93
50061681--50061716	18	2.0	18	94	0	63	36	25	5	33	1.79
50071703--50071859	43	3.7	42	76	7	165	32	21	17	29	1.96
50073259--50073355	42	2.3	43	85	3	135	31	14	21	31	1.93
50076742--50076897	82	1.9	81	82	3	197	27	16	28	27	1.97
50076740--50076892	55	2.8	54	79	9	168	28	16	27	27	1.97
50076742--50076897	27	5.7	27	77	8	147	27	16	28	27	1.97
50076734--50076918	27	6.8	27	73	11	94	27	15	28	29	1.96
50076734--50076917	82	2.3	81	75	2	190	27	15	27	29	1.96
50088008--50088057	20	2.5	21	83	9	68	44	4	2	50	1.32
50088779--50088848	26	2.6	25	84	6	68	42	7	4	45	1.51
50088788--50088848	26	2.2	28	88	5	90	45	6	4	42	1.51
50088788--50088859	27	2.6	28	80	8	94	45	6	4	43	1.50
50092265--50092436	40	4.3	40	84	5	188	25	20	27	26	1.99
50092265--50092434	79	2.1	79	82	5	200	25	21	27	25	1.99
50092304--50092469	79	2.1	79	80	4	183	26	21	27	24	1.99
50100199--50100370	79	2.2	79	84	3	220	25	20	27	25	1.99
50100146--50100368	40	5.6	39	81	8	209	26	21	27	25	1.99
50100226--50100403	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
50106344--50106455	47	2.4	47	83	0	134	28	8	11	51	1.66
50110051--50110161	43	2.7	40	79	12	109	25	18	27	28	1.98
50112595--50113013	190	2.2	190	79	5	429	31	16	19	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50115354--50115402	21	2.3	21	100	0	98	18	4	24	53	1.62
50122426--50122477	25	2.1	25	88	0	77	15	13	34	36	1.87
50123585--50123852	48	5.6	48	82	3	290	25	18	29	26	1.98
50123585--50123852	96	2.8	96	82	2	331	25	18	29	26	1.98
50123585--50123853	144	1.9	144	85	3	371	25	18	29	26	1.98
50133562--50133634	30	2.4	30	81	0	83	53	19	17	9	1.71
50133562--50133634	15	4.9	15	81	0	65	53	19	17	9	1.71
50143078--50143226	73	2.0	73	92	2	246	39	14	14	30	1.87
50144278--50144365	23	3.9	22	92	4	106	22	0	28	48	1.51
50144292--50144365	23	3.2	23	98	0	139	20	0	31	48	1.50
50144257--50144324	16	4.2	16	69	16	50	20	0	27	51	1.48
50144292--50144380	46	1.9	45	81	6	106	22	0	28	49	1.50
50144468--50144499	16	2.0	16	100	0	64	37	0	25	37	1.56
50144458--50144527	19	3.8	19	81	11	83	37	1	18	42	1.59
50145062--50145316	126	2.0	126	88	0	375	36	16	16	30	1.91
50147734--50147998	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
50147701--50147998	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
50147930--50148007	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
50155263--50155527	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
50155230--50155527	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
50155459--50155536	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
50159478--50159518	18	2.3	18	91	0	64	41	7	29	21	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50161131--50161242	48	2.3	49	78	9	122	55	7	7	30	1.54
50161157--50161266	48	2.3	47	84	9	141	49	3	9	38	1.52
50161368--50161400	17	2.1	16	88	11	50	75	6	0	18	1.00
50167553--50167596	19	2.3	19	100	0	88	36	13	13	36	1.85
50172705--50172807	50	2.1	50	94	0	179	35	19	10	33	1.86
50174249--50174508	129	2.0	129	89	1	396	30	13	12	43	1.81
50177542--50177612	30	2.4	29	80	2	79	32	21	21	25	1.98
50182766--50182806	5	7.8	5	89	10	64	80	0	0	19	0.71
50182824--50182867	22	2.0	22	95	0	79	22	11	18	47	1.80
50185536--50185576	17	2.3	18	83	4	57	78	0	7	14	0.96
50188279--50188356	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
50188309--50188809	174	2.9	174	97	0	941	29	14	24	30	1.95
50192000--50192093	47	2.0	47	85	0	125	37	15	14	31	1.89
50195667--50195738	29	2.5	29	81	0	81	41	19	12	26	1.87
50197389--50197458	21	3.2	21	64	18	52	21	14	25	38	1.91
50197381--50197471	45	2.0	45	93	0	155	23	14	25	37	1.92
50203813--50203898	45	1.9	45	90	0	136	27	15	23	33	1.94
50211540--50211965	47	9.1	47	92	0	620	34	10	28	26	1.89
50211939--50212029	46	2.0	46	88	0	137	34	6	30	28	1.83
50230864--50230940	40	1.9	40	100	0	154	19	11	12	55	1.67
50231286--50231421	65	2.1	67	85	2	186	13	28	14	43	1.83
50233185--50233220	5	7.2	5	87	0	54	41	19	0	38	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50236167--50236191	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
50238067--50238145	25	3.3	25	69	16	85	35	3	29	31	1.75
50238042--50238195	47	3.3	47	93	0	272	33	7	29	29	1.84
50242466--50242641	46	3.8	46	77	7	185	23	21	26	28	1.99
50242462--50242633	93	1.8	93	89	0	272	23	22	27	27	1.99
50244183--50244350	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
50244206--50244350	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
50247620--50247797	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
50247621--50247776	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
50247617--50247797	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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