genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.164.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52970829--52970954	28	4.5	28	90	4	175	26	12	27	32	1.93
52970857--52970967	28	4.0	27	90	3	116	28	11	26	33	1.91
52979387--52979504	35	3.4	35	80	0	137	25	25	21	27	1.99
52986629--52986813	79	2.3	81	83	7	227	24	27	22	24	2.00
52986629--52986813	40	4.7	40	82	7	225	24	27	22	24	2.00
53011546--53011574	13	2.3	13	94	5	51	58	10	0	31	1.31
53017214--53017423	46	4.5	47	77	14	161	28	16	29	25	1.97
53017347--53017528	96	1.9	98	82	7	237	25	19	30	24	1.98
53025861--53025952	38	2.4	38	88	0	139	40	17	14	28	1.88
53027448--53027575	46	2.7	48	84	12	183	39	8	0	51	1.33
53028910--53028954	20	2.1	23	84	12	60	37	0	13	48	1.42
53029073--53029263	101	1.9	101	86	2	276	31	16	24	28	1.96
53029073--53029292	101	2.2	101	84	4	266	30	16	25	27	1.97
53043733--53043881	78	1.9	79	83	6	196	44	10	7	37	1.67
53044149--53044247	10	10.6	9	68	18	51	61	2	4	32	1.26
53044441--53044521	28	2.8	28	81	11	83	29	3	2	64	1.24
53044501--53044603	19	5.3	19	72	19	79	35	0	0	62	1.09
53044557--53044604	10	4.9	10	76	5	53	33	0	2	64	1.05
53044532--53044602	29	2.5	28	77	8	74	35	0	1	63	1.03
53044768--53044818	25	2.0	25	84	3	66	43	1	11	43	1.52
53049176--53049270	28	3.4	28	76	0	91	17	13	29	38	1.89
53057234--53057272	19	2.1	19	100	0	78	33	10	25	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53057716--53057776	17	3.5	17	68	16	52	34	3	3	59	1.30
53061755--53061803	18	2.7	19	81	12	59	32	10	18	38	1.84
53068044--53068088	18	2.5	18	85	7	56	17	22	37	22	1.94
53069021--53069069	18	2.7	18	84	12	57	32	14	16	36	1.89
53072195--53072471	40	6.9	40	92	0	455	24	28	20	26	1.99
53079441--53079715	40	6.9	40	92	0	446	24	28	20	26	1.99
53086676--53086952	40	6.9	40	92	0	455	24	28	20	26	1.99
53099179--53099286	26	4.2	26	93	0	180	33	7	23	36	1.83
53100871--53101014	54	2.7	54	93	2	245	17	24	23	34	1.96
53100874--53101032	27	5.9	27	82	11	184	18	24	22	34	1.96
53100874--53101032	81	2.0	80	84	8	207	18	24	22	34	1.96
53102552--53102751	106	1.9	105	95	1	364	25	26	17	31	1.97
53108013--53108108	23	4.2	22	81	5	93	15	15	29	39	1.88
53108013--53108108	46	2.1	46	84	3	122	15	15	29	39	1.88
53110341--53110455	50	2.3	50	93	0	194	17	40	19	22	1.91
53120407--53120441	17	2.0	18	88	5	54	17	37	25	20	1.94
53131405--53131509	43	2.4	43	93	0	183	27	29	17	25	1.97
53132126--53132156	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
53132652--53132678	14	1.9	14	100	0	54	44	22	0	33	1.53
53139954--53139980	14	1.9	14	100	0	54	44	22	0	33	1.53
53140546--53140582	19	1.9	19	94	0	65	29	32	8	29	1.86
53148183--53148238	26	2.2	26	100	0	112	42	33	7	16	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53150599--53150749	74	2.0	74	96	0	275	25	30	17	25	1.98
53155131--53155160	15	2.0	15	93	0	51	43	6	3	46	1.46
53156894--53156937	22	2.1	22	91	8	74	29	13	29	27	1.94
53158584--53158617	17	2.0	17	88	0	50	64	0	0	35	0.94
53159110--53159270	77	2.1	77	100	0	322	53	3	4	37	1.41
53159896--53160020	61	2.0	60	79	11	130	28	4	4	61	1.37
53160306--53160352	17	2.8	16	81	15	51	25	2	6	65	1.27
53160339--53160388	13	4.1	12	78	14	57	30	4	0	66	1.10
53160489--53160730	126	1.9	126	94	0	430	29	17	15	37	1.90
53162527--53162806	140	2.0	140	98	1	546	22	16	26	34	1.95
53172157--53172680	45	11.6	45	67	13	195	28	20	24	25	1.99
53172148--53172613	135	3.5	133	85	4	567	28	21	23	27	1.99
53172902--53172965	29	2.2	29	83	5	85	31	50	1	17	1.55
53172931--53173005	37	2.0	37	94	0	132	28	53	1	17	1.52
53173755--53173807	21	2.6	21	81	3	63	28	5	3	62	1.35
53173949--53174181	126	1.8	126	96	0	430	28	17	16	37	1.91
53174638--53174690	21	2.5	21	81	3	61	52	5	9	32	1.57
53181854--53182222	184	2.0	184	98	0	720	36	13	14	35	1.85
53182979--53183024	16	2.9	17	84	15	64	50	0	6	43	1.28
53193232--53193299	33	2.1	33	91	0	109	25	10	35	29	1.89
53196742--53196906	90	1.8	90	82	2	215	26	26	19	28	1.99
53196836--53196950	42	2.7	42	84	0	131	28	26	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53196968--53197088	48	2.5	48	86	5	156	24	28	18	28	1.98
53197844--53197892	25	2.0	25	100	0	98	28	32	8	30	1.86
53205432--53205505	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
53214628--53214694	29	2.3	29	75	14	66	46	1	20	31	1.60
53220005--53220058	25	2.1	26	83	10	67	33	7	11	48	1.67
53224767--53224822	27	2.1	27	96	0	103	32	7	17	42	1.77
53226649--53226702	25	2.1	26	86	3	74	35	7	11	46	1.67
53237948--53238139	47	4.1	47	90	1	278	32	11	30	25	1.91
53238125--53238248	46	2.7	46	88	0	176	35	9	29	25	1.88
53241427--53241528	40	2.6	40	90	4	154	27	23	27	21	1.99
53249262--53249443	40	4.6	40	88	2	251	25	20	27	26	1.99
53249262--53249410	40	3.7	40	91	0	253	24	20	27	27	1.99
53252954--53252987	18	1.9	18	88	5	52	47	8	8	35	1.66
53264310--53264461	42	3.6	41	80	7	169	34	17	21	27	1.95
53266416--53266637	40	5.6	40	92	1	365	22	28	21	27	1.99
53274795--53275010	39	5.6	39	92	6	350	22	29	22	25	1.99
53274795--53275010	79	2.8	74	92	4	342	22	29	22	25	1.99
53283036--53283204	38	4.3	38	83	10	200	22	28	19	29	1.98
53282985--53283201	38	5.5	36	79	13	166	21	28	20	29	1.98
53290230--53290449	40	5.6	40	90	3	347	22	28	21	27	1.99
53297447--53297594	40	3.7	40	97	0	269	21	27	20	31	1.98
53304993--53305051	30	2.0	30	100	0	118	25	6	16	50	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53310601--53310629	14	2.1	14	100	0	58	55	13	6	24	1.63
53313885--53313974	28	3.2	28	84	12	130	27	31	11	30	1.91
53317498--53317556	16	3.7	16	90	0	91	49	13	22	15	1.79
53317498--53317556	8	7.4	8	75	7	57	49	13	22	15	1.79
53317653--53317689	19	1.9	19	94	0	65	35	13	32	18	1.90
53317768--53317884	28	4.1	30	78	12	115	26	13	32	27	1.94
53317775--53317885	57	1.9	57	92	0	186	24	14	35	26	1.94
53321648--53321875	40	5.7	40	97	0	420	31	20	26	21	1.98
53326028--53326064	19	1.9	19	94	0	65	35	18	35	10	1.86
53326154--53326288	29	4.7	29	84	8	172	25	15	34	24	1.95
53326154--53326288	57	2.4	58	85	9	172	25	15	34	24	1.95
53331482--53331654	46	3.8	45	78	10	188	21	18	30	30	1.97
53331475--53331646	93	1.8	93	93	0	299	20	19	30	29	1.97
53337288--53337341	24	2.2	24	84	12	67	29	37	16	16	1.91
53344143--53344366	40	5.7	40	80	8	226	25	27	21	25	1.99
53344143--53344366	79	2.8	80	80	7	235	25	27	21	25	1.99
53351895--53352119	40	5.7	40	82	6	224	25	27	21	25	1.99
53355968--53356021	24	2.2	24	84	12	67	29	37	16	16	1.91
53362752--53362813	32	2.0	31	87	3	88	58	6	19	16	1.59
53363444--53363483	21	2.0	20	90	5	62	35	0	22	42	1.54
53363449--53363491	21	2.1	21	83	12	54	32	2	20	44	1.65
53380246--53380367	43	2.9	42	81	7	156	30	14	25	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53385909--53385950	20	2.0	21	82	13	52	33	2	21	42	1.66
53403823--53403913	40	2.3	40	84	0	119	27	17	23	31	1.97
53403842--53403971	41	3.2	41	80	5	115	28	19	21	30	1.97
53409867--53410036	44	3.9	44	75	8	161	31	26	15	27	1.96
53412028--53412203	46	3.8	46	75	12	189	19	19	29	30	1.97
53412025--53412196	93	1.8	93	92	0	290	20	20	29	29	1.97
53415183--53415248	34	1.9	34	81	0	78	28	21	22	27	1.99
53421299--53421515	40	5.7	38	81	13	223	26	22	26	24	2.00
53421299--53421515	73	2.8	76	85	8	287	26	22	26	24	2.00
53427429--53427650	40	5.7	40	87	8	253	25	27	22	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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