genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.284.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94973648--94973823	78	2.2	80	80	6	191	25	21	28	24	1.99
94981392--94981612	39	5.7	40	82	9	224	24	20	28	26	1.99
94981468--94981645	78	2.3	78	82	1	205	25	20	28	25	1.99
94983393--94983574	40	4.7	39	83	9	203	25	28	22	23	1.99
94983395--94983574	78	2.3	78	83	6	213	25	28	22	23	2.00
94991480--94991660	40	4.6	40	83	6	217	25	28	21	24	1.99
94991486--94991660	79	2.2	80	82	8	214	24	28	22	24	1.99
94997940--94998249	39	8.0	39	91	0	487	23	29	25	21	1.99
94997940--94998249	116	2.7	117	91	0	505	23	29	25	21	1.99
94999624--94999682	29	2.0	29	100	0	118	38	3	20	37	1.69
95005877--95005935	30	2.0	30	93	6	104	57	0	16	25	1.39
95012873--95012940	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
95012762--95013089	174	1.9	174	96	0	602	30	24	14	29	1.95
95013042--95013120	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
95015016--95015174	27	5.9	27	80	11	166	33	21	25	18	1.96
95015034--95015177	54	2.7	54	90	2	227	34	22	25	17	1.96
95016789--95016896	26	4.2	26	90	4	173	36	23	7	33	1.83
95022137--95022293	27	5.8	27	79	10	160	33	21	25	20	1.97
95022153--95022296	54	2.7	54	90	4	220	32	22	25	18	1.97
95022709--95022738	8	3.8	8	90	0	51	3	26	26	43	1.70
95025813--95025906	38	2.5	38	92	0	152	27	27	14	29	1.96
95027250--95027302	26	2.1	25	86	10	72	15	26	22	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95032966--95033001	15	2.3	16	85	4	56	41	0	0	58	0.98
95032966--95033005	13	2.8	15	81	11	57	45	0	0	55	0.99
95033013--95033068	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
95034358--95034477	43	2.8	43	82	5	127	27	17	26	28	1.98
95038639--95038777	57	2.4	58	80	5	140	33	21	17	28	1.96
95040703--95040859	43	3.6	44	73	7	117	25	17	24	32	1.97
95043948--95044030	43	1.9	43	100	0	166	26	31	18	24	1.97
95045483--95045667	27	6.9	26	81	9	185	42	18	11	27	1.85
95045512--95045667	54	2.9	53	86	5	206	41	19	11	26	1.86
95045482--95045667	81	2.3	81	85	1	248	42	18	11	26	1.85
95048926--95048969	18	2.4	18	88	0	70	47	13	20	18	1.82
95049293--95049556	27	9.7	28	83	4	154	39	18	14	27	1.89
95049333--95049556	54	4.1	54	85	6	285	37	19	13	29	1.90
95049306--95049556	81	3.1	80	84	3	306	38	19	13	28	1.89
95050206--95050244	20	2.0	19	90	5	60	79	0	5	15	0.90
95057015--95057039	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
95059712--95059817	42	2.5	43	81	6	135	30	16	20	32	1.95
95059677--95059835	43	3.7	42	75	9	133	27	16	23	31	1.97
95061867--95061991	46	2.7	48	79	15	147	27	19	30	23	1.98
95062054--95062181	49	2.6	49	76	4	116	28	21	25	24	1.99
95068454--95068483	15	1.9	16	93	6	53	40	26	0	33	1.57
95068654--95068811	42	3.9	40	79	8	167	29	24	14	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95073588--95073620	16	2.1	16	94	0	57	24	9	6	60	1.49
95078834--95078890	29	2.0	29	100	0	114	33	10	35	21	1.87
95082239--95082414	46	3.8	46	79	5	176	25	19	31	23	1.98
95084514--95084581	20	3.3	20	70	22	68	38	22	1	38	1.63
95084500--95084581	42	2.0	42	100	0	164	37	20	2	39	1.66
95084500--95084565	22	3.1	22	68	24	68	37	19	3	39	1.67
95084689--95084789	42	2.4	42	76	0	103	43	16	20	18	1.88
95084745--95084789	21	2.1	21	84	8	56	42	15	20	22	1.89
95090673--95090794	43	2.9	42	75	9	131	33	25	15	25	1.95
95091917--95091941	13	1.9	13	100	0	50	40	24	0	36	1.55
95094365--95094587	40	5.6	39	82	5	216	25	26	21	26	2.00
95094519--95094596	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
95096141--95096230	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
95096336--95096397	28	2.2	28	94	0	106	30	8	29	32	1.86
95099299--95099421	47	2.6	47	98	0	237	21	19	29	29	1.98
95109571--95109625	6	8.8	6	88	4	65	16	5	3	74	1.15
95109588--95109624	20	1.9	20	94	5	67	16	5	0	78	0.93
95122108--95122146	19	2.0	20	85	5	53	53	0	12	33	1.39
95131134--95131463	145	2.2	148	84	4	434	26	29	18	26	1.98
95131137--95131474	50	6.9	50	80	5	359	26	29	17	26	1.98
95133899--95134030	42	3.0	43	84	8	153	35	25	15	22	1.94
95133899--95134030	44	3.0	43	84	8	144	35	25	15	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95135969--95136025	30	1.9	30	85	7	80	35	10	26	28	1.89
95136788--95136956	47	3.6	47	91	1	259	36	14	23	26	1.92
95136935--95137131	55	3.6	54	81	4	227	36	18	23	21	1.95
95136935--95137142	53	3.9	54	81	4	213	35	17	24	22	1.95
95139100--95139317	40	5.5	40	85	2	271	23	23	27	25	2.00
95143284--95143350	29	2.3	28	75	10	71	40	0	22	37	1.54
95155281--95155405	40	3.2	40	88	3	182	27	27	21	24	1.99
95158937--95159119	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
95158916--95159119	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
95159717--95159802	35	2.4	37	92	7	158	32	22	15	30	1.94
95166977--95167160	79	2.3	80	80	10	200	25	27	22	25	2.00
95166958--95167160	40	5.1	40	80	9	211	25	27	22	25	2.00
95167759--95167845	36	2.4	37	96	3	167	33	22	13	29	1.93
95168436--95168491	25	2.5	23	78	18	64	8	19	1	69	1.24
95178366--95178538	40	4.3	40	91	2	278	26	29	21	22	1.99
95182172--95182284	44	2.6	43	77	12	131	21	16	31	30	1.95
95183319--95183344	13	2.0	13	100	0	52	7	0	30	61	1.24
95186359--95186385	12	2.2	12	100	0	54	33	0	33	33	1.58
95186966--95187010	20	2.2	20	88	0	63	48	2	11	37	1.51
95203409--95203671	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
95203448--95203706	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
95211728--95211877	27	5.5	27	78	4	122	28	27	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95211749--95211904	27	5.7	27	76	13	108	29	26	16	27	1.97
95214666--95214874	40	5.2	40	92	0	312	24	20	28	26	1.99
95214612--95214874	80	3.3	80	85	2	316	24	20	27	27	1.99
95214612--95214874	120	2.2	120	83	3	325	24	20	27	27	1.99
95214666--95214909	80	3.1	80	85	2	251	25	20	28	25	1.99
95216820--95216844	13	1.9	13	100	0	50	0	48	28	24	1.52
95216860--95216896	12	3.1	12	100	0	74	8	43	24	24	1.81
95219728--95219774	24	2.0	24	100	0	94	21	0	23	55	1.44
95229489--95229580	46	2.0	46	85	8	125	35	15	20	28	1.93
95233491--95233664	46	3.8	46	86	1	215	21	22	14	41	1.89
95236011--95236051	16	2.4	17	92	8	66	0	21	0	78	0.76
95242342--95242403	32	1.9	33	84	12	85	48	16	0	35	1.46
95247682--95247724	21	2.0	21	86	8	61	67	2	0	30	1.03
95247646--95247734	31	2.7	33	81	18	107	61	3	1	33	1.20
95247712--95247761	19	2.7	19	78	6	59	70	2	0	28	0.99
95247683--95247768	27	3.1	26	82	12	84	68	2	0	29	1.02
95247682--95247769	18	4.6	19	71	16	58	69	2	0	28	1.01
95247715--95247805	27	3.1	29	78	10	89	62	3	0	34	1.11
95247756--95247828	29	2.4	29	74	14	69	60	4	2	32	1.30
95247756--95247829	30	2.5	30	76	12	73	60	4	2	32	1.29
95248300--95248339	21	1.9	21	94	0	71	40	2	2	55	1.27
95248300--95248365	21	3.3	21	81	8	66	36	1	3	59	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95248320--95248367	19	2.6	18	78	12	53	37	0	2	60	1.09
95252467--95252493	4	6.8	4	100	0	54	25	0	48	25	1.52
95265225--95265277	26	2.0	26	100	0	106	22	15	22	39	1.91
95266227--95266309	43	1.9	43	97	0	157	30	14	26	28	1.95
95276741--95276990	40	6.2	40	87	3	333	27	26	21	24	1.99
95276701--95276994	80	3.7	80	85	1	344	26	27	21	23	1.99
95282610--95282640	16	1.9	16	100	0	62	32	32	19	16	1.94
95289266--95289708	226	2.0	227	88	0	672	36	23	9	29	1.87
95290479--95290623	43	3.4	43	71	9	125	31	23	16	28	1.96
95296050--95296094	22	2.0	22	83	8	56	35	17	8	37	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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