genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29603142--29603211	31	2.3	31	94	0	122	15	34	34	15	1.90
29604538--29604615	32	2.4	33	80	6	97	46	6	23	24	1.75
29609043--29609119	32	2.4	32	80	0	91	44	6	24	24	1.77
29610989--29611027	20	2.0	20	94	0	69	41	5	12	41	1.65
29616109--29616255	29	5.1	29	81	8	135	27	30	15	26	1.96
29616115--29616255	58	2.5	57	82	8	178	26	30	15	26	1.96
29619148--29619357	40	5.3	39	80	7	237	27	27	20	24	1.99
29619148--29619357	78	2.7	80	88	3	318	27	27	20	24	1.99
29624593--29624681	44	2.0	44	100	0	178	31	28	15	24	1.96
29633313--29633462	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
29633337--29633520	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
29637761--29637910	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
29637785--29637968	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
29640523--29640557	15	2.3	15	90	0	52	54	11	5	28	1.59
29644458--29644685	49	4.7	48	97	1	397	31	8	30	29	1.87
29644458--29644685	96	2.4	95	94	3	395	31	8	30	29	1.87
29644803--29644881	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
29660509--29660774	46	5.8	45	68	9	146	22	18	27	31	1.97
29660502--29660766	93	2.8	93	89	1	388	22	18	27	30	1.98
29668912--29669097	46	4.1	45	72	16	141	27	27	21	23	1.99
29669509--29669568	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
29671484--29671635	42	3.6	41	75	13	121	25	30	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29671526--29671743	45	5.0	44	87	7	302	24	29	21	23	1.99
29671526--29671743	87	2.5	87	90	5	325	24	29	21	23	1.99
29681025--29681069	18	2.5	18	81	0	54	44	11	17	26	1.82
29681410--29681604	27	7.2	27	92	0	264	40	17	14	27	1.89
29684588--29684634	18	2.6	18	79	0	58	46	14	17	21	1.83
29684969--29685284	27	11.8	26	83	7	339	39	21	13	25	1.90
29684984--29685284	80	3.7	81	88	5	416	39	21	12	25	1.89
29684968--29685286	107	3.0	108	85	2	419	39	21	13	25	1.90
29686141--29686165	13	1.9	13	100	0	50	56	4	40	0	1.18
29688126--29688157	16	2.0	16	93	0	55	65	6	12	15	1.44
29688380--29688429	18	2.8	18	84	0	64	46	10	16	28	1.78
29688754--29689030	27	10.3	27	84	0	284	40	20	13	25	1.89
29692518--29692684	27	6.3	26	77	16	101	38	20	12	28	1.89
29692539--29692684	27	5.5	27	82	5	163	39	21	12	26	1.88
29692518--29692684	53	3.1	54	80	2	185	38	20	12	28	1.89
29692800--29692834	17	2.0	18	88	5	54	17	34	31	17	1.93
29700470--29700594	59	2.1	59	93	0	214	36	21	7	34	1.81
29702539--29702716	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
29702560--29702715	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
29710072--29710249	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
29710093--29710248	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
29714838--29714867	15	2.0	15	100	0	60	40	6	26	26	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29716003--29716051	18	2.7	18	90	0	80	42	8	20	28	1.80
29716388--29716678	54	5.4	54	84	4	379	40	21	12	25	1.88
29716407--29716677	136	2.0	136	89	4	422	40	21	12	25	1.88
29716388--29716678	27	10.7	27	84	2	341	40	21	12	25	1.88
29727663--29727705	21	2.0	21	100	0	86	48	23	18	9	1.76
29733162--29733216	22	2.4	23	79	8	60	45	0	40	14	1.45
29735225--29735251	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
29744585--29744674	46	1.9	47	82	10	114	36	21	20	22	1.95
29744558--29744698	23	5.8	24	73	16	96	35	21	20	22	1.96
29752875--29753036	43	3.8	43	80	2	155	34	26	12	25	1.92
29754738--29754811	31	2.4	31	93	0	130	25	27	14	32	1.95
29755016--29755100	26	3.4	25	82	12	77	29	22	20	28	1.98
29755029--29755124	26	3.8	26	88	2	126	27	22	23	26	2.00
29762140--29762244	47	2.2	48	87	1	149	49	8	28	13	1.71
29763681--29763812	38	3.4	38	85	4	158	33	25	20	21	1.97
29763681--29763832	38	3.9	38	84	6	155	32	24	21	22	1.98
29765950--29766134	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
29765951--29766134	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
29766003--29766167	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
29773903--29774087	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
29773904--29774087	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
29773956--29774120	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29793173--29793290	27	4.4	27	81	1	130	27	19	17	34	1.95
29798144--29798197	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
29798198--29798341	27	5.4	27	81	4	157	24	18	18	38	1.93
29798202--29798342	54	2.6	54	87	4	198	24	19	17	39	1.92
29799494--29799544	26	2.0	26	96	0	93	35	0	13	50	1.42
29807383--29807451	15	4.6	15	83	0	84	11	17	14	56	1.67
29807379--29807464	45	2.0	42	86	6	118	10	15	17	56	1.65
29807374--29807453	30	2.7	29	82	7	88	11	17	16	55	1.70
29819739--29819847	44	2.5	44	96	0	200	33	23	11	32	1.90
29823057--29823183	43	3.0	44	77	5	152	33	24	14	27	1.94
29832670--29832722	23	2.2	26	83	10	67	28	26	9	35	1.87
29840149--29840326	50	3.6	49	82	3	194	30	24	17	26	1.97
29846231--29846514	40	7.1	37	83	8	221	26	22	26	25	2.00
29846231--29846495	80	3.3	80	86	5	351	26	22	26	25	2.00
29846232--29846528	80	3.7	77	84	7	321	26	21	25	25	2.00
29846284--29846528	120	2.1	118	83	6	307	27	21	25	25	1.99
29854659--29854693	19	1.9	18	88	11	54	37	0	11	51	1.38
29863599--29863776	45	4.0	45	82	3	211	32	26	15	25	1.96
29866268--29866362	50	1.9	50	93	0	163	26	18	8	46	1.78
29868341--29868433	47	2.0	47	91	0	150	22	10	24	41	1.85
29871771--29871797	14	1.9	14	100	0	54	22	7	11	59	1.56
29875116--29875185	34	2.1	34	94	5	124	47	22	15	14	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29877036--29877219	40	4.6	39	82	9	212	24	22	27	25	2.00
29877036--29877252	79	2.7	78	78	12	228	25	21	27	25	2.00
29885103--29885286	40	4.6	40	82	9	207	23	22	27	26	2.00
29885158--29885309	79	1.9	79	84	7	202	25	20	26	26	1.99
29892457--29892484	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
29896188--29896676	47	10.4	47	95	0	825	29	29	8	32	1.87
29900685--29900929	40	6.2	40	93	3	347	23	22	27	26	1.99
29911649--29911691	21	2.0	21	95	0	77	55	9	18	16	1.67
29915084--29915204	43	2.8	44	73	9	115	28	17	23	30	1.97
29922170--29922340	43	4.0	43	74	6	141	26	15	24	33	1.95
29923247--29923275	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
29930506--29930650	51	2.9	49	81	4	173	28	25	18	27	1.98
29934046--29934192	46	3.2	46	83	6	181	21	28	20	29	1.98
29936936--29936976	20	2.0	20	100	0	82	19	26	4	48	1.69
29944175--29944208	18	1.9	17	88	5	50	50	23	5	20	1.70
29947066--29947108	21	2.1	21	83	12	54	41	2	0	55	1.12
29948157--29948219	9	6.7	9	74	7	54	23	4	1	69	1.16
29950951--29950999	22	2.3	21	83	13	57	59	0	4	36	1.17
29950984--29951030	21	2.2	21	88	7	69	55	2	2	40	1.24
29951454--29951534	31	2.7	30	80	3	99	46	14	6	32	1.69
29954954--29955112	43	3.7	42	77	9	135	26	18	25	28	1.98
29959680--29959704	6	4.2	6	100	0	50	20	16	16	48	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29964957--29965060	40	2.6	40	90	3	165	48	6	20	25	1.74
29968925--29968965	20	2.0	20	90	0	64	29	4	9	56	1.53
29972910--29973083	46	3.8	46	75	16	171	29	28	19	22	1.98
29972918--29973088	93	1.8	92	88	1	261	29	28	19	22	1.98
29978422--29978593	93	1.8	93	87	2	256	29	27	20	22	1.98
29978414--29978589	46	3.8	46	75	8	169	30	27	19	22	1.98
29989605--29989662	26	2.3	25	84	3	71	43	13	5	37	1.67
29992942--29993163	46	4.8	46	82	7	279	29	28	19	21	1.98
30000557--30000961	54	7.5	54	83	4	503	27	22	9	40	1.85
30000559--30000962	81	5.0	81	83	2	533	27	22	9	40	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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