genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81445086--81445266	27	6.6	27	82	5	184	29	28	14	27	1.96
81449348--81449426	15	5.4	14	72	15	54	56	13	18	10	1.65
81449359--81449435	15	5.2	15	70	14	61	54	15	18	11	1.70
81452355--81452525	45	3.8	45	80	13	215	29	28	21	21	1.98
81452360--81452528	92	1.8	92	94	2	304	28	28	21	21	1.98
81459393--81459543	28	5.4	28	91	1	214	33	27	11	26	1.92
81464481--81464518	18	2.1	18	90	0	58	36	0	0	63	0.95
81464656--81464703	22	2.1	22	88	3	69	66	0	4	29	1.10
81466070--81466095	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
81466067--81466110	22	2.0	22	86	0	61	25	0	0	75	0.81
81469540--81469613	37	2.0	37	100	0	148	27	5	24	43	1.76
81473250--81473301	21	2.5	21	100	0	104	7	28	40	23	1.82
81477192--81477314	42	2.9	41	80	11	115	34	26	13	25	1.93
81492436--81492611	56	3.1	56	99	0	343	45	9	22	22	1.80
81493740--81493902	39	4.1	40	80	10	158	25	23	26	23	2.00
81493740--81493889	79	1.9	80	82	5	189	26	23	27	23	2.00
81499681--81499800	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
81500931--81501115	40	4.6	39	83	5	196	24	22	27	24	2.00
81500931--81501115	79	2.3	81	84	7	227	24	22	27	24	2.00
81500984--81501148	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	24	1.99
81502889--81502997	37	2.9	37	94	0	182	27	31	19	22	1.97
81503204--81503397	47	4.1	47	89	0	262	25	28	11	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81510169--81510309	40	3.5	40	96	0	246	22	23	27	26	2.00
81510169--81510329	80	2.0	80	89	2	243	23	22	27	25	2.00
81511875--81511972	44	2.3	43	80	5	117	30	24	19	25	1.98
81516330--81516686	27	13.3	27	86	0	412	34	20	19	25	1.96
81517113--81517179	22	3.0	22	78	8	73	22	22	22	32	1.98
81517336--81517434	27	3.7	27	83	5	119	20	23	19	37	1.94
81517602--81517692	6	14.8	6	69	17	53	19	16	14	49	1.79
81517573--81517683	31	3.5	31	86	1	150	20	16	11	51	1.75
81519670--81519944	27	10.2	27	85	6	342	34	19	20	25	1.96
81519670--81519948	81	3.4	81	89	0	405	34	19	20	25	1.96
81519678--81519948	54	5.0	54	85	1	382	33	19	20	25	1.97
81520399--81520463	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
81520622--81520723	27	3.8	27	81	5	116	19	24	20	35	1.96
81520752--81520841	38	2.4	38	96	0	162	15	16	42	25	1.88
81520898--81521005	6	17.3	6	68	21	62	18	17	14	49	1.80
81520898--81520996	31	3.2	31	88	1	144	18	18	14	49	1.80
81522186--81522243	28	2.1	28	96	0	107	34	15	3	46	1.63
81533992--81534020	13	2.1	14	93	6	51	31	13	0	55	1.39
81543230--81543376	40	3.7	40	89	3	208	22	23	24	29	1.99
81551229--81551362	40	3.4	40	88	3	191	22	22	25	29	1.99
81551229--81551387	80	2.0	80	82	4	196	22	21	25	30	1.98
81557360--81557395	17	2.1	17	100	0	72	22	19	11	47	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81559421--81559530	42	2.6	43	81	5	134	27	21	25	25	2.00
81561662--81561812	77	2.0	77	95	0	275	24	19	9	46	1.80
81568053--81568112	29	2.0	30	81	15	72	20	18	0	61	1.34
81574142--81574296	42	3.7	42	86	3	213	27	25	16	30	1.96
81574650--81574770	43	2.8	44	74	9	124	27	20	19	33	1.96
81578732--81578783	26	2.0	26	92	0	86	25	25	28	21	1.99
81585876--81585995	43	2.8	42	81	7	161	28	26	15	29	1.96
81592635--81592805	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
81592630--81592802	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
81595200--81595255	15	3.7	15	86	9	87	60	10	16	12	1.58
81598221--81598339	46	2.6	46	91	0	184	29	29	19	21	1.98
81598219--81598361	46	3.1	45	83	4	119	29	28	20	21	1.98
81601599--81601727	25	5.2	25	76	3	125	35	19	14	30	1.92
81601599--81601727	50	2.6	50	81	2	152	35	19	14	30	1.92
81604092--81604364	40	6.8	40	90	0	420	22	27	20	29	1.98
81604092--81604364	80	3.4	80	94	0	465	22	27	20	29	1.98
81612950--81613220	40	6.8	40	89	1	411	22	27	19	29	1.98
81616418--81616475	28	2.0	30	87	12	86	36	8	3	51	1.49
81625998--81626058	30	2.0	30	87	0	86	37	4	24	32	1.77
81633552--81633610	30	2.0	29	86	3	82	38	6	25	28	1.81
81636314--81636458	25	5.8	25	68	7	69	36	27	12	23	1.91
81636372--81636458	25	3.5	24	76	7	75	35	24	14	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81636411--81636458	24	2.0	25	87	4	71	39	22	14	22	1.91
81642898--81643159	39	6.6	39	87	6	320	24	27	22	25	2.00
81650887--81651149	39	6.6	39	89	4	343	25	27	22	25	2.00
81652228--81652252	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
81654475--81654550	12	6.4	12	82	14	104	57	7	9	25	1.56
81655888--81655920	13	2.5	13	95	0	57	39	18	30	12	1.87
81663062--81663234	46	3.7	46	78	10	190	21	20	27	29	1.98
81663059--81663229	93	1.8	93	91	0	279	21	21	28	28	1.98
81663459--81663496	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
81664566--81664658	39	2.4	39	90	0	141	22	29	23	24	1.99
81672305--81672415	39	2.9	38	84	2	141	23	28	22	25	1.99
81680077--81680166	39	2.3	39	90	0	135	21	27	24	26	1.99
81683292--81683362	33	2.2	33	79	5	81	25	26	22	25	2.00
81688845--81689000	45	3.6	44	76	14	173	30	28	17	23	1.97
81696771--81696820	10	4.8	10	80	9	55	60	12	0	28	1.32
81697607--81697659	26	2.0	26	85	0	70	45	5	11	37	1.64
81709805--81709866	32	1.9	32	93	0	106	12	27	9	50	1.72
81718684--81718726	17	2.4	18	84	3	61	41	0	6	51	1.29
81719065--81719171	25	4.3	25	77	9	103	25	23	19	31	1.98
81721307--81721569	47	5.6	47	90	1	391	28	29	8	33	1.86
81721307--81721569	96	2.8	96	91	2	399	28	29	8	33	1.86
81721309--81721569	143	1.8	141	91	1	405	28	29	8	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81727599--81727727	57	2.3	56	84	1	168	34	17	16	32	1.92
81731662--81731837	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
81731659--81731830	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
81739233--81739408	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
81739230--81739401	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
81742882--81743089	53	3.9	53	75	6	186	37	18	23	20	1.94
81744610--81744673	33	1.9	33	87	6	94	17	26	9	46	1.78
81767572--81767777	40	5.2	40	92	1	308	22	21	27	28	1.99
81775266--81775470	40	5.2	40	91	2	308	23	20	27	28	1.99
81778375--81778494	27	4.4	27	85	4	161	34	20	22	22	1.97
81778638--81778728	27	3.4	27	72	6	76	24	20	17	37	1.94
81782268--81782432	27	6.1	27	73	7	122	38	22	10	28	1.87
81782268--81782434	54	3.1	54	75	10	171	38	22	10	28	1.88
81782411--81782875	27	17.2	27	86	1	529	30	21	6	41	1.79
81782357--81782542	81	2.3	81	83	1	221	32	22	9	36	1.85
81783377--81783495	6	19.3	6	69	17	66	20	18	13	47	1.81
81783408--81783474	25	2.7	25	90	0	89	20	20	11	46	1.82
81783377--81783474	31	3.4	30	73	16	98	20	19	13	46	1.83
81788061--81788183	40	3.1	40	85	2	167	29	26	20	24	1.99
81796557--81796729	46	3.7	46	75	13	192	21	21	27	29	1.99
81796554--81796724	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.99
81810027--81810354	48	6.9	48	94	0	550	30	28	6	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81814762--81814807	24	1.9	24	81	0	56	39	19	19	21	1.93
81815251--81815302	26	2.0	25	82	10	61	53	11	0	34	1.37
81816741--81816818	18	4.3	18	81	0	84	43	21	8	25	1.82
81816742--81816818	27	2.8	26	82	7	82	42	22	9	25	1.82
81819900--81820108	39	5.3	39	93	2	323	24	27	22	25	2.00
81819900--81820161	78	3.3	78	87	7	302	24	27	22	25	2.00
81826782--81827004	39	5.7	40	84	8	257	24	27	21	25	1.99
81826782--81827004	79	2.8	81	81	13	252	24	27	21	25	1.99
81828680--81829078	47	8.4	47	92	2	588	27	29	9	33	1.88
81828680--81829078	143	2.8	143	88	4	610	27	29	9	33	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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