genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.300.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100508318--100508375	20	2.9	20	78	0	62	18	22	17	41	1.90
100514343--100514394	27	2.0	26	84	3	68	17	26	23	32	1.96
100521008--100521182	49	3.5	49	84	3	251	29	27	18	24	1.98
100521001--100521189	100	1.9	100	96	0	351	29	27	19	24	1.98
100524823--100524872	24	2.1	24	100	0	100	28	4	24	44	1.72
100526976--100527139	42	3.9	42	82	4	186	32	15	23	29	1.95
100526976--100527136	85	1.9	84	83	1	205	32	14	23	29	1.95
100534229--100534274	24	1.9	24	86	0	65	23	6	15	54	1.64
100534245--100534582	169	2.0	169	97	0	631	36	12	5	45	1.65
100535388--100535468	30	2.7	31	78	5	85	35	1	9	53	1.42
100549527--100549577	19	2.5	21	84	6	61	33	19	9	37	1.85
100549539--100549577	21	1.9	21	89	5	62	30	20	10	38	1.86
100556571--100556641	37	1.9	37	86	11	101	36	1	4	57	1.27
100556708--100556745	7	5.7	7	84	9	53	47	2	0	50	1.15
100556708--100556767	13	5.0	13	74	25	53	46	1	0	51	1.10
100556708--100556769	6	10.5	6	76	23	53	48	1	0	50	1.10
100558670--100558700	9	3.4	9	90	0	53	25	6	19	48	1.72
100558677--100558855	95	1.8	98	88	4	274	37	8	9	44	1.67
100563975--100564024	17	2.8	18	79	8	59	52	4	0	44	1.20
100582045--100582088	22	2.0	22	100	0	88	36	18	13	31	1.90
100583966--100584087	43	2.9	43	80	4	131	31	24	13	30	1.94
100585744--100585786	10	4.1	10	82	11	50	58	4	0	37	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100585744--100585787	22	2.0	22	90	0	70	56	4	0	38	1.20
100588060--100588188	50	2.5	51	90	5	199	35	16	22	25	1.94
100588164--100588341	31	5.8	31	88	5	254	27	19	26	26	1.99
100588164--100588333	60	2.8	61	86	7	236	28	18	26	26	1.98
100588166--100588331	91	1.8	91	90	0	269	28	18	26	26	1.98
100588340--100588368	7	4.1	7	100	0	58	44	13	27	13	1.82
100588373--100588537	47	3.7	46	84	6	160	28	15	26	29	1.96
100588467--100588581	42	2.7	42	88	6	162	31	14	26	27	1.95
100589758--100589826	34	2.0	34	94	0	120	15	21	24	37	1.93
100591923--100591963	7	5.9	7	86	11	57	51	2	14	31	1.56
100610848--100610895	20	2.5	20	86	10	64	66	0	6	27	1.15
100619316--100619403	42	2.1	42	100	0	176	23	18	20	37	1.94
100620157--100620229	35	2.1	35	100	0	146	27	19	8	45	1.78
100627587--100627634	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
100627644--100627739	42	2.3	43	94	3	169	30	3	14	52	1.57
100629462--100629493	15	2.1	15	100	0	64	34	18	9	37	1.83
100630451--100630498	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
100630515--100630603	42	2.1	42	89	4	135	31	5	10	52	1.58
100631591--100631804	119	1.8	112	82	6	266	51	11	5	31	1.60
100631688--100631831	71	2.0	73	81	8	170	54	11	4	29	1.55
100631846--100631880	18	1.9	18	88	0	52	74	8	0	17	1.06
100631905--100631943	21	1.9	19	85	10	51	74	7	0	17	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100632256--100632309	12	4.2	12	75	13	54	66	3	1	27	1.19
100633781--100634450	90	7.5	90	92	0	1038	26	25	15	31	1.96
100633782--100634472	45	15.4	45	65	16	272	27	25	15	31	1.96
100642898--100643082	40	4.7	40	84	6	216	26	26	22	24	2.00
100642898--100643082	79	2.3	81	82	7	209	26	26	22	24	2.00
100648274--100648318	23	2.0	23	81	0	54	40	6	11	42	1.67
100648419--100648447	12	2.3	13	94	5	51	75	0	0	24	0.80
100652447--100653090	47	13.6	47	93	1	1072	33	8	28	29	1.86
100652447--100653090	143	4.5	141	94	1	1072	33	8	28	29	1.86
100652447--100653090	190	3.4	189	93	2	1089	33	8	28	29	1.86
100660383--100660427	23	2.0	23	81	0	54	40	6	11	42	1.67
100660427--100660456	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
100664251--100664464	119	1.8	112	83	6	275	51	11	5	31	1.60
100664348--100664491	71	2.0	73	81	8	170	54	11	4	29	1.55
100664506--100664540	18	1.9	18	88	0	52	74	5	2	17	1.14
100664565--100664603	21	1.9	19	85	10	51	74	7	0	17	1.05
100664917--100664988	12	6.2	12	71	18	55	68	2	0	29	1.04
100664919--100664967	14	2.8	19	68	28	54	65	2	0	32	1.04
100664908--100664972	19	3.7	19	69	26	61	63	4	0	32	1.15
100664907--100664979	33	2.2	33	85	0	101	65	4	0	30	1.11
100666123--100666155	15	2.1	17	88	11	52	18	3	39	39	1.66
100668002--100668038	19	1.9	19	88	0	56	29	29	8	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100668422--100668477	28	2.0	29	89	3	87	35	14	19	30	1.91
100675387--100675439	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
100676914--100676998	26	3.2	26	94	1	143	36	23	5	34	1.79
100682418--100682470	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
100683953--100684036	26	3.2	26	96	0	150	35	23	5	34	1.80
100684377--100684455	33	2.4	33	89	2	113	34	1	7	56	1.35
100685443--100685519	21	3.5	23	77	13	81	15	20	24	38	1.92
100688273--100688299	14	1.9	14	100	0	54	33	37	7	22	1.82
100690459--100690582	49	2.6	49	80	1	151	22	26	20	30	1.98
100690595--100690765	46	3.7	45	79	7	150	24	26	19	29	1.98
100692131--100692163	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
100692426--100692464	8	5.1	8	81	12	55	61	0	2	35	1.10
100693930--100694207	45	6.2	44	69	12	129	28	17	22	31	1.97
100694191--100694836	143	4.5	143	87	0	907	27	22	19	30	1.98
100694702--100694829	44	2.9	44	79	5	134	28	23	18	29	1.98
100695266--100695458	46	4.2	46	88	4	248	27	23	15	33	1.95
100695886--100695975	27	3.4	26	68	15	76	58	7	12	21	1.58
100699345--100699756	46	9.0	46	94	2	605	40	15	23	21	1.91
100700880--100700927	17	2.8	17	78	6	53	6	0	14	79	0.92
100701865--100702106	3	79.7	3	75	9	156	27	7	1	63	1.30
100702110--100702144	18	1.9	18	94	0	61	31	22	2	42	1.68
100704836--100704948	43	2.6	43	85	2	138	24	15	26	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100711871--100711963	24	3.9	23	76	10	98	15	23	21	39	1.91
100711871--100711951	23	3.4	24	81	5	74	14	23	20	40	1.90
100721591--100721678	19	4.8	19	86	8	128	36	14	10	38	1.80
100721591--100721673	35	2.3	36	87	6	123	36	14	10	38	1.81
100722279--100722451	88	2.0	85	80	5	195	31	20	16	32	1.94
100722073--100722657	207	2.8	206	90	1	904	30	22	17	30	1.96
100722778--100722937	84	1.9	84	88	0	239	26	21	21	30	1.98
100723878--100723935	8	7.6	8	82	5	59	3	8	1	86	0.76
100723878--100723937	7	8.4	7	83	7	52	3	8	1	86	0.74
100729700--100729825	19	6.9	18	88	5	175	36	15	11	37	1.83
100729700--100729817	35	3.3	35	95	3	200	36	14	11	37	1.83
100729700--100729822	17	6.8	18	87	10	96	36	14	11	37	1.82
100730771--100730808	18	2.2	18	85	4	51	50	2	0	47	1.15
100730778--100730815	18	2.2	18	85	4	51	47	2	0	50	1.15
100734998--100735248	41	6.1	41	83	4	274	32	30	19	17	1.95
100734998--100735255	123	2.1	123	85	2	349	33	29	18	17	1.95
100734998--100735248	82	3.1	81	82	3	306	32	30	19	17	1.95
100743480--100743518	20	2.0	19	85	5	51	61	2	0	35	1.10
100746398--100746724	48	6.7	47	94	2	492	30	39	7	22	1.82
100746641--100746735	24	4.0	24	68	10	77	29	35	8	26	1.86
100746713--100746891	33	5.7	33	75	11	160	29	35	11	24	1.90
100746688--100747027	57	6.0	57	75	12	259	27	37	11	23	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100746894--100746956	24	2.6	24	77	5	65	17	44	15	22	1.86
100746938--100747045	57	1.9	57	84	3	146	25	39	13	21	1.90
100746640--100747078	228	1.9	228	80	2	515	26	37	11	23	1.90
100747122--100747157	18	2.0	18	89	10	56	22	47	5	25	1.73
100747165--100747287	60	2.0	60	93	3	212	18	48	5	26	1.70
100747226--100747266	18	2.3	18	86	0	55	12	48	7	31	1.68
100747184--100747309	60	2.1	60	83	5	157	20	44	8	26	1.80
100754309--100754349	6	6.7	6	83	5	55	78	0	0	21	0.76
100772345--100772389	22	2.0	23	82	4	56	55	0	6	37	1.26
100776529--100776581	26	2.0	26	100	0	106	30	11	3	54	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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