genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.140.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45039053--45039088	18	2.0	18	100	0	72	27	16	16	38	1.90
45042368--45042535	47	3.6	47	75	11	141	27	17	30	25	1.97
45042368--45042538	94	1.8	94	84	2	236	27	17	30	24	1.97
45045729--45046003	46	5.9	46	75	11	177	23	31	18	26	1.97
45056751--45056899	27	5.5	27	81	4	122	26	16	28	28	1.97
45056751--45056899	82	1.8	80	82	5	192	26	16	28	28	1.97
45056831--45056910	27	2.9	27	79	5	63	26	15	28	30	1.96
45064725--45064874	27	5.5	26	80	4	120	26	16	29	28	1.96
45064725--45064874	82	1.8	81	82	4	194	26	16	29	28	1.96
45064806--45064885	27	2.9	27	79	5	63	26	15	28	30	1.96
45066824--45067293	94	5.0	94	95	0	841	39	19	10	30	1.86
45078782--45078936	43	3.6	43	81	9	174	24	18	24	32	1.97
45078775--45078905	44	3.0	41	86	10	165	22	16	25	35	1.95
45080097--45080148	21	2.5	21	100	0	104	34	3	13	48	1.61
45080792--45081123	48	6.9	48	83	2	389	26	29	18	24	1.98
45080789--45081122	144	2.3	144	87	0	479	26	29	18	25	1.98
45087583--45087630	20	2.4	20	92	0	87	22	35	31	10	1.88
45090340--45090564	40	5.6	40	87	4	310	26	27	22	24	2.00
45090340--45090564	83	2.8	80	89	4	353	26	27	22	24	2.00
45093373--45093506	56	2.4	56	91	0	214	29	13	23	33	1.93
45095590--45095622	17	1.9	17	100	0	66	21	6	24	48	1.72
45098657--45098713	17	3.2	17	75	7	60	59	1	0	38	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45099063--45099137	37	2.0	37	94	0	132	34	18	2	44	1.64
45099075--45099135	19	3.3	19	65	21	56	34	21	3	40	1.69
45101193--45101226	16	2.1	16	94	0	59	61	35	0	2	1.11
45101899--45102016	40	3.0	40	92	0	191	30	28	18	22	1.97
45110188--45110304	39	3.0	40	94	2	209	29	29	19	22	1.98
45114306--45114335	4	7.5	4	100	0	60	50	0	23	26	1.50
45115405--45115462	5	11.6	5	100	0	116	62	0	0	37	0.96
45115634--45115667	16	2.1	16	88	0	50	35	8	0	55	1.31
45120251--45120321	34	2.1	34	81	0	79	45	19	5	29	1.73
45126261--45126291	11	2.8	11	90	0	53	51	0	0	48	1.00
45131696--45131740	20	2.2	20	84	7	56	40	11	2	46	1.52
45135079--45135160	41	2.0	41	95	0	146	48	13	7	30	1.69
45135197--45135237	19	2.2	19	90	0	64	46	12	4	36	1.63
45139836--45139888	25	2.2	25	87	9	76	58	0	1	39	1.09
45144476--45144524	24	2.0	24	100	0	98	61	12	8	18	1.55
45147164--45147221	22	2.6	21	81	8	53	77	3	3	15	1.04
45147283--45147314	6	5.3	6	100	0	64	68	0	0	31	0.90
45147337--45147427	26	3.7	24	74	22	75	76	0	2	20	0.88
45147360--45147426	5	14.0	5	76	17	63	79	0	0	20	0.74
45147361--45147421	7	8.3	7	79	16	70	80	0	0	19	0.72
45147366--45147427	16	3.8	16	73	14	63	80	0	0	19	0.71
45147726--45147798	33	2.2	33	87	4	103	17	31	30	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45150527--45150647	49	2.5	49	83	2	145	22	28	22	27	1.99
45153898--45153974	29	2.6	29	85	2	100	24	15	31	28	1.96
45153927--45154428	174	2.9	174	98	0	959	29	14	24	30	1.95
45157973--45158103	46	2.8	46	88	3	174	32	25	20	21	1.98
45159439--45159515	37	2.1	37	100	0	154	31	18	27	23	1.97
45159946--45160151	27	7.6	27	80	1	207	40	20	8	30	1.82
45159936--45160152	54	4.0	53	84	4	231	39	20	8	31	1.82
45159946--45160151	81	2.5	82	83	3	229	40	20	8	30	1.82
45159999--45160196	27	7.3	27	79	7	170	39	19	9	31	1.83
45159946--45160197	54	4.7	53	82	3	222	39	20	9	30	1.84
45159937--45160172	81	2.9	81	78	6	203	40	20	8	30	1.82
45160232--45161343	27	40.7	27	79	7	831	36	18	17	27	1.94
45161691--45162087	216	1.8	217	83	4	525	23	21	22	32	1.98
45162070--45162154	27	3.3	26	85	4	82	17	23	20	38	1.93
45162078--45162157	26	3.0	26	89	3	115	16	23	22	37	1.93
45162085--45162157	27	2.8	26	89	4	110	17	24	20	36	1.94
45162275--45162349	6	12.3	6	75	13	73	17	13	16	53	1.73
45172614--45172658	16	2.8	16	79	0	54	53	17	17	11	1.72
45172886--45172956	28	2.5	28	82	8	83	25	15	32	26	1.95
45172887--45172971	28	3.0	27	72	13	66	27	15	30	27	1.96
45179792--45180060	46	5.8	46	76	11	271	22	21	27	28	1.99
45179788--45180053	93	2.9	93	94	0	469	22	21	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45179838--45180006	47	3.6	47	77	13	204	23	21	26	28	1.99
45182914--45182948	13	2.7	13	100	0	70	51	14	0	34	1.42
45192019--45192197	39	4.6	39	92	0	277	12	24	22	39	1.89
45192065--45192167	19	5.3	19	69	17	86	11	25	24	38	1.89
45193054--45193342	48	6.0	48	78	4	294	28	17	27	26	1.98
45193054--45193338	96	2.9	96	89	1	453	28	17	28	26	1.98
45197060--45197129	34	2.1	33	86	7	97	25	24	22	27	2.00
45199872--45199952	40	2.0	40	95	0	144	27	17	27	28	1.97
45203689--45204166	48	9.9	48	79	3	478	29	17	26	26	1.98
45203689--45204164	96	4.9	96	87	1	666	28	17	26	26	1.98
45206952--45207000	18	2.5	20	77	12	57	42	16	10	30	1.81
45207895--45208031	38	3.6	38	81	2	121	35	27	17	19	1.94
45207942--45208042	38	2.7	38	87	3	150	32	25	19	21	1.97
45210807--45211262	47	9.6	47	92	2	698	33	8	29	28	1.86
45210807--45211262	192	2.4	190	91	2	747	33	8	29	28	1.86
45214421--45214459	19	2.1	19	90	0	60	38	23	7	30	1.83
45214545--45214625	24	3.3	24	83	8	85	32	18	24	24	1.97
45220996--45221081	19	4.5	19	73	7	75	39	22	8	30	1.83
45223320--45223379	25	2.4	25	94	0	102	51	18	11	18	1.75
45226307--45226574	49	5.6	49	74	10	198	26	20	27	25	1.99
45227582--45227698	28	4.2	28	91	4	173	17	21	41	18	1.90
45227581--45227698	56	2.1	56	91	0	191	17	21	42	18	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45229875--45229918	22	2.0	22	100	0	88	31	4	40	22	1.74
45234182--45234315	49	2.8	49	82	3	173	26	22	28	22	1.99
45238471--45238724	46	6.0	40	78	18	257	37	15	24	23	1.93
45238510--45238754	46	5.5	46	83	8	283	39	14	23	22	1.91
45238464--45238674	84	2.5	84	96	0	386	35	15	24	24	1.94
45239025--45239071	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
45240648--45240709	21	3.0	21	81	4	65	45	16	17	20	1.86
45242502--45242552	20	2.6	20	76	14	52	60	1	0	37	1.08
45243128--45243278	10	15.6	9	66	22	58	58	1	3	35	1.28
45243136--45243169	17	2.1	17	89	10	54	58	0	2	38	1.13
45243128--45243278	21	7.8	19	69	18	82	58	1	3	35	1.28
45243194--45243269	40	1.9	40	84	10	102	61	2	3	31	1.28
45243174--45243279	10	10.4	10	68	10	63	60	2	4	32	1.32
45243533--45243687	9	16.2	10	68	19	66	37	3	0	59	1.14
45243617--45243685	9	7.3	9	79	8	75	34	1	0	63	1.03
45243529--45243685	19	8.0	20	70	13	76	37	3	0	59	1.14
45243635--45243702	9	6.7	10	80	9	68	32	2	0	64	1.08
45243617--45243685	29	2.4	29	90	7	106	34	1	0	63	1.03
45246694--45246741	21	2.2	22	96	3	89	31	0	16	52	1.45
45246919--45246997	25	3.2	24	76	7	77	17	26	20	35	1.95
45246960--45247068	25	4.4	25	74	4	67	21	25	21	32	1.98
45248839--45248880	21	2.0	21	95	0	75	30	9	16	42	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45263259--45263288	5	6.0	5	92	0	51	23	0	56	20	1.42
45263263--45263293	15	2.0	16	93	6	55	29	0	51	19	1.47
45263365--45263425	29	2.1	29	87	6	88	42	3	6	47	1.45
45263973--45264013	21	2.0	20	86	9	57	63	4	2	29	1.28
45266841--45266902	30	2.1	30	93	0	106	25	3	11	59	1.46
45270714--45270775	27	2.3	27	78	10	65	59	4	3	32	1.34
45270990--45271033	23	1.9	23	85	0	61	56	4	9	29	1.50
45271116--45271197	24	3.4	23	83	11	103	56	4	2	36	1.34
45271092--45271201	50	2.2	48	82	9	134	57	6	1	34	1.35
45271241--45271283	11	4.1	11	82	11	54	60	11	0	27	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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