genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.245.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81085089--81085194	31	3.4	31	72	14	101	50	13	16	18	1.77
81085317--81085376	27	2.3	26	82	2	66	33	20	25	21	1.97
81085702--81086014	27	11.6	27	86	0	358	42	7	21	29	1.79
81085702--81086014	54	5.8	54	86	0	394	42	7	21	29	1.79
81085702--81086007	81	3.8	81	87	2	445	42	7	21	29	1.79
81086009--81086101	27	3.4	27	82	2	98	34	10	17	37	1.84
81086054--81086176	27	4.6	27	90	2	167	30	9	19	39	1.84
81086090--81086203	54	2.1	54	80	3	122	29	12	19	38	1.88
81086162--81086240	27	2.9	27	80	0	86	26	18	18	35	1.95
81089413--81089447	18	1.9	18	88	0	52	42	11	17	28	1.83
81093021--81093079	9	6.6	9	84	7	84	44	22	8	25	1.81
81095627--81095780	28	5.5	28	93	0	247	32	28	12	26	1.92
81113308--81113449	57	2.5	58	84	7	166	30	15	22	30	1.95
81114284--81114327	22	2.0	22	86	0	61	18	15	31	34	1.92
81115643--81115681	18	2.1	19	86	13	55	38	2	10	48	1.51
81117778--81117955	49	3.7	49	78	5	175	28	19	28	23	1.98
81117776--81117956	96	1.9	96	87	5	265	27	19	29	23	1.98
81125560--81125680	48	2.6	46	80	7	136	23	21	28	26	1.99
81134067--81134340	135	2.0	135	87	2	390	32	14	20	32	1.93
81136503--81136895	48	8.1	48	94	1	642	34	7	27	30	1.84
81137042--81137150	37	2.9	37	90	0	164	22	20	31	26	1.98
81140540--81140713	48	3.7	48	90	1	262	37	7	23	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81142711--81142969	45	5.9	45	90	4	361	28	28	18	23	1.98
81144165--81144394	35	6.7	35	83	1	232	33	26	13	26	1.93
81144164--81144394	34	6.7	34	81	4	142	33	26	13	25	1.94
81144494--81144599	44	2.4	44	90	0	167	30	25	14	30	1.95
81144602--81144695	27	3.5	27	91	0	152	19	29	12	38	1.89
81147202--81147360	27	5.9	27	82	10	191	35	22	23	18	1.96
81147202--81147360	54	3.0	54	89	2	241	35	22	23	18	1.96
81147777--81147813	8	4.6	8	93	0	65	2	24	21	51	1.61
81148987--81149094	26	4.2	25	84	7	135	37	20	7	35	1.81
81148987--81149085	52	1.9	52	89	4	155	38	20	7	34	1.80
81150946--81151090	74	2.0	74	97	0	272	25	30	21	22	1.99
81152501--81152532	16	2.0	16	93	0	55	46	9	6	37	1.61
81154860--81155107	50	4.9	50	82	4	302	29	27	18	24	1.98
81154860--81155104	101	2.4	100	81	6	296	29	27	19	24	1.98
81156657--81156838	48	3.8	48	82	0	229	23	28	21	26	1.99
81156649--81156886	96	2.5	95	90	2	352	26	27	20	26	1.99
81159766--81159938	46	3.8	46	78	14	212	20	19	30	30	1.97
81159761--81159931	92	1.8	93	94	1	308	21	19	29	29	1.97
81169725--81169922	94	2.1	95	86	2	274	37	22	20	19	1.94
81175141--81175298	86	1.8	85	83	5	210	40	18	6	33	1.78
81175164--81175331	86	1.9	88	83	4	216	39	19	8	32	1.81
81175903--81175969	11	6.3	10	79	8	53	68	7	10	13	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81175913--81175969	22	2.7	21	77	2	60	71	7	8	12	1.29
81176269--81176388	64	1.9	64	83	13	158	30	4	3	61	1.31
81176351--81176419	28	2.5	27	71	13	68	42	0	1	56	1.08
81178219--81178274	25	2.2	25	100	0	112	26	23	10	39	1.87
81178940--81178974	6	6.0	6	90	3	54	31	14	0	54	1.40
81178939--81178974	18	2.0	18	94	0	63	30	13	0	55	1.39
81178993--81179023	14	2.2	14	100	0	62	35	6	38	19	1.77
81183334--81183402	15	4.6	15	72	17	54	11	14	11	62	1.55
81195263--81195375	56	2.0	56	100	0	226	17	26	7	48	1.73
81195606--81195630	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
81195893--81195936	24	1.9	22	86	9	61	29	22	0	47	1.51
81195901--81195959	31	1.9	31	86	10	86	28	22	0	49	1.50
81197381--81197496	43	2.7	42	81	7	162	30	16	25	28	1.97
81201500--81201677	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
81201501--81201656	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
81201497--81201677	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
81203265--81203432	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
81203288--81203432	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
81205894--81205921	11	2.5	11	100	0	56	17	0	21	60	1.36
81210790--81210821	6	5.2	6	92	7	55	21	15	15	46	1.83
81219221--81219409	40	4.7	40	88	2	281	26	21	25	25	2.00
81219221--81219432	80	2.7	79	83	6	284	27	21	25	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81226133--81226321	40	4.7	40	90	2	299	26	22	26	24	2.00
81226133--81226354	80	2.8	80	85	6	299	27	22	26	24	2.00
81229481--81229692	46	4.6	45	81	9	216	25	29	18	26	1.98
81232740--81232773	17	2.0	17	100	0	68	29	11	17	41	1.85
81233615--81233732	42	2.8	41	81	10	148	29	16	23	29	1.97
81242792--81242930	44	3.2	42	77	9	138	27	15	23	33	1.95
81242817--81242930	42	2.7	43	77	9	117	28	15	21	34	1.94
81244998--81245160	39	4.2	39	89	0	236	27	30	20	21	1.98
81249683--81249922	51	4.8	50	87	1	302	28	25	20	25	1.99
81249694--81249922	101	2.3	100	83	2	289	29	25	20	24	1.99
81263771--81263815	20	2.2	20	84	0	54	40	13	4	42	1.64
81273434--81273500	33	2.0	33	100	0	134	38	26	2	31	1.72
81273975--81274121	43	3.4	43	76	10	124	29	23	18	27	1.98
81276356--81276461	28	3.8	27	78	6	95	27	14	24	33	1.94
81276367--81276492	28	4.5	28	74	6	87	25	12	23	38	1.90
81279817--81279939	47	2.6	47	94	0	210	28	28	20	22	1.99
81288109--81288930	413	2.0	413	100	0	1644	34	20	9	36	1.84
81294433--81294472	20	2.0	20	85	0	53	7	10	5	77	1.11
81296820--81296878	29	2.0	31	83	12	79	44	0	15	40	1.46
81314161--81314257	34	2.9	34	83	7	117	25	19	25	28	1.99
81315634--81315689	22	2.3	22	79	14	58	60	14	5	19	1.53
81322284--81322464	92	2.0	92	87	4	267	24	24	12	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81322284--81322465	46	4.0	46	88	2	242	24	24	12	38	1.90
81324831--81324898	30	2.3	30	84	5	84	27	19	4	48	1.68
81327211--81327285	10	7.1	11	71	7	57	37	13	16	33	1.87
81327211--81327268	21	2.8	21	84	5	73	37	12	18	31	1.88
81335315--81335367	21	2.5	21	84	0	70	39	11	18	30	1.86
81338762--81338924	46	3.5	47	78	7	138	25	30	17	26	1.97
81341610--81341653	19	2.3	20	84	7	56	34	11	2	52	1.50
81342418--81342444	9	3.0	9	100	0	54	33	22	0	44	1.53
81344116--81344163	25	1.9	25	83	8	62	27	0	20	52	1.47
81354177--81354278	40	2.5	40	90	0	159	30	23	16	29	1.96
81358783--81359044	48	5.5	48	87	0	364	26	19	26	27	1.99
81359314--81359527	117	1.8	117	98	0	419	33	8	18	39	1.82
81361067--81361186	46	2.6	46	78	4	134	25	17	31	25	1.97
81361153--81361280	47	2.7	48	73	17	124	30	16	28	25	1.96
81365528--81365586	21	2.9	21	87	2	84	33	28	23	13	1.93
81365526--81365599	21	3.5	21	80	10	80	39	27	20	13	1.90
81365526--81365612	44	2.0	41	80	6	93	37	24	20	17	1.93
81365802--81365896	28	3.6	24	78	13	84	46	32	4	16	1.67
81365816--81365899	28	3.0	28	89	1	123	46	29	3	20	1.67
81366054--81366094	16	2.5	16	88	11	57	43	24	0	31	1.54
81366054--81366125	27	2.7	25	74	21	67	43	25	0	31	1.55
81387107--81387231	43	2.9	43	91	3	189	26	29	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81389791--81389821	9	3.3	9	95	4	53	61	22	0	16	1.34
81390133--81390203	35	2.0	35	100	0	142	40	14	11	33	1.81
81390215--81390257	22	2.0	21	81	4	50	25	25	4	44	1.73
81390205--81390338	66	2.0	66	87	5	191	20	24	5	49	1.71
81398244--81398378	48	2.7	50	83	2	166	26	26	19	27	1.99
81398245--81398389	50	2.9	50	84	2	186	26	26	17	28	1.98
81398245--81398419	98	1.8	94	81	7	219	28	26	16	28	1.97
81401740--81402143	48	8.4	48	93	0	673	34	7	27	30	1.85
81402314--81402412	37	2.7	37	93	0	171	24	18	33	24	1.97
81404929--81405060	46	2.9	45	83	2	147	31	18	17	32	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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