genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.219.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71590659--71590787	57	2.3	58	93	2	217	33	25	11	29	1.91
71597793--71597904	42	2.7	41	87	8	154	27	24	29	18	1.98
71602991--71603039	25	2.0	25	83	0	62	59	6	0	34	1.22
71602993--71603070	32	2.4	34	80	6	90	56	5	2	35	1.35
71605677--71605733	29	2.0	29	89	0	87	47	5	21	26	1.71
71614455--71614613	43	3.7	42	73	10	135	25	18	25	31	1.97
71620023--71620048	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
71631743--71631907	90	1.8	90	81	10	203	26	18	27	26	1.98
71640518--71640629	42	2.7	41	86	10	147	28	24	28	18	1.98
71645724--71645772	25	2.0	25	83	0	62	59	6	0	34	1.22
71645726--71645803	32	2.4	34	80	6	90	56	5	2	35	1.35
71648412--71648468	29	2.0	29	89	0	87	47	5	21	26	1.71
71657153--71657311	43	3.7	42	73	10	135	25	18	25	31	1.97
71664923--71665079	44	3.7	44	77	12	159	25	15	25	33	1.96
71678917--71679088	46	3.8	45	76	8	168	22	30	22	24	1.99
71684994--71685121	48	2.7	48	90	0	193	36	7	25	30	1.84
71685005--71685148	48	3.0	47	84	6	182	35	8	26	29	1.86
71685278--71685348	37	1.9	37	97	0	133	22	22	32	22	1.98
71689195--71689365	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
71689199--71689370	46	3.7	46	81	10	206	22	20	27	29	1.98
71689595--71689632	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
71695630--71695718	34	2.4	38	72	20	96	28	24	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71704899--71705003	53	2.0	53	86	0	147	38	18	23	20	1.93
71706366--71706436	35	2.0	35	100	0	142	25	26	22	25	2.00
71716486--71716594	40	2.7	40	81	9	141	28	18	26	26	1.98
71718916--71719067	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
71718916--71719067	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
71723820--71723898	42	1.9	42	82	5	99	29	24	13	32	1.94
71724401--71724452	26	2.0	25	85	14	70	30	28	3	36	1.75
71736265--71736381	41	2.9	40	80	11	114	27	2	20	49	1.62
71736463--71736536	29	2.6	29	88	0	112	39	5	22	32	1.77
71739052--71739124	8	10.0	7	75	19	60	73	0	26	0	0.83
71739031--71739116	4	22.0	4	72	25	69	73	2	23	1	1.02
71739031--71739124	22	4.2	22	87	5	109	72	2	24	1	1.02
71739963--71740071	37	2.8	39	79	9	123	26	14	22	36	1.93
71742232--71742368	46	3.0	46	86	0	193	25	30	8	35	1.86
71742342--71742533	47	4.1	47	89	0	267	25	31	11	31	1.92
71747580--71747614	17	2.1	17	100	0	70	65	0	5	28	1.15
71748300--71748340	17	2.5	17	84	7	59	75	0	4	19	0.98
71748300--71748340	16	2.4	18	76	15	52	75	0	4	19	0.98
71758744--71758944	46	4.3	46	68	18	128	25	26	19	28	1.99
71763788--71763826	20	1.9	21	89	5	62	41	0	0	58	0.98
71763809--71763863	26	2.2	25	86	3	74	29	1	0	69	0.99
71763825--71763867	17	2.5	17	76	3	50	32	2	0	65	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71764906--71765010	16	6.2	16	68	17	61	62	3	0	33	1.13
71764910--71764948	20	2.0	20	89	0	60	66	2	0	30	1.05
71764963--71765010	15	3.1	15	85	11	62	60	4	0	35	1.16
71766337--71766414	40	2.0	40	82	10	97	34	24	14	26	1.93
71766806--71766861	14	3.9	14	79	9	51	26	0	26	46	1.53
71766876--71766934	14	4.2	14	75	16	50	20	0	38	40	1.53
71766823--71766923	29	3.5	29	75	12	77	22	0	32	44	1.53
71766888--71766927	21	1.9	21	85	10	55	15	0	45	40	1.46
71766960--71767008	22	2.2	23	78	10	57	30	0	16	53	1.43
71766989--71767024	15	2.5	14	90	4	54	22	0	25	52	1.47
71767004--71767051	14	3.4	14	80	5	51	22	0	31	45	1.53
71767017--71767062	22	2.1	22	87	0	65	28	0	36	34	1.58
71767024--71767053	15	2.0	15	93	0	51	26	0	36	36	1.57
71767546--71767584	18	2.1	18	85	4	51	25	38	0	35	1.56
71769973--71770006	16	2.2	15	89	5	50	29	8	20	41	1.82
71775142--71775166	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
71776657--71776689	17	2.0	17	88	5	50	51	6	15	27	1.66
71777789--71777863	33	2.3	32	79	6	87	32	16	25	26	1.96
71777686--71777889	105	2.0	104	79	6	225	32	16	24	26	1.96
71781469--71781530	26	2.6	25	80	12	76	43	20	19	16	1.88
71785481--71785533	26	1.9	29	88	11	85	35	0	0	64	0.94
71787531--71787664	43	2.9	45	81	8	155	23	18	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71788521--71788578	24	2.4	24	82	5	64	56	1	1	39	1.19
71788608--71788640	17	1.9	17	93	0	57	51	3	0	45	1.16
71788631--71788697	35	1.9	35	87	6	100	44	0	5	49	1.27
71803510--71803773	39	6.6	41	87	7	300	27	21	27	24	1.99
71803510--71803773	80	3.3	80	83	8	283	27	21	27	24	1.99
71803562--71803806	79	3.1	79	81	8	225	28	20	27	24	1.99
71807201--71807242	21	2.0	21	85	0	57	45	2	16	35	1.61
71807727--71807856	24	5.3	24	72	13	86	15	21	20	43	1.88
71807799--71807866	24	2.8	24	82	4	75	14	20	20	44	1.87
71807727--71807871	74	2.0	72	84	11	188	16	22	19	42	1.89
71812574--71812628	20	2.9	19	74	15	60	30	10	20	38	1.87
71814972--71815022	23	2.2	24	89	3	77	64	1	5	27	1.27
71815496--71815543	21	2.2	23	85	7	64	31	4	4	60	1.35
71815986--71816405	207	2.0	207	100	0	840	28	19	21	30	1.97
71828127--71828158	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
71828369--71828755	50	7.7	50	75	7	284	31	25	17	26	1.97
71828570--71828798	52	4.5	49	79	10	230	34	24	15	25	1.95
71828364--71828798	151	2.9	151	85	3	561	32	24	16	26	1.96
71831762--71831821	15	4.1	14	82	8	66	53	13	20	13	1.72
71831763--71831821	30	2.0	30	83	6	75	52	13	20	13	1.74
71833972--71834003	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
71834214--71834339	50	2.5	50	85	2	173	29	26	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71838010--71838113	43	2.5	42	80	1	127	21	30	23	25	1.99
71839158--71839216	16	3.9	15	76	14	59	74	1	22	1	1.00
71839150--71839217	23	2.9	25	77	12	65	70	1	25	2	1.09
71839155--71839203	26	2.0	25	88	8	73	71	0	26	2	0.97
71840893--71841003	53	2.1	53	100	0	222	31	22	10	35	1.89
71849360--71849403	23	2.0	23	90	4	72	63	0	29	6	1.20
71859303--71859563	38	6.8	38	82	0	279	26	14	18	40	1.89
71863478--71863525	3	15.7	3	79	12	53	64	0	31	4	1.12
71869102--71869279	27	6.6	27	82	3	169	29	27	16	26	1.97
71869102--71869279	54	3.3	55	81	5	193	29	27	16	26	1.97
71874926--71875319	142	2.8	143	94	1	659	28	29	8	32	1.87
71874926--71875319	47	8.3	47	92	2	619	28	29	8	32	1.87
71875292--71875361	34	2.1	34	97	0	131	27	24	11	37	1.89
71882247--71882469	40	5.6	39	82	5	216	27	27	20	24	1.99
71882245--71882469	80	2.8	79	82	6	240	27	28	20	24	1.99
71882247--71882469	120	1.9	119	83	4	288	27	27	20	24	1.99
71888187--71888235	24	2.0	24	96	0	89	26	26	16	30	1.97
71888315--71888363	21	2.2	23	82	7	57	59	18	0	22	1.38
71891984--71892033	24	2.1	24	88	0	73	26	24	16	34	1.95
71895038--71895132	45	2.1	45	86	3	129	30	24	22	23	1.99
71895106--71895428	43	7.5	43	92	0	538	31	33	24	10	1.89
71902721--71902809	27	3.3	27	88	0	133	26	15	20	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71902716--71902998	54	5.2	54	84	3	223	31	11	19	38	1.87
71902761--71903021	27	9.7	27	84	4	303	31	8	19	39	1.83
71903338--71903401	28	2.3	28	91	0	101	25	35	18	20	1.95
71907841--71907890	25	2.0	25	100	0	100	48	16	4	32	1.64
71918554--71918592	17	2.3	17	95	0	69	43	7	5	43	1.55
71918819--71918924	28	3.6	28	85	5	140	31	24	11	33	1.91
71918832--71918924	32	3.0	32	89	6	131	31	24	11	32	1.91
71918967--71919042	40	1.9	40	86	5	109	36	26	13	23	1.91
71922940--71922988	21	2.3	21	82	0	62	42	26	6	24	1.78
71932610--71932712	51	2.0	51	83	9	129	40	0	15	42	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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